ИСТИНА

Ширяев Дмитрий Игоревич пользователь

Соавторы: Остерман И.А., Комарова Е.С., Сергиев П.В., Донцова О.А., Лукьянов Д.А., Ivanenkov Y.A., Бирюков М.В., Богданов А.А., Закалюкина Ю.В., Khven I.M., Maviza T.P., Ташлицкий В.Н., Поликанов Ю.С. показать полностью..., Польшаков В.И., Серебрякова М.В., Скворцов Д.А., Konevega A., Paleskava A., Veselov M.S., Софронова А.А., Терещенков А.Г., BORUKHOV S., Beckmann R., Buschauer R., Cheng J., Dubiley S., Kartsev V.G., Kasatsky P.S., Leyn S.A., Marusich E., Podlesskaia M., Rebrikov D.D., Severinov K., Syroegin E.A., Vázquez-Laslop N., Wieland M., Wilcox B., Wilson D.N., Zlamal J.E., Айгинин А.А., Бикметов Д.В., Дмитриев С.Е., Ефременкова О.В., Зацепин Т.С., Корнильцев И.А., Костюкевич Ю.И., ЛЕОНОВ С.В., Лашкевич К.А., Ливенский А.Д., Манькин А.С., Марина В.И., Мясников А.Г., Овчинников С.Е., Остерман А.Л., Пичкур Е.Б., Хабибуллина Н.Ф.

9 статей, 8 докладов на конференциях, 4 тезисов докладов, 1 награда

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 63, Scopus: 79

IstinaResearcherID (IRID): 8556096

Деятельность

• Статьи в журналах

  • 
    • 2021 Nybomycin inhibits both types of E. coli DNA gyrase – fluoroquinolone-sensitive and fluoroquinolone-resistant
    • Shiriaev Dmitrii I., Sofronova Alina A., Berdnikovich Ekaterina A., Lukianov Dmitrii A., Komarova Ekaterina S., Marina Valeria I., Zakalyukina Yuliya V., Biryukov Mikhail V., Maviza Tinashe P., Ivanenkov Yan A., Sergiev Petr V., Osterman Ilya A., Dontsova Olga A.
    • в журнале Antimicrobial Agents and Chemotherapy, издательство American Society for Microbiology (United States), с. 1-13 DOI
  • 
    • 2020 Insights into the improved macrolide inhibitory activity from the high-resolution cryo-EM structure of dirithromycin bound to the E. coli 70S ribosome
    • Pichkur Evgeny B., Paleskava Alena, Tereshchenkov Andrey G., Kasatsky Pavel, Komarova Ekaterina, Shiriaev Dmitrii, Bogdanov Alexey, Dontsova Olga A., Osterman Ilya, Sergiev Petr V., Polikanov Yury S., Myasnikov Alexander G., Konevega Andrey L.
    • в журнале RNA, с. rna.073817.119 DOI
  • • 2020 Mechanism of translation inhibition by type II GNAT toxin AtaT2
    • Ovchinnikov Stepan V., Bikmetov Dmitry, Livenskyi Alexei, Serebryakova Marina, Wilcox Brendan, Mangano Kyle, Shiriaev Dmitrii I., Osterman Ilya A., Sergiev Petr V, Borukhov Sergei, Vazquez-Laslop Nora, Mankin Alexander S., Severinov Konstantin, Dubiley Svetlana
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
  • 
    • 2020 Tetracenomycin X inhibits translation by binding within the ribosomal exit tunnel
    • Osterman Ilya A., Wieland Maximiliane, Maviza Tinashe P., Lashkevich Kseniya A., Lukianov Dmitrii A., Komarova Ekaterina S., Zakalyukina Yuliya V., Buschauer Robert, Shiriaev Dmitrii I., Leyn Semen A., Zlamal Jaime E., Biryukov Mikhail V., Skvortsov Dmitry A., Tashlitsky Vadim N., Polshakov Vladimir I., Cheng Jingdong, Polikanov Yury S., Bogdanov Alexey A., Osterman Andrei L., Dmitriev Sergey E., Beckmann Roland, Dontsova Olga A., Wilson Daniel N., Sergiev Petr V.
    • в журнале Nature Chemical Biology, издательство Nature Publishing Group (United Kingdom), том 16, с. 1071-1077 DOI
  • 
    • 2019 DNA replication machinery and topoisomerases – good targets for new antibiotics development
    • OstermanI I., Shiriaev D., Sofronova A., Khven I., Lukianov D., Komarova E., Zakalyukina Y., Maviza T., Birykov M., Ivanenkov Y., Sergiev P., Dontsova O.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 9, с. 149-149 DOI
  • 
    • 2019 Nybomycin-producing Streptomyces isolated from carpenter ant Camponotus vagus
    • Zakalyukina Yuliya V., Birykov Mikhail V., Lukianov Dmitrii A., Shiriaev Dmitrii I., Komarova Ekaterina S., Skvortsov Dmitry A., Yury Kostyukevich, Tashlitsky Vadim N., Polshakov Vladimir I., Sergiev Petr V., Osterman Ilya A.
    • в журнале Biochimie, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 160, с. 93-99 DOI
  • 
    • 2019 Structure of Dirithromycin Bound to the Bacterial Ribosome Suggests New Ways for Rational Improvement of Macrolides
    • Khabibullina Nelli F., Tereshchenkov Andrey G., Komarova Ekaterina S., Syroegin Egor A., Shiriaev Dmitrii I., Paleskava Alena, Kartsev Victor G., Bogdanov Alexey A., Konevega Andrey L., Dontsova Olga A., Sergiev Petr V., Osterman Ilya A., Polikanov Yury S.
    • в журнале Antimicrobial Agents and Chemotherapy, издательство American Society for Microbiology (United States), том 63, № 6 DOI
  • 
    • 2018 Tetracenomycin X novel inhibitor of translation
    • Lukyanov D.A., Komarova E.S., Shiriaev D.I., Zakalyukina Y.V., Biryukov M.V., Skvortsov D.A., Rebrikov D.D., Podlesskaia M., Khven I.M., Tashlitsky V.N., Zatsepin T.S., Serebryakova M.V., Polshakov V.I., Bogdanov A.A., Sergiev P.V., Dontsova O.A., Osterman I.A.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 8, № S1, с. 243-243 DOI
  • 
    • 2016 Sorting out antibiotics’ mechanisms of action: a double fluorescent protein reporter for high throughput screening of ribosome and DNA biosynthesis inhibitors
    • Osterman Ilya A., Komarova E.S., Shiryaev Dmitry I., Korniltsev Ilya A., Khven Irina M., Lukyanov Dmitry, Tashlitsky Vadim N., Serebryakova Marina V., Efremenkova Olga V., Ivanenkov Yan A.Bogdanov AA, Sergiev PV, Dontsova OA
    • в журнале Antimicrobial Agents and Chemotherapy, издательство American Society for Microbiology (United States), с. AAC.02117-16

• Доклады на конференциях

  • • 2021 The functional role of PrfH protein – a homolog of translation termination factors (Стендовый)
    • Авторы: Maviza Tinashe P., Zarechenskaia Anastasiia S., Shiriaev Dmitrii I., Slesarchuk Anna N., Zotova Polina A., Dontsova Olga A., Sergiev Petr V., Osterman Ilya A.
    • EMBL – Protein Synthesis and Translational Control, Онлайн, Германия, 7-10 сентября 2021
  • • 2018 Mechanism­based antibiotic discovery platform (Устный)
    • Авторы: Osterman I.A., Komarova E.S., Lukyanov D.A., Khven I.M., Shiriaev D.I., Maviza T.P., Veselov M.S., Ayginin A.A., Ivanenkov Y.A., Bogdanov A.A., Sergiev P.V., Dontsova O.A.
    • FEBS 2018, Прага, Чехия, 7-12 июля 2018
  • • 2018 Tetracenomycin X novel inhibitor of translation (Стендовый)
    • Авторы: Lukyanov D.A., Komarova E.S., Shiriaev D.I., Zakalyukina Y.V., Biryukov M.V., Skvortsov D.A., Rebrikov D.D., Podlesskaia M., Khven I.M., Tashlitsky V.N., Zatsepin T.S., Serebryakova M.V., Polshakov V.I., Bogdanov A.A., Sergiev P.V., Dontsova O.A., Osterman I.A.
    • FEBS 2018, Прага, Чехия, 7-12 июля 2018
  • • 2018 Структура макролида диритромицина как основа для дизайна новых перспективных ингибиторов трансляции (Устный)
    • Авторы: Ширяев Д.И., Комарова Е.С., Остерман И.А.
    • Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2018», МГУ имени М.В. Ломоносова, Россия, 10-11 апреля 2018
  • • 2018 High-throughput screening for both new translation and DNA biosynthesis inhibitors and determination of their mode of action using double reporter system (Стендовый)
    • Авторы: Shiriaev D.I., Osterman I.A., Dontsova O.A., Sergiev P.V., Komarova E.S.
    • Interact 2018, 10th Munich Life Science Symposium, Munich, Германия, 22-23 марта 2018
  • • 2016 Double high-throughput reporter for translation and replication inhibitors (Устный)
    • Авторы: Osterman I.A., Komarova E.S., Skvortsov D.A., Khven I.M., Shiryaev D.I., Lukyanov D., Marusich E.I., Veselov M.S., Leonov S.V., Ivanenkov Y.A., Bogdanov A.A., Sergiev P.V., Dontsova O.A.
    • V Съезд физиологов СНГ, V Съезд Биохимиков России, Сочи, Россия, 4-8 октября 2016
  • • 2016 High-throughput screening of 50 thousands compounds for antimicrobial activity with simultaneous classification by the mechanisms of action (Стендовый)
    • Авторы: Osterman I.A., Komarova E.S., Skvortsov D.A., Khven I.M., Shiryaev D.I., Lukyanov D., Marusich E.I., Veselov M.S., Leonov S.V., Ivanenkov Y.A., Bogdanov A.A., Sergiev P.V., Dontsova O.A.
    • Chemical Biology 2016, EMBL Heidelberg, Германия, 31 августа - 3 октября 2016
  • • 2016 Поиск потенциальных антибиотических препаратов и определение механизма их действия с помощью высокопроизводительной репортерной системы (Стендовый)
    • Авторы: Ширяев Д.И., Остерман И.А., Андреянова Е.С., Марусич Е.И., Веселов М.С., Леонов С.В., Иваненков Я.А., Сергиев П.В., Донцова О.А.
    • XXVIII Зимняя молодежная научная школа "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии", Институт Биоорганической Химии РАН, Россия, 8-11 февраля 2016

• Тезисы докладов

  • • 2019 МЕХАНИЗМ ИНГИБИРОВАНИЯ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ТОПОИЗОМЕРАЗ IIA НИБОМИЦИНОМ
    • ШИРЯЕВ Д.И., КОМАРОВА Е.С., ЛУКЬЯНОВ Д.А., ОСТЕРМАН И.А.
    • в сборнике Материалы XX Зимней молодежной школы ПИЯФ по биофизике и молекулярной биологии, 25 февраля – 2 марта 2019 г, место издания НИЦ «Курчатовский институт» – ПИЯФ Санкт-Петербург, тезисы, с. 243
  • 
    • 2018 Mechanism-based antibiotic discovery platform
    • Osterman I.A., Komarova E.S., Lukyanov D.A., Khven I.M., Shiriaev D.I., Maviza T.P., Veselov M.S., Ayginin A.A., Ivanenkov Y.A., Bogdanov A.A., Sergiev P.V., Dontsova O.A.
    • в сборнике FEBS Open Bio, серия Suppl. S1, том 8, тезисы, с. 61-61 DOI
  • • 2018 STRUCTURE OF MACROLIDE DIRITHROMYCIN AS A BASIS FOR THE DESIGN OF NOVEL POTENT TRANSLATION INHIBITORS
    • SHIRIAEV D.I., OSTERMAN I.A., KOMAROVA E.S.
    • в сборнике Proceedings of Ribosomes and Translation meeting, место издания Petersburg Nuclear Physics Institute named B.P.Konstantinov of National Researc Centre "Kurchatov Institute" St. Petersburg, Russia, тезисы, с. 44
  • • 2016 ПОИСК ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ АНТИБИОТИЧЕСКИХ ПРЕПАРАТОВ И ОПРЕДЕЛЕНИЕ МЕХАНИЗМА ИХ ДЕЙСТВИЯ С ПОМОЩЬЮ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОЙ РЕПОРТЕРНОЙ СИСТЕМЫ
    • ШИРЯЕВ Д.И., ОСТЕРМАН И.А., АНДРЕЯНОВА Е.С., МАРУСИЧ Е.И., ВЕСЕЛОВ М.С., ЛЕОНОВ С.В., ИВАНЕНКОВ Я.А., СЕРГИЕВ П.В., ДОНЦОВА О.А.
    • в сборнике Материалы XXVIII Зимней молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии», 8-11 февраля 2016, Москва, место издания Москва, тезисы, с. 157

• Награды и премии

  • • 2017 Премия имени Андрея Дмитриевича Каулена
    • Лауреат: Ширяев Д.И.
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Россия