ИСТИНА

Активность гена теломеразы способствует развитию процесса онкогенеза. Мутации в промоторной области гена обратной транскриптазы теломеразы (TERT) наблюдаются при различных видах рака . Промотор hTERT имеет GC богатую последовательность и в нем детектируются G-квадруплексы (G4). Полагают, что G-квадруплексы регулируют транскрипцию генов, что подтверждается полногеномными биоинформатическими исследованиями. В нашей группе было экспериментально показано, что белки MutS и MutL из системы MMR (mismatch repair system) образуют прочные комплексы с G4, которые могут снизить эффективность репарации ДНК. Мы предполагаем, что стабилизация G4 может способствовать возникновению «горячих точек» мутаций. Целью данной работы является определение положения и анализ консервативности последовательностей G4, а также определение частоты встречаемости и характера мутаций в консервативных G4-мотивах в промоторах гена TERT у 149 млекопитающих. Консервативность G4 свидетельствует об их функциональной роли. Сравнивались несколько алгоритмов определения координат G4 в нуклеотидной последовательности – G4Hunter, pqsfinder, QGRSmapper. Результаты анализировались с помощью построения выравниваний нуклеотидных последовательностей программой NPG-explorer (https://github.com/npge). Сравнение различных алгоритмов при анализе последовательности с доказанными G-квадруплексами позволило заключить, что алгоритм QGRS mapper наиболее соответствует задаче поиска стабильных классических G4, предположительно участвующих в регуляции экспрессии генов. В 1001 bp upstream генов TERT у 149 млекопитающих найдено 796 G4. Обнаружено, что среди G4 в ближней части промоторной области гена TERT (до 400 п.н.), большинство находятся на некодирующей цепи. В промоторах TERT у приматов найдено 59 консервативных квадруплексов (консервативных в части организмов), у хищников – 56, у парнокопытных – 29. В найденных G4 описаны мутации. В ближайших планах – завершить данную работу, а затем исследовать способы поиска квадруплексных структур (G4) на полногеномных экспериментальных данных по формированию G4 в геноме человека для подтверждения эффективности алгоритма QGRS mapper. Работа поддержана Российским научным фондом (проект № 21-14-00161).