|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Алгоритм сравнения филогенетических деревьев, основанный на нодальных расстоянияхдипломная работа (Специалист)
- Научный руководитель: Попцова Мария Сергеевна
- Автор: Жохова Мария Александровна
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова, физический факультет
- Год защиты: 2014
- Аннотация: Дипломная работа Жоховой Марии Александровны посвящена разработке филогенетического алгоритма. Проблема сравнения топологии филогенетических деревьев актуальна для определения горизонтально перенесенных генов. В идеале нужно определить минимальное число трансформаций, необходимое совершить, чтобы получить из одной топологии дерева другую. Данная метрика сравнения филогенетических деревьев называется SPR-расстоянием (Subtree Pruning and Regrafting). Было показано, что задача нахождения SPR-расстояния принадлежит классу NP-трудных задач. Для преодоления вычислительной трудности в практике используются другие подходы, как, например, расстояния, основанные на спектре бипартиций или квартетов, или методы, основанные на методах максимального правдоподобия. Каждый метод имеет свои ограничения и недостатки. Все методы имеют существенные ограничения на размер дерева. В дипломной работе Марии Жоховой предлагается метод сравнения филогенетических деревьев, основанный на треугольных матрицах, в которых элементы матрицы являются нодальными расстояниями между листьями. При таком подходе, расстояния между деревьями может вычисляться с помощью алгебраических операций над матрицами. Метод был протестирован на семействах ортологов бактерий и архей.
- Добавил в систему: Попцова Мария Сергеевна