Изучение механизма действия поли(ADP-рибозо)полимеразы 1 с использованием методов биоинформатики и молекулярного моделирования - дипломная работа | ИСТИНА – Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных

Научные руководители: Нилов Д.К., Кирилин Е.М.
Автор: Пушкарев С.В.
Тип: Специалист
Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
Год защиты: 2023
Аннотация: Поли(АДФ-рибозо)полимераза 1 (ПАРП-1) – фермент, локализующийся в клеточном ядре и играющий важную роль в репарации ДНК. Нарушения в системах репарации ДНК, характерные для некоторых злокачественных новообразований, делают ингибиторы ПАРП-1 эффективным инструментом терапии онкологических заболеваний. Несмотря на долгую историю экспериментального изучения фермента и его большое прикладное значение, каталитический механизм ПАРП-1 до сих пор подробно не изучен. Это обусловлено в том числе сложным строением субстрата и продукта реакции. Методы молекулярного моделирования, широко применяемые в энзимологии, могут быть крайне полезны для понимания механизма работы фермента на атомном уровне. В представленной работе, в частности, был применен метод метадинамики, который позволяет ускорять преодоление высоких энергетических барьеров и моделировать химическую реакцию в активном центре ПАРП-1. Целью работы явилось исследование механизма превращения субстратов в активном центре ПАРП-1 с помощью методов молекулярно-механического (MM) и квантово-механического/молекулярно-механического (КM/MM) моделирования. Для достижения данной цели необходимо было решить следующие задачи: 1. Получить ММ параметры для аналога субстрата-акцептора (метилированная молекула АDP); 2. С помощью молекулярно-динамической симуляции получить структуру фермент-субстратного комплекса ПАРП-1 и предложить возможные пути протекания ферментативной реакции; 3. С помощью КM/MM метадинамики провести моделирование реакции элонгации в активном центре ПАРП-1.
Добавил в систему: Нилов Дмитрий Константинович

	ИСТИНА	Войти в систему Регистрация
	ИСТИНА ИНХС РАН
	Главная Поиск Статистика О проекте Помощь

ИСТИНА

ИСТИНА ИНХС РАН

Изучение механизма действия поли(ADP-рибозо)полимеразы 1 с использованием методов биоинформатики и молекулярного моделированиядипломная работа (Специалист)

Прикрепленные файлы