|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Оценка гетерогенности ответа мезенхимных стромальных клеток на профибротические стимулы с помощью анализа транскриптома единичных клетокдипломная работа (Специалист)
- Научный руководитель: Арбатский М.С.
- Автор: Андриянов А.Г.
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Год защиты: 2023
- Аннотация: Существующие стандартные алгоритмы обработки данных scRNA-seq не являются исчерпывающими и при анализе упускается много полезной биологической информации. Причиной является отсутствие в клеточных лабораториях биоинформатиков и все этапы процессинга вынуждены выполнять некомпетентные специалисты. Появившиеся совсем недавно методы в пайплайне обработки данных scRNA-seq, такие как траектории развития и скорость созревания мРНК (RNA-velocity) уже вошли в стандартную обработку. Однако, в связи с развитием новых подходов к обработке данных scRNA-seq появляются дополнительные возможности, которых не было раньше. Одним из них является выявление регулонов. Регулоном называется группа генов, находящихся под общей регуляцией, консервативен, т.е. в состав регулона в близких геномах будут входить ортологичные гены. Выявление и анализ регулонов осуществляется с помощью программы Scenic. Получаемые данные дают намного более развернутое представление о регуляции экспрессии генов и метаболических путей, гены, находящиеся в промежуточных звеньях сигнальных путей раскрывают скрытые до сих пор закономерности.
- Добавил в систему: Арбатский Михаил Спартакович