|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Моделирование механизма фермента репарации ДНК ПАРП-1курсовая работа (Специалист)
- Научные руководители: Нилов Д.К., Кирилин Е.М.
- Автор: Пушкарев С.В.
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2022
- Курс: 5
- Аннотация: Поли(ADP-рибозо)полимераза 1 (ПАРП-1) – ядерный фермент с ДНК-зависимой активностью, задействованный в репарации ДНК. Ингибиторы ПАРП-1 используются для лечения онкологических заболеваний. Однако, применяющиеся ингибиторы ПАРП-1 обладают высокой токсичностью, и актуальной является задача разработки новых классов соединений. Дизайну новых ингибиторов ПАРП-1 может поспособствовать информация о механизме катализируемой реакции, которую можно получить методами молекулярного моделирования. Целью работы явилось исследование механизма превращения субстратов в активном центре ПАРП-1 с помощью методов молекулярно-механического (MM) и квантово-механического/молекулярно-механического (КM/MM) моделирования. Для достижения данной цели необходимо было решить следующие задачи: 1. Получить ММ параметры для аналога субстрата – метилового эфира АDP; 2. C помощью молекулярной динамики охарактеризовать геометрию фермент-субстратного комплекса; 3. На основании молекулярно-динамической траектории сформулировать гипотезы о механизме протекания ферментативной реакции; 4. Проверить полученные гипотезы с помощью КM/MM метадинамики.
- Добавил в систему: Нилов Дмитрий Константинович