Описание:Целью данного курса является получение практических навыков извлечения информации из изображений, полученных при помощи микроскопа, с использованием программного обеспечения открытого доступа (ImageJ, CellProfiler и др.), а также применения базовых алгоритмов обработки изображений, направленных на улучшение их качества и представление результатов исследований. В задачи курса включаются манипуляции с различными форматами цифровых изображений, получаемых при помощи микроскопа (ввод/вывод, преобразования форматов, экстракция метаданных), работа с мультимасштабными наборами данных (3D, time series и т. д.), манипуляции с гистограммами, фильтрация, освоение алгоритмов сегментации и процедур работы с бинарными изображениеми и морфологического анализа. Будут также рассмотрены методы анализа колокализации многоканальных изображений. Отдельной темой курса станет освоение подходов к автоматизации процессинга и анализа изображений при помощи плагинов и макро-команд ImageJ.