ИСТИНА

Представлена новая программа реконструкции филогенетических деревьев PQ. Программа принимает на вход множественное выравнивание биологических последовательностей. Алгоритм является символьно-ориентированным, то есть не предполагает предварительного вычисления расстояний между последовательностями. Представлена также система оценки качества реконструкции, основанная нa ортологических рядах набора организмов. Пользуясь этой системой, мы подтвердили недавние результаты, свидетельствующие о том, что методы максимальной экономии и максимального правдоподобия уступают дистанцинно риентированным методам, таким как метод объединения соседей, метод Фитча - Марголиаша и метод минимальной эволюции. Что касается нашего метода PQ, то он достоверно превосходит другие символьно-ориентированные методы и близок по качеству работы к дистанционным методам. Программа может быть полезна как альтернатива дистанционным методам.