|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Изучение гетерогенности популяций линейных и первичных клеток глиобластомыдипломная работа (Магистр)
- Научный руководитель: Арбатский М.С.
- Автор: Баландин Д.Е.,
- Тип: Магистр
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Год защиты: 2024
- Аннотация: Глиобластома (ГБМ) является наиболее распространенной формой первичных злокачественных опухолей головного мозга у взрослых, медианная общая выживаемость пациентов с таким диагнозом составляет всего 12-18 месяцев. Гетерогенность глиобластомы является серьезной диагностической и терапевтической проблемой, проявляющейся вариабельностью генетических, протеомных и эпигенетических параметров не только между различными образцами опухоли, но и между различными областями в пределах одного и того же новообразования у конкретного пациента. Использование распространенных клеточных линий ГБМ, пассируемых в лабораторных условиях на протяжении десятилетий, вызывает много сомнений в отношении их значимости для клинических исследований, ввиду их малой способности отражать обширную гетерогенность, фактически наблюдаемую среди пациентов. В связи с этим общей тенденцией в области изучения ГБМ является использование клеток опухоли ГБМ. В свою очередь не проводилось исследований, направленных на изучения гетерогенности в первичных культурах ГБМ. В связи с этим изучение гетерогенности первичных культур опухоли ГБМ имеет решающее значение для понимания молекулярных механизмов развития и прогрессирования опухоли в культуре и разработки моделей для изучения эффективных стратегий лечения. Цель работы: исследование внутриопухолевой гетерогенности первичных клеточных культур, полученных из образцов глиом (преимущественно, глиобластом) различных пациентов, в сравнении с образцом опухоли глиобластомы на основе анализа транскрипционных профилей единичных клеток. В ходе работы было проанализировано 6 образцов первичных культур глиобластомы, а также один первичный образец опухоли. Данные секвенирования единичных клеток были предоставлены Лабораторией биологических микрочипов, Института молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта РАН. Для каждого образца был проведен комплексный анализ, включающий определение вариаций числа копий участков хромосом, кластеризация, типирование каждого кластера по двум базам данных (CellMarker и singleCellBase), построение траекторий (Slingshot, Monocle). Также проведена интеграция исследуемых между собой и с нормальными клетками. По результатам анализа было установлено, что все исследуемые образцы имеют широкий спектр различных структурных изменений генома, в трех образцах обнаружена амплификация 7 хромосомы и потеря 10. Интеграция всех образцов клеток опухоли с нормальными показал сильные различия между ними и выявил небольшое количество клеток стремящихся вернуться в дифференцированный фенотип. Кластеризация и типирование отдельных образцов показало, что первичные культуры глиобластом характеризуются различной способностью к изменению гетерогенности клеточного состава в процессе пассирования, зависящей от сохранения или потери мутаций исходной опухоли. Исходя из этого, можно сказать, что ранние пассажи клеток сохраняющие мутации опухоли в наибольшей степени отражают гетерогенность опухоли, в связи с чем они наиболее благоприятны для использования в качестве in vitro моделей глиобластомы.
- Добавил в систему: Арбатский Михаил Спартакович