ИСТИНА

Цель текущего проекта — разработка сенсорной системы прямого определения вируса SARS-CoV-2 с использованием метода гигантского комбинационного рассеяния (ГКР). Для специфического узнавания вирусного S-белка планируется использовать аптамер с ГКР-активной меткой. Рецептор-связывающий домен (RBD) S-белка SARS-CoV-2 играет ключевую роль в проникновении вируса в клетку-хозяина [1], и поэтому представляется потенциальной мишенью для создания методов детекции вирусных частиц. В исследовании [2] было описано получение ДНК-аптамеров, по мнению авторов, специфически связывающих RBD S-белка SARS-CoV-2. В связи с этим, важной подзадачей текущей работы было получить оценку специфичности взаимодействия иммобилизованных аптамеров из работы [2] c RBD и провести отбор новых аптамеров с большей специфичностью, чем у описанных ранее. Для этого было проведено планирование последовательностей и мест введения мо- дификаций; были синтезированы биотинилированные олигонуклеотиды, моделирующие аптамеры из статьи [2]. Для оценки специфичности взаимодействия модифицированных аптамеров с RBD были определены константы диссоциации (Kd) соответствующих комплексов методом биослойной интерферометрии (BLI). Также был начат отбор новых аптамеров. В настоящей работе были подобраны условия проведения BLI-измерений: установлено, что в буфере, использованном в исследовании [2] для оценки величин Kd, наблюдается неспецифическое связывание RBD с поверхностью сенсора, которое может быть устранено включением TWEEN и BSA в состав буфера. Значения Kd комплексов аптамер-RBD, полученные в оптимизированных условиях, имели схожие порядки величин с константами, определёнными ранее в работе [2], что подтверждает высокую аффинность модифицированных аптамеров по отношению к белку RBD. 1. Yao H. et al. Molecular architecture of the SARS-CoV-2 virus // Cell. – 2020. – Т. 183. – №. 3. – С. 730-738. E13. 2. Song Y. et al. Discovery of aptamers targeting the receptor-binding domain of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein // Analytical Chemistry. – 2020. – Т. 92. – №. 14. – С. 9895-9900.