ИСТИНА

Щербакова Татьяна Анатольевна пользователь

МГУ имени М.В. Ломоносова, Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского, Отдел биокинетики, Лаборатория ферментативных модификаций физиологически активных соединений, научный сотрудник, с 1 ноября 1998

кандидат химических наук с 1999 года

Соавторы: Швядас В.К., Гуранда Д.Ф., Суплатов Д.А., Панин Н.В., Chilov G.G., Kudryavtsev P.A., Youshko M.I., Кирилин Е.М., Черкашина А.С., Ямскова О.В., Brimacombe R., Degtyarev D., Drachev V.A. показать полностью..., Gurvich O.L., Kaehne T., Kubarenko A.V., Lyashenko A., Reiser G., Sheldon R.A., van Langen L.M., Аржакова О.В., Бакеев Н.Ф., Буник В.И., Бурова Т.В., Волынский А.Л., Герасимов В.И., Гринберг В.Я., Гринберг Н.В., Долгова А.А., Копылов К.Е., Тишков В.И., Шаповалова И.В., Эльдаров М.А., Юшко М.И., Ярышева Л.М.

17 статей, 10 докладов на конференциях, 10 НИР, 3 патента, 1 диссертация, 3 дипломные работы, 3 курсовые работы

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 178, Scopus: 188

IstinaResearcherID (IRID): 2527387

Деятельность стиль:  обычный | ГОСТ | plain | abbrv | acm | alpha | amsalpha | amsplain | apalike | ieeetr | siam

• Статьи в журналах

  • 
    • 2015 The βD484N mutant of penicillin acylase from Escherichia coli is more resistant to inactivation by substrates and can effectively perform peptide synthesis in aqueous medium
    • Shcherbakova T.A., Panin N.V., Suplatov D.A., Shapovalova I.V., Svedas V.K.
    • в журнале Journal of Molecular Catalysis - B Enzymatic, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 112, с. 66-68 DOI
  • 
    • 2014 Computational Design of a pH Stable Enzyme: Understanding Molecular Mechanism of Penicillin Acylase's Adaptation to Alkaline Conditions
    • Suplatov D., Panin N., Kirilin E., Shcherbakova T., Kudryavtsev P., Švedas V.
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 9, № 6, с. e100643 DOI
  • 
    • 2014 Probing the Substrate Specificity and Intersubunit Interactions of Brevundimonas Diminuta Glutaryl Acylase with Site-Directed Mutagenesis
    • Eldarov M., Lyashenko A., Sherbakova T., Suplatov D., Kopylov K., Švedas V.
    • в журнале American Journal of Biochemistry and Biotechnology, издательство Science Publications (United States), том 10, № 3, с. 169-179 DOI
  • 
    • 2013 Bioinformatic analysis and molecular modeling reveal mutation bD484N to stabilize penicillin acylase and improve its catalytic performance in alkaline medium
    • Panin N., Suplatov D., Kirilin E., Shcherbakova T., Kudravtsev P., Švedas V.
    • в журнале FEBS Journal, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom), том 280, № 1, с. 614 DOI
  • 
    • 2008 Cloning of penicillin acylase from Escherichia coli: Catalytic properties of recombinant enzymes
    • Yasnaya A.S., Yamskova O.V., Guranda D.T., Shcherbakova T.A., Tishkov V.I., Švedas V.K.
    • в журнале Moscow University Chemistry Bulletin, издательство Allerton Press Inc. (United States), том 63, № 2, с. 103-107 DOI
  • 
    • 2008 Novel isoenzyme of 2-oxoglutarate dehydrogenase is identified in brain, but not in heart
    • Bunik V., Kaehne T., Degtyarev D., Shcherbakova T., Reiser G.
    • в журнале FEBS Journal, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom), том 275, № 20, с. 4990-5006
  • 
    • 2008 Thermodynamic and kinetic stability of penicillin acylase from Escherichia coli
    • Grinberg Valerij Ya, Burova Tatiana V., Grinberg Natalia V., Shcherbakova Tatiana A., Guranda Dorel T., Chilov Ghermes G., Svedas Vytas K.
    • в журнале Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 1784, № 5, с. 736-746
  • • 2008 Клонирование пенициллинацилазы из Escherichia coli: каталитические свойства рекомбинантных ферментов
    • Ясная А.С., Ямскова О.В., Гуранда Д.Ф., Щербакова Т.А., Тишков В.И., Швядас В.К.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 49, № 2, с. 127-133
  • 
    • 2004 Use of high acyl donor concentrations leads to penicillin acylase inactivation in the course of peptide synthesis
    • Shcherbakova T.A., Korennykh A.V., van Langen L.M., Sheldon R.A., Svedas V.K.
    • в журнале Journal of Molecular Catalysis - B Enzymatic, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 31, № 1-3, с. 63-65
  • 
    • 2002 Quantitative characterization of the nucleophile reactivity in penicillin acylase-catalyzed acyl transfer reactions
    • Youshko M.I., Chilov G.G., Shcherbakova T.A., Svedas V.K.
    • в журнале Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 1599, № 1-2, с. 134-140
  • 
    • 2000 Reactivation of heterodimer and individual subunits of penicillin acylase from E. coli after inactivation in urea
    • Shamolina T.A., Svedas V.K.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 65, № 6, с. 672-676
  • • 2000 Ренатурация гетеродимера и индивидуальных субъединиц пенициллинацилазы из E.coli после инактивации в мочевине
    • Шамолина Т.А., Швядас В.К.
    • в журнале Биохимия, издательство ИКЦ «Академкнига» (Москва), том 65, № 6, с. 790-794
  • 
    • 1999 Activity of penicillin acylase from E. coli in the reversed-micelle system AOT-H2O-octane
    • Shamolina T.A., Drachev V.A., Svedas V.K.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 64, № 10, с. 1186-1195
  • 
    • 1999 The Database of the E.coli ribosomal cross-links: an update
    • Baranov P.V., Kubarenko A.V., Gurvich O.L., Shamolina T.A., Brimacombe R.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 27, № 1, с. 184-185 DOI
  • 
    • 1998 Specific substrates for spectrophotometric determination of penicillin acylase activity
    • Youshko M.I., Shamolina T.A., Guranda D.F., Synev A.V., Svedas V.K.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 63, № 9, с. 1104-1109
  • 
    • 1998 Влияние отжига на структуру крейзов изотактического полипропилена, деформированного в жидких средах
    • Ярышева Л.М., Аржакова О.В., Шамолина Т.А., Долгова А.А., Герасимов В.И., Волынский А.Л., Бакеев Н.Ф.
    • в журнале Высокомолекулярные соединения, том 40, № 6, с. 950-954
  • • 1998 Высокоспецифичные субстраты для спектрофотометрического определения активности пенициллинацилазы
    • Юшко М.Ю., Шамолина Т.А., Гуранда Д.Ф., Синев А.В., Швядас В.К.
    • в журнале Биохимия, издательство ИКЦ «Академкнига» (Москва), том 63, № 9, с. 1295-1300

• Доклады на конференциях

  • • 2020 Разработка методов дизайна селективных ингибиторов ферментов на основе биоинформатического анализа суперсемейств и молекулярного моделирования (Устный)
    • Авторы: Швядас В.К., Суплатов Д.А., Нилов Д.К., Балдин С.М., Гущина И.В., Щербакова Т.А., Шмальгаузен Е.В.
    • XXVI Симпозиум «Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств» в рамках XXVII Российского Национального Конгресса «Человек и Лекарство», Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Россия, 6-25 апреля 2020
  • • 2018 First selective inhibitors of transketolase from Mycobacterium tuberculosis targeted towards both the pyrophosphate binding site and an adjacent hydrophobic site (Стендовый)
    • Авторы: Nilov D., Gushchina I., Švedas V., Meshalkina L., Shcherbakova T.
    • Chemical Biology 2018, Хайдельберг, Германия, 29 августа - 1 сентября 2018
  • • 2018 ПОИСК СЕЛЕКТИВНЫХ ИНГИБИТОРОВ ФЕРМЕНТОВ ПАТОГЕНОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДОВ БИОИНФОРМАТИКИ И МОЛЕКУЛЯРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ (Устный)
    • Авторы: Швядас В.К., Суплатов Д.А., Нилов Д.К., Балдин С.М., Гущина И.В., Щербакова Т.А., Шмальгаузен Е.В.
    • Международный Форум "Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни" (BIOTECH WORLD 2018), Москва, Гостиный двор, Ильинка, 4, Россия, 23-25 мая 2018
  • • 2017 Penicillin acylase-catalyzed removal and transfer of protecting groups of amino compounds in peptide synthesis. (Устный)
    • Авторы: Svedas V.K., Shcherbakova T.A., Morozova I.A.
    • Biocatalysis-2017: Fundamentals & applications. June 25-30, 2017, Moscow Region, Russian Federation., Истра, Россия, 25-30 июля 2017
  • • 2016 Design of stabilized penicillin acylase variants and their applications for synthesis (Устный)
    • Авторы: Panin N., Švedas V., Suplatov D., Shcherbakova T.
    • 22nd International Conference "INPEC-2016" (International Network of Protein Engineering Centers). Daejeon, Republic of Korea, 2016, November 6-10, Daejeon, Корея, Республика, 6-10 ноября 2016
  • • 2015 Bioinformatic analysis of diverse protein superfamilies to design improved enzymes (Устный)
    • Авторы: Suplatov D., Panin N., Shcherbakova T., Khaliullin I., Švedas V.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'15), Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Россия, 16-19 июля 2015
  • • 2014 Computational design of stabilized penicillin acylase to improve its catalytic performance (Устный)
    • Авторы: Švedas V., Suplatov D., Shcherbakova T., Panin N.
    • ProtStab 2014 - 10th International Conference on Protein Stabilisation, Stresa, Lake Maggiore, Italy, Италия, 2014
  • • 2014 Computationally designed βD484 variant of penicillin acylase from Escherichia coli is stabilized in alkaline medium and resistant to inactivation by substrates in highly concentrated reaction mixtures
    • Авторы: Panin N., Švedas V., Suplatov D., Shcherbakova T.
    • INPEC-2014, Russia (Sankt-Petersburg), Россия, 2014
  • • 2013 Bioinformatic analysis and molecular modeling reveal mutation bD484N to stabilize penicillin acylase and improve its catalytic performance in alkaline medium (Стендовый)
    • Авторы: Švedas V., Kudravtsev P., Shcherbakova T., Kirilin E., Panin N., Suplatov D.
    • International Conference BIOCATALYSIS-2013: Fundamentals & Applications, July 2-5, Moscow , 2013
  • • 2013 Rational design of penicillin acylase based on bioinformatic analysis and molecular modeling to improve enzyme catalytic performance in alkaline medium
    • Авторы: Suplatov D., Panin N., Švedas V., Shcherbakova T., Kudravtsev P., Kirilin E.
    • Enzyme Engineering XXII, 2013, September 22-26, Japan (Toyama), Japan (Toyama), Япония, 2013

• НИРы

  • • 8 января 2019 - 31 декабря 2021 Влияние конформационной пластичности участков связывания в ферментах на их функциональные свойства и способность взаимодействовать с субстратами и лигандами
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Участники НИР: Гуранда Д.Ф., Шаповалова И.В., Шарапова Я.А., Щербакова Т.А.
  • • 1 января 2019 - 31 декабря 2022 Поиск регуляторов биологических процессов, воздействующих на белки, ферменты, полиферментные комплексы и рецепторные системы
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственный исполнитель: Муронец В.И. Участники НИР: Астахова А.А., Балдин С.М., Баринова К.В., Буник В.И., Вирясова Г.М., Голенкина Е.А., Гуранда Д.Ф., Дарбинян Т.Г., Дробот В.В., Кирилин Е.М., Кочетов Г.А., Курочкина Л.П., Мичурина В.Н., Никулин М.В., Нилов Д.К., Орлов В.Н., Панин Н.В., Пирожкова Е.Б., Позднякова Н.В., Семенюк П.И., Сергеева М.Г., Соловьева О.Н., Стройлова Ю.Ю., Судьина Г.Ф., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Чистяков Д.В., Шмальгаузен Е.В., Щербакова Т.А.
  • • 12 апреля 2018 - 31 декабря 2019 Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственные исполнители: Нилов Д.К., Суплатов Д.А., Щербакова Т.А. Участники НИР: Балдин С.М., Гущина И.В., Дробот В.В., Кирилин Е.М., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В.
  • • 31 июля 2017 - 31 июля 2019 Дизайн биокатализаторов для синтеза новых антибактериальных препаратов
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Панин Н.В. Участники НИР: Дробот В.В., Никулин М.В., Щербакова Т.А.
  • • 21 апреля 2017 - 31 декабря 2019 Использование пенициллинацилазы для стереоселективного синтеза пептидов и пептидомиметиков
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Панин Н.В. Ответственный исполнитель: Щербакова Т.А. Участники НИР: Аксёнова В.А., Вавилова А.м., Морозова И.А., Панина А.М., Тюрин Е.С.
  • • 26 мая 2015 - 15 декабря 2017 Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Балдин С.М., Кирилин Е.М., Мешалкина Л.Е., Нилов Д.К., Семенюк П.И., Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В., Щербакова Т.А.
  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2018 Центр биомедицинских исследований, Компонент по инфекционным заболеваниям
    • Отдел биокинетики
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Балдин С.М., Кирилин Е.М., Мисюра Н.М., Муронец В.И., Никулин М.В., Нилов Д.К., Панин Н.В., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Халиуллин И.Г., Шаповалова И.В., Щербакова Т.А.
  • • 1 января 2013 - 31 декабря 2018 Управление биологическими процессами путем воздействия низкомолекулярными регуляторами на ферменты, полиферментные комплексы, рецепторные системы и другие супрамолекулярные структуры
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Астахова А.А., Балдин С.М., Буник В.И., Вирясова Г.М., Голенкина Е.А., Гуранда Д.Ф., Дарбинян Т.Г., Дробот В.В., Загряжская А.Н., Кирилин Е.М., Ливенский А.Д., Никулин М.В., Нилов Д.К., Панин Н.В., Пирожкова Е.Б., Сергеева М.Г., Судьина Г.Ф., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Чистяков Д.В., Щербакова Т.А.
  • • 26 марта 2010 - 15 декабря 2012 Ферментативный синтез энантиомерно чистых тиолов и их применение в хиральном анализе
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Гуранда Д.Ф. Участники НИР: Бибин А.В., Година А.Ф., Кудрявцев П.А., Тажигулов Р.Н., Ушаков Г.А., Фетисов Е.О., Щербакова Т.А.
  • • 1 января 2009 - 31 декабря 2010 Характеристика молекулярных механизмов действия витамина В1 и его производных на метаболизм и проведение сигнала в нервной ткани
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Буник В.И. Участники НИР: Граф А.В., Дунаева Т.Ю., Кудан П.В., Ловать М.Л., Соколова Н.А., Трофимова Л.К., Щербакова Т.А.

• Патенты

  • • 2019 ПРИМЕНЕНИЕ ФУРАНСУЛЬФОНАТОВ ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ТРАНСКЕТОЛАЗЫ ПАТОГЕНА Mycobacterium tuberculosis
    • Авторы: Нилов Д.К., Гущина И.В., Щербакова Т.А., Балдин С.М., Швядас В.К.
    • #RU2703465, 17 октября
  • • 2015 Мутант пенициллинацилазы из E.coli с улучшенными свойствами
    • Авторы: Суплатов Д., Кудрявцев П., Панин Н., Щербакова Т., Швядас В.
    • #RU 2564578 С2, 10 октября
  • • 2015 Способ синтеза пептидов, в том числе бета-лактамных антибиотиков, при использовании варианта пенициллинацилазы
    • Авторы: Щербакова Т.А., Панин Н.В., Гуранда Д.Ф., Швядас В.К.
    • #RU 2537845 С2, 10 января

• Диссертация

  • • 1999 Изучение каталитической активности гетеродимера и индивидуальных субъединиц пенициллинацилазы из E. coli
    • Кандидатская диссертация по специальности 02.00.15, 03.00.04 (хим. науки)
    • Автор: Щербакова Татьяна Анатольевна, к.х.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Научный руководитель: Швядас В.К., д.х.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Защищена в совете Д.053.05.76 при МГУ имени М.В. Ломоносова

• Руководство дипломными работами

  • • 2015 Разработка спектрофотометрического метода определения 7-амино-цефалоспорановой кислоты для измерения активности глутарилацилаз
    • Научный руководитель: Щербакова Т.А.
    • Автор: Тюрин Е.С. (Магистр)
  • • 2015 Изучение закономерностей инактивации пенициллинацилазы из E.coli
    • Научные руководители: Щербакова Т.А., Панин Н.В.
    • Автор: Морозова Ирина Александровна (Специалист)
  • • 2014 Рекомбинантные варианты глутарил-7-АСА-ацилазы Brevundimonas diminuta
    • Научные руководители: Эльдаров М.А., Щербакова Т.А.
    • Автор: Ляшенко Анна Александровна (Специалист)

• Руководство курсовыми работами

  • • 2019 ВЭЖХ анализ реакции ферментативного синтеза D-фенилглицил-L-фенилаланина из метилового эфира D-фенилглицина и L-фенилаланина
    • Научный руководитель: Щербакова Татьяна Анатольевна
    • Автор: Куликова Мария Сергеевна (Бакалавр)
  • • 2018 Синтез (3R,6R)-3-метил-6-(пропан-2-ил)-пиперазин-2,5-диона
    • Научный руководитель: Щербакова Т.А.
    • Автор: Булатова А.А. (Бакалавр)
  • • 2017 Равновесие в реакциях ферментативного синтеза пептидов в водной среде на примере D-фенилглицил-L-фенилаланина
    • Научные руководители: Щербакова Татьяна Анатольевна, Лычко Л.А.
    • Автор: Булатова А.А. (Бакалавр)