ИСТИНА

Капуста Дмитрий Павлович пользователь

Соавторы: Хренова М.Г., Бабчук И.В., Метелешко Ю.И., Брехов А.Т., Володина М.О., Григорьева А.В., Гудилин Е.А., Еремина Е.А., Кулакова А.М., Сидоров А.В., Фирсов Д.А., Григоренко Б.Л., Мулашкин Ф.Д. показать полностью..., Немухин А.В.

8 статей, 12 докладов на конференциях, 5 тезисов докладов, 8 НИР, 1 диссертация, 4 курсовые работы

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 5, Scopus: 8

IstinaResearcherID (IRID): 88963026

Деятельность

• Статьи в журналах

  • 
    • 2021 Keto‐enol tautomerism of the 4,5‐dimethyl‐2‐(2′‐hydroxyphenyl)imidazole in water solution: Modeling equilibrium between neutral forms and accurate assignment of the absorption bands
    • Kapusta Dmitry P., Mulashkin Fedor D., Khrenova Maria G.
    • в журнале International Journal of Quantum Chemistry, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 121, № 8 DOI
  • 
    • 2020 Keto-enol tautomerism of the 4,5-dimethyl-2-(2′- hydroxyphenyl)imidazole in water solution: modeling equilibrium between neutral forms and accurate assignment of the absorption bands
    • Khrenova Maria G., Kapusta Dmitry P., Mulashkin Fedor D.
    • в журнале International Journal of Quantum Chemistry, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States) DOI
  • 
    • 2020 Modeling the Tautomeric Equilibrium and Absorption Spectrum of 4,5-Dimethyl-2-(2'-hydroxyphenyl)imidazole
    • Kapusta D.P., Kulakova A.M., Khrenova M.G.
    • в журнале Russian Journal of Physical Chemistry A, издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 94, № 5, с. 945-950 DOI
  • • 2020 Моделирование таутомерного равновесия и спектра поглощения 4,5-диметил-2-(2'-гидроксифенил)имидазола
    • Капуста Д.П., Кулакова А.М., Хренова М.Г.
    • в журнале Журнал физической химии, издательство Наука (М.), том 94, № 5, с. 719-725 DOI
  • 
    • 2019 Effect of solvation water shells on enzyme active sites in zinc-dependent hydrolases
    • Kapusta Dmitry P., Firsov Denis A., Khrenova Maria G., Grigorenko Bella L., Nemukhin Alexander V.
    • в журнале Structural Chemistry, издательство Springer-Verlag (Heidelberg, Germany), том 30, № 2, с. 481-488 DOI
  • 
    • 2018 Applications of High Performance Computing: Born–Oppenheimer Molecular Dynamics of Complex Formation in Aqueous Solutions
    • Kapusta Dmitry P., Meteleshko Yulia I., Babchuk Ilya V., Khrenova Maria G.
    • в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 5, № 3, с. 70-73 DOI
  • 
    • 2015 Investigation of Kinetics of the Process of Formation of Gold and Silver Nanoparticles and Composites Based on Them
    • Eremina E.A., Kapusta D.P., Volodina M.O., Sidorov A.V., Grigorieva A.V., Goodilin E.A.
    • в журнале Nanotechnologies in Russia, том 10, № 9-10, с. 713-726 DOI
  • • 2015 Исследование кинетики процесса образования наночастиц золота и серебра и композитов на их основе
    • Еремина Е.А., Капуста Д.П., Володина М.О., Сидоров А.В., Григорьева А.В., Гудилин Е.А.
    • в журнале Российские нанотехнологии, издательство Парк-медиа (М.), том 10, № 9 - 10, с. 42-49

• Доклады на конференциях

  • • 2021 РАЗРАБОТКА И ТЕСТИРОВАНИЕ КМ/ММ ИНТЕРФЕЙСА NAMD/TERACHEM ДЛЯ РАСЧЕТОВ ПРОФИЛЕЙ СВОБОДНОЙ ЭНЕРГИИ ФЕРМЕНТАТИВНЫХ РЕАКЦИЙ (Устный)
    • Авторы: Поляков Игорь, Книга А., Капуста Д., Немухин А.В.
    • XXVII Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств", Онлайн на базе платформы zoom, Россия, 5-8 апреля 2021
  • • 2020 КМ/ММ исследования комплексов каликс-[4]-арена и щелочных металлов (Устный)
    • Автор: Капуста Д.П.
    • XX ЕЖЕГОДНАЯ МОЛОДЕЖНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ C МЕЖДУНАРОДНЫМ УЧАСТИЕМ ИБХФ РАН-ВУЗЫ “БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА”, Москва, Россия, 16-17 ноября 2020
  • • 2020 Расчет профилей свободной энергии методом КМ/ММ МД (Устный)
    • Автор: Капуста Д.П.
    • ЛОМОНОСОВ, МГУ, Россия, 7-27 ноября 2020
  • • 2019 Разработка интерфейса для КМ/ММ моделирования (Устный)
    • Автор: Капуста Д.П.
    • XIX Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы “БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА”, Россия, 28-30 октября 2019
  • • 2019 Структурообразующие мотивы катионов магния и цинка в белках: расчёты констант комплексообразования (Устный)
    • Авторы: Капуста Д.П., Метелешко Ю.И., Брехов А.Т., Бабчук И.В., Хренова М.Г.
    • XXXI Симпозиум Современная химическая физика, Туапсе, Россия, 16-30 сентября 2019
  • • 2019 BORN-OPPENHEIMER AND QM/MM MOLECULAR DYNAMICS OF CATIONS BINDING IN SOLUTIONS (Стендовый)
    • Авторы: Khrenova M.G., Babchuk I.V., Brekhov A.T., Kapusta D.P.
    • XXI Менделеевский съезд по общей и прикладной химии, г. Санкт-Петербург, Россия, 8-13 сентября 2019
  • • 2019 Разработка и применение методов КМ/ММ (Устный)
    • Автор: Капуста Д.П.
    • IV Международная конференция «Суперкомпьютерные технологии математического моделирования» (СКТеММ’19), г. Москва, Россия, 19-21 июня 2019
  • • 2019 Молекулярное моделирование фоторецепторных белков на основе флавина и его аналогов для оптогенетических конструкций (Устный)
    • Авторы: Метелешко Ю.И., Московский А.А., Капуста Д.П., Немухин А.В., Хренова М.Г.
    • «Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем» (ChemSci-2019), Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского Российской академии наук (ИОХ РАН), Россия, 13-17 мая 2019
  • • 2018 Разработка и применение методов КМ/ММ. (Устный)
    • Автор: Капуста Д.П.
    • XVIII Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика", Москва, Россия, 13-15 ноября 2018
  • • 2018 Сольватационные эффекты в реакциях ферментативного катализа. (Устный)
    • Автор: Капуста Д.П.
    • ЛОМОНОСОВ, Москва, Россия, 9-13 апреля 2018
  • • 2017 Сольватационные эффекты в реакциях ферментативного катализа. (Устный)
    • Авторы: Хренова М.Г., Фирсов Д.А., Капуста Д.П.
    • XVII ежегод. междун. молод. конф. ИБХФ РАН-ВУЗы "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА", Москва, ул. Косыгина 4, 414, Россия, 13-15 ноября 2017
  • • 2016 Моделирование влияния растворителя на каталитические способности матричной металлопротеиназы ММР-2 (Устный)
    • Авторы: Капуста Д.П., Хренова М.Г., Фирсов Д.А.
    • XVI Ежегодная международная молодежная конференция Биохимическая физика ИБХФ РАН-ВУЗы, г. Москва, ИБХФ им. Н.М. Эмануэля РАН, ул. Косыгина д.4, Россия, 24-26 октября 2016

• Тезисы докладов

  • • 2019 BORN-OPPENHEIMER AND QM/MM MOLECULAR DYNAMICS OF CATIONS BINDING IN SOLUTIONS
    • Khrenova M.G., Babchuk I.V., Brekhov A.T., Kapusta D.P.
    • в сборнике ХХI Mendeleev Congress on General and Applied Chemistry. Book of abstracts in 6 volumes, серия Book 6. Satellite symposia, место издания Saint Petersburg, том 6, тезисы, с. 84-84
  • • 2019 Разработка интерфейса для расчетов методом молекулярной динамики с потенциалами КМ/ММ
    • Капуста Д.П., Брехов А.Т., Метелешко Ю.И., Бабчук И.В., Хренова М.Г.
    • в сборнике Книга тезисов "1ая Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента"", место издания ISBN 978-5-4465-2339-9, тезисы, с. 22-23
  • • 2019 Структурообразующие мотивы катионов магния и цинка в белках: расчёты констант комплексообразования
    • Капуста Д.П., Метелешко Ю.И., Брехов А.Т., Бабчук И.В., Хренова М.Г.
    • в сборнике Тезисы докладов XXXI Симпозиума Современная химическая физика, место издания Москва, тезисы, с. 109-109
  • • 2018 Born-Oppenheimer molecular dynamics reveals the origin of calixarene selectivity to cesium cations
    • Khrenova M.G., Kapusta D.P., Brekhov A.T., Babchuk I.V., Meteleshko Yu I.
    • в сборнике Школа-конференция Атомистическое моделирование функциональных материалов ASFM2018, тезисы, с. 23-23
  • • 2016 Моделирование влияния растворителя на каталитические способности матричной металлопротеиназы ММР-2
    • Хренова М.Г., Капуста Д.П., Фирсов Д.А.
    • в сборнике XVI Ежегодная международная молодежная конференция ИБХФ РАН ВУЗЫ «Биохимическая физика», тезисы, с. 1-4

• НИРы

  • • 1 января 2022 - 31 декабря 2024 Многомасштабное моделирование сложных химических реакций в фотоактивных белках
    • НИЛ квантовой химии и молекулярного моделирования
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственные исполнители: Домрачева Т.М., Поляков И.В., Хренова М.Г. Участники НИР: Блинова А.Р., Захарова Т.М., Капуста Д.П., Кулакова А.М., Одинцов К.В.
  • • 1 января 2021 - 31 декабря 2024 Строение и динамика атомно-молекулярных систем
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Немухин А.В. Ответственные исполнители: Безруков Д.С., Хренова М.Г. Участники НИР: Абраменков А.В., Андронова Т.А., Батаев В.А., Бедняков А.С., Белега Е.Д., Белов А.С., Богдашин В.А., Бохан Д.А., Боченкова А.В., Волынкина И.А., Глебов И.О., Годунов И.А., Головкин А.В., Голосная М.Н., Григоренко Б.Л., Давыдова И.Б., Домрачева Т.М., Духовских Е.А., Емельянова М.А., Еремин В.В., Ермилов А.Ю., Занина А.А., Зареченская А.С., Исаева Е.В., Кабылда А.М., Капуста Д.П., Клещина Н.Н., Князева М.А., Козлов М.И., Козлов С.В., Корнейчук А.Я., Королева Л.А., Кочергина И.Ю., Краснощеков С.В., Кузьменко Н.Е., Кулакова А.М., Курамшина Г.М., Лазарев А.В., Ларин А.В., Максимов С.В., Марина В.И., Маслов Д.В., Метелешко Ю.И., Миронов В.А., Московский А.А., Мулашкина Т.И., Никитина Н.А., Осин С.Б., Пазюк Е.А., Петров С.В., Пичугина Д.А., Поддубный В.В., Поляков И.В., Родин В.А., Руденко А.Ю., Рыбаков А.А., Рыжова О.Н., Сенявин В.М., Степанов Н.Ф., Сызганцева О.А., Татаренко К.А., Терашкевич В.А., Трубников Д.Н., Уркунова Т.А., Устынюк Л.Ю., Финенко А.А., Хохлов Д.В., Хрустов В.Ф., Чистиков Д.Н., Шепелев Н.М., Шляпина В.Л., Щербинин А.В., Яковлев Н.Н.
  • • 1 января 2020 - 31 декабря 2021 Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах
    • НИЛ квантовой химии и молекулярного моделирования
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственный исполнитель: Хренова М.Г. Участники НИР: Домрачева Т.М., Захарова Т.М., Капуста Д.П., Кулакова А.М., Метелешко Ю.И., Миронов В.А., Мулашкин Ф.Д., Поляков И.В.
  • • 1 января 2019 - 31 декабря 2021 Молекулярное моделирование механизмов ферментативных реакций фосфорилирования-дефосфорилирования
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственный исполнитель: Поляков И.В. Участники НИР: Капуста Д.П., Книга А.Е., Кулакова А.М.
  • • 6 февраля 2018 - 31 декабря 2020 Моделирование комплексообразования катионов металлов с органическими лигандами методом молекулярной динамики с квантовыми потенциалами
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Хренова М.Г. Ответственный исполнитель: Метелешко Ю.И. Участники НИР: Бабчук И.В., Брехов А.Т., Захарова Т.М., Капуста Д.П., Фирсов Д.А.
  • • 1 января 2017 - 31 декабря 2019 Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственный исполнитель: Хренова М.Г. Участники НИР: Капуста Д.П., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Метелешко Ю.И., Миронов В.А., Поляков И.В.
  • • 1 января 2016 - 31 декабря 2020 Строение и динамика атомно-молекулярных систем
    • Кафедра физической химии
    • Руководители: Немухин А.В., Степанов Н.Ф. Ответственный исполнитель: Безруков Д.С. Участники НИР: Абраменков А.В., Абрамович А.И., Агеев Г.Г., Адамсон С.О., Алексеев Е.С., Альтова Е.П., Банару А.М., Батаев В.А., Баум Е.А., Бедняков А.С., Безруков Д.С., Белега Е.Д., Белов А.С., Белова М.В., Богатова Т.В., Богдан Т.В., Бохан Д.А., Боченкова А.В., Бучаченко А.А., Вилкова А.Л., Глебов И.О., Годунов И.А., Головкин А.В., Григоренко Б.Л., Грикина О.Е., Гринева О.В., Давыдова И.Б., Дмитриенко А.О., Дорофеева О.В., Еремин В.В., Ермилов А.Ю., Засурская Л.А., Захарова Т.М., Иванов А.А., Исаева Е.В., Капуста Д.П., Клещина Н.Н., Князева М.А., Ковтун Д.М., Колесникова И.Н., Королева Л.А., Коц Е.Д., Крамаренко С.С., Краснощеков С.В., Кузьменко Н.Е., Кулакова А.М., Курамшина Г.М., Лазарев А.В., Ланшина Л.В., Ларин А.В., Лысенко К.А., Львова Е.Ю., Майорова А.Ф., Макухин Н.Н., Марочкин И.И., Миронов В.А., Митин А.В., Моисеева Н.Ф., Московский А.А., Немухин А.В., Новаковская Ю.В., Осин С.Б., Пазюк Е.А., Панченко Ю.Н., Петров С.В., Пичугина Д.А., Поддубный В.В., Поляков И.В., Прибытков А.В., Пупышев В.И., Рыбаков А.А., Рыжова О.Н., Рыков А.Н., Сенявин В.М., Словохотов Ю.Л., Степанов Н.Ф., Степанова А.В., Татаренко К.А., Терентьев Р.В., Тихонов Д.С., Трубников Д.Н., Тукачев Н.В., Устынюк Л.Ю., Филимонова М.А., Хайкин Л.С., Хренова М.Г., Христенко Л.В., Хрустов В.Ф., Чемлева Т.А., Шергольд И.А., Шишков И.Ф., Щербинин А.В., Яковлев Н.Н.
  • • 1 января 2016 - 31 декабря 2018 Молекулярное моделирование механизмов химических реакций в цинк-зависимых ферментах
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Участники НИР: Капуста Д.П., Князева М.А., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Миронов В.А., Хренова М.Г.

• Диссертация

  • • 2022 Молекулярно-динамическое моделирование реакций в гидратированных системах
    • Кандидатская диссертация по специальности 02.00.04 - Физическая химия (физ.-мат. науки)
    • Автор: Капуста Дмитрий Павлович
    • Научный руководитель: Хренова Мария Григорьевна, д.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Защищена в совете МГУ.014.3(02.04) МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет
    • Оппоненты: Полынская Ю.Г., Крупянский Ю.Ф., Шайтан А.К.
    • Объявление о защите

• Руководство курсовыми работами

  • • 2022 Расчёт профиля энергии Гиббса таутомеризации 2-(2'-гидроксифенил)бензимидазола методами молекулярного моделирования
    • Научный руководитель: Капуста Д.П.
    • Автор: Усанова Екатерина Дмитриевна (Специалист)
  • • 2022 Расчет профиля энергии Гиббса таутомерного перехода в 4,5-диметил-2-(2'-метоксифенил)имидазоле методом молекулярной динамики с комбинированными квантово-механическими / молекулярно-механическими потенциалами
    • Научный руководитель: Капуста Д.П.
    • Автор: Панченко Ольга Антоновна (Специалист)
  • • 2022 Расчет профиля энергии Гиббса таутомеризации 2-(2'-гидроксифенил)бензимидазола методом молекулярной динамики с КМ/ММ потенциалами
    • Научный руководитель: Капуста Д.П.
    • Автор: Рыбкин Михаил Сергеевич (Специалист)
  • • 2021 Расчет энергии связывания ГТФ с ферментом p21RAS методами молекулярного моделирования
    • Научный руководитель: Капуста Д.П.
    • Автор: Барай Дарья Николаевна (Специалист)