ИСТИНА

Мобильные генетические элементы (МГЭ) — последовательности ДНК, способные перемещаться по геному и вызывать мутации, меняющие активность генов. Некоторые МГЭ (например, подкласс ретротранспозонов) у дрозофилы контролируются системой PIWI-зависимой РНК-интерференции, где важная роль отведена источникам малых piРНК– кластерам антисмысловых фрагментов транспозонов. Одним из таких кластеров является локус flamenco. При изучении механизмов контроля активности ретротранспозонов важно иметь представление о положении всех возможных копий МГЭ в геноме дрозофил. Нами был проведен анализ данных нанопорового секвенирования на приборе MinION компании Oxford Nanopore Technologies генома линий D.melanogaster с нарушенным контролем транспозиции ретротранспозонов группы gypsy– SS (w, flamenco-) и ее отводка MS (w, flamenco-, f, активная копия gypsy), относительно линий Canton-S (линия дикого типа) и референсного генома, проведена сборка геномов и осуществлен поиск мобильного компонента. Благодаря длинным прочтениям ДНК методом нанопорового секвенирования, можно обнаружить новые вставки МГЭ в геном. Для линии MS были подтверждены инсерции двух полноразмерных копий мобильного элемента gypsy в ген forked. При этом нами было обнаружено, что у линии MS и SS отсутствуют в геноме почти все канонические копии соответствующего элемента gypsy, которые указаны в референсном геноме и подтверждены данными нанопорового секвенирования для линии дикого типа Canton-S. При этом в локусе flamenco присутствует одна полноразмерная копия элемента gypsy, но её последовательность отличается от копий мобильного элемента в гене forked, что может являться причиной формирования фенотипа flamenco-.