Изучение конформационной подвижности первичного хинона в реакционном центре пурпурных бактерий Rb. Sphaeroides в процессе электронного транспортадипломная работа (Бакалавр)
Аннотация:В РЦ пурпурных бактерий Rhodobacter sphaeroides процесс первичного разделения зарядов осуществляется посредством электронного транспорта в системе кофакторов (активная цепь), финальной стадией которого является реакция переноса электрона с первичного QA на вторичный QB хинонный акцептор. Большой интерес представляет исследование механизма реакции первого восстановления QB, т.к. скорость этой реакции не зависит от величины свободной энергии реакции. Гипотетически механизм этой реакции связан с конформационными изменениями структуры белкового окружения хинонов, но детали такой перестройки до сих пор остается не до вполне выясненным. Возможный вариант конформационного изменения, сопутствующего этой реакции, был предложен в работе [U. Heinen, et al., J. Am. Chem. Soc. 2007. vol. 129 . pp. 15935-15946], где экспериментально было установлено, что это изменение связано с поворотом на 60º кольца молекулы первичного хинона QA вокруг оси, перпендикулярной плоскости кольца. Такое конформационное изменение не нашло подтверждения в аналогичном экспериментальном исследовании других авторов [M. Flores et al., J. Phys. Chem. 2010 vol. 114 pp. 16894-16901].
Проведено компьютерное моделирование вращения кольца первичного хинона в структуре РЦ с целью установления возможности реализации такого поворота как с чисто структурной, так и с энергетической точек зрения. Моделирование показало, что поворот кольца QA возможен в определенном угловом секторе, хотя и требует преодоления достаточно большого энергетического барьера.