Организация, в которой проходила защита:МГУ имени М.В. Ломоносова,
Физический Факультет МГУ имени М.В. Ломоносова
Год защиты:2017
Аннотация:В рамках данной работы представлен алгоритм параметризации неявных моделей растворителя для трех методов расчета полярной составляющей энергии сольватации. Для реализации этого алгоритма написана программа многопараметрической локальной минимизации с использованием параллельных вычислений. Программа прошла валидацию и может быть использована для решения широкого круга задач. Проведена параметризация для двух методов на двух наборах незаряженных малых молекул. Выполнено сравнение экспериментальных результатов и результатов расчета различными методами, а также самих методов между собой. Кроме того, рассчитаны значения энергии десольватации для нескольких комплексов белок-лиганд, включающих урокиназу и фактор свертывания FXa.