ИСТИНА

ДНК-олигомеры лежат в основе нового класса лекарственных средств — ДНК-аптамеров, представляющих собой синтетические одноцепочечные фрагменты ДНК, способные связываться с определенными мишенями с высокими специфичностью и афинностью. Аптамеры — функциональные аналоги моноклональных антител, однако обладают рядом преимуществ, таких как легкость синтеза и хранения, низкая иммуногенность и легкость модификации. В случае мишеней-ферментов, аптамеры способны оказывать ингибирующее или активирующее воздействие. Сейчас активно разрабатываются лекарства на основе аптамеров к различным элементам каскада свертывания крови (тромбин, фактор фон Виллебранда), препараты против различных онкологических заболеваний: рак, лейкоз, — и других лекарственных средств. Ключевым фактором, обуславливающим специфическое взаимодействие с мишенью, является сложная трехмерная структура аптамеров. Так, у аптамеров часто встречается так называемый G- квадруплекс, представляющий собой "стопку" гуаниновых квартетов, каждый из которых представлен четырьмя гуанинами, лежащими в одной плоскости. В данной работе методами молекулярной динамики исследуется устойчивость G-квадруплексов, образуемых несколькими синтентическими ДНК-олигомерами с разной топологией , и предлагается новый подход к анализу 3D-структуры с помощью спектроскопии кругового дихроизма (КД). Для сопоставления данных молекулярно-динамического расчета и экспериментальных спектров КД разработана модель диполь-дипольных взаимодействий, позволяющая рассчитать спектры поглощения и КД на основе данных о трехмерной структуре молекулы.