ИСТИНА

Омиксный подход, применимо к анализу объектов царства растений, находит самое разное применение: от решения задач ботанической классификации, до поиска потенциальных биологически активных соединений. Наша работа направленна на классификацию пивоваренных сортов Humulus lupulus на основании данных хроматомасс-спектрометрического профилирования образцов этого растения методом ВЭЖХ-МС высокого разрешения, в том числе, с целью выявления соединений маркеров, характеризующих ту или иную группу. В исследовании участвовало 18 сортов хмеля, каждая в трёх биологических повторностях. В силу специфики ненаправленного эксперимента, была проведена рандомизация экспериментального сиквенса, а так же использовались образцы контроля качества. Хроматографический анализ проводился с использованием хроматомасс-спектрометра Shimadzu LCMS-IT-TOF, оснащенного источником электрораспылительной ионизации и колонки для обращено-фазовой хроматографии Thermo Acclaim RSLC 120 С18. Разметка пиков и выравнивание полученных хроматограмм проводилось с использованием пакетов IРО и ХСМS для языка R. Полученные таблицы пиков прошли процедуру предобработки, включающую такие этапы как: заполнение пропущенных значений, коррекция сигнала, фильтрация и нормализация. Для выявления соединений-маркеров был проведён ряд статистических тестов, предикторы выбирались исходя из пересечения следующих критериев: р значение < 0.05 (t-тест и его непараметрические аналоги), кратность изменения (fold change) > 1, VIP значение из модели ЧНК > 1. Для выбранных соединений были получены спектры фрагментации на разных энергиях, на основании которых была проведена предварительная идентификация компонентов с использованием инструментов для in-silico генерации MS2 спектров (Metfrag и CFM-ID).