ИСТИНА

6S РНК – малая некодирующая РНК длиной около 200 нуклеотидных остатков, встречающаяся во многих классах бактерий. Основной функцией 6S РНК является ингибирование транскрипции, которое происходит за счет её способности связывать РНК-полимеразу. Благодаря консервативной вторичной структуре, имитирующей промотор ДНК, 6S РНК блокирует активный центр фермента и, как следствие, препятствует дальнейшей транскрипции. Известно, что в бактерии Bacillus subtilis делеции кодирующих 6S РНК генов приводят к возрастанию уровня экспрессии ряда белков, участвующих в клеточном ответе на стрессовые условия. Таким образом, функциональная роль 6S РНК в жизнедеятельности бактерий, вероятно, связана с регуляцией механизмов экспрессии генов в экстремальных условиях. В настоящем исследовании изучено влияние различных факторов стресса на жизнеспособность и скорость роста клеток B. subtilis и Escherichia coli. Для этого мутантные клеточные линии с делециями генов, кодирующих 6S РНК, культивировали в параллели с клетками дикого типа под воздействием кислотного, щелочного, осмотического, окислительного и других стрессов. Для B. subtilis не наблюдалось значительных различий в росте клеток дикого типа и мутантных клеточных линий. Однако для штамма E. coli, нокаутного по гену 6S РНК, в присутствии перекиси водорода было замечено замедление перехода клеток в экспоненциальную фазу роста по сравнению с клетками дикого типа. Изменение уровня экспрессии 6S РНК E. coli в различных фазах клеточного роста, в том числе в условиях окислительного стресса, анализировали методом блот-гибридизации в варианте Нозерн. Для выявления белков, экспрессия которых в стрессовых условиях регулируется 6S РНК, был проведен протеомный анализ нокаутных штаммов по сравнению с клетками дикого типа. Белковые экстракты, выделенные из сравниваемых клеточных линий, метили флуоресцентными красителями Cy2 и Cy5 и анализировали методом двумерного гель-электрофореза. Белки, на экспрессию которых оказывает влияние 6S РНК, были идентифицированы при помощи MALDI-TOF спектрометрии. По предварительным данным 6S РНК ингибирует синтез фактора элонгации трансляции TufA, шаперона PpiB и фермента FabH, участвующего в метаболизме жирных кислот. В то же время экспрессия белков MglB, TnaA, MalE, а также алкилгидропероксидредуктазы AhpC в отсутствие 6S РНК снижалась.