ИСТИНА

Молекулярно-генетические методы, основанные на получении прямых последовательностей ДНК и их анализе, возникнув в 80-е годы ХХ века и получив широкое распространение с конца 90-х – начала 2000-х годов, в наши дни стали неотъемлемой частью практически любого исследования в систематике животных. Сегодня публикация статьи с описанием нового таксона животных без использования ДНК-анализа стала затруднительной, а по вопросам филогении и эволюционных связей организмов – просто невозможным делом. Широкое внедрение филогенетического анализа ДНК меняет наше представление об эволюционном процессе и восприятие сходства и родства в таксономической практике (“tree thinking”). Наконец, молекулярные методы, с одной стороны, перевернули наше представление о действительном разнообразии многих групп живых организмов, в том числе земноводных и пресмыкающихся, а с другой стороны, предоставили уникальные возможности для оценки филогенетических связей между организмами и времени различных эволюционных событий в их истории. После начального периода формирования молекулярной филогенетики, характеризовавшегося чрезмерным оптимизмом ее сторонников и слабой способностью научного сообщества критически воспринимать полученные ими схемы, молекулярные систематики получили репутацию отчаянных «дробителей». Сегодня мы все чаще являемся свидетелями обратного процесса: по мере внедрения мультилокусных и геномных данных многие традиционно признанные таксоны сводятся в синонимы, а системы, разработанные в начале молекулярной эры, – пересматриваются. Существует целый ряд методологических проблем, приводящих к построению неверных филогений и их ошибочным интерпретациям систематиками. В общей сложности, они сводятся к (1) потере филогенетического сигнала по мере накопления перекрывающихся мутаций; (2) несоответствию между действительным эволюционным процессом и предполагаемыми моделями эволюции ДНК, а также эволюции самих генетических маркеров и (3) различиям в скоростях эволюции между видами и / или между ДНК-маркерами. Большое количество ошибочных таксономических выводов часто делается по результатам анализа единственного ДНК-маркера, как правило, мтДНК. Исследование многих независимых генов (мультилокусный анализ) необходимо для построения адекватной хорошо поддержанной и разрешенной филогении. С другой стороны, простое объединение всех ДНК-маркеров в общем анализе (“total evidence analysis”) далеко не всегда гарантирует улучшение конечного результата, а часто и вовсе приводит к получению ложных филогений; сегодня широкое распространение получают методы построения «видовых деревьев» (“species trees”) по данным анализа отдельных генных деревьев. Существенно различные результаты филогенетического анализа могут быть получены в зависимости от подбора внешних групп. Наконец, определяющее значение имеют критическое отношение к полученным филогенетическим схемам и их грамотная интерпретация. В этом докладе на примере ряда недавних исследований в герпетологии мы рассмотрим распространенные "ловушки", подстерегающие молекулярных систематиков, и способы их избежать. Исследование было выполнено при поддержке Российского научного фонда (грант РНФ 19-14-00050).