ИСТИНА

Баулин Евгений Федорович пользователь

кандидат биологических наук с 2021 года

International Institute of Molecular and Cell Biology in Warsaw

Соавторы: Кулаковский И.В., Makeev V., Roytberg M.A., Vorontsov I.E., Богданов А.А., Метелев В.Г., Ройтберг М.А., Спирин С.А., Abramov S., Boytsov A., Bujnicki J.M., Fakhranurova L.I., Favorov A. показать полностью..., Kolmykov S.K., Kolpakov F.A., Yevshin I., Алексеевский А.В., Карягина-Жулина А.С., Пензар Д.Д., Тихонова П.О., Фридман М.В., Aiusheeva A.Z., Astakhova T.V., Bohdan D.R., Bykova D., Bykova D., Jaryani F., Kasianova A.M., Khachko D., Kirsanov D.D., Kolpakov F., Korinevskaya A.V., Kulakovskiy I.V., Kuznetsov I.A., Levshin I.B., Manakov A., Naeim M.S., PJ Iswarya P.N., Panova V., Shirvanizadeh N., Voronina V.V., Yacovlev V.V., Yakovlev V., Абрамов С.С., Астахова Т.В., Аульченко Ю.С., Борцов А.А., Занегина О.Н., Калмыков С.А., Шалыбкова А.А.

20 статей, 21 доклад на конференциях, 1 научный отчёт

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 35, Scopus: 19
РИНЦ:

IstinaResearcherID (IRID): 24998236

ResearcherID: B-2933-2014

Scopus Author ID: 55696335900

ORCID: 0000-0003-4694-9783

Деятельность

• Статьи в журналах

  • 
    • 2023 Multiple Non-Canonical Base-Stacking Interactions as One of the Major Determinants of RNA Tertiary Structure Organization
    • Metelev Valeriy G., Baulin Eugene, Bogdanov Alexey
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 88, № 6 DOI
  • 
    • 2023 МНОЖЕСТВЕННЫЕ НЕКАНОНИЧЕСКИЕ СТЭКИНГ-ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ГЕТЕРОЦИКЛИЧЕСКИХ ОСНОВАНИЙ КАК ОДИН ИЗ ГЛАВНЫХ ФАКТОРОВ ОРГАНИЗАЦИИ ТРЕТИЧНОЙ СТРУКТУРЫ РНК
    • Метелев В.Г., Баулин Е.Ф., Богданов А.А.
    • в журнале Биохимия, издательство ИКЦ «Академкнига» (Москва), том 88, № 6 DOI
  • • 2022 1D2DSimScore: A novel method for comparing contacts in biomacromolecules and their complexes
    • Naeim Moafinejad S., PJ Iswarya Pandara Nayaka, Jaryani Farhang, Shirvanizadeh Niloofar, Baulin Eugene, Bujnicki Janusz
    • в журнале Protein Science, издательство Cold Spring Harbor Laboratory Press (United States) DOI
  • • 2022 A comprehensive survey of long-range tertiary interactions and motifs in non-coding RNA structures
    • Bohdan Davyd R., Voronina Valeria V., Bujnicki Janusz M., Baulin Eugene F.
    • в журнале bioRxiv (The preprint server for biology) DOI
  • • 2022 ANANASTRA: annotation and enrichment analysis of allele-specific transcription factor binding at SNPs
    • Boytsov Alexandr, Abramov Sergey, Aiusheeva Ariuna Z., Kasianova Alexandra M., Baulin Eugene, Kuznetsov Ivan A., Aulchenko Yurii S., Kolmykov Semyon, Yevshin Ivan, Kolpakov Fedor, Vorontsov Ilya E., Makeev Vsevolod J., Kulakovskiy Ivan V.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 50, № W1, с. W51-W56 DOI
  • 
    • 2021 Annotation of the local context of RNA secondary structure improves the classification and prediction of A-minors
    • Shalybkova Anna A., Mikhailova Darya S., Kulakovskiy Ivan V., Fakhranurova Liliia I., Baulin Eugene F.
    • в журнале RNA, том 27, № 8, с. 907-919 DOI
  • 
    • 2021 Features and Functions of the A-Minor Motif, the Most Common Motif in RNA Structure
    • Baulin Eugene F.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 86, № 8, с. 952-961 DOI
  • 
    • 2021 Landscape of allele-specific transcription factor binding in the human genome
    • Abramov Sergey, Boytsov Alexandr, Bykova Daria, Penzar Dmitry D., Yevshin Ivan, Kolmykov Semyon K., Fridman Marina V., Favorov Alexander V., Vorontsov Ilya E., Baulin Eugene, Kolpakov Fedor, Makeev Vsevolod J., Kulakovskiy Ivan V.
    • в журнале Nature communications, издательство Nature Pub. Group (United Kingdom), том 12, № 1 DOI
  • 
    • 2020 Base-intercalated and base-wedged stacking elements in 3D-structure of RNA and RNA–protein complexes
    • Baulin Eugene, Metelev Valeriy, Bogdanov Alexey
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
  • 
    • 2020 Brain-related genes are specifically enriched with long phase 1 introns
    • Baulin Eugene F., Kulakovskiy Ivan V., Roytberg Mikhail A., Astakhova Tatiana V.
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 15, № 5, с. e0233978-e0233978 DOI
  • 
    • 2020 Landscape of allele-specific transcription factor binding in the human genome
    • Abramov Sergey, Boytsov Alexandr, Bykova Dariia, Penzar Dmitry D., Yevshin Ivan, Kolmykov Semyon K., Fridman Marina V., Favorov Alexander V., Vorontsov Ilya E., Baulin Eugene, Kolpakov Fedor, Makeev Vsevolod J., Kulakovskiy Ivan V.
    • в журнале bioRxiv (The preprint server for biology) DOI
  • 
    • 2020 SS/SW base pairs are the only base pairs involved in long-range RNA tertiary motifs
    • Baulin Evgeniy, Manakov Alexander, Yakovlev Viktor
    • в журнале Journal of Bioinformatics and Genomics, с. No.-1 DOI
  • 
    • 2018 Короткие стемы в псевдоузловых структурах РНК
    • Баулин Е.Ф., Кориневская А.В., Тихонова П.О., Ройтберг М.А.
    • в журнале Математическая биология и биоинформатика, том 13, № 2, с. 526-533 DOI
  • 
    • 2016 An updated version of NPIDB includes new classifications of DNA–protein complexes and their families
    • Zanegina O.N., Kirsanov D.D., Baulin E.F., Spirin S.A., Karyagina A.S., Alexeevski A.V.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 44, № D1, с. D144-D153 DOI
  • 
    • 2016 URS DataBase: universe of RNA structures and their motifs
    • Baulin E., Yacovlev V., Khachko D., Spirin S., Roytberg M.
    • в журнале Database : the journal of biological databases and curation, издательство Oxford Journals (Oxford, England), том 2016, с. baw085 DOI
  • 
    • 2015 Стемовые мультиплеты: новый подход к описанию третичных мотивов РНК
    • Баулин Е.Ф., Ройтберг М.А.
    • в журнале Математическая биология и биоинформатика, том 10, № 1, с. 54-59 DOI
  • 
    • 2012 Классификация элементов вторичной структуры РНК
    • Баулин Е.Ф., Астахова Т.В., Ройтберг М.А.
    • в журнале Математическая биология и биоинформатика, том 7, № 2, с. 567-571 DOI

• Статьи в сборниках

  • • 2022 Classification of families of DNA-recognizing protein domains based on structural features of DNA-protein complexes
    • Panova V., Baulin E., Karyagina A., Alexeevski A., Spirin S.
    • в сборнике Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): The Thirteenth International Multiconference (04–08 July, 2022, Novosibirsk, Russia); Abstracts, место издания ICG SB RAS Novosibirsk, с. 313-314 DOI
  • 
    • 2020 Across-bulged мотив - новый третичный мотив РНК, содержащий А-минор взаимодействия
    • Баулин Е.Ф., Фахранурова Л.И.
    • в сборнике Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”, серия doi: 10.17537/icmbb20.25, место издания Пущино: ИМПБ РАН Pushchino: IMPB RAS, том 8, с. e27 DOI
  • 
    • 2018 Предсказание сайтов связывания ионов магния с РНК методами машинного обучения
    • Баулин Е.Ф., Тихонова П.О., Ройтберг М.А.
    • в сборнике Доклады Международной конференции "Математическая биология и биоинформатика", место издания ИМПБ РАН Пущино, том 7 DOI

• Доклады на конференциях

  • • 2022 A non-redundant set of long-range RNA 3D modules (Устный)
    • Авторы: Bohdan David R., Bujnicki Janusz M., Baulin Eugene F.
    • ELIXIR 3D BioInfo Community F2F/hybrid meeting - Annual General Meeting, November 2-4, Hinxton, United Kingdom, Hinxton, Великобритания, 2-4 ноября 2022
  • • 2022 1D2DSimScore: A new tool for bio-molecular structure comparison (Устный)
    • Авторы: Moafinejad S.Naeim, Nayaka PJ Iswarya Pandara, Jaryani Farhang, Shirvanizadeh Nilloofar, Baulin Evgenii, Bujnicki Janusz M.
    • Symposium of Polish Bioinformatics Society 2022, September 14-16, Warszawa, Poland, Warsaw, Польша, 12-15 сентября 2022
  • • 2022 An improved structural similarity search method for non-coding RNAs (Устный)
    • Авторы: Baulin Eugene, Boccaletto Pietro, Nithin Chandran, Jain Dharm, Wirecki Tomasz, Bujnicki Janusz
    • Symposium of Polish Bioinformatics Society 2022, September 14-16, Warszawa, Poland, Warsaw, Польша, 12-15 сентября 2022
  • • 2022 Exploring RNA folds and remote evolutionary relationships with an improved structurally similarity search methods (Устный)
    • Авторы: Baulin E., Bocaletto P., Nithin C., Jain D.S., Wirecki T.K., Bujnicki J.M.
    • Computational Approaches to RNA Structure and Function, Benasque, Spain, August 2022, Benasque, Испания, 8-20 августа 2022
  • • 2022 Yet another definition of a long-range RNA tertiary motif (Устный)
    • Авторы: Bohdan D.R., Voronina V.V., Bujnicki J.M., Baulin E.F.
    • Computational Approaches to RNA Structure and Function, Benasque, Spain, August 2022, Benasque, Испания, 8-20 августа 2022
  • • 2022 A non-redundant set of long-range RNA tertiary interactions and their classification (Стендовый)
    • Авторы: Bohdan D., Baulin E.
    • «Биоинформатика и системная биология регуляции и структуры геномов» BGRS/SB-2022, Новосибирск, Россия, 4-8 июля 2022
  • • 2022 Classification of families of DNA-recognizing protein domains based on structural features of DNA-protein complexes (Стендовый)
    • Авторы: Panova V., Baulin E., Karyagina A., Alexeevski A., Spirin S.
    • «Биоинформатика и системная биология регуляции и структуры геномов» BGRS/SB-2022, Новосибирск, Россия, 4-8 июля 2022
  • • 2021 АНАЛИЗ ОКРУЖЕНИЯ ДАЛЬНОДЕЙСТВУЮЩИХ КОНТАКТОВ В СТРУКТУРАХ НЕКОДИРУЮЩИХ РНК (Стендовый)
    • Авторы: Воронина В.В., Баулин Е.Ф.
    • ИНФОРМАТИКА, МОДЕЛИРОВАНИЕ, АВТОМАТИЗАЦИЯ ПРОЕКТИРОВАНИЯ (ИМАП-2021), Ульяновск, Россия, 22-23 ноября 2021
  • • 2021 Classification of families of DNA-recognizing protein domains based on structural features of DNA-protein complexes (Стендовый)
    • Авторы: Panova Vera, Baulin Eugene, Karyagina Anna, Alexeevski Andrey, Spirin Sergey A.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 30 июля - 2 августа 2021, Skolkovo Insitute of Science and Technology, Moscow, Россия, 30 июля - 2 августа 2021
  • • 2020 Структурная классификация третичных мотивов РНК типа А-минор (Стендовый)
    • Авторы: Шалыбкова А.А., Фахранурова Л.И., Баулин Е.Ф.
    • 24-я Международная Пущинская школа-конференция молодых учёных "Биология - наука XXI века", Пущино, Россия, 5-7 октября 2020
  • • 2020 AD ASTRA: the database of Allelic Dosage-corrected Allele-Specific TRAnscription factor binding suggests causal regulatory sequence variants of pathologies (Устный)
    • Авторы: Abramov S., Boytsov A., Bykova D., Baulin E., Yevshin I., Kolpakov F., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V.
    • BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”, Новосибирск, РФ, Россия, 6-10 июля 2020
  • • 2020 Correction for background allelic dosage highlights widespread allele-specific transcription factor binding and suggests causal variants for phenotypic traits (Устный)
    • Авторы: Abramov S., Boytsov A., Bykova D., Baulin E., Yevshin I., Kolpakov F., Kulakovskiy I., Makeev V.
    • Human Genome Meeting, Австралия, 5-8 апреля 2020
  • • 2019 Accounting for RNA secondary structure allows improved classification and prediction of RNA base triples (Устный)
    • Авторы: Mikhailova D.S., Popova V.A., Baulin E.F., Roytberg M.A.
    • MCCMB'19, Биологический факультет МГУ имени М.В. Ломоносова, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2018 New automated classification of DNA-protein complexes in Nucleic acids – Protein Interaction Database (Стендовый)
    • Авторы: Eugene Baulin, Olga Zanegina, Anna Karyagina, Andrei Alexeevski, Sergei Spirin
    • 17th European Conference on Computational Biology (ECCB'18), Athens, Stavros Niarchos Foundation Cultural Center, Греция, 2-12 сентября 2018
  • • 2017 RNA triplexes within the known RNA 3D structures (Стендовый)
    • Авторы: Anastasia Medvedeva, Eugene Baulin, Mikhail Roytberg
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'17), Москва, Россия, 27-30 июля 2017
  • • 2017 Short stems in RNA secondary structure (Стендовый)
    • Авторы: Polina Tikhonova, Eugene Baulin, Mikhail Roytberg
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'17), Москва, Россия, 27-30 июля 2017
  • • 2015 Long-range stem-based RNA tertiary motifs (Стендовый)
    • Авторы: Baulin E.F., Roytberg M.A., Korinevskaya A.V.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'15), Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Россия, 16-19 июля 2015
  • • 2014 Поиск элементов структур РНК (Стендовый)
    • Авторы: Баулин Е.Ф., Ройтберг М.А., Спирин С.
    • 5 международная конференция "Математическая биология и биоинформатика", г.Пущино, Россия, 19-24 октября 2014
  • • 2014 Analysis and Classification of Nonstandard RNA Motifs (Стендовый)
    • Авторы: Baulin E.F., Spirin S., Roytberg M.A.
    • The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS-2014), Новосибирск, Россия, 23-28 июня 2014
  • • 2013 The database of RNA secondary structure elements (Стендовый)
    • Авторы: Roytberg M.A., Baulin E.F.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13), Москва, МГУ, биологический факультет, Россия, 25-28 июля 2013
  • • 2011 Statistics of RNA structures (Стендовый)
    • Авторы: Baulin E., Ivankov D., Roytberg M.
    • International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB-2011, Russia, Moscow, Россия, 2011

• Отчеты

  • • 2018 Разработка и применение математических методов в биологических исследованиях. Биоинформатика.
    • Авторы: Баулин Е.Ф., Бобровский М.В., Быстрова А.В., Быстров В.С., Грохлина Т.И., Иванова Н.В., Исаев Е.А., Куликова Л.И., Лунин В.Ю., Лунина Н.Л., Лыжко Е.В., Махортых С.А., Москаленко А.В., Назипова Н.Н., Ольшевец М.М., Панкратов А.Н., Панюков В.В., Парамонова Е.В., Петрова Т.Е., Пятков М.И., Романов М.С., Смирнов В.Э., Тетуев Р.К., Устинин М.Н., Филиппов С.В., Флоринский И.В., Фурлетова Е.Ф., Ханина Л.Г., Шашков М.В., Яковлев В.В.
    • #18/А-2, 160 с.