|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
QM/MM-моделирование реакции поли(ADP-рибозил)ирования, катализируемой ПАРП-1 человекакурсовая работа (Специалист)
- Научный руководитель: Нилов Дмитрий Константинович
- Автор: Пушкарев Сергей Владимирович
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2020
- Курс: 3
- Аннотация: Целью работы являлось исследование возможности дальнейшего моделирования механизма реакции поли(ADP-рибозил)ирования с помощью методов молекулярного моделирования и квантово-механических/молекулярно-механических QM/MM подходов. Для этого было необходимо решить следующие задачи: 1. Создать библиотеку молекулярно-механических параметров для описания метилового эфира ADP в качестве более адекватной модели субстрата-акцептора; 2. Получить равновесную структуру комплекса ПАРП-1 с NAD+ и метиловым эфиром ADP, подходящую для моделирования превращения NAD+. 3. С помощью одного из доступных QM/MM подходов (RM1) продемонстрировать образование иона оксокарбения в активном центре ПАРП-1 в присутствии субстрата-акцептора; 4. Установить, какие новые взаимодействия в активном центре ПАРП-1 могут быть образованы при формировании интермедиата.
- Добавил в систему: Нилов Дмитрий Константинович