|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Биоинформатический поиск микроРНК, комплемнтарных G-богатым промоторным областям онкогеновкурсовая работа (Бакалавр)
- Научные руководители: Кубарева Е.А., Зверева М.Э.
- Автор: Суворова Александра Алексеевна
- Тип: Бакалавр
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2024
- Курс: 2
- Аннотация: Цель работы заключалась в поиске комплементарных взаимодействий между синтезирующимися в клеточном ядре молекулами pri-микроРНК и участком промотора гена TERT, потенциально способным образовывать G4, и оценке стабильности таких структур. С помощью алгоритма BLAST среди записей базы данных miRBase были найдены pri-микроРНК человека, которые могли бы комплементарно связываться с C-богатой цепью ДНК. Из них были отобраны 3 последовательности, у которых e-value был наименьшим. В качестве контроля были выбраны последовательность, созданная из исходной случайной перестановкой нуклеотидов, а также последовательность промотора гена BCL2. Для одной из найденных микроРНК мы сравнили два состояния: ДНК в B-форме с микроРНК, свёрнутой в шпильку (состояние I), и ДНК, у которой одна цепь свёрнута в G4, а другая образует гетеродуплекс с микроРНК (состояние II). В результате приблизительной оценки разности энергий двух этих состояний с помощью сервисов OligoCalc и RNAfold было установлено, что состояние II энергетически несколько менее выгодно, чем состояние I (∆G(I) = -177,7 ккал/моль, ∆G(II) = -115,7 ккал/моль). Состояние II, вероятно, все же может реализоваться при наличии дополнительных факторов стабилизации G4, например, в присутствии нескольких разных pri-микроРНК.
- Добавил в систему: Кубарева Елена Александровна