ИСТИНА

Оценочные функции (ОФ) – это математические функции, используемые для оценки энергии связывания системы мишень-лиганд на ранних стадиях разработки лекарств, часто для проведения молекулярного докинга. Основные достоинства ОФ - вычислительная эффективность, позволяющая за короткое время обрабатывать большие (миллионы соединений) библиотеки структур, а также относительная простота интерпретации результатов. Для обеспечения высокой пропускной способности в ОФ используют упрощающие допущения и модели для оценки значений свободных энергий связываний. Одно из таких допущений состоит в том, что энергия связывания рассчитывается для одной позиции лиганда – преимущественно полученной экспериментальным путем [1], однако свободная энергия связывания представляет свойства ансамбля, что в данный момент не находит своего отражения в ОФ [2]. В данной работе был опробован подход, в котором учитываются вклады нескольких конформаций лиганд-белкового взаимодействия в соответствии с распределением Больцмана. В качестве тестового набора были взяты комплексы из состава CASF-2016 coreset. Для комплексов были рассчитаны константы связывания с помощью оценочных функций распределения Больцмана и усреднения. Рассчитанные константы сравнили с экспериментальными, сделали выводы о гипотезе возможности влияния нескольких реалистичных конформаций связывания на оценку свободной энергии связывания лиганда с мишенью.