Выберите категорию обращения:
Общие вопросы
Отчеты
Рейтинги
Мониторинговый отчёт
Диссертационные советы
Конкурсы
Ввод данных
Структура организаций
Аспирантура
Научное оборудование
Импорт педагогической нагрузки
Журналы и импакт-факторы
Тема обращения:
Описание проблемы:
Введите почтовый адрес:
ИСТИНА
Войти в систему
Регистрация
ИСТИНА ИНХС РАН
Главная
Поиск
Статистика
О проекте
Помощь
В связи с техническими работами в центре обработки данных, часть прикреплённых файлов в настоящее время недоступна.
скрыть
отправить сообщение
Немухин Александр Владимирович
пользователь
доктор химических наук с 1989 года
профессор по специальности № 02.00.04 физическая химия с 15 апреля 1993 г.
Прежние места работы
(Нажмите для отображения)
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Химический факультет
,
Кафедра физической химии
, профессор, 1 июля 1969 - 18 июля 2023
Соавторы:
Григоренко Б.Л.
,
Хренова М.Г.
,
Поляков И.В.
,
Кулакова А.М.
,
Варфоломеев С.Д.
,
Лущекина С.В.
,
Topol I.
,
Burt S.
,
Боченкова А.В.
,
Коц Е.Д.
,
Московский А.А.
,
Krylov A.
,
Миронов В.А.
показать полностью...
,
Фирсов Д.А.
,
Савицкий А.П.
,
Сергеев Г.Б.
,
Ермилов А.Ю.
,
Khriachtchev L.
,
Rasanen M.
,
Bravaya K.B.
,
Домрачева Т.М.
,
Шабатина Т.И.
,
Степанов Н.Ф.
,
Collins J.
,
Метелешко Ю.И.
,
Морозов Д.И.
,
Новичкова Д.А.
,
Granovsky A.A.
,
Masson P.
,
Бучаченко А.А.
,
Книга А.Е.
,
Князева М.А.
,
Конюхов С.В.
,
Andrijchenko N.
,
Epifanovsky E.M.
,
Kaliman I.A.
,
Кузьмина Н.П.
,
Мулашкина Т.И.
,
Cachau R.E.
,
Kolomeisky A.B.
,
Rogachev A.Y.
,
Shadrina M.
,
Vlasov A.V.
,
Исаева Е.В.
,
Цирельсон В.Г.
,
Domanskaya A.
,
Goryashenko A.S.
,
Андрийченко Н.Н.
,
Богдан Т.В.
,
Князева М.В.
,
Кривицкая А.В.
,
Курышкина М.С.
,
Мельников М.Я.
,
Мулашкин Ф.Д.
,
Рогов А.В.
,
Соловьев В.Н.
,
Akimov A.V.
,
Alexander P S.
,
Ivanov A.Y.
,
Jones D.D.
,
Lockridge O.
,
Marushkevich K.I.
,
Ozhegova N.V.
,
Razskazovskii Y.V.
,
Rogov A.V.
,
Sheina G.G.
,
Wang S.
,
Булавко К.А.
,
Грановский А.А.
,
Ефременко Е.Н.
,
Зайцевский А.В.
,
Кочетов Г.А.
,
Купенко И.И.
,
Курочкин И.Н.
,
Лычко Л.А.
,
Махаева Г.Ф.
,
Поликарпов Е.В.
,
Поломских В.
,
Русанов А.Л.
,
Сафонов А.А.
,
Сергиенко В.С.
,
Фельдман Т.Б.
,
Хрустов В.Ф.
,
Цыбенова С.Б.
,
Шайтан К.В.
,
A-E A.
,
Acharya A.
,
Aksakal O.E.
,
Alabugin I.V.
,
Amoyal G.S.
,
Andersen L.H.
,
Ashim Y.
,
BOGANOV A.
,
Baranov E.
,
Bernd E.
,
Bogen J.J.
,
Bondar A.
,
Chander P.
,
Chapagain P.P.
,
Christiansen K.L.
,
Christiansen O.
,
Church J.
,
Cunningham F.X.
,
De Vico L.
,
Eklöf‐Österberg J.
,
Ferre N.
,
Finelli A.
,
Gentleman S.
,
Giebeler L.
,
Giudetti G.
,
Golubeva A.A.
,
González R.
,
González‐Espinoza C.E.
,
Gopalan A.
,
Gorodnicheva T.V.
,
Granovskii A.A.
,
Gwyther J.
,
Isoniemi E.
,
J-P Z.
,
Kemmer L.
,
Klotzbucher W.E.
,
Kongsted J.
,
Kulkova E.Y.
,
Lahav Y.
,
Laurent A.D.
,
Lignell A.
,
Lignell H.
,
Ma R.
,
Ma Y.
,
Makhlis T.A.
,
Martinez M.
,
Matteo S.
,
Michalik Š.
,
Minacheva L.K.
,
Moralev S.N.
,
Moth‐Poulsen K.
,
Mroginski M.
,
Nachon F.
,
NasserEddin Q.
,
Navizet I.
,
Nielsen M.B.
,
Nikiforov A.A.
,
Olivucci M.
,
Olsen Jógvan M.H.
,
Pedraza-González L.
,
Pehkonen S.
,
Pentkovski V.M.
,
Petrukhina M.A.
,
Pettersson M.
,
Piers A.
,
Poliakov E.
,
Pérez de Alba O.A.
,
ROGOV V.
,
Rahbek D.B.
,
Rajput J.
,
Rao A.
,
Ricardi N.
,
Rizkallah P.J.
,
Rocha-Rinza T.
,
Rogacheva M.V.
,
Rozengart E.V.
,
SO
,
SZASZ A.
,
Saparbaev M.K.
,
Schopper A.
,
Sen S.
,
Sergeev B.M.
,
Skasirskaya E.Y.
,
Suhm M.A.
,
Tanskanen H.
,
Tatiana V.
,
Tirthendu S.
,
Tour J.M.
,
Vassos E.
,
VladimiTsirelson
,
Walter T.
,
Wesolowski T.A.
,
Xu X.
,
Xuechun H.
,
Zhang J.
,
Zherdeva V.V.
,
Zhu Y.
,
igor 2.1.
,
Абраменков А.В.
,
Андрианова М.С.
,
Асланлы А.Г.
,
Атякшева Л.Ф.
,
Бажанова З.Г.
,
Блинова А.Р.
,
Богданова С.Л.
,
Бугрова А.Е.
,
Быков В.И.
,
Владимиров Николаева Г.Н.
,
Вовк Е.В.
,
Г Е.
,
Гаврилов В.И.
,
Гариев И.А.
,
Гнеденко Д.Б.
,
Горбачевский А.Я.
,
Гореленков В.К.
,
Горячев Н.С.
,
Гудков Д.А.
,
Делакур Э.
,
Денисов Е.Т.
,
Долин С.П.
,
Еременко А.В.
,
Еремин С.А.
,
Завьялов В.В.
,
Завьялова Н.В.
,
Загорский В.В.
,
Зуев И.В.
,
Индейкина М.И.
,
Каламкаров Г.Р.
,
Капуста Д.П.
,
Кокшаров М.И.
,
Кондаков С.Э.
,
Костюкевич Ю.И.
,
Котельников А.И.
,
Кузнецова С.А.
,
Кузьменко Н.Е.
,
Кукаев Е.Н.
,
Курова В.С.
,
Локридж О.
,
Луковенков А.В.
,
Лунин В.В.
,
Лягин И.В.
,
Макаров Ю.Н.
,
Маслова О.В.
,
Миначева Л.Х.
,
Михалев С.П.
,
Монастырский О.И.
,
Морозов Ю.Н.
,
Нечаева Н.Л.
,
Нилов Д.К.
,
Островский М.А.
,
Папин С.В.
,
Пеков С.И.
,
Петрик М.М.
,
Рудный Е.Б.
,
Рыжова О.Н.
,
Саркисов О.М.
,
Саррис Т.
,
Семенов Н.А.
,
Сенько О.В.
,
Серебренников Л.В.
,
Соловьёв И.А.
,
Стародубцева Н.Л.
,
Степанов Н.А.
,
Сулиман А.
,
Татиколов А.С.
,
Телегин П.Н.
,
Угарова Н.Н.
,
Уманский С.Я.
,
Федорченко К.Ю.
,
Филина О.В.
,
Холмуродов Х.Т.
,
Чемлева Т.А.
,
Чиан Ч.
,
Чирский В.Г.
,
Чухрай Е.С.
,
Швядас В.К.
,
Шелаев И.В.
,
Ширмин Г.И.
306 статей
,
3 книги
,
110 докладов на конференциях
,
54 тезисов докладов
,
18 НИР
,
1 членство в редколлегии журнала
,
10 членств в программных комитетах
,
4 членства в диссертационных советах
,
13 диссертаций
,
7 дипломных работ
,
12 учебных курсов
,
4 выступление в СМИ
Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 3608, Scopus: 3651
РИНЦ:
IstinaResearcherID (IRID): 567823
ResearcherID:
P-9662-2015
Scopus Author ID:
7005907645
ORCID:
0000-0002-4992-6029
Деятельность
Статьи в журналах
2023
Computational Modeling of the Interaction of Molecular Oxygen with the miniSOG Protein—A Light Induced Source of Singlet Oxygen
Polyakov I.V.
,
Kulakova A.M.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Biophysica
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 3, № 2, с. 252-262
DOI
2023
Computational Modeling of the Neurofibromin-Stimulated Guanosine Triphosphate Hydrolysis by the KRas Protein
Polyakov Igor
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Biophysica
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 3, № 2, с. 373-384
DOI
2023
Database of Intermediates of Enzyme-Catalyzed Chemical Reactions ENIAD
Moskovsky A.A.
,
Firsov D.A.
,
Khrenova M.G.
,
Mironov V.A.
,
Mulashkina T.I.
,
Kulakova A.M.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Russian Journal of Physical Chemistry A
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 97, № 9, с. 2001-2005
DOI
2023
Modeling Light-Induced Chromophore Hydration in the Reversibly Photoswitchable Fluorescent Protein Dreiklang
Grigorenko Bella L.
,
Polyakov Igor V.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Molecules
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 28, № 2, с. 505
DOI
2023
Multiscale Simulations of the Covalent Inhibition of the SARS-CoV-2 Main Protease: Four Compounds and Three Reaction Mechanisms
Grigorenko Bella L.
,
Polyakov Igor V.
,
Khrenova Maria G.
, Giudetti Goran, Faraji Shirin, Krylov Anna I.,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of the American Chemical Society
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 145, № 24, с. 13204-13214
DOI
2023
QM/MM Modeling of the Flavin Functionalization in the RutA Monooxygenase
Grigorenko Bella
,
Domratcheva Tatiana
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Molecules
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 28, № 5, с. 2405
DOI
2023
База данных интермедиатов химических реакций ферментативного катализа ENIAD
Московский А.А.
,
Фирсов Д.А.
,
Хренова М.Г.
,
Миронов В.А.
,
Мулашкина Т.И.
,
Кулакова А.М.
,
Немухин А.В.
в журнале
Журнал физической химии
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 97, № 9, с. 1324-1328
DOI
2023
Энергетические профили каталитического цикла ферментативных реакций и факторы, определяющие эффективность ферментативного катализа
Варфоломеев С.Д.
,
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
,
Григоренко Б.Л.
в журнале
Известия Академии наук. Серия химическая
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 72, № 3, с. 617-623
2022
Computational Characterization of N-acetylaspartylglutamate Synthetase: From the Protein Primary Sequence to Plausible Catalytic Mechanism
Polyakov I.V.
,
Kniga A.E.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 9, № 2, с. 4-13
DOI
2022
Computational Modeling of the Interaction of Molecular Oxygen with the Flavin-dependent Enzyme RutA
Polyakov I.V.
,
Domratcheva T.M.
,
Kulakova A.M.
,
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 9, № 2, с. 46-55
DOI
2022
How Reproducible Are QM/MM Simulations?: Lessons from Computational Studies of the Covalent Inhibition of the SARS-CoV-2 Main Protease by Carmofur
Giudetti Goran
,
Polyakov Igor
,
Grigorenko Bella L.
,
Faraji Shirin
,
Nemukhin Alexander V.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 18, № 8, с. 5056-5067
DOI
2022
Mechanism of chemical reactions in the active site of aspartate N-acetyltransferase NAT8L revealed by molecular modeling
Polyakov I.V.
,
Khrenova M.G.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Mendeleev Communications
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 32, с. 739-741
DOI
2022
Quantum-based Modeling of Protein-ligand Interaction: The Complex of RutA with Uracil and Molecular Oxygen
Polyakov Igor V.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Domratcheva Tatiana M.
,
Kulakova Anna M.
,
Grigorenko Bella L.
в журнале
Molecular informatics
, издательство
Wiley-VCH Verlag
(Weinheim, Germany, Germany)
, том 41, с. 2200175
DOI
2022
Влияние уходящей группы на механизм гидролиза фосфорорганических соединений фосфотриэстеразой из бактерии Pseudomonas diminuta
Кулакова А.М.
,
Мулашкина Т.И.
,
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
в журнале
Известия Академии наук. Серия химическая
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, № 5, с. 921-926
2022
Моделирование механизмов спонтанной реактивации мутантов бутирилхолинэстеразы, ингибированной эхотиофатом
Лущекина С.В.
,
Немухин А.В.
,
Поляков И.В.
,
Массон П.
,
Варфоломеев С.Д.
,
Григоренко Б.Л.
в журнале
Химическая физика
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 41, № 2, с. 34-40
DOI
2022
Молекулярная динамика фермент-субстратных комплексов в гуанозинтрифосфат-связывающих белках
Хренова М.Г.
,
Поляков И.В.
,
Немухин А.В.
в журнале
Химическая физика
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 41, № 6, с. 66-72
DOI
2022
Неэквивалентность мономеров в димерной структуре бактериальной фоторегулируемой аденилатциклазы
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в журнале
Биофизика
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 67, № 6, с. 1101-1108
DOI
2021
Frontiers in Multiscale Modeling of Photoreceptor Proteins
Mroginski Maria‐Andrea
,
Adam Suliman
,
Amoyal Gil S.
,
Barnoy Avishai
,
Bondar Ana‐Nicoleta
, Borin Veniamin A.,
Church Jonathan R.
,
Domratcheva Tatiana
,
Ensing Bernd
,
Fanelli Francesca
,
Ferré Nicolas
,
Filiba Ofer
,
Pedraza‐González Laura
,
González Ronald
,
González‐Espinoza Cristina E.
, Kar Rajiv K.,
Kemmler Lukas
,
Kim Seung Soo
,
Kongsted Jacob
,
Krylov Anna I.
,
Lahav Yigal
,
Lazaratos Michalis
,
NasserEddin Qays
,
Navizet Isabelle
,
Nemukhin Alexander
,
Olivucci Massimo
,
Olsen Jógvan Magnus Haugaard
,
Pérez de Alba Ortíz Alberto
,
Pieri Elisa
,
Rao Aditya G.
,
Rhee Young Min
,
Ricardi Niccolò
,
Sen Saumik
,
Solov'yov Ilia A.
,
De Vico Luca
,
Wesolowski Tomasz A.
,
Wiebeler Christian
,
Yang Xuchun
,
Schapiro Igor
в журнале
Photochemistry and Photobiology
, издательство
American Society for Photobiology
(United States)
DOI
2021
IN SILICO ОПРЕДЕЛЕНИЕ СПЕЦИФИЧНОСТИ НЕОАНТИГЕН-РЕАКТИВНЫХ T-ЛИМФОЦИТОВ
Книга А.Е.
,
Поляков И.В.
,
Немухин А.В.
в журнале
Биомедицинская химия
, том 67, № 3, с. 251-258
DOI
2021
Interplay between Locally Excited and Charge Transfer States Governs the Photoswitching Mechanism in the Fluorescent Protein Dreiklang
Tirthendu Sen
,
Ma Yingying
,
Polyakov Igor V.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 125, № 3, с. 757-770
DOI
2021
Light-Induced Change of Arginine Conformation Modulates the Rate of Adenosine Triphosphate to Cyclic Adenosine Monophosphate Conversion in the Optogenetic System Containing Photoactivated Adenylyl Cyclase
Khrenova Maria G.
,
Kulakova Anna M.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Chemical Information and Modeling
, издательство
American Chemical Society
(United States)
DOI
2021
Mechanism of Guanosine Triphosphate Hydrolysis by the Visual Proteins Arl3-RP2: Free Energy Reaction Profiles Computed with Ab Initio Type QM/MM Potentials
Khrenova Maria G.
,
Bulavko Egor S.
,
Mulashkin Fedor D.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Molecules
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 26, № 13, с. 1-15
DOI
2021
Modeling Spectral Tuning in Red Fluorescent Proteins Using the Dipole Moment Variation upon Excitation
Khrenova Maria G.
,
Mulashkin Fedor D.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Chemical Information and Modeling
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 61, № 10, с. 5125-5132
DOI
2021
Modeling photophysical properties of the bacteriophytochrome-based fluorescent protein IFP1.4
Grigorenko Bella L.
,
Polyakov Igor V.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 154, № 6, с. 065101-065101
DOI
2021
Molecular Modeling Reveals the Mechanism of Ran-RanGAP-Catalyzed Guanosine Triphosphate Hydrolysis without an Arginine Finger
Khrenova Maria G.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
ACS catalysis
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 11, № 15, с. 8985-8998
DOI
2021
Protonation States of Molecular Groups in the Chromophore-Binding Site Modulate Properties of the Reversibly Switchable Fluorescent Protein rsEGFP2
Grigorenko Bella L.
,
Domratcheva Tatiana
,
Polyakov Igor V.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry Letters
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 12, с. 8263-8271
DOI
2021
Stalling chromophore synthesis of the fluorescent protein Venus reveals the molecular basis of the final oxidation step
Auhim Husam Sabah
,
Grigorenko Bella L.
,
Harris Tessa K.
,
Aksakal Ozan E.
,
Polyakov Igor V.
,
Berry Colin
,
Gomes Gabriel dos Passos
,
Alabugin Igor V.
,
Rizkallah Pierre J.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Jones D.Dafydd
в журнале
Chemical science
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
DOI
2021
Tuning Electrostatic Gating of Semiconducting Carbon Nanotubes by Controlling Protein Orientation in Biosensing Devices
Xu Xinzhao
,
Bowen Benjamin J.
,
Gwyther Rebecca E.A.
,
Freeley Mark
,
Grigorenko Bella
,
Nemukhin Alexander V.
,
Eklöf‐Österberg Johnas
,
Moth‐Poulsen Kasper
,
Jones D.Dafydd
,
Palma Matteo
в журнале
Angewandte Chemie - International Edition
, издательство
John Wiley & Sons Ltd.
(United Kingdom)
, том 60, с. 20184-20189
DOI
2021
Two Sides of Quantum-Based Modeling of Enzyme-Catalyzed Reactions: Mechanistic and Electronic Structure Aspects of the Hydrolysis by Glutamate Carboxypeptidase
Krivitskaya Alexandra V.
,
Khrenova Maria G.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Molecules
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 26, № 20
DOI
2021
Компьютерное моделирование структур обратимо переключаемых флуоресцентных белков с LOV-доменами
Метелешко Ю.И.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в журнале
Кристаллография
, издательство
ФГУП Издательство «Наука»
(Москва)
, том 66, № 5, с. 789-792
DOI
2021
Модель комплекса РНК-полимеразы вируса SARS-CoV-2 с фавипиравиром
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в журнале
Химическая физика
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 40, № 2, с. 44-48
DOI
2021
Молекулярный механизм реакции гидролиза хромогенного субстрата пара-нитрофенилацетата в активном центре карбоксилэстеразы-1 человека
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в журнале
Биомедицинская химия
, том 67, № 3, с. 300-305
DOI
2021
Суперкомпьютерное моделирование ковалентного ингибированияосновной протеазы вируса SARS-CoV-2
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Лущекина С.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в журнале
Известия Академии наук. Серия химическая
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, № 11, с. 2084-2089
2020
Computational Characterization of the Substrate Activation in the Active Site of SARS-CoV-2 Main Protease
Khrenova Maria
,
VladimiTsirelson
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 7, № 3, с. 33-40
DOI
2020
Computational Modeling of the SARS-CoV-2 Main Protease Inhibition by the Covalent Binding of Prospective Drug Molecules
Nemukhin Alexander
,
Grigorenko Bella
,
Polyakov Igor
,
Lushchekina Sofya
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 7, № 3, с. 25-32
DOI
2020
Dipole Moment Variation Clears Up Electronic Excitations in the π-Stacked Complexes of Fluorescent Protein Chromophores
Khrenova Maria G.
,
Mulashkin Fedor D.
,
Bulavko Egor S.
, Zakharova Tatiana M.,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Chemical Information and Modeling
, издательство
American Chemical Society
(United States)
DOI
2020
Discrimination of enzyme–substrate complexes by reactivity using the electron density analysis: peptide bond hydrolysis by the matrix metalloproteinase-2
Khrenova Maria G.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Tsirelson Vladimir G.
в журнале
Mendeleev Communications
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 30, с. 583-585
DOI
2020
Dynamical properties of enzyme–substrate complexes disclose substrate specificity of the SARS-CoV-2 main protease as characterized by the electron density descriptors
Khrenova Maria G.
,
Tsirelson Vladimir G.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Physical Chemistry Chemical Physics
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
DOI
2020
Intermediates of the Autocatalytic Reaction of the Formation of a Chromophore in a Green Fluorescent Protein
Grigorenko B.L.
, Khrenova M.G.,
Kulakova A.M.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Russian Journal of Physical Chemistry B
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 14, № 3, с. 457-461
DOI
2020
Mechanisms of ATP to cAMP Conversion Catalyzed by the Mammalian Adenylyl Cyclase: A Role of Magnesium Coordination Shells and Proton Wires
Grigorenko Bella
,
Polyakov Igor
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 124, № 3, с. 451-460
DOI
2020
Proof of concept for poor inhibitor binding and efficient formation of covalent adducts of KRASG12C and ARS compounds
Khrenova M.G.
,
Kulakova A.M.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Organic and Biomolecular Chemistry
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
DOI
2020
Structure of the Brain N-Acetylaspartate Biosynthetic Enzyme NAT8L Revealed by Computer Modeling
Polyakov Igor V.
,
Kniga Artem E.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
ACS Chemical Neuroscience
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 11, № 15, с. 2296-2302
DOI
2020
Theoretical characterization of the photochemical reaction CO2+O(3P)->CO+O2 related to experiments in solid krypton
Grigorenko Bella L.
, Duarte Luís,
Polyakov Igor V.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 746, с. 137303-1-137303-5
DOI
2020
Интермедиаты автокаталитической реакции формирования хромофора зеленого флуоресцентного белка
Григоренко Б.Л.
,
Хренова М.Г.
,
Кулакова А.М.
,
Немухин А.В.
в журнале
Химическая физика
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 39, № 6, с. 13-17
DOI
2020
Компьютерное моделирование N-ацетилглутаматсинтазы: от первичной структуры белка до элементарных стадий катализа
Поляков И.В.
,
Книга А.Е.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в журнале
Доклады Российской академии наук. Науки о жизни
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, № 495, с. 95-99
DOI
2020
Теоретические колебательные спектры реакционных интермедиатов в активном центре гуанозинтрифосфат-связывающих белков
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в журнале
Журнал физической химии
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 94, № 5, с. 686-691
DOI
2019
Allosteric Control of N-Acetyl-Aspartate Hydrolysis by the Y231C and F295S Mutants of Human Aspartoacylase
Kots Ekaterina D.
,
Khrenova Maria G.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Chemical Information and Modeling
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 59, № 5, с. 2299-2308
DOI
2019
Computational Challenges in Modeling of Representative Bioimaging Proteins: GFP-Like Proteins, Flavoproteins, and Phytochromes
Nemukhin Alexander V.
,
Grigorenko Bella L.
,
Khrenova Maria G.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 123, № 29, с. 6133-6149
DOI
2019
Computational Modeling Reveals the Mechanism of Fluorescent State Recovery in the Reversibly Photoswitchable Protein Dreiklang
Grigorenko B.L.
,
Polyakov I.V.
,
Krylov A.I.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 123, № 42, с. 8901-8909
DOI
2019
Computer-designed active human butyrylcholinesterase double mutant with a new catalytic triad
Grigorenko Bella L.
,
Novichkova Dana A.
,
Lushchekina Sofya V.
,
Zueva Irina V.
,
Schopfer Lawrence M.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Varfolomeev Sergey D.
,
Lockridge Oksana
,
Masson Patrick
в журнале
Chemico-Biological Interactions
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 306, с. 138-146
DOI
2019
Diversity of mechanisms in Ras–GAP catalysis of guanosine triphosphate hydrolysis revealed by molecular modeling
Grigorenko Bella L.
,
Kots Ekaterina D.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Organic and Biomolecular Chemistry
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
, том 17, № 19, с. 4879-4891
DOI
2019
Effect of solvation water shells on enzyme active sites in zinc-dependent hydrolases
Kapusta Dmitry P.
,
Firsov Denis A.
,
Khrenova Maria G.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Structural Chemistry
, издательство
Springer-Verlag
(Heidelberg, Germany)
, том 30, № 2, с. 481-488
DOI
2019
Modeling of the glycine tripeptide cyclization in the Ser65Gly/Tyr66Gly mutant of green fluorescent protein
Grigorenko B.L.
,
Kots E.D.
,
Krylov A.I.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Mendeleev Communications
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 29, № 2, с. 187-189
DOI
2019
Novel flavin-based fluorescent proteins with red-shifted emission bands: a computational study
Meteleshko Yulia I.
,
Nemukhin Alexander
,
Khrenova Maria
в журнале
Photochemical and Photobiological Sciences
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
, том 18, с. 177-189
DOI
2019
Origin of the pi-stacking induced shifts in absorption spectral bands of the green fluorescent protein chromophore
Khrenova Maria G.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Tsirelson Vladimir G.
в журнале
Chemical Physics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 522, с. 32-38
DOI
2019
Reconstructing the electron density of intermediates of the hydrolysis of N-acetylaspartate by aspartoacylase
Khrenova M.G.
,
Kots E.D.
,
Kulakova A.M.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Russian Journal of Physical Chemistry A
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 93, № 10, с. 1470-1477
DOI
2019
Structure and dynamics of photoactivatable adenylyl cyclase
Kulakova A.M.
, Khrenova M.G.,
Nemukhin A.V.
в журнале
Russian Chemical Bulletin
, издательство
Springer Nature
(Switzerland)
, том 68, № 11, с. 1991-1996
DOI
2019
Аспартоацилаза - фермент центральной нервной системы: структура, каталитическая активность, механизмы регуляции
Коц Е.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в журнале
Успехи химии
, издательство
АНО «Успехи химии»
(Москва)
, том 88, № 1, с. 1-26
DOI
2019
Моделирование фотофизических свойств компонентов FRET-пар на основе флавинсодержащих флуоресцентных белков и их аналогов
Метелешко Ю.И.
,
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
в журнале
Химическая физика
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 38, № 6, с. 3-7
DOI
2019
Реконструкция электронной плотности интермедиатов реакции гидролиза N-ацетиласпартата аспартоацилазой
Хренова М.Г., Коц Е.Д.,
Кулакова А.М.
,
Немухин А.В.
в журнале
Журнал физической химии
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 93, № 10, с. 1470-1476
DOI
2019
Структура и динамика фоторегулируемой аденилатциклазы
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в журнале
Известия Академии наук. Серия химическая
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, № 11, с. 1991-1996
2018
Amide-imide tautomerization in the glutamine side chain in enzymatic and photochemical reactions in proteins
Grigorenko Bella L.
,
Khrenova Maria
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Physical Chemistry Chemical Physics
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
, том 20, № 37, с. 23827-23836
DOI
2018
Benchmarking Quantum Chemistry Methods in Calculations of Electronic Excitations
Grigorenko Bella L.
,
Mironov Vladimir A.
,
Polyakov Igor V.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 5, № 4, с. 62-66
DOI
2018
Competition between two cysteines in covalent binding of biliverdin to phytochrome domains
Khrenova Maria
,
Kulakova Anna
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Organic and Biomolecular Chemistry
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
, том 16, с. 7518-7529
DOI
2018
Mechanism of Metallo-β-Lactamase Inhibition by Oxacephalosporin Antibiotic
Khrenova M.G.,
Kulakova A.M.
, Grigorenko B.L.,
Nemukhin A.V.
в журнале
Moscow University Chemistry Bulletin
, издательство
Allerton Press Inc.
(United States)
, том 73, № 4, с. 155-157
DOI
2018
Modeling structure and excitation of biliverdin-binding domains in infrared fluorescent proteins
Polyakov Igor V.
,
Grigorenko Bella L.
,
Mironov Vladimir A.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 710, с. 59-63
DOI
2018
Modeling the Transient Kinetics of the L1 Metallo-β-Lactamase
Khrenova M.G.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 122, № 4, с. 1378-1386
DOI
2018
Optimization of Cholinesterase-Based Catalytic Bioscavengers Against Organophosphorus Agents
Lushchekina Sofya V.
, Schopfer Lawrence M.,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Varfolomeev Sergei D.
,
Lockridge Oksana
, Masson Patrick
в журнале
Frontiers in pharmacology
, издательство
Frontiers Media]
([Lausanne, Switzerland)
, том 9, № 211, с. 1-13
DOI
2018
Simulation of Spectra of Red Fluorescent Protein Mutants
Kulakova A.M.
, Khrenova M.G.,
Nemukhin A.V.
в журнале
Moscow University Chemistry Bulletin
, издательство
Allerton Press Inc.
(United States)
, том 73, № 5, с. 212-215
DOI
2018
Towards first-principles calculation of electronic excitations in the ring of the protein-bound bacteriochlorophylls
Polyakov Igor V.
,
Khrenova Maria G.
,
Moskovsky Alexander A.
, Shabanov Boris M.,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Chemical Physics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 505, с. 34-39
DOI
2018
Механизм ингибирования металло-β-лактамазы оксацефалоспориновым антибиотиком
Хренова М.Г.
,
Кулакова А.М.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 59, № 4, с. 261-265
DOI
2018
Механизмы регуляции каталитической активности аспартоацилазы по результатам компьютерного моделирования
Коц Е.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Лущекина С.В.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 59, № 4, с. 257-260
DOI
2018
Моделирование спектров мутантных форм красных флуоресцентных белков
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 59, № 5, с. 332-336
DOI
2017
Evaluation of the Q y absorption band maximum in a light-harvesting complex of the bacterial photosynthetic center Thermochromatium tepidum
Polyakov I.V.
,
Khrenova M.G.
,
Moskovskii A.A.
,
Telegin P.N.
, Zhang J.P.,
Nemukhin A.V.
в журнале
Moscow University Chemistry Bulletin
, издательство
Allerton Press Inc.
(United States)
, том 72, № 3, с. 111-114
DOI
2017
Improving the Design of the Triple-Decker Motif in Red Fluorescent Proteins
Khrenova M.G.
,
Polyakov I.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Krylov A.I.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 121, № 47, с. 10602-10609
DOI
2017
Molecular Modeling Clarifies the Mechanism of Chromophore Maturation in the Green Fluorescent Protein
Grigorenko Bella L.
,
Krylov Anna I.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of the American Chemical Society
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 139, № 30, с. 10239-10249
DOI
2017
Molecular mechanism of the dark-state recovery in BLUF photoreceptors
Khrenova Maria G.
,
Tatiana Domratcheva
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 676, с. 25-31
DOI
2017
Mutants of the Flavoprotein iLOV as Prospective Red-Shifted Fluorescent Markers
Khrenova Maria G.
,
Meteleshko Yulia I.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 121, № 43, с. 10018-10025
DOI
2017
Photoinduced Chemistry in Fluorescent Proteins: Curse or Blessing?
Acharya Atanu
,
Bogdanov Alexey M.
,
Grigorenko Bella L.
,
Bravaya Ksenia B.
,
Nemukhin Alexander V.
, Lukyanov Konstantin A.,
Krylov Anna I.
в журнале
Chemical Reviews
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 117, № 2, с. 758-795
DOI
2017
Role of the Protein Dimeric Interface in Allosteric Inhibition of N-Acetyl-Aspartate Hydrolysis by Human Aspartoacylase
Kots Ekaterina D.
,
Lushchekina Sofya V.
,
Varfolomeev Sergey D.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Chemical Information and Modeling
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 57, № 8, с. 1999-2008
DOI
2017
Supercomputer Technologies for Structural-Kinetic Study of Mechanisms of Enzyme Catalysis: A Quantum-Chemical Description of Aspartoacylase Catalysis
Varfolomeev S.D.
,
Kots E.D.
,
Khrenova M.G.
,
Lushchekina S.V.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Doklady Physical Chemistry
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 474, № 4, с. 444-447
DOI
2017
Three Faces of N-Acetylaspartate: Activator, Substrate and Inhibitor of Human Aspartoacylase
Khrenova Maria G.
,
Kots Ekaterina D.
,
Varfolomeev Sergey D.
,
Lushchekina Sofya V.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 121, № 40, с. 9389-9397
DOI
2016
Analysis of proton wires in the enzyme active site suggests a mechanism of c-di-GMP hydrolysis by the EAL domain phosphodiesterases
Grigorenko Bella L.
,
Knyazeva Marina A.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics
, издательство
Wiley-Liss Inc
(United States)
, том 84, № 11, с. 1670-1680
DOI
2016
Computational characterization of the all-atom structure and the calcium binding sites of the LH1-RC core complex from Thermochromatium tepidum
Khrenova M.G.
,
Grigorenko B.L.
,
Zhang J.P.
,
Wang P.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Theoretical and Computational Chemistry
, издательство
World Scientific Publishing Co
(Singapore)
, том 15, № 3, с. 1650020-1-1650020-12
DOI
2016
Methodological aspects of QM/MM calculations: A case study on matrix metalloproteinase-2
Vasilevskaya T.,
Khrenova M.G.
,
Nemukhin A.V.
, Thiel W.
в журнале
Journal of Computational Chemistry
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 37, № 19, с. 1801-1809
DOI
2016
Modeling the complete catalytic cycle of aspartoacylase
Kots E.D.
,
Khrenova M.G.
,
Lushchekina S.V.
,
Varfolomeev S.D.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 120, № 18, с. 4221-4231
DOI
2016
Reaction Mechanism of the Guanosine Triphosphate Hydrolysis by the Vision-Related Protein Complex Arl3-RP2
Khrenova Maria G.
,
Kots Ekaterina D.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 120, № 16, с. 3873-3879
DOI
2016
Reaction mechanism of matrix metalloproteinases with a catalytically active zinc ion studied by the QM(DFTB)/MM simulations
Vasilevskaya T.,
Khrenova M.G.
,
Nemukhin A.V.
, Thiel W.
в журнале
Mendeleev Communications
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 26, с. 209-211
DOI
2016
Theoretical vibrational spectroscopy of intermediates and the reaction mechanism of the guanosine triphosphate hydrolysis by the protein complex Ras-GAP
Khrenova M.G.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Spectrochimica Acta - Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 166, с. 68-72
DOI
2016
Understanding the non-catalytic behavior of human butyrylcholinesterase silent variants: Comparison of wild-type enzyme, catalytically active Ala328Cys mutant, and silent Ala328Asp variant
Lushchekina Sofya
,
Nemukhin Alexander
,
Varfolomeev Sergei
,
Masson Patrick
в журнале
Chemico-Biological Interactions
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 259, с. 223-232
DOI
2016
Компьютерное моделирование в молекулярной медицине и конструирование лекарств
Варфоломеев С.Д.
,
Лущекина С.В.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Российской академии наук (ранее: Вестник Академии наук СССР)
, издательство
Наука: МАИК "Наука/Интерпериодика"
(М.)
, том 86, № 6, с. 524-532
DOI
2016
Моделирование гидролиза циклического димерного гуанозинмонофосфата фосфодиэстеразами
Григоренко Б.Л.
,
Князева М.А.
,
Поляков И.В.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 57, № 1, с. 3-6
2016
Молекулярный полиморфизм ферментов человека — основа индивидуальной чувствительности к лекарствам. Суперкомпьютерное моделирование как метод анализа структурных изменений белка и его каталитической активности
Варфоломеев С.Д.
,
Лущекина С.В.
,
Немухин А.В.
,
Кулакова А.М.
,
Коц Е.Д.
,
Махаева Г.Ф.
,
Делакур Э.
,
Локридж О.
,
Массон П.
в журнале
Известия Академии наук. Серия химическая
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, № 6, с. 1592-1607
DOI
2015
A Light-Induced Reaction with Oxygen Leads to Chromophore Decomposition and Irreversible Photobleaching in GFP-type Proteins
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Polyakov Igor V.
,
Khrenova Maria G.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 119, № 17, с. 5444-5452
DOI
2015
Computational characterization of the chemical step in the GTP hydrolysis by Ras-GAP for the wild-type and G13V mutated Ras
Mironov Vladimir A.
,
Khrenova Maria G.
,
Lychko Leonora A.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics
, издательство
Wiley-Liss Inc
(United States)
, том 83, № 6, с. 1046-1053
DOI
2015
Computer modeling of properties of complex molecular systems
Kulkova E.Yu
,
Khrenova M.G.
,
Polyakov I.V.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
AIP Conference Proceedings
, том 1648, с. 750005-1-750005-4
DOI
2015
Estimating Orientation Factors in the FRET Theory of Fluorescent Proteins: The TagRFP-KFP Pair and Beyond
Khrenova M.
,
Topol I.
,
Collins J.
,
Nemukhin A.
в журнале
Biophysical Journal
, издательство
Biophysical Society
(United States)
, том 108, № 1, с. 126-132
DOI
2015
Hydrolysis of Guanosine Triphosphate (GTP) by the Ras•GAP Protein Complex: Reaction Mechanism and Kinetic Scheme
Khrenova Maria G.
,
Grigorenko Bella L.
,
Kolomeisky Anatoly B.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 119, № 40, с. 12838-12845
DOI
2015
Mechanism of proteolysis in matrix metalloproteinase-2 revealed by QM/MM modeling
Tatiana Vasilevskaya
,
Khrenova Maria G.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Walter Thiel
в журнале
Journal of Computational Chemistry
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 36, № 21, с. 1621-1630
DOI
2015
Modeling reactivation of the phosphorylated human butyrylcholinesterase by QM(DFTB)/MM calculations
Kulakova A.M.
,
Lushchekina S.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Theoretical and Computational Chemistry
, издательство
World Scientific Publishing Co
(Singapore)
, том 14, с. 1550051-15500513
DOI
2015
Multi-Scale Supercomputing of Large Molecular Aggregates: A Case Study of the Light-Harvesting Photosynthetic Center
Polyakov I.A.
,
Moskovsky A.A.
,
Nemukin A.V.
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 2, № 4, с. 48-54
DOI
2015
Theoretical Characterization of the Flavin-Based Fluorescent Protein iLOV and Its Q489K Mutant
Khrenova Maria G.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Tatiana Domratcheva
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 119, с. 5176-5183
DOI
2015
Why does mutation of Gln61 in Ras by the nitro analog NGln maintain activity of Ras-GAP in hydrolysis of guanosine triphosphate?
Khrenova Maria G.
,
Grigorenko Bella L.
,
Mironov Vladimir A.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics
, издательство
Wiley-Liss Inc
(United States)
, том 83, № 11, с. 2091-2099
DOI
2015
Моделирование химических превращений в активных центрах холинэстераз методами квантовой теории
Немухин А.В.
,
Кулакова А.М.
,
Лущекина С.В.
,
Ермилов А.Ю.
,
Варфоломеев С.Д.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 56, № 6, с. 343-347
DOI
2014
All-atom structures and calcium binding sites of the bacterial photosynthetic LH1-RC core complex from Thermochromatium tepidum
Khrenova Maria G.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Grigorenko Bella L.
, Wang Peng, Zhang Jian-Ping
в журнале
Journal of Molecular Modeling
, издательство
Springer Verlag
(Germany)
, том 20, № 6, с. 2287:1-2287:6
DOI
2014
Catalytic Cycle of Penicillin Acylase from Escherichia coli: QM/MM Modeling of Chemical Transformations in the Enzyme Active Site upon Penicillin G Hydrolysis Bella
Grigorenko Bella L.
,
Khrenova Maria G.
,
Nilov Dmitry K.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Švedas Vytas K.
в журнале
ACS catalysis
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 4, с. 2521-2529
DOI
2014
Computational Characterization of Ketone–Ketal Transformations at the Active Site of Matrix Metalloproteinases
Khrenova Maria G.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Savitsky Alexander P.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 118, № 16, с. 4345-4350
DOI
2014
Exploration of the Zinc Finger Motif in Controlling Activity of Matrix Metalloproteinases
Khrenova Maria G.
,
Savitsky Alexander P.
,
Topol Igor A.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 118, № 47, с. 13505-13512
DOI
2014
Interaction of Aromatic Compounds with Xenon: Spectroscopic and Computational Characterization for the Cases of p-Cresol and Toluene
Qian Cao
,
Natalya Andrijchenko
,
Alexander Ermilov
,
Markku Rasanen
,
Alexander Nemukhin
,
Leonid Khriachtchev
в журнале
The Journal of Physical Chemistry A: Molecules, Clusters, and Aerosols
, издательство
American Chemical Society
(United States)
2014
Modeling the role of G12V and G13V Ras mutations in the RasGAP-catalyzed hydrolysis reaction of guanosine triphosphate
Khrenova Maria G.
,
Mironov Vladimir A.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Biochemistry
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 53, № 45, с. 7093-7099
DOI
2014
Molecular Modeling Evidence for His438 Flip in the Mechanism of Butyrylcholinesterase Hysteretic Behavior
Lushchekina Sofya V.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Varfolomeev Sergei D.
,
Masson Patrick
в журнале
Journal of Molecular Neuroscience
, издательство
Humana Press, Inc.
(United States)
, том 52, № 3, с. 434-445
DOI
2014
On the Role of Zwitterions in Kindling Fluorescent Protein Photochemistry
Mironov Vladimir A.
,
Bravaya Ksenia B.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
DOI
2014
The photoreaction mechanism in the bacterial blue light receptor BLUF according to metadynamics modeling
Khrenova M.G.,
Nikiforov A.A.
,
Andrijchenko N.N.
,
Mironov V.A.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Moscow University Chemistry Bulletin
, издательство
Allerton Press Inc.
(United States)
, том 69, № 4, с. 149-151
DOI
2014
Toward Molecular Mechanism of Xenon Anesthesia: A Link to Studies of Xenon Complexes with Small Aromatic Molecules
Andrijchenko N.N.
,
Ermilov A.Yu
,
Khriachtchev L.
,
Räsänen M.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
The Journal of Physical Chemistry A: Molecules, Clusters, and Aerosols
, издательство
American Chemical Society
(United States)
DOI
2014
Компьютерное моделирование компонентов фоторецепторных систем
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
,
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Московский А.А.
в журнале
Известия Академии наук. Серия химическая
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, № 8, с. 1703-1709
2014
Компьютерное моделирование химических реакций в сложных биологических системах: ферментативный гидролиз циклического дигуанозинмонофосфата
Григоренко Б.Л.
,
Князева М.А.
,
Исаева Е.В.
,
Новичкова Д.А.
,
Немухин А.В.
в журнале
Наноструктуры. Математическая физика и моделирование
, том 10, № 2, с. 95-105
2014
Механизм фотореакции в бактериальном рецепторе синего света BLUF по результатам моделирования методом метадинамики
Хренова М.Г.
, Никифоров А.А.,
Андрийченко Н.Н.
,
Миронов В.А.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 55, № 4, с. 195-198
2014
Моделирование компонентов ячейки Гретцеля методами квантовой химии
Кулакова А.М.
,
Ермилов А.Ю.
,
Поляков И.В.
,
Немухин А.В.
в журнале
Наноструктуры. Математическая физика и моделирование
, том 11, № 1, с. 37-44
2014
Оптические переходы в светособирающих комплексах бактериальных фотосинтетических центров
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Московский А.А.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 69, № 4, с. 199-202
2014
Структура фермент-субстратного комплекса каталитического домена фосфодиэстераз с циклическим дигуанозинмонофосфатом
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
,
Новичкова Д.А.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 55, № 1, с. 3-6
2013
First-Principles Characterization of the Energy Landscape and Optical Spectra of Green Fluorescent Protein along the AIB Proton Transfer Route
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Polyakov Igor V.
,
Morozov Dmitry I.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of the American Chemical Society
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 135, № 31, с. 11541-9
2013
Molecular modeling of the Förster resonance energy transfer between FusionRed and Dedushka (eqFP670) fluorescent proteins
Khrenova M.G.
,
Goryashchenko A.S.
,
Nemukhin A.V.
,
Savitsky A.P.
в журнале
Proceedings of SPIE - The International Society for Optical Engineering
, издательство
SPIE, the International Society for Optical Engineering
(Bellingham, WA, United States)
, том 8590, с. 859015-1-859015-5
DOI
2013
On quantum mechanical - molecular mechanical (QM/MM) approaches to model hydrolysis of acetylcholine by acetylcholinesterase
Nemukhin Alexander V.
,
Grigorenko Bella L.
,
Morozov Dmitry I.
,
Kochetov Mikhail S.
,
Lushchekina Sofya V.
,
Varfolomeev Sergei D.
в журнале
Chemico-Biological Interactions
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 203, № 1, с. 51-56
DOI
2013
On quantum mechanical - molecular mechanical (QM/MM) approaches to model hydrolysis of acetylcholine by acetylcholinesterase
Nemukhin Alexander V.
, Grigorenko Bella L., Morozov Dmitry I.,
Kochetov Mikhail S.
,
Lushchekina Sofya V.
,
Varfolomeev Sergei D.
в журнале
Chemico-Biological Interactions
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 203, № 1, с. 51-56
2013
Photoinduced Electron Transfer Facilitates Tautomerization of the Conserved Signaling Glutamine Side Chain in BLUF Protein Light Sensors
Khrenova M.G.
,
Nemukhin A.V.
,
Domratcheva T.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 117, № 8, с. 2369-2377
DOI
2013
Quantum chemistry in studies of fluorescent and photosensing proteins
Nemukhin Alexander
,
Topol Igor
,
Collins Jack
,
Khrenova Maria
в журнале
International Journal of Quantum Chemistry
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 113, № 14, с. 1828-1832
DOI
2013
Thermal Isomerization of the Chromoprotein asFP595 and Its Kindling Mutant A143G: QM/MM Molecular Dynamics Simulations
Mironov Vladimir A.
,
Khrenova Maria G.
,
Grigorenko Bella L.
,
Savitsky Alexander P.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 117, № 43, с. 13507-13514
DOI
2013
Towards quantum-based modeling of enzymatic reaction pathways: Application to the acetylholinesterase catalysis
Polyakov Igor V.
,
Grigorenko Bella L.
,
Moskovsky Alexander A.
,
Pentkovski Vladimir M.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 556, с. 251-255
DOI
2013
Triple-Decker Motif for Red-Shifted Fluorescent Protein Mutants
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Polyakov Igor V.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Physical Chemistry Letters
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 4, № 10, с. 1743-1747
2013
Unusual Emitting States of the Kindling Fluorescent Protein: Appearance of the Cationic Chromophore in the GFP Family
Grigorenko Bella L.
,
Polyakov Igor V.
,
Savitsky Alexander P.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 117, № 24, с. 7228-7234
2013
Квантово-химические расчеты компонентов солнечных элементов, сенсибилизированных красителем
Поляков И.В.
,
Московский А.А.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 54, № 2, с. 75-77
2013
Молекулярная модель светособирающего комплекса LH1 фотосинтетического центра бактерий Thermochromatium Tepidum
Хренова М.Г.
,
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 54, № 2, с. 78-80
2012
Exploring Structural and Optical Properties of Fluorescent Proteins by Squeezing: Modeling High-Pressure Effects on the mStrawberry and mCherry Red Fluorescent Proteins
Laurent Adele D.
,
Mironov Vladimir A.
,
Chapagain Prem P.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 116, № 41, с. 12426-12440
DOI
2012
FLIM-FRET imaging of caspase-3 activity in live cells using pair of red fluorescent proteins
Savitsky A.P.
,
Rusanov A.L.
,
Zherdeva V.V.
,
Gorodnicheva T.V.
,
Khrenova M.G.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Theranostics
, издательство
Ivyspring International Publisher
(Canada)
, том 2, с. 215-226
DOI
2012
Interaction of phenol with xenon and nitrogen: Spectroscopic and computational characterization
Qian Cao,
Andrijchenko N.
,
A-E Ahola
,
Domanskaya A.
,
Räsänen M.
,
Ermilov A.
,
Nemukhin A.
,
Khriachtchev L.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 137, с. 134305-134316
DOI
2012
Minimum energy reaction profiles for the hydrolysis reaction of the cyclic guanosine monophosphate in water: Comparison of the results of two QM/MM approaches
Morozov Dmitry
,
Khrenova Maria
,
Andrijchenko Natalya
,
Grigorenko Bella
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Computational and theoretical chemistry
, издательство
Elsevier
(United States)
, том 983, с. 88-94
DOI
2012
Modeling absorption of the kindling fluorescent protein with the neutral form of the chromophore
Topol Igor
,
Collins Jack
,
Mironov Vladimir
,
Savitsky Alexander
,
Nemukhin Alexander
в журнале
International Journal of Quantum Chemistry
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 112, № 17, с. 2947-2959
DOI
2012
Quantum Chemistry Behind Bioimaging: Insights from Ab Initio Studies of Fluorescent Proteins and Their Chromophores
Bravaya Ksenia B.
,
Bella L Grigorenko
,
Alexander V Nemukhin
,
Krylov Anna I.
в журнале
Accounts of Chemical Research
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 45, № 2, с. 265-275
DOI
2012
Quantum chemical modelling in the research of molecular mechanisms of enzymatic catalysis
Nemukhin Alexander V.
,
Grigorenko B.L.
,
Lushchekina S.V.
,
Varfolomeev Sergei D.
в журнале
Russian Chemical Reviews
, издательство
Turpion - Moscow Ltd.
(United Kingdom)
, том 81, № 11, с. 1011-1025
DOI
2011
Computational Characterization of Reaction Intermediates in the Photocycle of the Sensory Domain of the AppA Blue Light Photoreceptor
Khrenova Maria G.
, Domratcheva Tatiana, Schlichting Ilme,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Photochemistry and Photobiology
, издательство
American Society for Photobiology
(United States)
, том 87, № 3, с. 564-573
DOI
2011
Computational strategy for tuning spectral properties of red fluorescent proteins
Topol I.
,
Collins J.
,
Savitsky A.
,
Nemukhin A.
в журнале
Biophysical Chemistry
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 158, № 2-3, с. 91-95
DOI
2011
Conformational Partitioning in pH-Induced Fluorescence of the Kindling Fluorescent Protein (KFP)
Rusanov Alexander L.,
Mironov Vladimir A.
,
Goryashenko Alexander S.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Savitsky Alexander P.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 115, № 29, с. 9195-9201
DOI
2011
Coupling between the BLUF and EAL domains in the blue light-regulated phosphodiesterase BlrP1
Khrenova Maria
,
Domratcheva Tatiana
,
Grigorenko Bella
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Journal of Molecular Modeling
, издательство
Springer Verlag
(Germany)
, том 17, № 7, с. 1579-1586
DOI
2011
Effect of Protein Environment on Electronically Excited and Ionized States of the Green Fluorescent Protein Chromophore
Bravaya Ksenia B.
,
Khrenova Maria G.
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 115, № 25, с. 8296-8303
DOI
2011
Matrix-isolation study of the phenol–water complex and phenol dimer
Gor Gennady Yu
,
Tapio Salla
,
Domanskaya Alexandra V.
,
Räsänen Markku
,
Nemukhin Alexander V.
,
Khriachtchev Leonid
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 517, № 1-3, с. 9-15
DOI
2011
Minimum energy reaction profiles for ATP hydrolysis in myosin
Grigorenko Bella L.
,
Kaliman Ilya A.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Journal of Molecular Graphics and Modelling
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 31, с. 1-4
DOI
2011
On the Mechanism of Carborane Diffusion on a Hydrated Silica Surface
Kupchenko Ilya V.
,
Moskovsky Alexander A.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Kolomeisky Anatoly B.
в журнале
Journal of Physical Chemistry C
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 115, № 1, с. 108-111
2011
Quantum mechanical/molecular mechanical analysis of mechanisms of enzyme action. Human acetylcholinesterase
Lushchekina S.V.
,
Kaliman I.A.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Varfolomeev S.D.
в журнале
Russian Chemical Bulletin
, издательство
Springer Nature
(Switzerland)
, том 60, № 11, с. 2196-2204
DOI
2011
The origin of radiationless conversion of the excited state in the kindling fluorescent protein (KFP): femtosecond studies and quantum modeling
Shelaev I.
,
Mironov Vladimir A.
, Rusanov A., Gostev F.,
Bochenkova A.
,
Sarkisov O.
,
Nemukhin A.
,
Savitsky A.
в журнале
Laser Physics Letters
, издательство
Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
(Germany)
, том 8, № 6, с. 469-474
DOI
2011
Моделирование механизма реакций гидролиза циклических гуанозинмонофосфатов в воде
Андрийченко Н.Н.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 52, с. 277-280
2011
Расчеты взаимодействий в биомолекулярных системах: сравнение квантовых и классических подходов
Бажанова З.Г.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вычислительные методы и программирование
, издательство
Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова
(Москва)
, том 12, с. 298-302
2010
Algorithms of the flexible effective fragment method used for modeling of transformations in enzyme active sites
Nemukhin A.
, Grigorenko B., Polyakov I.,
Morozov D.
, Khrenova M.
в журнале
Moscow University Chemistry Bulletin
, издательство
Allerton Press Inc.
(United States)
, том 65, № 6, с. 355-357
2010
Algorithms of the flexible effective fragment method used for modeling of transformations in enzyme active sites
Nemukhin A.
,
Grigorenko B.
,
Polyakov I.
,
Morozov D.
,
Khrenova M.
в журнале
Moscow University Chemistry Bulletin
, издательство
Allerton Press Inc.
(United States)
, том 65, № 6, с. 355-357
2010
Free Energy Barriers for the N-Terminal Asparagine to Succinimide Conversion: Quantum Molecular Dynamics Simulations for the Fully Solvated Model
Kaliman I.
,
Nemukhin A.
,
Varfolomeev S.
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, № 6, с. 184-189
2010
Modeling of the mechanism of hydrolysis of succinylcholine in the active site of native and modified (Asp70Gly) human butyrylcholinesterase
Lushchekina S.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Morozov D.I.
,
Polyakov I.V.
,
Nemukhin A.V.
,
Varfolomeev S.D.
в журнале
Russian Chemical Bulletin
, издательство
Springer Nature
(Switzerland)
, том 59, № 1, с. 55-60
DOI
2010
Modeling reaction routes from rhodopsin to bathorhodopsin
Khrenova M.G.
,
Bochenkova A.V.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics
, издательство
Wiley-Liss Inc
(United States)
, том 78, № 3, с. 614-622
DOI
2010
Potential Energy Landscape of the Electronic States of the GFP Chromophore in Different Protonation Forms: Electronic Transition Energies and Conical Intersections
Polyakov I.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Epifanovsky E.M.
,
Krylov A.I.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 6, № 8, с. 2377-2387
DOI
2010
Quantum Chemistry Calculations Provide Support to the Mechanism of the Light-Induced Structural Changes in the Flavin-Binding Photoreceptor Proteins
Khrenova M.G.
,
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Krylov A.I.
,
Domratcheva T.M.
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 6, № 8, с. 2293-2302
DOI
2010
Rigid-Body Molecular Dynamics of Fullerene-Based Nanocars on Metallic Surfaces
Konyukhov Sergei S.
,
Kupchenko Ilya V.
,
Moskovsky Alexander A.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Akimov Alexey V.
,
Kolomeisky Anatoly B.
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 6, № 9, с. 2581-2590
2010
Structural forms of green fluorescent protein by quantum mechanics/molecular mechanics calculations
Grigorenko B.L.
,
Polyakov I.V.
,
Savitskii A.P.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Russian Chemical Bulletin
, издательство
Springer Nature
(Switzerland)
, том 59, № 1, с. 61-65
DOI
2010
The effect of oxidation on the electronic structure of the green fluorescent protein chromophore
Epifanovsky E.
,
Polyakov I.
,
Grigorenko B.
,
Nemukhin A.
,
Krylov A.I.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 132, № 11
DOI
2010
Моделирование механизма реакции гидролиза сукцинилхолина в активном сайте нативной и модифицированной (Asp70Gly) бутирилхолинэстеразы человека
Лущекина С.В.
, Григоренко Б.Л., Морозов Д.И.,
Поляков И.В.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в журнале
Известия Академии наук. Серия химическая
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, № 1, с. 56-61
2009
Biochemical evidence for the tyrosine involvement in cationic intermediate stabilization in mouse beta-carotene 15, 15 '-monooxygenase
Poliakov Eugenia
,
Gentleman Susan
,
Chander Preethi
,
Cunningham Francis X.
, Jr,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
, Michael Redmond T.
в журнале
BMC Biochemistry
, издательство
BioMed Central
(London)
, том 10
DOI
2009
Computer modeling of the structure and spectra of fluorescent proteins
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Savitsky A.P.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 1, № 2, с. 33-43
2009
Conformation-Dependent Chemical Reaction of Formic Acid with an Oxygen Atom
Khriachtchev Leonid
,
Domanskaya Alexandra
,
Marushkevich Kseniya
,
Rasanen Markku
,
Grigorenko Bella
,
Ermilov Alexander
,
Andrijchenko Natalya
,
Nemukhin Alexander
в журнале
The Journal of Physical Chemistry A: Molecules, Clusters, and Aerosols
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 113, № 29, с. 8143-8146
DOI
2009
Gas Phase Absorption Studies of Photoactive Yellow Protein Chromophore Derivatives
Rocha-Rinza Tomas
,
Christiansen Ove
,
Rajput Jyoti
,
Gopalan Aravind
,
Rahbek Dennis B.
,
Andersen Lars H.
,
Bochenkova Anastasia V.
, Alexander A Granovsky,
Bravaya Ksenia B.
,
Alexander V Nemukhin
,
Christiansen Kasper Lincke
,
Nielsen Mogens Brondsted
в журнале
The Journal of Physical Chemistry A: Molecules, Clusters, and Aerosols
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 113, № 34, с. 9442-9449
DOI
2009
Modeling negative ion defect migration through the gramicidin A channel
Kaliman I.A.
,
Moskovsky A.A.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Molecular Modeling
, издательство
Springer Verlag
(Germany)
, том 15, № 8, с. 1009-1012
2009
On photoabsorption of the neutral form of the green fluorescent protein chromophore
Topol Igor
,
Collins Jack
,
Polyakov Igor
,
Grigorenko Bella
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Biophysical Chemistry
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 145, № 1, с. 1-6
DOI
2009
Opening the Arg-Glu salt bridge in myosin: computational study
Kaliman Ilya
,
Grigorenko Bella
,
Shadrina Maria
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Physical Chemistry Chemical Physics
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
, том 11, № 24, с. 4804-4807
DOI
2009
Quantum Chemical Benchmark Studies of the Electronic Properties of the Green Fluorescent Protein Chromophore. 1. Electronically Excited and Ionized States of the Anionic Chromophore in the Gas Phase
Epifanovsky Evgeny
,
Polyakov Igor
,
Grigorenko Bella
,
Nemukhin Alexander
,
Krylov Anna I.
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 5, № 7, с. 1895-1906
DOI
2009
Quantum Chemical Benchmark Studies of the Electronic Properties of the Green Fluorescent Protein Chromophore: 2. Cis-Trans Isomerization in Water
Polyakov Igor
,
Epifanovsky Evgeny
,
Grigorenko Bella
,
Krylov Anna I.
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 5, № 7, с. 1907-1914
DOI
2009
Quantum chemical justification of the specificity of enzyme catalysis: Correlations between the rate of enzyme catalysis by acetylcholinesterase and substrate structure
Lushchekina S.V.
,
Nemukhin A.V.
,
Morozov D.I.
,
Varfolomeev S.D.
в журнале
Doklady Physical Chemistry
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 426, с. 98-100
DOI
2009
Simulated O-18 Kinetic Isotope Effects in Enzymatic Hydrolysis of Guanosine Triphosphate
Nemukhin A.V.
, Shadrina M.S.,
Grigorenko B.L.
, Du X.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 74, № 9, с. 1044-1048
DOI
2009
Изучение конформационного состояния хромофорной группы, 11-цис-ретиналя, в родопсине методами компьютерного молекулярного моделирования
Фельдман Т.Б.
,
Холмуродов Х.Т.
,
Островский М.А.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в журнале
Биофизика
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 54, № 4, с. 660-667
DOI
2008
Characterization of a complete cycle of acetylcholinesterase catalysis by ab initio QM/MM modeling
Alexander V Nemukhin
,
Lushchekina Sofia V.
,
Bochenkova Anastasia V.
,
Golubeva Anna A.
,
Varfolomeev Sergei D.
в журнале
Journal of Molecular Modeling
, издательство
Springer Verlag
(Germany)
, том 14, № 5, с. 409-416
DOI
2008
Conformation dependence of pK(a)'s of the chromophores from the purple asFP595 and yellow zFP538 fluorescent proteins
Nemukhin A.V.
,
Topol I.A.
,
Grigorenko B.L.
,
Savitsky A.P.
,
Collins J.R.
в журнале
Journal of Molecular Structure: THEOCHEM
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 863, № 1-3, с. 39-43
DOI
2008
Hindered rotation of HArF in solid argon: Infrared spectroscopy and a theoretical model
Bochenkova Anastasia V.
,
Khriachtchev Leonid
,
Lignell Antti
,
Rasanen Markku
,
Lignell Hanna
, Alexander A Granovsky,
Alexander V Nemukhin
в журнале
Physical Review B
, издательство
American Physical Society
(United States)
, том 77, № 9, с. 094301-01-094301-07
DOI
2008
Mechanism of the chemical step for the guanosine triphosphate (GTP) hydrolysis catalyzed by elongation factor Tu
Grigorenko B.L.
,
Shadrina M.S.
,
Topol I.A.
,
Collins J.R.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 1784, № 12, с. 1908-1917
DOI
2008
Mechanisms of enzymatic hydrolysis of nucleoside triphosphates by quantum and molecular mechanics
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Shadrina M.S.
в журнале
Russian Journal of General Chemistry
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 78, № 4, с. 696-703
DOI
2008
Modeling of the Structure and Electronic Spectra of Green Fluorescent Protein Chromophore
Bravaya K.B.
,
Bochenkova A.V.
, Granovskii A.A.,
Nemukhin A.V.
в журнале
Russian Journal of Physical Chemistry B
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 2, № 5, с. 671-675
DOI
2008
Modeling photoabsorption of the asFP595 chromophore
Bravaya Ksenia B.
,
Bochenkova Anastasia V.
, Alexander A Granovsky,
Alexander P Savitsky
,
Alexander V Nemukhin
в журнале
The Journal of Physical Chemistry A: Molecules, Clusters, and Aerosols
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 112, № 37, с. 8804-8810
DOI
2008
Molecular dynamics of surface-moving thermally driven nanocars
Akimov A.V.
,
Nemukhin A.V.
,
Moskovsky A.A.
,
Kolomeisky A.B.
,
Tour J.M.
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 4, № 4, с. 652-656
DOI
2008
Molecular models predict light-induced glutamine tautomerization in BLUF photoreceptors
Domratcheva Tatiana,
Grigorenko Bella L.
, Schlichting Ilme,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Biophysical Journal
, издательство
Biophysical Society
(United States)
, том 94, № 10, с. 3872-3879
DOI
2008
Theoretical characterization of the 1,3-diazaazulene molecule and its derivatives
Bravaya K.B.,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Zhu Yun-Ji
, Zhang Jian-Ping
в журнале
Journal of Molecular Structure: THEOCHEM
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 855, № 1-3, с. 40-44
DOI
2007
An opsin shift in rhodopsin: Retinal S0-S1 excitation in protein, in solution, and in the gas phase
Bravaya Ksenia
,
Bochenkova Anastasia
, Granovsky Alexander,
Nemulkhin Alexander
в журнале
Journal of the American Chemical Society
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 129, № 43, с. 13035-13042
DOI
2007
Impact of pyrophosphate and 0-ethyl-substituted pyrophosphate groups on DNA structure
Rogacheva M.V.
,
Bochenkova A.V.
,
Kuznetsova S.A.
,
Saparbaev M.K.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 111, № 2, с. 432-438
2007
Investigation of matrix-isolated species: spectroscopy and molecular modelling
Nemukhin A.V.
,
Khriachtchev L.Yu
,
Grigorenko B.L.
,
Bochenkova A.V.
,
Räsänen M.
в журнале
Russian Chemical Reviews
, издательство
Turpion - Moscow Ltd.
(United Kingdom)
, том 76, № 12, с. 1085-1092
DOI
2007
Mechanism of the myosin catalyzed hydrolysis of ATP as rationalized by molecular modeling
Grigorenko Bella L.
,
Rogov Alexander V.
,
Topol Igor A.
,
Burt Stanley K.
,
Martinez Hugo M.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
, издательство
National Academy of Sciences
(United States)
, том 104, № 17, с. 7057-7061
DOI
2007
Mechanisms of guanosine triphosphate hydrolysis by Ras and Ras-GAP proteins as rationalized by ab initio QM/MM simulations
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Shadrina Maria S.
,
Topol Igor A.
,
Burt Stanley K.
в журнале
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics
, издательство
Wiley-Liss Inc
(United States)
, том 66, № 2, с. 456-466
DOI
2007
Mixed-ligand complexes based on asymmetric gadolinium ОІ-diketonates: Synthesis, crystal structure, and theoretical modeling
Rogachev A.Yu
,
Minacheva L.Kh
,
Sergienko V.S.
,
Kuz’mina N.P.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Russian Journal of Inorganic Chemistry
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 52, № 9, с. 1365-1377
DOI
2007
Photochemical synthesis of H2O2 from the H2O center dot center dot center dot O(P-3) van der Waals complex: Experimental observations in solid krypton and theoretical modeling
Pehkonen Susanna
,
Marushkevich Kseniya
,
Khriachtchev Leonid
,
Rasanen Markku
,
Grigorenko Bella L.
,
Nemukhin Alexander V.
в журнале
The Journal of Physical Chemistry A: Molecules, Clusters, and Aerosols
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 111, № 45, с. 11444-11449
DOI
2007
Низкотемпературные комплексы атомов и димеров европия с цианофенилпиридинами и алкилцианофенилпиридинами
Шабатина Т.И.
, Власов А.В.,
Ермилов А.Ю.
,
Конюхов С.В.
,
Немухин А.В.
,
Сергеев Г.Б.
в журнале
Журнал структурной химии
, издательство
Изд-во СО РАН
(Новосибирск)
, том 48, № 4, с. 789-797
DOI
2007
Разнолигандные комплексы, производные асимметричных -дикетонатов гадолиния: синтез, структура и теоретическое моделирование
Рогачев А.Ю.,
Миначева Л.Х.
,
Сергиенко В.С.
,
Кузьмина Н.П.
,
Немухин А.В.
в журнале
Журнал неорганической химии
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 52, № 9, с. 1365-1370
2006
Ground-state structures and vertical excitations for the kindling fluorescent protein asFP595
Grigorenko Bella
,
Savitsky Alexander
,
Topol Igor
,
Burt Stanley
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 110, № 37, с. 18635-18640
DOI
2006
Mechanism of triphosphate hydrolysis in aqueous solution: QM/MM simulations in water clusters
Grigorenko B.L.
,
Rogov A.V.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 110, № 9, с. 4407-4412
DOI
2006
Modeling dioxygen binding to the non-heme iron-containing enzymes
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
International Journal of Quantum Chemistry
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 106, № 10, с. 2184-2190
2006
Molecular modeling the reaction mechanism of serine-carboxyl peptidases
Bravaya Ksenia
,
Bochenkova Anastasia
,
Grigorenko Bella
,
Topol Igor
,
Burt Stanley
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Journal of Chemical Theory and Computation
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 2, № 4, с. 1168-1175
DOI
2006
Serine hydrolase catalytical sites: geometry invariants and modeling catalytic activity
Nemukhin A.V.
, Gariev I.A., Pogov F.V.,
Varfolomeev S.D.
в журнале
Mendeleev Communications
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 16, с. 290-292
2006
trans and cis Chrornophore structures in the kindling fluorescent protein asFP595
Grigorenko Bella
,
Savitsky Alexander
,
Topol Igor
,
Burt Stanley
,
Nemukhin Alexander
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 424, № 1-3, с. 184-188
DOI
2006
Математика в университете: из практики химического факультета
Кузьменко Н.Е.
,
Лунин В.В.
,
Гаврилов В.И.
, Гладков Б.В.,
Гнеденко Д.Б.
,
Макаров Ю.Н.
,
Немухин А.В.
,
Рыжова О.Н.
,
Чирский В.Г.
в журнале
Высшее образование сегодня
, издательство
Логос
(М.)
, № 7, с. 34-37
2005
Computational study of a transition state analog of phosphoryl transfer in the Ras-RasGAP complex: AlFx versus MgF3-
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Cachau R.E.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Journal of Molecular Modeling
, издательство
Springer Verlag
(Germany)
, том 11, № 6, с. 503-508
DOI
2005
Hybrid DIM-based QM/MM approach applied to vibrational spectra and trapping site structures of HArF in solid argon
Bochenkova A.V.
,
Firsov D.A.
,
Nemukhin A.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 405, № 1-3, с. 165-171
DOI
2005
Interaction of lanthanide atoms with 4-penty1-4'-cyanobiphenyl in low temperature co-condensates
Vlasov A.V.
,
Shabatina T.I.
,
Ivanov A.Yu
,
Sheina G.G.
,
Nemukhin A.V.
,
Sergeev G.B.
в журнале
Mendeleev Communications
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, № 1, с. 10-11
DOI
2005
Interaction of lanthanide atoms with 4-pentyl-4’-cyanobiphenyl in low temperature co-condensates
Vlasov A.V.
,
Shabatina T.I.
,
Ivanov A.Yu
,
Sheina G.G.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Mendeleev Communications
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 1, с. 10-11
DOI
2005
Methastable lanthanide complexes formation and their thermal behavior in the solid phase of alkylcyanobiphenyls
Shabatina T.I.
,
Vlasov A.V.
,
Konyuhov S.V.
,
Ermilov A.Yu
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Molecular Crystals and Liquid Crystals
, издательство
Taylor & Francis
(United Kingdom)
, том 440, с. 317-324
DOI
2005
Methasteble lanthanide complexes formation and their thermal behavior in the solid phase of alkylcyanobiphenyls
Shabatina T.I.
,
Vlasov A.V.
,
Konyuhov S.V.
,
Ermilov A.Yu
,
Nemukhin A.V.
,
Sergeev G.B.
в журнале
Mol. Cryst. Lig. Cryst
, № 440, с. 317-324
DOI
2005
Modeling dioxygen activation by nonheme iron containing enzymes
Grigorenko B.
,
Nemukhin A.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Abstracts of Papers of the American Chemical Society
, том 230, с. U2938-U2938
2005
Modeling the Mechanism of GTP Hydrolysis by the RAS-GAP Protein Complex
Grigorenko B.L.
,
Rogov A.V.
,
Knyazeva M.A.
,
Isaeva E.V.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 46, № 1, с. 19-23
2005
Modeling the Mechanism of Hydrolysis of Guanosine Triphosphate by the RAS-GAP Protein Complex
Grigorenko B.L.,
Rogov A.V.
,
Knyazeva M.A.
,
Isaeva E.V.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Moscow University Chemistry Bulletin
, издательство
Allerton Press Inc.
(United States)
, том 60, № 1, с. 16-20
2005
QM/MM modeling of the structures and properties of the beta-diketonate-based lanthanide complexes
Nemukhin A.V.
, Rogachev A.Y., Konyukhov S.V.,
Bochenkova A.V.
, Granovsky A.A.
в журнале
International Journal of Quantum Chemistry
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 104, № 2, с. 203-213
DOI
2005
QM/MM modeling the Ras-GAP catalyzed hydrolysis of guanosine triphosphate
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Topol I.A.
,
Cachau R.E.
,
Burt S.K.
в журнале
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics
, издательство
Wiley-Liss Inc
(United States)
, том 60, № 3, с. 495-503
DOI
2005
QM/MM potential energy surfaces for modeling mechanisms of enzymatic reactions
Nemukhin A.
,
Grigorenko B.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Abstracts of Papers of the American Chemical Society
, том 230, с. U2949-U2949
2005
Theoretical modeling of the structures and properties of copper(II) and nickel(II) complexes with schiff bases
Rogachev A.Yu
,
Nemukhin A.V.
,
Granovskii A.A.
,
Kuz’mina N.P.
в журнале
Russian Journal of Inorganic Chemistry
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 50, № 7, с. 1036-1043
2004
A New Universal Web Interface to Quantum Chemistry Programs
Moskovsky A.A.
, Vanovsky V.V.,
Granovsky A.A.
,
Firsov D.A.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
International Journal of Quantum Chemistry
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 100, № 4, с. 645-648
DOI
2004
A simulation of the reaction between glutathion and the hydroxymethyl radical in water by combined quantum and molecular mechanics methods
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Knyazeva M.A.
в журнале
Russian Journal of Physical Chemistry A
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 78, № 6, с. 888-895
2004
Applications of the flexible effective fragment QM/MM technique for modeling biomolecular processes
Nemukhin A.
,
Grigorenko B.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Abstracts of Papers of the American Chemical Society
, том 228, с. U240-U241
2004
Hybrid diatomics-in-molecules-based quantum mechanical/molecular mechanical approach applied to the modeling of structures and spectra of mixed molecular clusters Ar-n(HCl)(m) and Ar-n(HF)(m)
Bochenkova A.V.
,
Suhm M.A.
, Granovsky A.A.,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 120, № 8, с. 3732-3743
DOI
2004
Mechanism of the guanosine triphosphate hydrolysis by RAS-GAP proteins as studied by the flexible effective fragment QM/MM technique
Grigorenko B.
,
Nemukhin A.
,
Topol I.A.
,
Cachau R.E.
,
Burt S.K.
в журнале
Abstracts of Papers of the American Chemical Society
, том 228, с. U295-U295
2004
Modeling of serine protease prototype reactions with the flexible effective fragment potential quantum mechanical/molecular mechanical method
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Rogov A.V.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Theoretical Chemistry Accounts
, издательство
Springer Verlag
(Germany)
, том 111, № 1, с. 36-48
DOI
2004
QM/MM modeling of the glutathione-hydroxymethyl radical reaction in watery
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Physical Chemistry Chemical Physics
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
, том 6, № 5, с. 1031-1038
DOI
2004
Quantum chemical modeling of the GTP hydrolysis by the RAS-GAP protein complex
Topol I.A.
,
Cachau R.E.
,
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Burt S.K.
в журнале
Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 1700, № 1, с. 125-136
DOI
2004
Structures of the peptide-water complexes studied by the hybrid quantum mechanical-molecular mechanical (QM/MM) technique
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Bochenkova A.V.
, Kovba V.M.,
Epifanovsky E.M.
в журнале
Structural Chemistry
, издательство
Springer-Verlag
(Heidelberg, Germany)
, том 15, № 1, с. 3-9
DOI
2004
Theoretical modeling of the heterobimetallic complex [La(pta) 3Cu(salen)] and its precursors
Rogachev A.
,
Kuzmina N.
,
Nemukhin A.
в журнале
Journal of Alloys and Compounds
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 374, № 1-2, с. 335-338
DOI
2004
WebQC веб-интерфейс для программ молекулярного моделирования
Московский А.А.
, Вановский В.В.,
Фирсов Д.А.
, Асратян А.Н.,
Немухин А.В.
в журнале
Биомедицинская химия
, том 50, № прил.1, с. 127-132
2004
Низкотемпературные билигандные комплексы европия и самария с мезогенными алкилцианобифенилами
Власов А.В.,
Конюхов С.В.
,
Шабатина Т.И.
,
Ермилов А.Ю.
,
Немухин А.В.
,
Сергеев Г.Б.
в журнале
Журнал структурной химии
, издательство
Изд-во СО РАН
(Новосибирск)
, том 45, № 3, с. 406-411
DOI
2004
Экспериментальное и теоретическое изучение взаимодействия частиц магния с четыреххлористым углеродом
Рогов А.В.
,
Михалев С.П.
,
Грановский А.А.
,
Соловьев В.Н.
,
Немухин А.В.
,
Сергеев Г.Б.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 45, № 4, с. 219-224
2003
Flexible effective fragment QM/MM method: Validation through the challenging tests
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Topol I.A.
,
Burt
в журнале
Journal of Computational Chemistry
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 24, № 12, с. 1410-1420
DOI
2003
Modeling chemical reactions in proteins by the QM/MM method based on the flexible effective fragment potential technique
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Abstracts of Papers of the American Chemical Society
, том 226, с. U271-U272
2003
Practical implementation of the flexible effective fragment QM/MM method for modeling chemical reactions in condensed phases
Grigorenko B.
,
Nemukhin A.V.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Abstracts of Papers of the American Chemical Society
, том 226, с. U306-U306
2003
Quantum chemical simulations of the proton transfer in water wires attached to molecular walls
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 107, № 13, с. 2958-2965
DOI
2003
Theoretical Modeling of the Structures and Properties of Lanthanum Complexes with Substituted Acetylacetones
Rogachev A.Yu
,
Nemukhin A.V.
,
Kuz’mina N.P.
, Sevast’yanov D.V.
в журнале
Doklady Chemistry
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 389, № 4-6, с. 87-91
DOI
2002
A QM/MM approach with effective fragment potentials applied to the dipeptide-water structures
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Bochenkova A.V.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Journal of Molecular Structure: THEOCHEM
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 581, с. 167-175
DOI
2002
Intermolecular complexes of HXeOH with water: Stabilization and destabilization effects
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Khriachtchev L.
,
Tanskanen H.
,
Pettersson M.
,
Rasanen M.
в журнале
Journal of the American Chemical Society
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 124, № 36, с. 10706-10711
DOI
2002
Modeling of biomolecular systems with the quantum mechanical and molecular mechanical method based on the effective fragment potential technique: Proposal of flexible fragments
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
The Journal of Physical Chemistry A: Molecules, Clusters, and Aerosols
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 106, № 44, с. 10663-10672
DOI
2002
On the origin of potential barrier for the reaction OH-+CO2 -> HCO3- in water: Studies by using continuum and cluster solvation methods
Nemukhin A.V.
,
Topol I.A.
,
Grigorenko B.L.
,
Burt S.K.
в журнале
Journal of Physical Chemistry B
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 106, № 7, с. 1734-1740
DOI
2002
Квантово-химическое моделирование реакции OH– + CO2→ HCO3– в водных кластерах
Конюхов С.С.
, Московский А.А.,
Фирсов Д.А.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 43, № 1, с. 4-6
2001
Calculations of the vibrational spectrum and dynamics of the ArHF complex with a semiempirical potential energy surface
Buchachenko A.A.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Stepanov N.F.
в журнале
Russian Journal of Physical Chemistry A
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 75, № 3, с. 336-342
2001
Emission of SH radicals in solid krypton: mixed quantum-classical molecular dynamics simulations
Firsov D.A.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Khriachtchev L.Y.
,
Rasanen M.O.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 338, № 4-6, с. 317-322
DOI
2001
Formation of mixed d- and f-block metal clusters in inert matrices: comparison of the observed and theoretical optical spectra of AgHo
Klotzbucher W.E.
,
Petrukhina M.A.
,
Nemukhin A.V.
,
Ermilov A.Y.
,
Grigorenko B.L.
в журнале
Spectrochimica Acta - Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 57, № 5, с. 1093-1101
DOI
2000
A new hybrid approach for modeling reactions in molecular clusters: Application for the hydrogen bonded systems
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
, Skasyrskaya E.Y.,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 112, № 2, с. 513-521
DOI
2000
An analysis of stationary points on the (HF)(n) potential surfaces (n <= 6) predicted by the diatomics-in-ionic-systems model
Grigorenko B.L.
,
Moskovsky A.A.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Molecular Structure: THEOCHEM
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 498, с. 47-60
DOI
2000
Hydrogen bonding at the diatomics-in-molecules level: Water clusters
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Topol I.A.
,
Burt S.K.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 113, № 7, с. 2638-2647
DOI
2000
New approach for the calculation of energy potential surface of molecular clusters
Grigorenko B.L.
,
Skasirskaya E.Y.
,
Knuazeva M.A.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
IZVESTIYA AKADEMII NAUK SSSR SERIYA FIZICHESKAYA
, том 64, № 8, с. 1502-1505
2000
Structure and spectra of hydrogen chloride molecular clusters
Shabatina A.V.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 41, № 3, с. 160-162
2000
Structures of the medium-size hydrogen fluoride clusters
Moskovsky A.A.
,
Grigorenko B.L.
,
Granovsky A.A.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Russian Journal of Physical Chemistry A
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 74, с. S228-S236
2000
Неэмпирические расчёты кластеров Cl–(HF)n, n ≤6
Фирсов Д.А.
,
Грановский А.А.
,
Немухин А.В.
в журнале
Известия Российской академии наук. Серия физическая
, том 64, № 8, с. 1499-1499
2000
Сопоставление структурных и динамических свойств молекул металл-фенилсилоксанов для соединений алюминия, хрома и железа
Исаева Е.В.
,
Немухин А.В.
,
Монастырский О.И.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 41, № 2, с. 94-97
2000
Строение молекулярных кластеров с водородными связями: олигомеры фторида водорода
БогданТ В.
, Грановский А.А.,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Московского университета
, издательство
Ред. журн.
(М.)
, том 41, № 2, с. 98-100
2000
Структура и спектры комплексов Ag(C6H5CN)2
Поликарпов Е.В.
,
Шабатина Т.И.
,
Сергеев Г.Б.
,
Немухин А.В.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 41, № 5, с. 283-285
1999
Ab initio potential curves of the fragments and diatomics-in-molecules potential energy surfaces for the SH center dot center dot center dot Kr complex
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
,
Granovsky A.A.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 301, № 3-4, с. 287-296
DOI
1999
An ab initio study of the anionic clusters Cl–(HF)n (n=1–5)
Nemukhin Aleksandr V.
,
Granovsky Aleksandr A.
,
Firsov Denis A.
в журнале
Mendeleev Communications
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, № 6, с. 215-217
DOI
1999
Application of the vibrational self-consistent field and correlation techniques to the SH/D(Ã)•••Rg (Rg=Ar, Kr) van der Waals complexes
Firsov D.A.
,
Granovsky A.A.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Chemical Physics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 244, с. 67-73
DOI
1999
ArHF vibrational predissociation dynamics using the diatomics-in-molecule potential energy surface
Buchachenko A.A.
,
Stepanov N.F.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 111, № 6, с. 2470-2477
1999
Cryosynthesis and properties of metal-organic nanomaterials
Sergeev G.B.
,
Nemukhin A.V.
,
Sergeev B.M.
,
Shabatina T.I.
,
Zagorskii V.V.
в журнале
Nanostructured Materials
, том 12, № 5-8, с. 1113-1116
DOI
1999
Diatomics-in-ionic-systems and ab initio predictions for the stationary points on potential energy surfaces of the (HF)(n) clusters (n=3-6)
Grigorenko B.L.
,
Moskovsky A.A.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 111, № 10, с. 4442-4452
DOI
1999
Excited-state site effects in luminescence spectroscopy of SH radicals in krypton matrices: Experiment and simulations
Grigorenko B.
,
Khriachtchev L.
,
Nemukhin A.
, Petterson M.,
Isoniemi E.
,
Rasanen M.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 110, № 12, с. 5836-5843
DOI
1999
Matrix isolation and ab initio of the reactions of magnesium atoms and clusters with CO2, C2H2, CO2/C2H4 formation of cyclic complexes
Solov'ev V.N.
,
Polykarpov E.V.
,
Nemukhin A.V.
,
Sergeev G.B.
в журнале
The Journal of Physical Chemistry A: Molecules, Clusters, and Aerosols
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 103, № 34, с. 6721-6725
1999
Structure and vibrational spectra of the H2SВ·(H2O)n clusters
Shabatina A.V.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 40, № 3, с. 147-149
1999
Synthesis and properties of metal-mesogenic nanostructures
Shabatina T.I.
,
Vovk E.V.
,
Ozhegova N.V.
,
Morosov Yu N.
,
Nemukhin A.V.
,
Sergeev G.B.
в журнале
Materials Science and Engineering C
, № 8-9, с. 53-56
1998
Hydrogen bonding described through diatomics-in-ionic-systems: The HF dimer
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Apkarian V.A.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 108, № 11, с. 4413-4425
DOI
1998
MD-DIM simulations of the (3)Pi(g)(ion-pair)->(3)Pi(u)(valence) red-shifted transitions of Cl-2 in neon matrices
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Ozhegova N.V.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 296, № 1-2, с. 84-92
DOI
1998
Modeling Structure and spectra of silver complexes in condensate films at polar liquid crystals
Ozhegova N.V.
,
Shabatina T.I.
,
Nemukhin A.V.
,
Sergeev G.B.
в журнале
Mendeleev Communications
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, с. 218-220
1998
Molecular dynamics of clusters with potential energy surfaces by the method of two-atomic fragments
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Ozhegova N.V.,
Knyazeva M.A.
в журнале
IZVESTIYA AKADEMII NAUK SSSR SERIYA FIZICHESKAYA
, том 62, № 6, с. 1164-1168
1998
Towards quantitative diatomics-in-molecules model for the water molecule
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Apkarian V.A.
в журнале
Chemical Physics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 232, № 3, с. 321-328
DOI
1998
Структура смешанных кластеров металлов
Ермилов А.Ю.
,
Немухин А.В.
,
Сергеев Г.Б.
в журнале
Известия Российской академии наук. Серия физическая
, том 62, № 6, с. 1169-1171
1997
Ab initio potential functions for the ionic states of OH
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 276, № 3-4, с. 171-176
DOI
1997
Calculations of the structure of ArnHF clusters in terms of a DM potential of ArHF
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Sultanov V.B.
в журнале
Chemical Physics Reports
, том 16, № 12, с. 2101-2109
1997
Diatomics-in-molecules description of the Rg-Hal(2) rare gas halogen van der Waals complexes with applications to He-Cl-2
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
,
Buchachenko A.A.
,
Stepanov N.F.
,
Umanskii S.Y.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 106, № 11, с. 4575-4588
1997
Importance of Effective Charges in the Analysis of Electron-Conformational Interactions in Peptides
Shaitan K.V.
,
Nemukhin A.V.
,
Firsov D.A.
,
Bogdan T.V.
,
Topol' I.A.
в журнале
Molecular Biology
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 31, № 1, с. 90-97
1997
Inclusion of ion-pair states in the diatomics-in-molecules description of potential energy surfaces: van der Waals complexes of He-Cl-2 and Ar-Cl-2
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Apkarian V.A.
в журнале
Chemical Physics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 219, № 2-3, с. 161-172
DOI
1997
Modeling properties of the HF dimer in argon clusters
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
в журнале
International Journal of Quantum Chemistry
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 62, № 1, с. 55-65
DOI
1997
Modeling the spectra of matrix-isolated molecules
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
, Ozhegova N.V.
в журнале
Journal of Structural Chemistry
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 38, № 2, с. 207-211
DOI
1997
Modelling trapping sites of (HF)(2) in argon clusters
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 270, № 1-2, с. 103-107
DOI
1997
Molecular dynamics of small magnesium clusters in argon matrices
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
, Ozhegova N.V.
в журнале
Chemical Physics Reports
, том 16, № 1, с. 77-83
1997
Simulation of lithium fragment vibrations in graphite intercalates
Nemukhin A.V.
, Ozhegova N.V.,
Ermilov A.Y.
,
Grigorenko B.L.
в журнале
Russian Journal of Physical Chemistry A
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 71, № 9, с. 1656-1659
1997
Simulation of the properties of lithium clusters in argon matrices
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
, Ozhegova N.V.
в журнале
Russian Journal of Physical Chemistry A
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 71, № 2, с. 306-309
1997
Электронно-конформационные взаимодействия и значение эффективных зарядов на атомах в пептидах
Шайтан К.В.
,
Немухин А.В.
,
Фирсов Д.А.
,
Богдан Т.В.
, Тополь И.А.
в журнале
Молекулярная биология
, том 31, № 1, с. 108-117
1996
Many-body potentials and dynamics based on diatomics-in-molecules: Vibrational frequency shifts in ArnHF (n=1-12,62) clusters
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
, Apkarian V.A.
в журнале
Journal of Chemical Physics
, издательство
AIP Publishing
(United States)
, том 104, № 14, с. 5510-5516
DOI
1996
Structure and spectra of methylmagnesium Grignard complexes
Solov'ev V.N.
,
Nemukhin A.V.
,
Sergeev G.B.
,
Topol I.A.
в журнале
Mendeleev Communications
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, с. 5-7
1996
Theoretical vibrational spectrum of (HF)(2) in argon matrices
Nemukhin A.V.
,
Grigorenko B.L.
, Savin A.V.
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 250, № 2, с. 226-231
DOI
1995
INERT MATRIX EFFECTS ON PROPERTIES OF MATRIX-ISOLATED MOLECULES
NEMUKHIN AV
,
GRIGORENKO BL
,
SERGEEV GB
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 36, № 4, с. 379-382
1995
PROPERTIES OF THE NBR MOLECULE IN ARGON CLUSTERS
NEMUKHIN AV
,
GRIGORENKO BL
в журнале
Chemical Physics Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 233, № 5-6, с. 627-631
DOI
1995
Влияние инертных матриц на свойства матрично-изолированных молекул
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Сергеев Г.Б.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 36, № 4, с. 379-381
1994
EFFECT OF ARGON ATOMS ON CHARGE-DISTRIBUTIONS IN SMALL LITHIUM CLUSTERS
GRIGORENKO BL
,
NEMUKHIN AV
,
SERGEEV GB
, STEPANYUK VS,
SZASZ A.
в журнале
Physical Review B
, издательство
American Physical Society
(United States)
, том 50, № 24, с. 18666-18669
DOI
1994
SIMULATIONS OF KRYPTON MATRIX EFFECTS ON THE ELECTRONIC-SPECTRUM OF NA-2
NEMUKHIN AV
,
GRIGORENKO BL
,
SERGEEV GB
в журнале
Canadian Journal of Physics
, издательство
NRC Research Press
(Canada)
, том 72, № 11-12, с. 909-912
1993
MOLECULAR-SPECTRA AND STRUCTURE OF THE BORON AND ALUMINUM-OXIDES
NEMUKHIN A.V.
,
SEREBRENNIKOV L.V.
в журнале
Успехи химии
, издательство
АНО «Успехи химии»
(Москва)
, том 62, № 6, с. 566-578
1990
FRAGMENT-LOCALIZED ANALYSIS OF THE MULTICONFIGURATIONAL WAVE-FUNCTIONS
BUCHACHENKO AA
,
NEMUKHIN AV
,
STEPANOV NF
в журнале
Chemical Physics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 148, № 2-3, с. 309-314
1989
DISSOCIATION-ENERGIES OF (LI2OH)- AND (LI2OH)+
BUCHACHENKO AA
,
NEMUKHIN AV
,
STEPANOV NF
в журнале
Journal of Structural Chemistry
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 30, № 6, с. 990-993
1989
PHOTOCHEMISTRY OF DISULFIDE RADICAL-ANIONS IN THE SOLID-PHASE
MELNIKOV M.Y.
, ISAEVA O.V.,
RAZSKAZOVSKY Y.V.
, Bogdanova S.A.,
Nemukhin A.V.
в журнале
Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 46, № 2, с. 193-211
DOI
1988
2 PHOTODISSOCIATION PATHWAYS OF ANION-RADICALS H2S2- IN SOLID-PHASE
BOGLANOVA S.A.
, ISAEVA O.V.,
MELNIKOV M.J.
,
Nemukhin A.V.
,
Razskazovskii Y.V.
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 301, № 6, с. 1404-1408
1980
DIM POTENTIAL-ENERGY SURFACES FOR EXCITED-STATES OF H-3
ZAITSEVSKII A.V.
,
NEMUKHIN A.V.
,
STEPANOV N.F.
в журнале
Molecular Physics
, издательство
Taylor & Francis
(United Kingdom)
, том 41, № 2, с. 377-382
DOI
1980
POSSIBLE GENERALIZATION OF THE OPTIMIZED DIATOMICS-IN-MOLECULES THEORY - FURTHER-STUDIES OF THE DIATOMIC STATE MIXING PARAMETER ADJUSTMENT
ZAITSEVSKII A.V.
,
NEMUKHIN A.V.
,
STEPANOV N.F.
в журнале
International Journal of Quantum Chemistry
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 17, № 4, с. 679-687
DOI
1980
Применение метода двухцентрового модельного потенциала для расчётов систем с двумя валентными электронами
Немухин А.В.
,
Степанов Н.Ф.
,
Хрустов В.Ф.
,
Сафонов А.А.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 21, № 2, с. 134-138
Статьи в сборниках
2020
QM/MM Approaches Shed Light on GFP Puzzles
Nemukhin Alexander V.
,
Grigorenko Bella L.
в сборнике
Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics
, место издания
Springer International Publishing Cham
, с. 271-292
DOI
2017
Зеленый флуоресцентный белок: от рождения до смерти
Григоренко Б.Л.
,
Поляков И.В.
,
Миронов В.А.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности / Под редакцией: академика В.А. Садовничего, академика Г.И. Савина, чл.-корр. РАН Вл.В. Воеводина
, серия
Суперкомпьютерное образование
, место издания
Издательство Московского университета Москва
, том 7, с. 33-44
2017
Суперкомпьютерное моделирование молекулярного полиморфизма белков
Хренова М.Г.
,
Коц Е.Д.
,
Кулакова А.М.
,
Лычко Л.А.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности
, серия
7
, место издания
Издательство Московского университета Москва Москва
, с. 45-54
2014
Квантово-химическое моделирование в исследовании молекулярных механизмов действия ферментов
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Лущекина С.В.
,
Поломских В.С.
,
Новичкова Д.А.
,
Варфоломеев С.Д.
в сборнике
Физическая химия биопроцессов
, место издания
Издательская группа URSS Москва
, с. 141-188
2011
Modeling Structure of the Light Harvesting Complex LH1 from the Bacterial Photosynthetic Center of Thermochromatium tepidum
Grigorenko B.L.
,
Khrenova M.G.
,
Nemukhin A.V.
,
J-P Zhang
в сборнике
Molecular Dynamics of Nanobiostructures
2011
Холинэстеразы человека. Суперкомпьютерные вычисления в исследовании механизма действия и роли молекулярного полиморфизма белковой молекулы
Лущекина С.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в сборнике
«Постгеномные исследования и технологии» под ред. члена-корреспондента РАН С.Д.Варфоломеева
, место издания
Изд. МГУ Москва
, с. 15-102
2010
Применение суперкомпьютеров для установления механизмов биохимических реакций
Лущекина С.В.
,
Массон П.
,
Нашон Ф.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в сборнике
Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности
, серия
Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности
, место издания
Изд-во Московского Университета, Москва
, с. 69-76
редактор
Садовничий Виктор Антонович
2009
Theoretical Characterization of Bathorhodopsin
Khrenova Maria G.
,
Bochenkova Anastasia V.
,
Alexander V Nemukhin
в сборнике
MOLECULAR SIMULATION IN MATERIAL AND BIOLOGICAL RESEARCH
, с. 19
2009
Методы квантовой и молекулярной механики в моделировании механизмов реакций ферментативного катализа
Немухин А.В.
,
Лущекина С.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в сборнике
Методы компьютерного моделирования для исследования полимеров и биополимеров
, место издания
УРСС Москва
, с. 17-34
2009
Суперкомпьютеры и квантовая биохимия
Хренова М.Г.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности / Под редакцией: академика В.А. Садовничего, академика Г.И. Савина, чл.-корр. РАН Вл.В. Воеводина
, место издания
Изд-во Московского университета Москва
, том 1, с. 22-1-22-5
2008
Computational approaches in modeling spectra of biological chromophores
Alexander V Nemukhin
,
Bella L Grigorenko
,
Bochenkova Anastasia V.
,
Bravaya Ksenia B.
,
Alexander P Savitsky
в сборнике
SMALL ANIMAL WHOLE-BODY OPTICAL IMAGING BASED ON GENETICALLY ENGINEERED PROBES
, серия
PROCEEDINGS OF THE SOCIETY OF PHOTO-OPTICAL INSTRUMENTATION ENGINEERS (SPIE)
, том 6868, с. 86804-86804
DOI
2007
Accurate modeling of the S0-S1 photo-absorption in biological chromophores
Alexander V Nemukhin
,
Bochenkova Anastasia V.
,
Bravaya Ksenia B.
, Alexander A Granovsky
в сборнике
Genetically Engineered and Optical Probes for Biomedical Applications IV
, серия
PROCEEDINGS OF THE SOCIETY OF PHOTO-OPTICAL INSTRUMENTATION ENGINEERS (SPIE)
, том 6449, с. 4490
DOI
1986
Проблемы квантовомеханических расчётов поверхностей потенциальной энергии возбуждённых состояний молекул
Степанов Н.Ф.
,
Немухин А.В.
,
Хрустов В.Ф.
,
Сафонов А.А.
в сборнике
Строение молекул (Экспериментальные и расчётно-теоретические работы)
, место издания
Издательство Московского университета Москва
, с. 229-245
Книги
2022
Конспект лекций по квантовой механике для химиков
Немухин А.В.
,
Бучаченко А.А.
,
Григоренко Б.Л.
место издания
Издательство Московского университета Москва
, ISBN 978-5-19-011697-7, 54 с.
2020
Фосфорорганические нейротоксины
Андриянова Мария Сергеевна
,
Асланлы А.Г.
, Басова Наталия Евгеньевна, Быков Виктор Иванович,
Варфоломеев Сергей Дмитриевич
, Горбунов Константин Сергеевич,
Гореленков Валентин Константинович
,
Григоренко Белла Людвиговна
,
Гудков Денис Андреевич
,
Завьялов Василий Владимирович
,
Завьялова Наталья Васильевна
, Злобин Александр Владимирович,
Еременко Аркадий Вениаминович
,
Еремин Сергей Александрович
, Ермакова Инна Тихоновна,
Ефременко Елена Николаевна
, Иноземцев Валерий Александрович, Комиссаренко Сергей Анатольевич,
Курочкин Илья Николаевич
, Леонтьевский Алексей Аркадьевич,
Лущекина Софья Владимировна
,
Лягин Илья Владимирович
,
Маслова Ольга Васильевна
, Ивон Морис Массон Патрик,
Махаева Галина Файвелевна
,
Махлис Татьяна Абрамовна
, Медвецкий Игорь Викторович,
Моралев Сергей Николаевич
, Нельга Игорь Аликович,
Нечаева Наталья Леонидовна
,
Новичкова Дана Александровна
,
Немухин Александр Владимирович
,
Розенгарт Евгений Викторович
, Свиридов Алексей Владимирович,
Сенько Ольга Витальевна
,
Степанов Николай Алексеевич
, Третьяков Сергей Вадимович, Фролов Георгий Александрович,
Цыбенова Светлана Батожаргаловна
, Шерстюк Артем Валерьевич, Шушкова Татьяна Валентиновна, Эпиктетов Дмитрий Олегович
место издания
РИОР Москва
, ISBN 978-5-369-02026-5, 380 с.
DOI
2014
Физическая химия биопроцессов
Варфоломеев С.Д.
,
Луковенков А.В.
,
Семенова Н.А.
,
Быков В.И.
,
Цыбенова С.Б.
,
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Лущекина С.В.
,
Поломских В.С.
,
Новичкова Д.А.
, Денисова Т.Г.,
Денисов Е.Т.
,
Угарова Н.Н.
,
Кокшаров М.И.
,
Котельников А.И.
, Медведев Э.С.,
Горячев Н.С.
,
Чухрай Е.С.
,
Атякшева Л.Ф.
,
Татиколов А.С.
,
Гариев И.А.
, Упоров И.В., Островский М.А.,
Фельдман Т.Б.
,
Кондаков С.Э.
,
Мельников М.Я.
,
Курова В.С.
,
Курочкин И.Н.
,
Каламкаров Г.Р.
,
Бугрова А.Е.
,
Федорченко К.Ю.
, Попов И.А., Кононихин А.С.,
Кукаев Е.Н.
,
Стародубцева Н.Л.
,
Индейкина М.И.
,
Костюкевич Ю.И.
,
Владимиров Николаева Г.Н.М.И
,
Пеков С.И.
, Николаев Е.Н.,
Ефременко Е.Н.
, Крылова Л.П.
место издания
КРАСАНД Москва
, ISBN 978-5-396-00585-3, 800 с.
Доклады на конференциях
2023
Molecular modeling of glutamate acylation mechanism in the active site of N-acetylglutamate synthase
(Устный)
Авторы:
Blinova A.R.
,
Kulakova A.M.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
XXIX International Symposium on Bioinformatics and Computer-Aided Drug Discovery, Moscow, September 18-20
, Москва, Россия, 18-20 сентября 2023
2023
Механизмы ферментативных реакций разрыва P-O связи в нуклеозидфосфатах
(Устный)
Авторы:
Мулашкина Т.И.
,
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
13-я Международная научная конференция «Биокатализ. Фундаментальные исследования и применения (БИОКАТАЛИЗ-2023)», Суздаль, 25-29 июня 2023 г.
, Суздаль, Россия, 25-29 июня 2023
2023
Сравнение ферментов фотоактивируемых аденилатциклаз из Beggiatoa и Oscillatoria acuminata методами молекулярного моделирования
(Устный)
Авторы:
Курышкина Мария Сергеевна
,
Кулакова Анна Михайловна
,
Немухин Александр Владимирович
Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых Ломоносов-2023. Секция "Химия". Подсекция "Физическая химия I : молекулярное моделирование, спектроскопия и лазерная химия", Москва, Россия, 10-21 апреля 2023
, Москва, Россия, Россия, 11 апреля - 21 июня 2023
2023
Моделирование механизма ацилирования глутамата в активном центре фермента N-ацетилглутаматсинтазы
(Устный)
Авторы:
Блинова А.Р.
,
Кулакова А.М.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых Ломоносов-2023. Секция "Химия". Подсекция "Физическая химия I : молекулярное моделирование, спектроскопия и лазерная химия"
, Москва, Россия, 10-21 апреля 2023
2023
Профили потенциальной и свободной энергии в моделировании ковалентных ингибиторов основной протеазы SARS-CoV-2 методами комбинированой квантовой и молекулярной механики.
(Устный)
Авторы:
Поляков Игорь Вадимович
,
Немухин Александр Владимирович
Ломоносовские чтения 2023
, Россия, 4-14 апреля 2023
2023
Применение метода динамического сетевого анализа в исследовании механизма фоторегуляции фотоактивируемых аденилатциклаз
(Устный)
Авторы:
Курышкина М.С.
,
Кулакова А.М.
,
Немухин А.В.
65-я Всероссийская научная конференция МФТИ
, МФТИ, Россия, 3-7 апреля 2023
2023
Определение типа механизма ферментативного разрыва P-O связи в нуклеозидфосфатах с использованием электронно-плотностных критериев
(Стендовый)
Авторы:
Мулашкина Т.И.
,
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
XXXV ЗИМНЯЯ МОЛОДЁЖНАЯ НАУЧНАЯ ШКОЛА "ПЕРСПЕКТИВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ И БИОТЕХНОЛОГИИ
, г. москва, Россия, 7-10 февраля 2023
2023
Квантовохимическое моделирование фотореакции гидратации хромофора флуоресцентного белка Dreiklang
(Устный)
Авторы:
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. МКО-2023
, Россия, 23-27 января 2023
2023
Сравнение фотоактивируемых аденилатциклаз Beggiatoa (bPAC) и Oscillatoria acuminata (OaPAC)
(Стендовый)
Авторы:
Курышкина М.С.
,
Кулакова Анна Михайловна
,
Немухин А.В.
ТРИДЦАТАЯ МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ
, МГУ имени М.В,Ломоносова, Россия, 23-27 января 2023
2022
Моделирование взаимодействия флавина, урацила и молекулярного кислорода в активном сайте белка RutA с помощью молекулярной динамики с квантовыми потенциалами.
(Устный)
Авторы:
Поляков И.В.
,
Немухин А.В.
XXII Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА"
, Москва, Россия, 14-16 ноября 2022
2022
Достижения и проблемы моделирования биомолекулярных систем методами квантовой и молекулярной механики (КМ/ММ)
(Пленарный)
Авторы:
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Поляков И.В.
XXIX Международная конференция «Математика. Компьютер. Образование»
, Дубна, Россия, 24-29 января 2022
2021
Оценка стабильности комплекса 2-пропилфенола с Т4 лизоцимом (L99A/M102Q) с использованием молекулярной динамики
(Стендовый)
Авторы:
Юзабчук Д.А.
,
Книга А.Е.
,
Поляков И.В.
,
Немухин А.В.
Международная научная конференция "СОВРЕМЕННАЯ ХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА - НА СТЫКЕ ФИЗИКИ, ХИМИИ И БИОЛОГИИ"
, Черноголовка, Россия, 29 ноября - 3 декабря 2021
2021
Mechanistic and electronic structure aspects of the N-acetyl-L-aspartyl-Lglutamate hydrolysis by glutamate carboxypeptidase
(Устный)
Авторы:
Khrenova M.G.
,
Krivitskaya A.V.
,
Nemukhin A.V.
e-EuCo-CTC 2021
, on-line, Венгрия, 18-19 ноября 2021
2021
Моделирование механизма действия глутаматкарбоксипептидазы - участника полиферментной цепи N-ацетиласпартата
(Устный)
Авторы:
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
,
Кривицкая А.В.
Биотехнология: состояние и перспективы развития 2021
, Москва, Россия, 26-29 октября 2021
2021
"Моделирование структуры комплексы Сas12u1-gRNA-DNA"
(Устный)
Авторы:
Книга А.Е.
,
Горбенко Ф.В.
,
Поляков И.В.
,
Немухин А.В.
XXXIII Симпозиум "Современная химическая физика"
, г. Туапсе, сан. МАЯК, Россия, 20 сентября - 4 октября 2021
2021
Разработка и применение КМ/ММ интерфейса для расчетов профилей свободной энергии ферментативных реакций с ускорением вычислений на графических процессорах
(Устный)
Авторы:
Поляков И.В.
,
Книга А.Е.
,
Немухин А.В.
XXXIII Симпозиум "Современная химическая физика"
, г. Туапсе, сан. МАЯК, Россия, 20 сентября - 4 октября 2021
2021
MOLECULAR MODELING OF TCR-PMHC COMPLEXES
(Устный)
Авторы:
AE Kniga
,
IV Polyakov
,
AV Nemukhin
XXVII Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств"
, Онлайн на базе платформы zoom, Россия, 5-8 апреля 2021
2021
Компьютерное моделирование молекулярных процессов с участием компонентов вируса SARS-CoV-2
(Пленарный)
Авторы:
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Лущекина С.В.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
XXVII Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств"
, Онлайн на базе платформы zoom, Россия, 5-8 апреля 2021
2021
Молекулярное моделирование кинетики ингибирования фермента KRAS с онкогенной мутацией G12C соединением ARS-853
(Устный)
Авторы:
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
XXVII Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств"
, Онлайн на базе платформы zoom, Россия, 5-8 апреля 2021
2021
РАЗРАБОТКА И ТЕСТИРОВАНИЕ КМ/ММ ИНТЕРФЕЙСА NAMD/TERACHEM ДЛЯ РАСЧЕТОВ ПРОФИЛЕЙ СВОБОДНОЙ ЭНЕРГИИ ФЕРМЕНТАТИВНЫХ РЕАКЦИЙ
(Устный)
Авторы:
Поляков Игорь
,
Книга А.
,
Капуста Д.
,
Немухин А.В.
XXVII Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств"
, Онлайн на базе платформы zoom, Россия, 5-8 апреля 2021
2021
Изучение механизма фотоиндуцированного ускорения каталитической реакции в бактериальной фотоактивируемой аденилатциклазе bPAC методами молекулярного моделирования
(Устный)
Авторы:
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
Математика. Компьютер. Образование. МКО-2021
, он-лайн, Россия, 25-29 января 2021
2021
Компьютерное моделирование молекулярных процессов с участием компонентов вируса SARS-CoV-2
(Пленарный)
Автор:
Немухин А.В.
Математика. Компьютер. Образование. МКО-2021
, он-лайн, Россия, 25-29 января 2021
2020
Современные вычислительные методы моделирования механизмов ферментативных реакций и их ингибирования
(Устный)
Авторы:
Хренова М.Г.
,
Григоренко Б.Л.
,
Кулакова А.М.
,
Немухин А.В.
Ломоносовские чтения 2020. Секция "Химия"
, Москва, Россия, 26-30 октября 2020
2020
Суперкомпьютерное моделирование биомолекулярных процессов
(Стендовый)
Авторы:
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
XXVI Симпозиум «Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств» в рамках XXVII Российского Национального Конгресса «Человек и Лекарство»
, Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Россия, 6-25 апреля 2020
2020
Молекулярное моделирование динамики фоторегулируемой аденилатциклазы
(Устный)
Авторы:
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
XXVII Международная конференция «Математика. Компьютер. Образование».
, г. Дубна, Россия, 28 января - 1 февраля 2020
2019
QM/MM-технологии в суперкомпьютерном моделировании белков
(Устный)
Автор:
Немухин А.В.
II Всероссийский научно-практический форум с международным участием "Цифровизация-2019"
, МГУ имени М. В. Ломоносова, Россия, 28-29 октября 2019
2019
Моделирование структуры активного сайта фермента N-ацетилглутаматсинтазы
(Устный)
Авторы:
Поляков Игорь Вадимович
,
Книга А.Е.
,
Григоренко Белла Людвиговна
,
Немухин Александр Владимирович
XIX Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы «Биохимическая физика»
, Москва, Россия, 28-30 октября 2019
2019
Опыт быстрого развертывания облачной вычислительной среды для обработки научных данных
(Стендовый)
Авторы:
Московский А.A.
,
Миронов В.А.
,
Брехов А.Т.
,
Хренова М.Г.
,
Поляков И.В.
,
Фирсов Д.А.
,
Немухин А.В.
,
Подгайный Д.В.
, Стрельцова О.И.
Russian Supercomputing Days
, Москва, Россия, 23-24 сентября 2019
2018
Молекулярное моделирование ферментативных систем мозга человека
(Пленарный)
Автор:
Немухин А.В.
XXXI Симпозиум "Современная химическая физика"
, Туапсе, Россия, 16-30 сентября 2019
2019
The conbined QM/MM and QTAIM approach reveals the nature of atomic interactions in biological systems
(Приглашенный)
Авторы:
Khrenova M.G.
,
Tsirelson V.G.
,
Nemukhin A.V.
XXI Менделеевский съезд по общей и прикладной химии
, г. Санкт-Петербург, Россия, 8-13 сентября 2019
2019
Modeling chemical reactions in photoreceptor proteins
(Приглашенный)
Автор:
Nemukhin A.V.
Frontiers in Multiscale Modelling of Photoreceptor Proteins
, Тель Авив, Израиль, 3-5 сентября 2019
2019
Diversity of mechanisms in enzyme-catalyzed phosphorus-oxygen bons cleavage reactions
(Пленарный)
Автор:
Немухин А.В.
12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”
, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
2019
Компьютерное моделирование биомолекулярных реакций
(Приглашенный)
Автор:
Немухин А.В.
I Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента"
, Черноголовка, Россия, 16-20 июня 2019
2019
Моделирование структур и спектров флуоресцентных белков на основе бактериальных фитохромов
(Устный)
Авторы:
Немухин А.В.
,
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
I Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента"
, Черноголовка, Россия, 16-20 июня 2019
2019
Молекулярное моделирование новых форм белка iLOV с измененными спектральными свойствами
(Стендовый)
Авторы:
Метелешко Ю.И.
,
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
I Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента"
, Черноголовка, Россия, 16-20 июня 2019
2019
Молекулярное моделирование флуоресцентных белков: От квантовой химии хромофоров до динамики макромолекул
(Приглашенный)
Авторы:
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
I Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента"
, Черноголовка, Россия, 16-20 июня 2019
2019
Молекулярное моделирование механизма передачи сигнала от фоторецепторного домена к каталитическому в белковом комплексе bPAC
(Устный)
Авторы:
Лущекина С.В.
,
Кулакова А.М.
,
Немухин А.В.
,
Новичкова Д.А.
,
Хренова М.Г.
«Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем» (ChemSci-2019)
, Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского Российской академии наук (ИОХ РАН), Россия, 13-17 мая 2019
2019
Молекулярное моделирование фоторецепторных белков на основе флавина и его аналогов для оптогенетических конструкций
(Устный)
Авторы:
Метелешко Ю.И.
,
Московский А.А.
,
Капуста Д.П.
,
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
«Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем» (ChemSci-2019)
, Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского Российской академии наук (ИОХ РАН), Россия, 13-17 мая 2019
2019
От молекулярного моделирования механизмов ферментативных реакций до стационарной кинетики Михаэлиса-Ментен
(Устный)
Авторы:
Хренова М.Г.
,
Миронов В.А.
,
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
«Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем» (ChemSci-2019)
, Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского Российской академии наук (ИОХ РАН), Россия, 13-17 мая 2019
2019
Молекулярное моделирование кинетики ковалентного связывания ARS-853 с ферментом KRASG12C
(Устный)
Авторы:
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
,
Кулакова А.М.
XXXVI Всероссийский симпозиум молодых ученых по химической кинетике
, пос. Поведники, Московская обл. Мытищинский район, Россия, 18-21 марта 2019
2019
Молекулярное моделирование мехвнизма взаимодействия белка KRASG12C с соединениями ARS-853 и ARS-1620
(Устный)
Авторы:
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
XXVI международная конференция «Математика. Компьютер. Образование» (Пущино, 28 января — 2 февраля 2019 г.).
, Пущино, Россия, 28 января - 2 февраля 2019
2019
Молекулярное моделирование мутантных форм белка ILOV с хромофорами - производными флавина
(Устный)
Авторы:
Метелешко Ю.И.
,
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
XXVI международная конференция «Математика. Компьютер. Образование» (Пущино, 28 января — 2 февраля 2019 г.).
, Пущино, Россия, 28 января - 2 февраля 2019
2018
Молекулярное моделирование механизма ковалентного ингибирования белка KRASG12C соединениями ARS-853 и ARS-1620 в кармане связывания S-IIP
(Устный)
Авторы:
Немухин А.В.
,
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
XVIII Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика"
, Москва, Россия, 13-15 ноября 2018
2018
Solving the mystery of the deceptively simple reaction of enzymatic hydrolysis of guanosine triphosphate
(Пленарный)
Авторы:
Nemukhin A.
,
Grigorenko B.
,
Moskovsky A.
16-th V.A. Fock Meeting on Quantum, Theoretical and Computational Chemistry
, город Сочи, Россия, 1-5 октября 2018
2018
Суперкомпьютерное моделирование структуры и спектров фитохромов
(Стендовый)
Авторы:
Поляков Игорь Вадимович
,
Миронов Владимир Александрович
,
Московский Александр Александрович
,
Григоренко Белла Людвиговна
,
Немухин Александр Владимирович
Суперкомпьютерные дни в России
, Москва, Россия, 24-25 сентября 2018
2018
Молекулярное моделирование механизмов регуляции активности ферментов
(Устный)
Авторы:
Немухин А.В.
,
Коц Е.Д.
,
Варфоломеев С.Д.
XXX Симпозиум "Современная химическая физика"
, Пансионат МАЯК г. Туапсе, Россия, 16-27 сентября 2018
2018
Молекулярное моделирование флуоресцентных белков на основе флавина и его производных
(Устный)
Авторы:
Хренова М.Г.
,
Метелешко Ю.И.
,
Немухин А.В.
XXX Симпозиум "Современная химическая физика"
, Пансионат МАЯК г. Туапсе, Россия, 16-27 сентября 2018
2018
Использование метода DFTB для исследования структуры красных флуоресцентных белков mKeima и eqFP670
(Стендовый)
Авторы:
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
Вторая школа молодых ученых "Компьютерное моделирование структуры и динамики биомолекул"
, Новосибирский Государственный Университет, Россия, 28-30 апреля 2018
2018
Ковалентные ингибиторы RAS
(Устный)
Авторы:
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
Вторая школа молодых ученых "Компьютерное моделирование структуры и динамики биомолекул"
, Новосибирский Государственный Университет, Россия, 28-30 апреля 2018
2018
Молекулярное моделирование механизма ингибирования белка K-RAS-G12C прототипным соединением ARS-853
(Стендовый)
Авторы:
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ 2018
, Дубна, Россия, 29 января - 3 февраля 2018
2018
Молекулярное моделирование механизмов регуляции ферментативной активности hAsp
(Устный)
Авторы:
Коц Е.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ 2018
, Дубна, Россия, 29 января - 3 февраля 2018
2017
Структурная интерпретация спектров поглощения комплексов Фенна-Метьюса- Ольсона с помощью методов молекулярного моделирования и квантовой химии
(Устный)
Авторы:
Паршин Игорь Витальевич
,
Поляков И.В.
,
Немухин А.В.
XVII Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика"
, Москва, Россия, 13-15 ноября 2017
2017
Фотопревращения флуоресцентного белка DREIKLANG по результатам квантово-химического моделирования
(Устный)
Авторы:
Немухин А.В.
,
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
Всероссийская конференция по квантовой и вычислительной химии (Уфа, 13-17 ноября 2017 г.)
, Уфа, Россия, 13-17 ноября 2017
2017
Компьютерное моделирование в химии: Достижения и перспективы
(Устный)
Автор:
Немухин А.В.
XXIХ Симпозиум "Современная химическая физика"
, Туапсе, Россия, 17-28 сентября 2017
2017
Молекулярные механизмы формирования и разрушения хромофоров в цветных белках
(Устный)
Автор:
Немухин А.В.
XXIХ Симпозиум "Современная химическая физика"
, Туапсе, Россия, 17-28 сентября 2017
2017
Computational modeling of molecular processes in proteins
(Приглашенный)
Авторы:
Nemukhin A.V.
,
Kots E.D.
,
Grigorenko B.L.
,
Khrenova M.G.
11th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists, 27 Aug – 1 Sep 2017 in Munich, Germany
, Мюнхен, Германия, 27 августа - 1 сентября 2017
2017
Molecular modeling approach to understand the activity control mechanisms of hAsp
(Устный)
Авторы:
Коц Е.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
Biocatalysis-2017: Fundamentals & applications. June 25-30, 2017, Moscow Region, Russian Federation.
, Истра, Россия, 25-30 июля 2017
2017
Energy profiles for modeling transient kinetic studies of chemical reactions in proteins
(Приглашенный)
Автор:
Nemukhin A.V.
253rd American Chemical Society National Meeting
, San Francisco, California, США, 2-6 апреля 2017
2017
QM-MM описание каталитических циклов в ферментативном катализе
(Устный)
Авторы:
Коц Е.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
,
Лущекина С.В.
IX Международный конгресс «Биотехнологии: состояние и перспективы развития»
, Гостиный Двор, ул. Ильинка, 4, Россия, 21-22 февраля 2017
2016
Суперкомпьютерное моделирование больших молекулярных систем на примере светособирающей антенны фотосинтетического аппарата пурпурной бактерии
(Устный)
Авторы:
Поляков И.В.
,
Московский А.А.
,
Немухин А.В.
Национальный Суперкомпьютерный Форум (НСКФ-2016)
, Переславль-Залесский, Россия, 29 ноября - 2 декабря 2016
2016
Молекулярная динамика в задачах ферментативного катализа
(Устный)
Авторы:
Коц Е.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Лущекина С.В.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
XXXIV Всероссийский симпозиум молодых ученых по химической кинетике
, Московская область, Россия, 14-17 ноября 2016
2016
Моделирование спектров поглощения агрегатов бактериохлорофиллов с помощью современных методов квантовой химии
(Устный)
Авторы:
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
,
Поляков И.В.
XVI Ежегодная международная молодежная конференция Биохимическая физика ИБХФ РАН-ВУЗы
, г. Москва, ИБХФ им. Н.М. Эмануэля РАН, ул. Косыгина д.4, Россия, 24-26 октября 2016
2016
COMPUTER MODELING OF MOLECULAR PROCESSES IN PROTEINS
(Устный)
Автор:
Nemukhin A.V.
XX Менделеевский съезд по общей и прикладной химии. Екатеринбург, Россия. 26-30 сентября 2016 г.
, Екатеринбург, Россия, 20-30 сентября 2016
2016
METHODS OF MOLECULAR MODELING IN BIOCHEMICAL AND BIOMEDICAL PROBLEMS. CHOLINESTERASES FAMILY
(Устный)
Авторы:
Lushchekina S.V.
,
Masson P.
,
Nemukhin A.V.
,
Varfolomeev S.D.
XX Менделеевский съезд по общей и прикладной химии. Екатеринбург, Россия. 26-30 сентября 2016 г.
, Екатеринбург, Россия, 20-30 сентября 2016
2016
Квантовая химия флавин-содержащих белков
(Устный)
Авторы:
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
XXVIII Симпозиум "Современная химическая физика"
, Туапсе, Россия, 19-30 сентября 2016
2016
Компьютерное моделирование молекулярных процессов в белках
(Устный)
Автор:
Немухин А.В.
XXVIII Симпозиум "Современная химическая физика"
, Туапсе, Россия, 19-30 сентября 2016
2016
Моделирование поглощения светособирающей антенны Thermochromatium tepidum
(Устный)
Авторы:
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
XXVIII Симпозиум "Современная химическая физика"
, Туапсе, Россия, 19-30 сентября 2016
2016
Компьютерное моделирование полного каталитического цикла Аспартоацилазы.
(Устный)
Авторы:
Коц Е.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
,
Лущекина С.В.
,
Варфоломеев С.Д.
Физико-химия наноструктурированных катализаторов
, г. Звенигород, Россия, 11-15 апреля 2016
2015
Компьютерное моделирование молекулярных процессов в белках
(Устный)
Автор:
Немухин А.В.
58-я научная конференция МФТИ
, Москва, Россия, 23-28 ноября 2015
2015
GTP hydrolysis by Ras-GAP enzymatic complex: a theoretical study
(Стендовый)
Авторы:
Alexander Nemukhin
,
Leonora Lychko
,
Nikolay Anuchin
,
Vladimir Mironov
51st Symposium on Theoretical Chemistry
, Potsdam, Германия, 20-24 сентября 2015
2015
Молекулярно-динамическое исследование гидролиза гуанозинтрифосфата (ГТФ) белковым комплексом Ras-GAP
(Устный)
Авторы:
Миронов В.А.
,
Немухин А.В.
,
Лычко Л.А.
XXVII Симпозиум "Современная химическая физика"
, Туапсе, Россия, 20 сентября - 1 октября 2015
2015
Catalytic cycle of aspartoacylase by the results of molecular dynamics and QM/MM simulations
(Устный)
Авторы:
Lushchekina Sofya V.
,
Kots Ekaterina D.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Varfolomeev Sergey D.
Biocatalysis 2015
, Истра, Россия, 21-26 июня 2015
2015
Chemical Transformations in the Active Sites of Cholinesterases Modeled by Quantum-Based Simulations
(Устный)
Авторы:
Nemukhin A.
,
Lushchekina S.
,
Grigorenko B.
,
Kulakova A.
,
Ermilov A.
,
Varfolomeev S.
International Conference "Biocatalysis-2015: Fundamentals and Applications", Moscow region, Avantel Club Istra
, Moscow region, Avantel Club Istra, Россия, 21-26 июня 2015
2015
Modeling C-di-GMP Hydrolysis by Phosphodiesterases with the EAL Domain
(Устный)
Авторы:
Григоренко Б.Л.
,
Князева М.А.
,
Немухин А.В.
International Conference "Biocatalysis-2015: Fundamentals and Applications", Moscow region, Avantel Club Istra
, Moscow region, Avantel Club Istra, Россия, 21-26 июня 2015
2015
Modeling GTP hydrolysis in Ras-GAP
(Устный)
Авторы:
Khrenova Maria
,
Mironov Vladimir
,
Nemukhin Alexander
International Conference "Biocatalysis-2015: Fundamentals and Applications", Moscow region, Avantel Club Istra
, Moscow region, Avantel Club Istra, Россия, 21-26 июня 2015
2015
Polymorphism of human butyrylcholinesterase gene: Molecular modeling of structure, dynamics and catalytic activity of allelozymes
(Устный)
Авторы:
Masson P.
,
Nemukhin A.
,
Lushchekina S.
International Conference "Biocatalysis-2015: Fundamentals and Applications", Moscow region, Avantel Club Istra
, Moscow region, Avantel Club Istra, Россия, 21-26 июня 2015
2015
Computational study of the GTP hydrolysis by the Ras-GAP protein complex
(Стендовый)
Авторы:
Khrenova M.G.
,
Lychko L.A.
,
Mironov V.A.
,
Nemukhin A.V.
The 15th International Congress of Quantum Chemistry
, Пекин, Китай, 8-13 июня 2015
2015
Компьютерное моделирование молекулярных процессов в белках
(Устный)
Автор:
Немухин А.В.
XXVI CЕМЕНОВСКИЕ ЧТЕНИЯ
, Москва, Россия, 16 апреля 2015
2015
Modeling complex molecular mechanisms: Xenon anesthesia and beyond
(Устный)
Автор:
Alexander Nemukhin
The "Kumpula Computational Chemistry and Physics" seminar series
, Хельсинки, Финляндия, 26 марта 2015
2015
Совместное использование суперкомпьютерного моделирования и экспериментальных методов для решения биохимических и биомедицинских задач
(Устный)
Авторы:
Лущекина С.В.
,
Варфоломеев С.Д.
,
Немухин А.В.
Суперкомпьютерный семинар "Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности"
, Москва, Россия, 1 января - 31 декабря 2015
2015
Суперкомпьютерное моделирование молекулярных процессов в белках
(Устный)
Автор:
Немухин А.В.
Суперкомпьютерный семинар "Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности"
, Москва, Россия, 1 января - 31 декабря 2015
2014
Modeling of Chemical Transformations in GTPase Active Sites upon GTP Hydrolysis
(Устный)
Авторы:
Maria Khrenova
,
Alexander Nemukhin
,
Vladimir Mironov
,
Leonora Lychko
GTPases: Mechanisms, Interactions and Applications
, Suzhou, China, Китай, 2014
2014
QM/MM-based modeling structure and spectra of fluorescent proteins
Автор:
Alexander Nemukhin
247th American Chemical Society National Meeting
, Dallas, Texas, USA, 2014
2014
Simulations of Proton Transfer Routes in Proteins of the Green Fluorescent Protein Family
(Не указан)
Авторы:
Alexander Nemukhin
,
Bella Grigorenko
,
Vladimir Mironov
248th American Chemical Society National Meeting & Exposition
, San Francisco, CA, USA, США, 2014
2014
Квантовохимическое моделирование стадии ацилирования в реакции гидролиза ацетилхолина в активном сайте ацетилхолинэстеразы
(Устный)
Авторы:
Григоренко Б.Л.
,
Поляков И.В.
,
Немухин А.В.
XIV ежегодная международная молодежная конференция ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика"
, ИБХФ РАН, Россия, 2014
2014
Межбелковые взаимодействия при формировании узла из четырёх α- спиралей на примере холинэстераз и нейролигинов.
(Устный)
Авторы:
Новичкова Д.А.
,
Немухин А.В.
,
Лущекина С.В.
XIV ежегодная международная молодежная конференция ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика"
, ИБХФ РАН, Россия, 2014
2014
Моделирование компонентов солнечных элементов, сенсибилизированных красителем, с помощью современных методов квантовой химии
(Устный)
Авторы:
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
XXVI Симпозиум "Современная химическая физика"
, Туапсе, Россия, Россия, 20 сентября - 1 октября 2014
2014
Quantum chemical modeling in studies of molecular mechanisms of enzyme catalysis
Автор:
Nemukhin A.V.
Molecular Complexity in Modern Chemistry (MCMC-2014)
, Moscow, Россия, 19 сентября 2014
2014
MODELING SOLVATOCHROMIC TRANSITITION ENERGY SHIFT OF 2-CYANO-5-(4- DIMETHYLAMINOPHENYL)PENT A-2,4-DIENOIC ACID IN FROZEN AQUEOUS SOLUTIONS
(Стендовый)
Авторы:
Kulakova A.M.
,
Nemukhin A.V.
,
Polyakov I.V.
,
Ermilov A.Yu
Chemistry and Physics at Low Temperatures
, Суздаль, Россия, 24-29 августа 2014
2014
Molecular mechanisms of xenon anesthesia: A link to low-temperature studies of xenon complexes
Автор:
Nemukhin Alexander V.
Chemistry and Physics at Low Temperatures
, Суздаль, Россия, 24-29 августа 2014
2013
Photocycle of the photoswitchable fluorescent protein asCP
(Стендовый)
Авторы:
Миронов В.А.
,
Боченкова А.В.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
11th EUROPEAN CONFERENCE ON ATOMS, MOLECULES AND PHOTONS (ECAMP11)
, Aarhus, Denmark, Дания, 2013
2013
Photoswitching of the kindiling fluorescent protein: a theoretical study
(Стендовый)
Авторы:
Mironov Vladimir A.
,
Bochenkova Anastasia V.
,
Khrenova Maria G.
,
Nemukhin Alexander V.
VIII Congress of International Society of Theoretical Chemical Physics
, Budapest, Hungary, Венгрия, 2013
2013
QM/MM of ChE-catalyzed reactions with special attention to OP inhibition
(Стендовый)
Авторы:
Lushchekina S.
,
Gubaydullina A.
,
Polomskih V.
,
Novichkova D.
,
Nemukhin A.
,
Masson P.
,
and Varfolomeev S.
38th Congress of the Federation of European Biochemical Societies (FEBS)
, Saint Petersburg, Россия, 6-11 июля 2013
2012
Application of density functional theory to the description of dispersion interactions in weak-bonded systems “xenon+aromatic molecule”.
Авторы:
Andrijchenko N.N.
,
Ermilov A.U.
,
Nemukhin A.V.
13-th V.A. Fock Meeting on Quantum and Computational Chemistry
, Astana, Казахстан, 2012
2012
Молекулярно-динамическое моделирование холинэстераз. Возможные конфигурации ключевых аминокислотных остатков и «дыхание» белковой молекулы
(Устный)
Авторы:
Новичкова Д.А.
,
Лущекина С.В.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
XII Международная МОЛОДЕЖНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ ИБХФ РАН-ВУЗЫ "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА"
, Россия, Москва, Россия, 12-15 ноября 2012
2012
Computational study of cholinesterase dynamics
(Стендовый)
Авторы:
Novichkova D.A.
,
Luschekina S.V.
,
Varfolomeev S.D.
,
Nemukhin A.V.
,
Masson P.
11th International Meeting on Cholinesterases, Kazan, 4-9 June
, Kazan, Россия, 4-9 июня 2012
2012
Применение теории функционала
Авторы:
Андрийченко Н.Н.
,
Ермилов А.Ю.
,
Немухин А.В.
V Молодежная конференция ИОХ РАН
, Москва, Россия, 28 марта 2012 - 29 марта 2017
2011
Application of density functional theory to the description of dispersion interactions in weak-bonded systems “xenon+aromatic molecule”.
Авторы:
Andrijchenko N.N.
,
Ermilov A.U.
,
Nemukhin A.V.
27th Winter School in Theoretical Chemistry.
, Helsinki, Finland, Финляндия, 2011
2011
Non-covalent interactions influence on asCP chromophore absorption spectra
(Стендовый)
Авторы:
Миронов В.А.
,
Немухин А.В.
,
Боченкова А.В.
XIX Conference on Horizons in Hydrogen Bond Research
, Göttingen, Germany, Германия, 2011
2011
Photophysical properties of the kindling fluorescent protein
(Стендовый)
Авторы:
Боченкова А.В.
,
Немухин А.В.
,
Миронов В.А.
Ninth Triennial Congress of the WORLD ASSOCIATION OF THEORETICAL AND COMPUTATIONAL CHEMISTS WATOC 2011
, Santiago de Compostela, Spain, Испания, 2011
2011
Анализ кристаллографических данных структур ацетилхолинэстераз как один из этапов компьютерного моделирования
(Устный)
Авторы:
Поломских В.С.
,
Новичкова Д.А.
,
Лущекина С.В.
,
Немухин А.В.
XI Международная МОЛОДЕЖНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ ИБХФ РАН-ВУЗЫ "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА"
, Россия, Москва, Россия, 9-17 ноября 2011
2011
Механизмы реакций гидролиза молекул нуклеозидфосфатов
Авторы:
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Исаева Е.В.
,
Князева М.А.
XXIII Симпозиум "Современная химическая физика"
, РФ г. Туапсе, Россия, 23 сентября - 4 октября 2011
2010
Изучение механизма биосинтеза хромофора зеленого флуоресцентного белка
(Стендовый)
Авторы:
Миронов В.А.
,
Боченкова А.В.
,
Немухин А.В.
XXII Симпозиум "Современная химическая физика"
, Туапсе, Россия, Россия, 24 сентября - 5 октября 2010
2010
Моделирование механизмов реакций ферментативного катализа
Авторы:
Князева М.А.
,
Немухин А.В.
,
Андрийченко Н.Н.
,
Исаева Е.В.
XXII Симпозиум "Современная химическая физика"
, Туапсе, Россия, Россия, 24 сентября - 5 октября 2010
2010
Theoretical study of the GFP chromophore biosynthesis
(Стендовый)
Авторы:
Немухин А.В.
,
Миронов В.А.
,
Боченкова А.В.
8th European Conference on Computational Chemistry
, Lund, Sweden, Швеция, 25-28 августа 2010
2009
Ab initio modelling of photophysical properties of cyanohydroxycoumarines
(Стендовый)
Авторы:
Novichkova D.A.
,
Bochenkova A.V.
,
Ermilov A.Yu
,
Nemukhin A.V.
13th ICQC
, Helsinki, Finland, Финляндия, 2009
2009
Моделирование фотофизических свойств изомеров цианогидрокси-кумаринов
(Стендовый)
Авторы:
Новичкова Д.А.
,
Боченкова А.В.
,
Ермилов А.Ю.
,
Немухин А.В.
6-я Всероссийская конференция «Молекулярное моделирование»
, Москва, Россия, 2009
2005
Theoretical study of the double-stranded DNA structures with modified phosphate groups.
Авторы:
ROGACHEVA V.
,
Кузнецова С.А.
,
Немухин А.В.
,
Воchеnkova A.N.
Proceedings of the International Мoscow Conference on Computational Мolecular Biology
, Мoscow, 2005
2005
Theoretical study of the double-stranded DNA structures with modified phosphate groups.
(Стендовый)
Авторы:
Боченкова А.В.
,
Кузнецова С.А.
,
Rogacheva M.V.
,
Немухин А.В.
International Moscow Conference on Computational Molecular Biology
, Moscow, Россия, 2005
1996
MATRIX INFRARED AND UV-VIS. STUDY OF REACTION BETWEEN Mg AND CH3X; X=Br, Cl
(Устный)
Авторы:
Solov'ev V.N.
,
Nemukhin A.V.
,
Sergeev G.B.
51st Ohio State University International Symposium on Molecular Spectroscopy, June 10-14 1996, Columbus, Ohio, USA
, Columbus, Ohio, США, 10-16 июня 1996
Тезисы докладов
2023
Molecular modeling of glutamate acylation mechanism in the active site of N-acetylglutamate synthase
Blinova A.R.
,
Kulakova A.M.
,
Grigorenko B.L.
,
Nemukhin A.V.
в сборнике
Proceedings book of the XXIX Symposium “Bioinformatics and Computer-Aided Drug Discovery”
, место издания
Institute of Biomedical Chemistry, Moscow, Russia
, тезисы, с. 48-48
DOI
2023
Квантовохимическое моделирование фотореакции гидратации хромофора флуоресцентного белка Dreiklang
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в сборнике
ТРИДЦАТАЯ МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ
, издательство
Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований
(Ижевск)
, том 30, тезисы, с. 114-114
2023
Механизмы ферментативных реакций разрыва P-O связи в нуклеозидфосфатах
Мулашкина Т.И.
,
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ 13-ой Международной научной конференции «БИОКАТАЛИЗ. ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ» (БИОКАТАЛИЗ - 2023), г. Суздаль, Россия | Июнь, 25-29 2023
, место издания
ООО «АДМИРАЛ ПРИНТ» Москва
, тезисы
2023
ОПРЕДЕЛЕНИЕ ТИПА МЕХАНИЗМА ФЕРМЕНТАТИВНОГО РАЗРЫВА P-О СВЯЗИ В НУКЛЕОЗИДФОСФАТАХ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ЭЛЕКТРОННО-ПЛОТНОСТНЫХ КРИТЕРИЕВ
Мулашкина Т.И.
,
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
XXXV ЗИМНЯЯ МОЛОДЁЖНАЯ НАУЧНАЯ ШКОЛА "ПЕРСПЕКТИВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ФИЗИКО- ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ И БИОТЕХНОЛОГИИ Сборник тезисов
, место издания
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук Москва
, тезисы
2023
Применение метода динамического сетевого анализа в исследовании механизма фоторегуляции фотоактивируемых аденилатциклаз
Курышкина М.С.
,
Кулакова А.М.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Материалы 65-й Всероссийской научной конференции МФТИ в честь 115-летия Л.Д. Ландау: (03 апреля - 08 апреля 2023г.)
, серия
Фундаментальная и прикладная физика
, место издания
МФТИ
, тезисы
2023
Сравнение ферментов фотоактивируемых аденилатциклаз из Beggiatoa и Oscillatoria acuminata методами молекулярного моделирования
Курышкина Мария Сергеевна
,
Кулакова Анна Михайловна
,
Немухин Александр Владимирович
в сборнике
Материалы Международного молодежного научного форума «Ломоносов-2023»
, издательство
ООО "МАКС Пресс"
(Москва)
, тезисы, с. 896-896
редакторы
Алешковский Иван Андреевич
,
Андриянов Андрей Владимирович
,
Антипов Евгений Александрович
,
Зимакова Екатерина Игоревна
2023
Сравнение фотоактивируемых аденилатциклаз из Beggiatoa и Oscillatoria acuminata
Курышкина М.С.
,
Кулакова А.М.
,
Немухин А.В.
в сборнике
ТРИДЦАТАЯ МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ
, издательство
Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований
(Ижевск)
, том 30, тезисы, с. 108-108
2021
Mechanistic and Electronic Structure Aspects of the N-acetyl-L-aspartyl-L-glutamate Hydrolysis by Glutamate Garboxypeptidase
Khrenova M.G.
,
Krivitskaya A.V.
,
Nemukhin A.V.
в сборнике
e-EuCo-CTC 2021. Book of Abstracts
, тезисы, с. 47
2021
Изучение механизма фотоиндуцированного ускорения каталитической реакции в бактериальной фотоактивируемой аденилатциклазе bPAC методами молекулярного моделирования
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Двадцать восьмая международная конференция «Математика. Компьютер. Образование». Пущино, МО. 25-30 января 2021
, серия
Выпуск 28. Под редакцией Ризниченко Г.Ю. и Рубина А.Б
, место издания
Москва Ижевск Москва
, тезисы, с. 106-106
2021
Компьютерное моделирование молекулярных процессов с участием компонентов вируса SARS-CoV-2
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Лущекина С.В.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
в сборнике
XXVII СИМПОЗИУМ «БИОИНФОРМАТИКА И КОМПЬЮТЕРНОЕ КОНСТРУИРОВАНИЕ ЛЕКАРСТВ». Сборник научных трудов
, место издания
Москва: Институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича
, тезисы, с. 16-16
DOI
2021
Моделирование механизма действия глутаматкарбоксипептидазы - участника полиферментной цепи N-ацетиласпартата
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
,
Кривицкая А.В.
в сборнике
Материалы международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития» (26-29 октября 2021 года, Москва, Россия)
, серия
19
, место издания
ООО “ЭКСПО-БИОХИМ-ТЕХНОЛОГИИ” Москва, Россия
, тезисы, с. 117-118
DOI
2021
Молекулярное моделирование кинетики ингибирования фермента KRAS с онкогенной мутацией G12C соединением ARS-853
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
XXVII СИМПОЗИУМ «БИОИНФОРМАТИКА И КОМПЬЮТЕРНОЕ КОНСТРУИРОВАНИЕ ЛЕКАРСТВ». Сборник научных трудов
, место издания
Москва: Институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича
, тезисы, с. 32-32
DOI
2020
Молекулярное моделирование динамики фоторегулируемой аденилатциклазы
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. XXVII международная конференция / R&G Dynamics Москва. Ижевск Москва Ижевск / Тезисы / 2020г. / том 27 / тезисы
, издательство
Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований
(Ижевск)
, том 27, тезисы, с. 54-54
2019
Diversity of mechanisms in enzyme-catalyzed phosphorus-oxygen bond cleavage reactions
Grigorenko B.
,
Nemukhin A.
,
Lushchekina S.
,
Polyakov I.
,
Moskovsky A.
в сборнике
Abstracts of 12th International conference BIOCATALYSIS-2019: Fundamentals and Applications / Editor V. Tishkov - Moscow
, место издания
Innovations and High Technologies MSU Ltd, 2019 Moscow
, тезисы, с. 28
2019
The conbined QM/MM and QTAIM approach reveals the nature of atomic interactions in biological systems
Khrenova M.G.
,
Tsirelson V.G.
,
Nemukhin A.V.
в сборнике
Book of abstracts XXI Mendeleev Congress on general and applied chemistry
, серия
Book 6. Satellite symposia
, место издания
Санкт-Петербург
, том 6, тезисы, с. 60-60
2019
Моделирование структур и спектров флуоресцентных белков на основе бактериальных фитохромов
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Книга тезисов "1ая Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента""
, место издания
ISBN 978-5-4465-2339-9
, тезисы, с. 18-19
2019
Моделирование структуры активного сайта фермента N-ацетилглутаматсинтазы
Поляков Игорь Вадимович
,
Книга А.Е.
,
Григоренко Белла Людвиговна
,
Немухин А.В.
в сборнике
Труды XIX Ежегодной молодежной конференции с международным участием ИБХФ РАН-ВУЗЫ "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА", III симпозиума "СОВРЕМЕННОЕ МАТЕРИАЛОВЕДЕНИЕ",
, место издания
ООО АЛЬТИГРАФИКА Москва
, том 13, тезисы, с. 177-179
2019
Молекулярное моделирование кинетики ковалентного связывания ARS-853 с ферментом KRASG12C
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
XXXVI Всероссийский симпозиум молодых ученых по химической кинетике. Сборник трудов. Под редакцией Мельникова М.Я., Верной О.И
, серия
ISBN 978-5-91556-506-6
, место издания
Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Химический факультет, Москва
, тезисы
2019
Молекулярное моделирование механизма взаимодействия белка KRASG12C с соединениями ARS-853 и ARS-1620
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
26 Международная Конференция "Математика. Компьютер. Образование."
, серия
26
, место издания
АНО "Ижевский институт компьютерных исследований" Ижевск
, тезисы, с. 46-46
2019
Молекулярное моделирование механизма передачи сигнала от фоторецепторного домена к каталитическому в белковом комплексе bPAC
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Лущекина С.В.
,
Новичкова Д.А.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Сборник тезисов Всероссийская конференция "Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем"
, серия
ISBN 978-5-6041187-6-4
, тезисы, с. 74-74
2019
Молекулярное моделирование мутантных форм белка ILOV с хромофорами - производными флавина
Метелешко Ю.И.
,
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
в сборнике
26 Международная Конференция "Математика. Компьютер. Образование."
, серия
26
, место издания
АНО "Ижевский институт компьютерных исследований" Ижевск
, тезисы, с. 51-51
2019
Молекулярное моделирование новых форм белка iLOV с измененными спектральными свойствами
Метелешко Ю.И.
,
Немухин А.В.
,
Хренова М.Г.
в сборнике
Книга тезисов "1ая Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента""
, место издания
ISBN 978-5-4465-2339-9
, тезисы, с. 28-29
2019
Молекулярное моделирование ферментативных систем мозга человека
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Поляков И.В.
,
Книга А.Е.
,
Григоренко Б.Л.
в сборнике
Тезисы докладов XXXI Симпозиума Современная химическая физика
, место издания
Москва
, тезисы, с. 28
2019
Молекулярное моделирование флуоресцентных белков: от квантовой химии хромофоров до динамики макромолекул
Григоренко Б.Л.
,
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Книга тезисов "1ая Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента""
, место издания
ISBN 978-5-4465-2339-9
, тезисы, с. 14-15
2019
От молекулярного моделирования механизмов ферментативных реакций до стационарной кинетики Михаэлиса-Ментен
Хренова М.Г.
,
Миронов В.А.
,
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Сборник тезисов Всероссийская конференция "Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем"
, серия
ISBN 978-5-6041187-6-4
, тезисы, с. 80-80
2018
Computational analysis of reaction mechanisms for optimization of butyrylcholinesterase-based catalytic bioscavengers against organophosphorus agents
Lushchekina S.
,
Grigorenko B.
,
Nemukhin A.
,
Varfolomeev S.
,
Masson P.
в сборнике
Military Medical Science Letters (13th INTERNATIONAL MEETING ON CHOLINESTERASES, 7 th INTERNATIONAL CONFERENCE ON PARAOXONASES, 9. - 14.9.2018, University of Hradec Kralove, Hradec Kralove, Czech Republic)
, том 87, тезисы, с. 13-13
2018
Solving the mystery of the deceptively simple reaction of enzymatic hydrolysis of guanosine triphosphate. Book of Abstracts of the 16th V.A. Fock Meeting on Quantum, Theoretical and Computational Chemistry, p. 8, 2018
Nemukhin A.
,
Grigorenko B.
,
Moskovsky A.
в сборнике
Book of Abstracts of the 16th V.A.Fock Meeting on Quantum, Theoretical and Computational Chemistry
, тезисы, с. 8-8
2018
Использование метода DFTB для исследования структуры красных флуоресцентных белков mKeima и eqFP670
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Компьютерное моделирование структуры и динамики биомолекул. Тезисы выступлений участников Второй Школы молодых ученых MolMod-2018 (Новосибирск, 28–30 апреля 2018 г.)
, место издания
ИПЦ НГУ Новосибирск
, тезисы, с. 28-29
2018
Ковалентные ингибиторы белка RAS
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Компьютерное моделирование структуры и динамики биомолекул. Тезисы выступлений участников Второй Школы молодых ученых MolMod-2018 (Новосибирск, 28–30 апреля 2018 г.)
, место издания
ИПЦ НГУ Новосибирск
, тезисы, с. 26-27
2018
Молекулярное моделирование механизма ингибирования белка K-Ras-G12C прототипным соединением ARS-853
Кулакова А.М.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. тезисы XXV международной конференции
, серия
25
, место издания
R&G Dynamics Москва Москва, Ижевск
, тезисы, с. 71
2018
Молекулярное моделирование механизмов регуляции активности ферментов
Немухин А.В.
,
Коц Е.Д.
,
Варфоломеев С.Д.
в сборнике
Сборник тезисов XXX Симпозиума "Современная химическая физика"
, тезисы, с. 33-33
2018
Молекулярное моделирование механизмов регуляции ферментативной активности hAsp
Коц Е.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. тезисы XXV международной конференции
, место издания
R&G Dynamics Москва
, тезисы, с. 67-67
2018
Молекулярное моделирование флуоресцентных белков на основе флавина и его производных
Хренова М.Г.
,
Метелешко Ю.И.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Сборник тезисов XXX Симпозиума "Современная химическая физика"
, тезисы, с. 133-133
2017
Computational modeling of molecular processes in proteins
Alexander Nemukhin
,
Bella Grigorenko
,
Maria Khrenova
,
Sofya Lushchekina
,
Ekaterina Kots
в сборнике
WATOC 2017 11th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists, Munich, Germany, 27 August – 1 September 2017
, место издания
Munich, Germany
, тезисы, с. I-105
2017
Molecular mechanism of antibiotics hydrolysis by metallo-beta-lactamase
Khrenova M.
,
Nemukhin A.
в сборнике
11th International Conference "Biocatalysis-2017"
, место издания
Innovations and High Technologies MSU Ltd Moscow
, тезисы, с. 52-52
2017
Molecular mechanisms of chromophore maturation and decomposition in the green fluorescent protein
Nemukhin A.
,
Grigorenko B.
в сборнике
11th International Conference "Biocatalysis-2017"
, место издания
Innovations and High Technologies MSU Ltd Moscow
, тезисы, с. 33-33
2017
Molecular modeling approach to understand the activity control mechanisms of hAsp
Коц Е.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в сборнике
Biocatalysis-2017: Abstracts of 11th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications” / Editors V. Tishkov and V. Fedorchuk
, место издания
Innovations and High Technologies MSU Ltd, Moscow
, тезисы
2017
QM-MM описание каталитических циклов в ферментативном катализе
Коц Е.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Лущекина С.В.
,
Варфоломеев С.Д.
,
Немухин А.В.
в сборнике
IIX Международный конгресс «Биотехнологии: состояние и перспективы развития» Москва, 20-22 февраля 2017
, место издания
Москва
, тезисы
2017
Молекулярные механизмы формирования и разрушения хромофоров в цветных белках
Немухин А.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Московский А.А.
,
Лущекина С.В.
в сборнике
Сборник тезисов XXIХ Симпозиума Современная химическая физика
, тезисы, с. 26
2017
ФОТОПРЕВРАЩЕНИЯ ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО БЕЛКА DREIKLANG ПО РЕЗУЛЬТАТАМ КВАНТОВОХИМИЧЕСКОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ
Поляков И.В.
,
Григоренко Б.Л.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Сборник тезисов докладов всероссийской конференции по квантовой и математической химии 2017
, место издания
Издательство УГНТУ Уфа
, тезисы, с. 51-51
2016
Квантовая химия флавин-содержащих белков
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Современная химическая физика. XXVIII. Симпозиум. 19-30 сентября 2016 г. г. Туапсе. Сборник тезисов
, место издания
Москва
, тезисы, с. 131-131
2016
Компьютерное моделирование полного каталитического цикла Аспартоацилазы
Коц Е.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Лущекина С.В.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в сборнике
Сборник тезисов докладов конференции "Физико-химия наноструктурированных катализаторов"
, место издания
ИХФ РАН, ООО " ОЛВИГ" Москва
, тезисы, с. 25-25
2016
Моделирование поглощения светособирающей антенны Thermochromatium tepidum
Поляков И.В.
,
Хренова М.Г.
,
Немухин А.В.
в сборнике
Современная химическая физика. XXVIII. Симпозиум. 19-30 сентября 2016 г. г. Туапсе. Сборник тезисов
, место издания
Москва
, тезисы, с. 105-105
2016
Молекулярная динамика в задачах ферментативного катализа
Коц Е.Д.
,
Хренова М.Г.
,
Лущекина С.В.
,
Немухин А.В.
,
Варфоломеев С.Д.
в сборнике
// Сборник тезисов XXXIV Всероссийского симпозиума молодых ученых по химической кинетике, 14-17 ноября 2016 г. Московская обл., пансионат "Берёзки"
, место издания
Издательство МГУ г. Москва
, тезисы
2015
Catalytic cycle of aspartoacylase by the results of molecular dynamics and QM/MM simulations
Kots Ekaterina D.
,
Lushchekina Sofya V.
,
Varfolomeev Sergey D.
,
Nemukhin Alexander V.
в сборнике
10-th International Conference "BIOCATALYSIS-2015"
, место издания
Москва
, тезисы
2015
Modeling C-di-GMP Hydrolysis by Phosphodiesterases with the EAL Domain. Book of
Grigorenko B.L.
,
Knyazeva M.A.
,
Nemukhin A.V.
в сборнике
Abstrcts of International conference Biocatalysis-2015
, тезисы