ИСТИНА

Нами разработано приложение Allele Builder для обработки и анализа данных таргетного секвенирования генов с помощью NGS (454 и Illumina). Последовательность обработки данных в Allele Builder включает следующие шаги: (1) фильтрация ридов с элиминацией дивергентных последовательностей; (2) первичная обработка ошибок прочтения: поиск редких вариантов данного участка (1-5 нукл.) и замещение их на соотв. фрагменты из других наиболее близких прочтений; (3) обрезка 3’-концов с высокой степенью несоответствия с другими, наиболее близкими ридами; (4) исключение рекомбинантных последовательностей, для чего в Allele Builder предложено два алгоритма: “minor fraction” и “de cluster. Второй алгоритм не всегда может быть использован для метагеномных исследований. На заключительном (5) шаге производится кластеризация фильтрованных прочтений и создание консенсусных последовательностей, предположительно соответствующих различным генам. Разработанное приложение было апробировано при анализе данных секвенирования фрагментов геномной ДНК растений (5S рРНК, ITS и двухдоменных генов семействаPin-II), полученных на приборе GSJunior (454, Roche). Allele Builder доступен по адресу: http://sourceforge.net/p/allelebuilder/