ИСТИНА

Введение. Одной из находок в процессе изучения терапевтических свойств мезенхимальных стромальных клеток (МСК) является различие физиологических эффектов клеток из разных тканевых источников. Это нашло свое отражение в рекомендациях Международного общества по клеточной и генной терапии от 2019 года в виде необходимости указывать происхождение МСК, используемых в работе. Логичным следствием из обнаруживаемых феноменов является предположение, что МСК обладают устойчивыми внутренними (автономными) тканеспецифичными свойствами, в какой-то степени сохраняющимися in vitro. Однако конкретные различия отмечаемых эффектов могут быть обусловлены как разной адаптацией МСК к условиям in vitro культуры, так и сохранени ем существовавших in vivo свойств. Целью данной работы было оценить вклад каждого из этих компонентов с помощью транскриптомного анализа собственных и опубликованных данных РНК-секвенирования. Методы. На 3-4 пассаже брали по 3 первичных линии МСК эндометрия и МСК кожи, полученные от разных доноров, выделяли РНК и проводили РНК-секвенирование. На основе полученных результатов с помощью пакетов R DESeq2 и edgeR мы получали список дифференциально экспрессирующихся (ДЭ) генов. Из опубликованных в Human Protein Atlas данных получали гены, отличающиеся минимум в 4 раза по экспрессии между стромальными клетками того же происхождения in vivo. Далее пересекающиеся и отличающиеся между этими множествами гены аннотировали по Gene Ontology (GO). Результаты. После анализа пакетами DESeq2 и edgeR мы выявили 1392 и 1410 ДЭ генов, соответственно, общих оказалось 1206. Из них для дальнейшего анализа были выделены только кодирующие белки гены (994 гена). По данным Human Protein Atlas, генов, отличающихся по экспрессии между теми же типами клеток in vivo, оказалось 2861. Из 994 выявленных нами ДЭ генов in vitro, 326 входят в отличающиеся in vivo гены, а 668 не входят. После аннотации генов с помощьюGeneOntology оказалось, что среди обоих этих наборов преобладают термины, относящиеся к эмбриональному развитию и морфогенезу. Выводы. МСК различного происхождения обладают автономными тканеспецифичными свойствами, связанными с механизмами морфогенеза. Тканеспецифичные свойства МСК должны быть важны для реализации функции органов, содержащих данные клетки. Отчасти данные свойства изменяются в ходе адаптации клеток к условиям in vitro, но вместе с тем сохраняется дифференциальная экспрессия крупного (n=326) пула генов, выявляемая in vivo. Наши результаты указывают на возможность обоснованного изучения свойств, контролируемых этими генами, в in vitro моделях.