Коваленко Илья Борисович
пользователь
кандидат физико-математических наук с 2004 года
доктор физико-математических наук с 2017 года
Количество цитирований статей в журналах по данным
Web of Science: 183,
Scopus: 250
IstinaResearcherID (IRID): 467689
Деятельность
Статьи в журналах
2021
The Photosensitizer Octakis(cholinyl)zinc Phthalocyanine with Ability to Bind to a Model Spike Protein Leads to a Loss of SARS-CoV-2 Infectivity In Vitro When Exposed to Far-Red LED
Sharshov K. ,
Solomatina M. ,
Kurskaya O. ,
Kovalenko I. ,
Kholina E. ,
Fedorov V. ,
Meerovich G. ,
Rubin A. ,
Strakhovskaya M.
в журнале Viruses , издательство MDPI (Basel, Switzerland) , том 13, № 4, с. 643
DOI
2021
What Binds Cationic Photosensitizers Better: Brownian Dynamics Reveals Key Interaction Sites on Spike Proteins of SARS-CoV, MERS-CoV, and SARS-CoV-2
Fedorov Vladimir A. ,
Kholina E. ,
Khruschev S. ,
Kovalenko I. ,
Rubin Andrew ,
Strakhovskaya M.
в журнале Viruses , издательство MDPI (Basel, Switzerland) , том 13, № 8, с. 1615
DOI
2020
Models of Photosynthetic Electron Transport
Riznichenko G.Yu ,
Belyaeva N.E. ,
Diakonova A.N. ,
Kovalenko I.B. ,
Maslakov A.S. ,
Antal T.K. ,
Goryachev S.N. ,
Plyusnina T.Yu ,
Fedorov V.A. ,
Khruschev S.S. ,
Rubin A.B.
в журнале Biophysics , издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation) , том 65, № 5, с. 754-768
DOI
2020
Модели фотосинтетического электронного транспорта
Ризниченко Галина Юрьевна ,
Беляева Наталья Евгеньевна ,
Дьяконова Александра Никитична ,
Коваленко Илья Борисович ,
Маслаков Алексей Сергеевич ,
Антал Тарас Корнелиевич ,
Горячев Сергей Николаевич ,
Плюснина Татьяна Юрьевна ,
Федоров Владимир Андреевич ,
Хрущев Сергей Сергеевич ,
Рубин Андрей Борисович
в журнале Биофизика , издательство Наука (М.) , том 65, № 5, с. 886-902
DOI
2020
Чувствительность антибиотикорезистентных коагулазонегативных стафилококков к антисептику пиклоксидину
Халатян А.С. ,
Будзинская М.В. ,
Холина Е.Г. ,
Страховская М.Г. ,
Колышкина Н.А. ,
Коваленко И.Б. ,
Жуховицкий В.Г.
в журнале Клиническая практика , издательство Федеральный научно-клинический центр ФМБА России (Москва) , том 11, № 1, с. 42-48
DOI
2019
Explicit measurement of the endotoxin adsorption efficiency detects non-Langmuir behavior at low concentrations
Kholina Ekaterina G. ,
Nesterenko Alexey M. ,
Galochkina Tatiana V. ,
Gvozdev Danil A. ,
Polyakova Irina V. ,
Kovalenko Ilya B. ,
Strakhovskaya Marina G. ,
Pisarev Oleg A.
в журнале Analytical Biochemistry , издательство Academic Press (United States) , том 587, с. 113445
DOI
2019
Mechanical properties of tubulin intra- and inter-dimer interfaces and their implications for microtubule dynamic instability
Fedorov Vladimir A. ,
Orekhov Philipp S. ,
Kholina Ekaterina G. ,
Zhmurov Artem A. ,
Ataullakhanov Fazoil I. ,
Kovalenko Ilya B. ,
Gudimchuk Nikita B.
в журнале PLoS Computational Biology , издательство Public Library of Science (United States) , том 15, № 8, с. e1007327
DOI
2018
Кинетические и многочастичные броуновские модели переключения потоков в микроводорослях, выделяющих молекулярный водород Актуальные вопросы биологической физики и химии
Ризниченко Г.Ю. ,
Плюснина Т.Ю. ,
Дьяконова А.Н. ,
Хрущев С.С. ,
Коваленко И.Б. ,
Рубин А.Б.
в журнале Актуальные вопросы биологической физики и химии , издательство Севастопольский государственный университет (Севастополь) , том 3, № 4, с. 763-772
2016
Conformational dynamics of the single lipopolysaccharide O-antigen in solution
Galochkina T. ,
Zlenko D. ,
Nesterenko A. ,
Kovalenko I. ,
Strakhovskaya M. ,
Averyanov A. ,
Rubin A.
в журнале Chemphyschem: a European journal of chemical physics and physical chemistry , издательство John Wiley & Sons Ltd. (United Kingdom) , том 17, № 18, с. 2839-2853
DOI
2016
Influence of pH and ionic strength on electrostatic properties of ferredoxin, FNR, and hydrogenase and the rate constants of their interaction
Diakonova A.N. ,
Khrushchev S.S. ,
Kovalenko I.B. ,
Riznichenko G.Yu ,
Rubin A.B.
в журнале Physical Biology , издательство IOP Publishing ([Bristol, UK], England) , том 13, № 5, с. 056004
DOI
2015
Brownian-dynamics simulations of protein–protein interactions in the photosynthetic electron transport chain
Khruschev S.S. ,
Abaturova A.M. ,
Diakonova A.N. ,
Fedorov V.A. ,
Ustinin D.M. ,
Kovalenko I.B. ,
Riznichenko G.Yu ,
Rubin A.B.
в журнале Biophysics , издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation) , том 60, № 2, с. 212-231
DOI
2015
Моделиpование взаимодейcтвий белков фотоcинтетичеcкой электpон-тpанcпоpтной цепи фотоcинтеза методом бpоуновcкой динамики
Хрущев Сергей Сергеевич ,
Абатуpова А.М. ,
Дьяконова А.Н. ,
Федоpов В.А. ,
Уcтинин Д.М. ,
Коваленко И.Б. ,
Pизниченко Г.Ю. ,
Pубин А.Б.
в журнале Биофизика , издательство Наука (М.) , том 60, № 2, с. 270-292
2013
Моделирование белок-белковых взаимодействий с применением программного комплекса многочастичной броуновской динамики ProKSim
Хрущев С.С. ,
Абатурова А.М. ,
Дьяконова А.Н. ,
Устинин Д.М. ,
Зленко Д.В. ,
Федоров В.А. ,
Коваленко И.Б. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б.
в журнале Компьютерные исследования и моделирование , издательство Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований (Ижевск) , том 5, № 1, с. 47-64
2011
Computer Simulation of Protein-Protein Association in Photosynthesis
Kovalenko I.B. ,
Abaturova A.M. ,
Diakonova A.N. ,
Knyazeva O.S. ,
Ustinin D.M. ,
Khruschev S.S. ,
Riznichenko G.Yu ,
Rubin A.B.
в журнале Mathematical modelling of natural phenomena , издательство EDP Sciences (France) , том 6, № 7, с. 39-54
2011
Multiparticle computer simulation of protein interactions in the photosynthetic membrane
Riznichenko G.Iu ,
Kovalenko I.B. ,
Abaturova A.M. ,
D'iakonova A.N. ,
Kniazeva O.S. ,
Ustinin D.M. ,
Khrushchev S.S. ,
Rubin A.B.
в журнале Biophysics , издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation) , том 56, № 5, с. 775-786
2010
New direct dynamic models of protein interactions coupled to photosynthetic electron transport reactions
Riznichenko G.Yu ,
Kovalenko I.B. ,
Abaturova A.M. ,
Diakonova A.N. ,
Ustinin D.M. ,
Grachev E.A. ,
Rubin A.B.
в журнале Biophysical Reviews , издательство Springer Verlag (Germany) , том 2, № 3, с. 101-110
DOI
2008
Computer simulation of plastocyanin-cytochrome f complex formation in the thylakoid lumen
Kovalenko I.B. ,
Abaturova A.M. ,
Gromov P.A. ,
Ustinin D.M. ,
Riznichenko G.Yu ,
Grachev E.A. ,
Rubin A.B.
в журнале Biophysics , издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation) , том 53, № 2, с. 140-146
DOI
2008
Компьютерное моделирование образования комплекса между пластоцианином и цитохромом f в люмене тилакоида
Коваленко И.Б. ,
Абатурова А.М. ,
Громов П.А. ,
Устинин Д.М. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Грачев Е.А. ,
Рубин А.Б.
в журнале Биофизика , издательство Наука (М.) , том 53, № 2, с. 261-270
2006
Direct simulation of interaction of plastocyanin and cytochrome f in solution
Kovalenko I.B. ,
Abaturova A.M. ,
Gromov P.A. ,
Ustinin D.M. ,
Grachev E.A. ,
Riznichenko G.Yu ,
Rubin A.B.
в журнале Physical Biology , издательство IOP Publishing ([Bristol, UK], England) , том 6, с. 121-129
DOI
2006
Direct simulation of plastocyanin and cytochrome f interactions in solution
Kovalenko I.B. ,
Abaturova A.M. ,
Gromov P.A. ,
Ustinin D.M. ,
Grachev E.A. ,
Riznichenko G.Yu ,
Rubin A.B.
в журнале Physical Biology , издательство IOP Publishing ([Bristol, UK], England) , том 3, № 2, с. 121
DOI
2003
Experimental and theoretical investigation of cyclic electron transport around photosystem I
Kovalenko I.B. ,
Ustinin D.M. ,
Grachev N.E. ,
Krendeleva T.E. ,
Kukarskikh G.P. ,
Titnofeev K.N. ,
Riznichenko G.Y. ,
Grachev E.A. ,
Rubin A.B.
в журнале Biophysics , издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation) , том 48, № 4, с. 656-665
2003
Экспериментальное и теоретическое исследование процессов циклического электронного транспорта вокруг фотосистемы I
Коваленко И.Б. ,
Устинин Д.М. ,
Грачев Н.Е. ,
Кренделева Т.Е. ,
Кукарских Г.П. ,
Тимофеев К.Н. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Грачев Е.А. ,
Рубин А.Б.
в журнале Биофизика , издательство Наука (М.) , том 48, № 4, с. 656-665
Статьи в сборниках
2018
Компьютерное моделирование образования комплекса электрон-транспортных белков пластоцианина и цитохрома f высших растений, зеленых водорослей и цианобактерий
Федоров В.А. ,
Коваленко И.Б. ,
Хрущев С.С. ,
Устинин Д.М. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б.
в сборнике Сборник научных трудов симпозиума "Методы измерения и математическое моделирование физических процессов: биофотоника, оптика и радиолокация" , место издания ООО ПФК "Триада" Астрахань , том 2, с. 104-105
2017
Brownian dynamics study of complex formation of proteins plastocyanin and cytochrome f
Kovalenko Ilya B. ,
Abaturova Anna M. ,
Knyazeva Olga S. ,
Fedorov Vladimir A. ,
Khruschev Sergei S. ,
Riznichenko Galina Yu ,
Rubin Andrei B.
в сборнике Computer design for new drugs and materials: molucular dynamics of nanoscale phenomena , серия Nanotechnology science and technology computer science, technology and applications , место издания Nova Science Publishers, Inc United States , с. 189-206
2017
pH regulation of hydrogen-generating microalgae photosynthetic chain. Kinetic and multiparticle brownian models. Chapter 8
Riznichenko G.Yu ,
Plyusnina T.Yu ,
Diakonova A.N. ,
Kovalenko I.B. ,
Khruschev S.S. ,
Rubin A.B.
в сборнике Nonlinearity: Problems, Solutions and Applications , место издания Nova Science Publishers, Inc United States , том 2, с. 181-202
2015
Protein–protein interaction in photosynthetic electron transfer chain: computer simulation
Коваленко И.Б. ,
Абатурова А.М. ,
Дьяконова А.Н. ,
Устинин Д.М. ,
Хрущев С.С. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б.
в сборнике Computational Materials and Biological Sciences , серия Materials Science and Technologies , издательство Nova Science Publishers (Hauppauge, NY, United States)
2015
Кинетические, Монте-Карло и многочастичные модели первичных процессов фотосинтеза
Ризниченко Г.Ю. ,
Беляева Н.Е. ,
Дьяконова А.Н. ,
Коваленко И.Б. ,
Маслаков А.С. ,
Плюснина Т.Ю. ,
Устинин Д.М. ,
Хрущев С.С.
в сборнике Материалы Х международной научно-технической конференции Актуальные вопросы биологической физики и химии., БФФХ – 2015.. г. Севастополь, 17-21 августа 2015 г , место издания Севастополь , том 10, с. 60-64
2014
Кинетические и многочастичные модели фотосинтетического электронного транспорта
Ризниченко Г.Ю. ,
Беляева Н.Е. ,
Коваленко И.Б. ,
Дьяконова А.Н. ,
Абатурова А.М. ,
Князева О.С. ,
Устинин Д.М. ,
Хрущев С.С. ,
Рубин А.Б.
в сборнике Современные проблемы фотосинтеза , место издания Институт Компьютерных исследований Ижевск - Москва , том 2, с. 41-100
2013
Реконструкция молекулярных процессов в живой клетке
Коваленко И.Б. ,
Хрущев С.С. ,
Устинин Д.М. ,
Федоров В.А. ,
Мамонов П.А. ,
Зленко Д.В. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б.
в сборнике Альманах «Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности" (2013) , место издания Издательство МГУ Москва , с. 85-92
2005
Прямое моделирование процессов взаимодействия пластоцианина с цитохромом f в растворе
Коваленко И.Б. ,
Абатурова А.М. ,
Громов П.А. ,
Устинин Д.М. ,
Грачев Е.А. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б.
в сборнике Сб. научных трудов , серия Математика. Компьютер. Образование , место издания Научно-издательский центр «Регулярная и хаотическая динамика» М.-Ижевск , том 3, с. 955 -967
Книги
2017
Практикум по биофизике в 2 частях. Ч.2
Абатурова А.М. ,
Антал Т.К. ,
Байжуманов А.А. ,
Беленкина Н.С. ,
Беляева Н.Е. ,
Браже А.Р. ,
Браже Н.А. ,
Булычев А.А. ,
Воронова Е.Н. ,
Давлетшина Л.Н. ,
Дьяконова А.Н. ,
Зленко Д.В. ,
Коваленко И.Б. ,
Конюхов И.В. ,
Корватовский Б.Н. ,
Красильников П.М. ,
Кренделева Т.Е. ,
Крупенина Н.А. ,
Кукарских Г.П. ,
Ловягина Е.Р. ,
Лунева О.Г. ,
Максимов Е.Г. ,
Мамонов П.А. ,
Маторин Д.Н. ,
Нестеренко А.М. ,
Паршина Е.Ю. ,
Платонов А.Г. ,
Плюснина Т.Ю. ,
Погосян С.И. ,
Ременников С.М. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Розенкранц А.А. ,
Сёмин Б.К. ,
Страховская М.Г. ,
Тимофеев К.Н. ,
Тодоренко Д.А. ,
Туровецкий В.Б. ,
Устинин Д.М. ,
Храмцов Ю.В. ,
Хрущев С.С. ,
Черкашин А.А. ,
Юсипович А.И. ,
Яковлева О.В.
место издания Лаборатория знаний Москва , ISBN 978-5-906828-27-9, 512 с.
2017
Физико-химические механизмы и регуляция процессов трансформации энергии в биологических структурах (Под редакцией Г.Ю.Ризниченко, А.Б.Рубина)
Кузнецов А.С.,
Ефремов Р.Г. ,
Нокс П.П. ,
Горохов В.В. ,
Твердислов В.А.,
Финкельштейн А.В. ,
Бадретдинов А.Я. ,
Галзитская О.В. ,
Иванков Д.Н.,
Богатырева Н.С. ,
Гарбузинский С.А. ,
Нечипуренко Ю.Д. ,
Давлетшина Л.Н. ,
Ловягина Е.Р. ,
Сёмин Б.К. ,
Антонов В.Ф.,
Корепанова Е.А. ,
Немченко О.Ю. ,
Булычев А.А. ,
Маторин Д.Н. ,
Ванин А.Ф. ,
Максимов Г.В. ,
Бочкарева С.С. ,
Кутузов Н.П. ,
Узденский А.Б. ,
Красильников П.М. ,
Кренделева Т.Е. ,
Антал Т.К. ,
Кукарских Г.П. ,
Волгушева А.А. ,
Вершубский А.В. ,
Тихонов А.Н.,
Ризниченко Г.Ю. ,
Плюснина Т.Ю. ,
Дьяконова А.Н. ,
Коваленко И.Б. ,
Хрущев С.С. ,
Бинги В.Н. ,
Полежаев А.А. ,
Кузнецов М.Б.
место издания Москва-Ижевск: Институт компьютерных исследований , ISBN 978-5-4344-0420-4, 522 с.
2012
Нанобиотехнологии практикум
Абатурова А.М. ,
Багров Д.В. ,
Байжуманов А.А. ,
Бонарцев А.П. ,
Браже А.Р. ,
Браже Н.А. ,
Ванаг В.К. ,
Гулак П.В. ,
Дьяконова А.Н. ,
Зленко Д.В. ,
Коваленко И.Б. ,
Крупенина Н.А. ,
Локтюшкин А.В. ,
Лунева О.Г. ,
Максимов Е.Г. ,
Мамонов П.А. ,
Маторин Д.Н. ,
Нестеренко А.М. ,
Новоселецкий В.Н. ,
Осипов В.А. ,
Паршина Е.Ю. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б. ,
Розенкранц А.А. ,
Страховская М.Г. ,
Храмцов Ю.В. ,
Черкашин А.А. ,
Шайтан К.В. ,
Шумарина А.О. ,
Юсипович А.И.
место издания Бином. Лаборатория знаний Москва , ISBN 978-5-9963-0627-5, 384 с.
Доклады на конференциях
2021
Моделирование фотосинтетического переноса электронов: от взаимодействия отдельных молекул к агентной модели хлоропласта
(Стендовый)
Авторы:
Хрущев С.С. ,
Федоров В.А. ,
Маслаков А.С. ,
Плюснина Т.Ю. ,
Коваленко И.Б. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б.
IX Съезд Российского фотобиологического общества, Всероссийская конференция “Современные проблемы фотобиологии” , Краснодарский край, пос. Шепси, Россия, 12-19 сентября 2021
2018
Electron-transfer protein-protein complex formation in higher plants, green alga and cyanobacteria
(Стендовый)
Авторы:
Fedorov V.A. ,
Kovalenko I.B. ,
Khruschev S.S. ,
Ustinin D.M. ,
Antal T.K. ,
Riznichenko G.Yu ,
Rubin A.B.
Biomembranes 2018. International conference. October 1-5, 2018, Dolgoprudny , Московский физико-технический институт (гос. университет), Долгопрудный, Россия, 1-5 октября 2018
2018
Computer simulation of electron-transfer protein-protein complex formation in higer plants, green alga and cyanobacteria
(Стендовый)
Авторы:
Fedorov V.A. ,
Kovalenko I.B. ,
Khruschev S.S. ,
Ustinin D.M. ,
Antal T.K. ,
Riznichenko G.Yu ,
Rubin A.B.
First European Congress on Photosynthesis Research, ePS-1 A Marcus Wallenberg Symposium. Uppsala, Sweden. June 25-28, 2018 , Uppsala, Швеция, 25-28 июня 2018
Тезисы докладов
2021
Processes in photosynthetic membrane as an object of systems biology
Riznichenko G.Yu ,
Abaturova Anna ,
Antal Taras ,
Belyaeva Natalya ,
Dyakonova Alexandra ,
Kovalenko Ilia ,
Maslakov Alexey ,
Plusnina Tаtyana ,
Khruschev Sergey ,
Fedorov Vladimir ,
Rubin Andrey
в сборнике Systems Biology and Systems Physiology: Regulation of Biological Networks (devoted to the 75th Anniversary of Fazly Ataullakhanov), 2nd Hybrid Conference Proceedings. Hosted by: Centre For Theoretical Problems of Physicochemical Pharmacology RAS, Moscow, , серия Hybrid Conference Proceedings , издательство Globustar Formaat (Tallinn, Estonia) , том 2, тезисы, с. 40-41
DOI
2021
Моделирование фотосинтетического переноса электронов: от взаимодействия отдельных молекул к агентной модели хлоропласта
Хрущев С.С. ,
Федоров В.А. ,
Маслаков А.С. ,
Плюснина Т.Ю. ,
Коваленко И.Б. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б.
в сборнике IX Съезд Российского фотобиологического общества Всероссийская конференция “Современные проблемы фотобиологии” пос. Шепси, 12–19 сентября 2021 г. Материалы съезда , место издания Пятый формат г. Серпухов , тезисы, с. 70-70
2021
Модель стромальных и гранальных ламелл хлоропласта с реалистичной геометрией компартментов
Хрущев С.С. ,
Федоров В.А. ,
Устинин Д.М. ,
Коваленко И.Б. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б.
в сборнике МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. XXVIII международная конференция , серия МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ , издательство Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика" (Ижевск) , том 28, тезисы, с. 94-94
2021
Молекулярные, броуновские, кинетические модели и Монте Карло модели процессов в фотосинтетической мембране высших растений и микроводорослей
Ризниченко Г.Ю. ,
Антал Т.К. ,
Беляева Н.Е. ,
Дьяконова А.Н. ,
Коваленко И.Б. ,
Маслаков А.С. ,
Плюснина Т.Ю. ,
Федоров В.А. ,
Хрущев С.С. ,
Рубин А.Б.
в сборнике IX Съезд Российского фотобиологического общества Всероссийская конференция “Современные проблемы фотобиологии” пос. Шепси, 12–19 сентября 2021 г. Материалы съезда , место издания Пятый формат г. Серпухов , тезисы, с. 61-61
2020
Построение молекулярно-динамической модели взаимодействия комплекса Ndc80 с микротрубочкой
Коваленко И.Б. ,
Орехов Ф.С. ,
Жмуров А.А. ,
Федоров В.А. ,
Холина Е.Г. ,
Гудимчук Н.Б.
в сборнике МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. XXVII международная конференция / R&G Dynamics Москва. Ижевск Москва Ижевск / Тезисы / 2020г. / том 27 / тезисы , серия МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ , издательство Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований (Ижевск) , том 27, тезисы, с. 48-48
2019
Prediction of Relaxed Conformations for Tubulin Dimers: from Cryo- Electron Microscopy to Molecular Dynamics
Fedorov Vladimir A. ,
Orekhov Philipp S. ,
Kholina Ekaterina G. ,
Kovalenko Ilya B. ,
Gudimchuk Nikita B.
в сборнике International Journal of Biomedicine , серия Supl.1 , место издания International Medical Research and Development Corporation New York, United States , том 9, тезисы, с. s7-s8
DOI
2019
Броуновские модели взаимодействия белков и белковых комплексов в фотосинтетических и митохондриальных энергопреобразующих мембранах
Ризниченко Г.Ю. ,
Абатурова А.М. ,
Браже Н.А. ,
Коваленко И.Б. ,
Фёдоров В.А. ,
Хрущев С.С. ,
Рубин А.Б.
в сборнике Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ-2019: материалы XIV международной научной конференции, г. Москва, 21-24 ноября 2019 г , место издания Москва-Севастополь , тезисы, с. 69-70
2019
Образование электрон-транспортного белок-белкового комплекса пластоцианина и цитохрома f высших растений, зеленой водоросли и цианобактерий
Федоров В.А. ,
Хрущев С.С. ,
Устинин Д.М. ,
Коваленко И.Б. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б.
в сборнике МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ 26: Сборник научных тезисов , серия МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ , место издания Регулярная и хаотическая динамика Москва - Ижевск Ижевск , том 26, тезисы, с. 63-63
2019
Особенности формирования комплекса белков пластоцианина и цитохрома f в высших растениях, зеленой водоросли и цианобактериях
Федоров В.А. ,
Хрущев С.С. ,
Устинин Д.М. ,
Коваленко И.Б. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б.
в сборнике Сборник научных трудов VI Съезда биофизиков России (16.09.2019 - 21.09.2019) , место издания ООО Полиграфическое объединение "Плехановец" Краснодар Краснодар , том 2, тезисы, с. 144-145
DOI
2019
Построение крупнозернистой модели белка тубулина на основе траекторий молекулярной динамики
Коваленко И.Б. ,
Орехов Ф.С. ,
Жмуров А.А. ,
Федоров В.А. ,
Холина Е.Г. ,
Гудимчук Н.Б.
в сборнике МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ 26: Сборник научных тезисов , серия МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ , место издания Регулярная и хаотическая динамика Москва - Ижевск Ижевск , том 26, тезисы, с. 38-38
2018
Computer simulation of electron-transfer protein-protein complex formation in higer plants, green alga and cyanobacteria
Fedorov V.A. ,
Kovalenko I.B. ,
Khruschev S.S. ,
Ustinin D.M. ,
Antal T.K. ,
Riznichenko G.Yu ,
Rubin A.B.
в сборнике Abstracts of the 1st European Congress on Photosynthesis Research, ePS-1. A Marcus Wallenberg Symposium , место издания Uppsala, Sweden , тезисы
2018
Development of coarse-grained models of P.aeruginosa lipopolysaccharides with different antigen chains
Kholina E.G. ,
Orekhov P.S. ,
Bozdaganyan M.E. ,
Kovalenko I.B. ,
Strakhovskaya M.G.
в сборнике Book of abstracts of the International conference Biomembranes’18, Dolgoprudny, Russia, October 1-5, 2018 , тезисы, с. 237-237
2018
Electron-transfer protein-protein complex formation in higher plants, green alga and cyanobacteria
Fedorov V.A. ,
Kovalenko I.B. ,
Khruschev S.S. ,
Ustinin D.M. ,
Antal T.K. ,
Riznichenko G.U. ,
Rubin A.B.
в сборнике BIOMEMBRANES 2018. Book of Abstracts , место издания MIPT Dolgoprudny , тезисы, с. 157-157
2018
Electron-transfer protein-protein complex formation in higher plants, green alga and cyanobacteria
Fedorov V.A. ,
Kovalenko I.B. ,
Khruschev S.S. ,
Ustinin D.M. ,
Antal T.K. ,
Riznichenko G.Yu ,
Rubin A.B.
в сборнике Journal of Bioenergetics and Biomembranes. BIOMEMBRANES 2018. Book of Abstracts , место издания Springer US , тезисы, с. 55-55
2018
Образование электрон-транспортного белок-белкового комплекса ферредоксина и ферредоксин-НАДФ+ редуктазы из Zеа mays и гидрогеназы из Chlamydomonas reinhardtii
Федоров В.А. ,
Хрущев С.С. ,
Коваленко И.Б. ,
Абатурова А.М. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б.
в сборнике МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ: Сборник научных тезисов , серия 25 , место издания АНО НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика" Ижевск , том 1, тезисы, с. 80-80
2016
Kinetic and computer modeling of photosynthetic regulation
Riznichenko G. ,
Plusnina T. ,
Dyakonova A. ,
Kovalenko I. ,
Ustinin D. ,
Rubin A.
в сборнике International symposium KSCMBS-2016. Khudjant symposium on computational materials and biological sciences , серия SCMBS symposiums , место издания Khujand Khujand , том 10, тезисы, с. 43-43
2016
Анализ механизмов взаимодействия фотосинтетических белков методами молекулярного моделирования
Рубин А.Б. ,
Хрущев С.С. ,
Дьяконова А.Н. ,
Федоров В.А. ,
Коваленко И.Б. ,
Ризниченко Г.Ю.
в сборнике Сборник тезисов Первого российского кристаллографического конгресса, Москва, ВДНХ, 21-26 ноября 2016 г , место издания ООО "НП-Принт" СПб , тезисы, с. 257-258
2016
Изучение белок-белковых взаимодействий методами компьютерного моделирования
Коваленко И.Б. ,
Федоров В.А. ,
Хрущев С.С. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б.
в сборнике Сборник тезисов Первого российского кристаллографического конгресса, Москва, ВДНХ, 21-26 ноября 2016 г , место издания ООО "НП-Принт" СПб , тезисы, с. 206-206
2015
Кинетические, Монте-Карло и многочастичные модели первичных процессов фотосинтеза
Ризниченко Г.Ю. ,
Беляева Н.Е. ,
Дьяконова А.Н. ,
Коваленко И.Б. ,
Маслаков А.С. ,
Плюснина Т.Ю. ,
Устинин Д.М. ,
Хрущев С.С. ,
Рубин А.Б.
в сборнике Материалы докладов V съезда биофизиков России , серия Пленарные доклады , место издания Ростов на Дону, Южный федеральный университет Ростов на Дону , том 1, тезисы, с. 42-42
2013
Simulation of the processes in photosynthetic membrane
Riznichenko G.Yu ,
Abaturova A.M. ,
Beljaeva N.E. ,
Khrushchev S.S. ,
Diakonova A.N. ,
Kovalenko I.B. ,
Rubin A.B.
в сборнике 1st International Symposium on Computational Materials and Biological Sciences , место издания Waseda University Токио, Япония , тезисы, с. 10-12
2013
The study of lipopolysaccharides and metallophtalocyanines binding mechanism
Kovalenko I.B. ,
Galochkina T.V. ,
Strakhovskaya M.G. ,
Kovalenko S.Yu ,
Zlenko D.V. ,
Mamonov P.A. ,
Nesterenko A. ,
Khruschev S.S. ,
Averyanov A.V.
в сборнике International Workshop "Computational and Theoretical Modeling of Biomolecular Interactions" , место издания Institute of Computer Science Moscow-Izhevsk , тезисы, с. 39-40
2013
Оценка роли электростатических взаимодействий в образовании диффузионно-столкновительных комплексов белков методом многочастичной броуновской динамики
Хрущев С.С. ,
Абатурова А.М. ,
Дьяконова А.Н. ,
Устинин Д.М. ,
Зленко Д.В. ,
Федоров В.А. ,
Коваленко И.Б. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б.
в сборнике Современные проблемы биофизики сложных систем.информационно-образовательные процессы. Материалы докладов Международной научно-методической конференции , место издания г.Воронеж , тезисы, с. 84-87
2011
Computer Simulations of Protein–Protein Complex Formation on Graphics Processing Units
Коваленко И.Б. ,
Дьяконова А.Н. ,
Хрущев С.С. ,
Абатурова А.М. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б. ,
Трифонов С.И. ,
Барсегов В.А.
в сборнике Journal of Biomolecular Structure and Dynamics , издательство Adenine Press (United States) , том 28, тезисы, с. 977-977
2011
Модульная программная платформа для многоуровневого моделирования биомолекулярных систем
Абатурова А.М. ,
Алексеенко А.Е. ,
Барсегов В.А. ,
Жмуров А.А. ,
Князева О.С. ,
Коваленко И.Б. ,
Морозов И.И. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б. ,
Трифонов С.В.,
Устинин Д.М. ,
Холодов Я.А. ,
Хрущёв С.С.
в сборнике Математика.Компьютер.Образование , место издания Регулярная и хаотическая динамика М. - Ижевск , тезисы, с. 57-57
2007
Информационная система «Фотосинтетическая мембрана»
Ризниченко Г.Ю. ,
Хрущев С.С. ,
Терлова Л.Д. ,
Коваленко И.Б. ,
Устинин Д.М. ,
Беляева Н.Е. ,
Лаврова А.И. ,
Абатурова А.М. ,
Фурсова П.В.
в сборнике Математика. Компьютер. Образование , место издания Регулярная и хаотическая динамика М. - Ижевск , тезисы, с. 307-307
2004
Имитационное моделирование процессов взаимодействия пла- стоцианина с фотосинтетическим реакционным центром P700
Абатурова А.М. ,
Коваленко И.Б.
в сборнике Материалы XI Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов-2004» , серия Журналистика , место издания Университетский гуманитарный лицей г.Москва , том 2, тезисы, с. 3-3
редакторы
Базаров Тахир Юсупович ,
Базаров Тахир Юсупович ,
Донцов Александр Иванович ,
Кузнецова Алла Спартаковна ,
Магомедова Аминат Гимбатовна ,
Магомедова Аминат Гимбатовна ,
Миленко Наталия Николаевна ,
Сидоренко Владимир Николаевич ,
Черноризов Александр Михайлович
НИРы
1 января 2021 - 31 декабря 2025
Молекулярно-кинетические механизмы и математическое моделирование биологических процессов
Кафедра биофизики
Руководитель:
Ризниченко Г.Ю.
Ответственные исполнители:
Коваленко И.Б. ,
Плюснина Т.Ю.
Участники НИР:
Абатурова А.М. ,
Беляева Н.Е. ,
Гусева В.В. ,
Дьяконова А.Н. ,
Маслаков А.С. ,
Соколов Д.В. ,
Федоров В.А. ,
Фролов А.Е. ,
Фурсова П.В. ,
Холина Е.Г. ,
Хрущев С.С.
1 июля 2017 - 30 июня 2020
Рациональная разработка анти-митотиков для подавления пролиферации клеток опухолей
Физический факультет
Руководитель:
Гудимчук Н.Б.
Участники НИР:
Аржаник В.К. ,
Генералов Е.А. ,
Коваленко И.Б. ,
Коршунова А.В. ,
Костарев А.В. ,
Лопанская Ю.Н. ,
Макаров Г.И. ,
Мустяца В.В. ,
Орлова М.В. ,
Романов А.Н. ,
Федоров В.А.
1 января 2016 - 31 декабря 2020
Физико-химические механизмы и математическое моделирование биологических процессов
Кафедра биофизики
Руководитель:
Ризниченко Г.Ю.
Участники НИР:
Абатурова А.М. ,
Беляева Н.Е. ,
Гусева В.В. ,
Дьяконова А.Н. ,
Коваленко И.Б. ,
Маслаков А.С. ,
Плюснина Т.Ю. ,
Соколов Д.В. ,
Устинин Д.М. ,
Федоров В.А. ,
Фролов А.Е. ,
Фурсова П.В. ,
Холина Е.Г. ,
Хрущев С.С.
27 июня 2013 - 15 ноября 2013
Разработка научно-технических основ фотобиологических процессов в биоэнергетике» по теме: «Разработка научно-технических основ получения биоэнергоносителей из фототрофных микроорганизмов в фотобиореакторе
Кафедра биофизики
Руководитель:
Рубин А.Б.
Участники НИР:
Антал Т.К. ,
Воронова Е.Н. ,
Горячев С.Н. ,
Дьяконова А.Н. ,
Коваленко И.Б. ,
Конюхов И.В. ,
Кренделева Т.Е. ,
Кукарских Г.П. ,
Маторин Д.Н. ,
Плюснина Т.Ю. ,
Погосян С.И. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Устинин Д.М. ,
Федоров В.А. ,
Яковлева О.В.
1 июня 2010 - 30 ноября 2011
Биофизические механизмы и регуляция элементарных процессов трансформации энергии и переноса зарядов в биологических мембранах
Кафедра биофизики
Руководители:
Антал Т.К. ,
Браже А.Р. ,
Браже Н.А. ,
Булычев А.А. ,
Горячев С.Н. ,
Дьяконова А.Н. ,
Загидуллин В.Э. ,
Зленко Д.В. ,
Коваленко И.Б. ,
Конюхов И.В. ,
Красильников П.М. ,
Кренделева Т.Е. ,
Крупенина Н.А. ,
Лукашев Е.П. ,
Максимов Г.В. ,
Мамонов П.А. ,
Маторин Д.Н. ,
Нокс П.П. ,
Паршина Е.Ю. ,
Пащенко В.З. ,
Погосян С.И. ,
Ризниченко Г.Ю. ,
Рубин А.Б. ,
Яковлева О.В.
5 декабря 2009 - 25 июня 2011
Биофизические механизмы трансформации энергии в фотосинтетических биомембранах и разработка оптических методов диагностики состояния клетки для использования в биотехнологии и экологическом мониторинге
Кафедра биофизики
Руководитель:
Рубин А.Б.
Участники НИР:
Антал Т.К. ,
Бабакова Т.С. ,
Беляева Н.Е. ,
Волгушева А.А. ,
Воронова Е.Н. ,
Горячев С.Н. ,
Додонова С.О. ,
Каратеева А.В. ,
Коваленко И.Б. ,
Конюхов И.В. ,
Крупенина Н.А. ,
Кукарских Г.П. ,
Лукашев Е.П. ,
Максимов Г.В. ,
Максимов Е.Г. ,
Маслаков А.С. ,
Маторин Д.Н. ,
Нокс П.П. ,
Паршина Е.Ю. ,
Пащенко В.З. ,
Сейфуллина Н.Х. ,
Толмачева А.В. ,
Черкашин А.А. ,
Яковлева О.В.
1 января 2006 - 31 декабря 2015
Физико-химические механизмы и математическое моделирование биологических процессов
Кафедра биофизики
Руководитель:
Ризниченко Г.Ю.
Участники НИР:
Абатурова А.М. ,
Беляева Н.Е. ,
Булгаков Н.Г. ,
Дьяконова А.Н. ,
Жилкина Е.Е. ,
Коваленко И.Б. ,
Левич А.П. ,
Лившиц М.А. ,
Лукьянченко Т.М. ,
Маслаков А.С. ,
Плюснина Т.Ю. ,
Свердлова Е.А. ,
Соколов Д.В. ,
Терлова Л.Д. ,
Устинин Д.М. ,
Хрущев С.С.
Патенты
Руководство диссертациями
2021
Молекулярные механизмы взаимодействия катионных антимикробных соединений с мембранными структурами бактерий и вирусов
Кандидатская диссертация по специальности 03.01.02 - Биофизика (биол. науки)
Автор:
Холина Екатерина Георгиевна , к.б.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Научные руководители:
Страховская Марина Глебовна , д.б.н., МГУ имени М.В. Ломоносова,
Коваленко Илья Борисович , д.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Защищена в совете
МГУ.015.5(МГУ.03.02)
МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет
Организация, в которой выполнялась работа:
МГУ имени М.В. Ломоносова
Оппоненты:
Кузнецов Андрей Сергеевич ,
Хренова Мария Григорьевна ,
Исмаилов Анвар Джураевич
Объявление о защите
2019
Молекулярное моделирование образования комплексов электрон-транспортных белков пластоцианина и цитохрома f
Кандидатская диссертация по специальности 03.01.09 - Математическая биология, биоинформатика (физ.-мат. науки)
Автор:
Федоров Владимир Андреевич , к.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Научные руководители:
Рубин Андрей Борисович , д.б.н., проф., акад. РАН, МГУ имени М.В. Ломоносова,
Коваленко Илья Борисович , д.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Защищена в совете
МГУ.015.5(МГУ.03.02)
МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет
Организация, в которой выполнялась работа:
МГУ имени М.В.Ломоносова
Оппоненты:
Полежаев Андрей Александрович ,
Хренова Мария Григорьевна ,
Шайтан Алексей Константинович
Диссертации
2017
Изучение механизмов взаимодействия фотосинтетических электрон-транспортных белков методом прямого многочастичного моделирования
Докторская диссертация по специальности 03.01.02 - Биофизика (физ.-мат. науки)
Автор:
Коваленко Илья Борисович , д.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Научные консультанты:
Ризниченко Г.Ю. , д.ф.-м.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова,
Рубин А.Б. , д.б.н., проф., акад. РАН, МГУ имени М.В. Ломоносова
Защищена в совете
Д 501.001.96
при МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет
Ведущая организация:
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биофизики клетки Российской академии наук
Оппоненты:
Крупянский Ю.Ф. ,
Полежаев А.А. ,
Холмуродов Х.Т.
Руководство дипломными работами
Руководство курсовыми работами
Авторство учебных курсов
Преподавание учебных курсов
Выступление в СМИ