ИСТИНА

Одной из наиболее известных некодирующих РНК в бактериях является 6S РНК. Благодаря своей уникальной вторичной структуре она связывается с РНКП и блокирует её активность, что приводит к глобальному ингибированию транскрипции в клетке. Имитируя промотор ДНК, 6S РНК может служить матрицей для синтеза коротких РНК-транскриптов (пРНК), что при определенных обстоятельствах приводит к высвобождению РНКП из прочного комплекса с 6S РНК. Основные исследования в этой области проведены для E. coli и B. subtilis. Выявлены значительные отличия в свойствах и особенностях функциониро-вания 6S РНК различных бактерий. В данной работе впервые были охарактеризованы 6S РНК из двух родственных альфа-протеобактерий: B. japonicum и S. meliloti. Последовательности этих РНК обладают высокой степенью гомологии, особенно их центральные части. Соответ-ствующие предсказанные вторичные структуры имеют типичную для 6S РНК форму с большим расплетенным участком в центре, причем формирование в нем небольшой шпильки, расположенной ближе к 3'-концу молекулы, приводит к более ста-бильной конформации. Несмотря на близкое родство B. japonicum и S. meliloti и гомологичность их 6S РНК, нами выявлены существенные различия в свойствах двух нкРНК. В первую очередь с помощью Нозерн-блоттинга были получены профили экспрессии обеих нкРНК. Максимальные концентрации 6S РНК в этих бактериях приходятся на разные фазы клеточного роста: в стационарной фазе количество 6S РНК в B. japonicum увеличивается, а в S. meliloti – уменьшается. Этот результат также подтвержден методом ОТ-кПЦР. В экспериментах in vitro было показано, что обе 6S РНК образуют комплекс с холоферментом РНКП E. coli. При добавлении радиоактивно меченных нуклеозидтрифосфатов наблюдали синтез пРНК на матрицах обеих 6S РНК. В случае 6S РНК S. meliloti детектировались сигналы, соответствующие 16–23-звенным пРНК. Для 6S РНК B. japonicum методом гель-электрофореза не удалось разделить продукты транскрипции, длина которых составляет примерно 20–24 нуклеотидных остатка (н.о.). В обоих случаях также наблюдали синтез длинных полноразмерных продуктов (42-49 н.о.). Было показано, что образующиеся пРНК остаются связанными с комплементарными 6S РНК, что является их характерной функциональной особенностью. Работа поддержана грантом РФФИ № 19-04-00791.