|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Моделирование структуры ацилфермента в каталитическом механизме пенициллинацилазыкурсовая работа (Специалист)
- Научные руководители: Нилов Д.К., Швядас В.К.
- Автор: Гущина И.В., Шарапова Я.А.
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2012
- Курс: 2
- Аннотация: Пенициллинацилаза используется в биотехнологии для модификации β-лактамных антибиотиков. Так, в результате ферментативного гидролиза природного бензилпенициллина, получают 6-аминопенициллановую кислоту – ядро для синтеза новых антибиотиков пенициллинового ряда. Интермедиатом в ходе реакции гидролиза является ацилированная форма пенициллинацилазы, промежуточный ацилфермент, в структуре которого фенилацетильная часть субстрата ковалентно присоединена к каталитическому остатку серина. Кристаллографические данные о строении этого принципиально важного для механизма действия интермедиата отсутствуют. Целью работы явилось моделирование структуры ацилированных форм пенициллинацилазы с использованием силового поля Amber. В ходе работы были поставлены следующие задачи: 1) Освоить методы молекулярного моделирования и получить навыки суперкомпьютерных вычислений; 2) Определить параметры силового поля для двух нестандартных ацилированных N-концевых остатков серина β-цепи пенициллинацилазы: фенилацетилсерина и D-фенилглицилсерина; 3) Построить стартовые модели ацилфермента на основе кристаллической структуры пенициллинацилазы в комплексе с аналогом субстрата; 4) Осуществить оптимизацию моделей методом молекулярной динамики; 5) Охарактеризовать расположение боковой цепи ацилированного серина (фенилацетилсерина или D-фенилглицилсерина) и атакующей молекулы воды в активном центре пенициллинацилазы.
- Добавил в систему: Нилов Дмитрий Константинович