ИСТИНА

Попцова Мария Сергеевна пользователь

Соавторы: Нечипуренко Ю.Д., Ильичева И.А., Нечипуренко Д.Ю., Гречишникова Д.А., ХОДЫКОВ М.В., Grokhovsky S.L., Гроховский С.Л., Полозов Р.В., Loskutov A.Y., Гурия Г.Т., Ларионов С.А., Banerjee S., Demichelis F. показать полностью..., Ryadchenko E.V., Rybalko S.D., Панченко Л.А., Chakravarty D., Gogarten J.P., Gokcumen O., Hussain W.M., Ilicheva I.A., Oldridge D., Uroshlev L.A., Zhaxybayeva O., Афентьева Д., Заикин А.В., Захаров-Гезехус И.А., Опарина Н.Ю., Орлов М.А., Расщепление ДНК как механохимическое явление Гроховский С.Л., Твердислов В.А., Яковенко Л.В.

27 статей, 1 книга, 17 докладов на конференциях, 5 тезисов докладов, 2 НИР, 2 диссертации, 8 дипломных работ, 8 учебных курсов, 5 выступления в СМИ

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 261, Scopus: 296

IstinaResearcherID (IRID): 2995811

Деятельность

• Статьи в журналах

  • • 2017 Распознавание структур стебель-петля транспозонов человека и прогнозирование их функции при помощи модели машинного обучения
    • Гречишникова Д.А., Попцова М.С.
    • в журнале Известия вузов. Cевеpо-Кaвкaзский pегиoн. Естественные нayки, № 4-1, с. 63-69
  • • 2017 Физико-химические свойства ДНК в регуляторных участках генома
    • Нечипуренко Ю.Д., Ильичева И.А., Попцова М.С., Гроховский С.Л.
    • в журнале Актуальные вопросы биологической физики и химии, издательство Севастопольский государственный университет (Севастополь), том 2, № 1, с. 339-340
  • • 2017 Физические и геометрические свойства структур стебель-петля транспозонов человека находятся под действием эволюционного отбора
    • Гречишникова Д.А., Попцова М.С.
    • в журнале Биофизика, издательство ФГБУ "Издательство "Наука" (Москва), том 62, № 6, с. 1045-1053
  • 
    • 2016 Conserved 3' UTR stem-loop structure in L1 and Alu transposons in human genome: possible role in retrotransposition
    • Grechishnikova D., Poptsova M.
    • в журнале BMC Genomics, издательство BioMed Central (London), том 17, № 1, с. 992 DOI
  • • 2016 DNAStructProfiler: Программный комплекс для обнаружения консервативных вторичных структур в ДНК и РНК
    • Гречишникова Д.А., Попцова М.С.
    • в журнале Университетский научный журнал, № 24, с. 25-33
  • 
    • 2016 Structural features of DNA that determine RNA polymerase II core promoter
    • Il’icheva Irina A., Khodikov Mingian V., Poptsova Maria S., Nechipurenko Dmitry Yu, Nechipurenko Yury D., Grokhovsky Sergei L.
    • в журнале BMC Genomics, издательство BioMed Central (London), № 17, с. 973 DOI
  • 
    • 2014 Modeling of mechanochemical DNA cleavage by the action of ultrasound
    • Nechipurenko D.Y., Il’icheva I.A., Khodikov M.V., Poptsova M.S., Nechipurenko Y.D., Grokhovsky S.L.
    • в журнале Biophysics, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 59, № 6, с. 861-868
  • 
    • 2014 Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing
    • Poptsova M.S., Il'icheva I.A., Nechipurenko D.Y., Panchenko L.A., Khodikov M.V., Oparina N.Y., Polozov R.V., Nechipurenko Y.D., Grokhovsky S.L.
    • в журнале Scientific reports, издательство Nature Publishing Group (United Kingdom), том 31, с. 4532-4535 DOI
  • 
    • 2014 Моделирование механохимического расщепления днк под действием ультразвука
    • Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Ходыков М.В., Попцова М.С., Нечипуренко Ю.Д., Гроховский С.Л.
    • в журнале Биофизика, издательство ФГБУ "Издательство "Наука" (Москва), том 59, с. 1061-1070
  • 
    • 2013 Impact of constitutional copy number variants on biological pathway evolution
    • Poptsova Maria, Banerjee Samprit, Gokcumen Omer, Rubin Mark A., Demichelis Francesca
    • в журнале BMC Evolutionary Biology, издательство BioMed Central (London), том 13, с. 19 DOI
  • • 2013 Неслучайное распределение нуклеотидов на концах фрагментов, составляющих библиотеки геномного секвенирования
    • Ильичева И.А., Попцова М.С., Нечипуренко Д.Ю., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Нечипуренко Ю.Д., Гроховский С.Л.
    • в журнале Обозрение прикладной и промышленной математики, издательство Научное издательство «ТВП» (Москва), том 202, с. 176-177
  • 
    • 2011 A computational framework discovers new copy number variants with functional importance
    • Banerjee Samprit, Oldridge Derek, Poptsova Maria, Hussain Wasay M., Chakravarty Dimple, Demichelis Francesca
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 6, № 3, с. e17539 DOI
  • 
    • 2011 Intermittency as a universal characteristic of the complete chromosome DNA sequences of eukaryotes: from protozoa to human genomes
    • Rybalko S., Larionov S., Poptsova M., Loskutov A.
    • в журнале Physical Review E - Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, издательство American Physical Society (United States), том 84, № 4 Pt 1, с. 042902
  • 
    • 2010 Using comparative genome analysis to identify problems in annotated microbial genomes
    • Poptsova Maria S., Peter Gogarten J.
    • в журнале Microbiology, издательство Microbiology Society (London), том 156, № Pt 7, с. 1909-1917 DOI
  • 
    • 2009 Hidden chromosome symmetry: in silico transformation reveals symmetry in 2D DNA walk trajectories of 671 chromosomes
    • Poptsova Maria S., Larionov Sergei A., Ryadchenko Eugeny V., Rybalko Sergei D., Zakharov Ilya A., Loskutov Alexander
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 4, № 7, с. e6396 DOI
  • 
    • 2008 Unsupervised learning in detection of gene transfer
    • Hamel L., Nahar N., Poptsova M.S., Zhaxybayeva O., Gogarten J.P.
    • в журнале Journal of Biomedicine and Biotechnology, издательство Hindawi Publishing Corporation (United States), с. 472719 DOI
  • 
    • 2007 BranchClust: a phylogenetic algorithm for selecting gene families
    • Poptsova Maria S., Peter Gogarten J.
    • в журнале BMC Bioinformatics, издательство BioMed Central (London), том 8, с. 120 DOI
  • 
    • 2007 The power of phylogenetic approaches to detect horizontally transferred genes
    • Poptsova Maria S., Peter Gogarten J.
    • в журнале BMC Evolutionary Biology, издательство BioMed Central (London), том 7, с. 45 DOI
  • 
    • 2003 Autowave tunneling through inexcitable obstacles in active media
    • Poptsova M.S., Guria G.T.
    • в журнале Biophysics, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 48, № 6, с. 1032-1038
  • 
    • 2003 [Tunneling of autowaves through unexcitable parts of active media]
    • Poptsova M.S., Guriia G.T.
    • в журнале Biophysics, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 48, № 6, с. 1116-1122
  • 
    • 1997 Autowave tunneling through a non-excitable area of active media
    • Poptsova M.S., Guria G.T.
    • в журнале General Physiology and Biophysics, издательство Slovenska Akademia Vied (Slovakia), том 16, № 3, с. 241-261

• Статьи в сборниках

  • • 2016 DNAStructProfiler: An automated pipeline for reconstruction of DNA/RNA secondary structures conservation profiles
    • Grechishnikova D., Poptsova M.
    • в сборнике Математическая биология и биоинформатика: Доклады VI Международной конференции. Пущино, 16-21 октября 2016 г, место издания Федеральный исследовательский центр Институт прикладной математики имени М.В.Келдыша, Институт математических проблем биологии РАН Пущино, с. 134-135
  • • 2016 Отбор структур стебель-петля в промоторных областях транскрипционных факторов с помощью эволюционного алгоритма
    • Заикин А.В., Попцова М.С.
    • в сборнике Математическая биология и биоинформатика: Доклады VI Международной конференции. Пущино, 16-21 октября 2016 г, место издания Федеральный исследовательский центр Институт прикладной математики имени М.В.Келдыша, Институт математических проблем биологии РАН Пущино, с. 110-111
  • • 2010 Visual Genomics
    • Larionov S.A., Loskutov A., Poptsova M.S., Rybalko S.D., Ryadchenko E.V.
    • в сборнике Dynamic models of the processes in the cell and subcellular nanostructures. A. Rubin and B. Riznichenko (eds.), место издания РХД
  • • 2009 Testing Phylogenetic Methods to Identify HGT
    • Maria Poptsova
    • в сборнике Horizontal Gene Transfer: Genomes in Flux, Maria B. Gogarten, Johann Peter Gogarten, Lorraine C. Olendzenski (eds.), место издания Humana Press - Springer, том 2009
  • 
    • 2009 Testing phylogenetic methods to identify horizontal gene transfer
    • Poptsova Maria
    • в сборнике Horizontal Gene Transfer: Genomes in Flux, Maria B. Gogarten, Johann Peter Gogarten, Lorraine C. Olendzenski (eds.), место издания Humana Press - Springer, том 2009, с. 227-240 DOI
  • • 2008 Computational Techniques for Orthologous Gene Prediction in Prokaryotes
    • Poptsova Maria
    • в сборнике Computational Methods for Understanding Bacterial and Archaeal Genomes, Ying Xu and J Peter Gogarten (eds.), место издания Imperial College Press, London United Kingdom

• Книги

  • • 2014 Genome Analysis
    • Poptsova Maria S., (Editor)
    • издательство Caister Academic Press (United Kingdom) , ISBN 978-1-908230-29-4, 374 с.

• Доклады на конференциях

  • • 2019 Распознавание эпигенетических маркеров методами машинного обучения (Устный)
    • Авторы: Попцова М.С., Шишкова С.С.
    • Информационные технологии и системы (ИТиС'19), Пермь, Демидково, Россия, 17-22 сентября 2019
  • • 2016 DNAStructProfiler: автоматизированное построение профилей консервативности вторичных структур ДНК/РНК (Устный)
    • Авторы: Попцова М.С., Гречишникова Д.А.
    • VI Международная конференция «Математическая биология и биоинформатика». Пущино, 16-21 октября 2016 г., Пущино, Россия, 16-21 октября 2016
  • • 2016 Отбор структур стебель-петля в промоторных областях транскрипционных факторов с помощью эволюционного алгоритма (Устный)
    • Авторы: Заикин А.В.1, Попцова М.С.
    • VI Международная конференция «Математическая биология и биоинформатика». Пущино, 16-21 октября 2016 г., Пущино, Россия, 16-21 октября 2016
  • • 2016 РЕГУЛЯЦИЯ ТРАНСКРИПЦИОННЫХ ФАКТОРОВ И ВТОРИЧНЫЕ СТРУКТУРЫ ДНК (Стендовый)
    • Авторы: Заикин А.В., Попцова М.С.
    • Международная научная конференция "Молекулярные, мембранные и клеточные основы функционирования биосистем" и XII съезд Белорусского общественного объединения фотобиологов и биофизиков, Минск, Беларусь, 28-30 июня 2016
  • • 2016 DNAStructProfiler: An automated pipeline for reconstruction of DNA/RNA secondary structures conservation profiles (Устный)
    • Авторы: Попцова Мария С., Дарья Гречишникова
    • 12th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA), Minsk, Belarus, June 5-8, 2016, Минск, Беларусь, 6-8 июня 2016
  • • 2015 Расщепление ДНК как механохимическое явление (Пленарный)
    • Авторы: Гроховский С.Л., Полозов Р.В., Нечипуренко Ю.Д., Попцова М.С., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А.
    • V СЪЕЗД БИОФИЗИКОВ РОССИИ, Ростов-на-Дону , Россия, 4-10 октября 2015
  • • 2012 Relevance of a mathematical model of chiral hierarchies with alternating signs
    • Автор: Tverdislov V.A., Poptsova M.S.
    • 4th International Conference on Mathematical Biology and Bioinformatics, Pushchino, Russia, Россия, 2012
  • • 2012 The cancer biomarker identification problems
    • Автор: Poptsova M.
    • Instabilities and control of excitable networks: from macro- to nano-systems, Dolgoprudny, Russia, Россия, 25-30 мая 2012
  • • 2011 Intermittency as a universal characteristics of the complete chromosome DNA sequences of eukaryotes: From protozoa to human genomes (Устный)
    • Авторы: Larionov S., Poptsova M., Loskutov A., Rybalko S.
    • XXXI Dynamics Days Europe, Oldenburg, Германия, 2011
  • • 2010 Quartet Decomposition Server: A Platform For Analyzing Phylogenetic Trees
    • Авторы: Fenglou Mao, Maria Poptsova, David Williams, Olga Zhaxybayeva, Peter Gogarten and Ying Xu
    • 6th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, Storrs, CT, USA, 2010
  • • 2009 Detection and Analyses of Horizontal Gene Transfers in Thermotogales
    • Авторы: Maria Poptsova, Kristen Swithers, David Williams, Pascal Lapierre, Kenneth Noll, Gogarten J.Peter
    • Genome Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY, USA, 2009
  • • 2007 Evolution of Prochlorococcus and marine Synechococcus: an update
    • Авторы: Olga Zhaxybayeva, Gogarten J.Peter, Maria Poptsova, Papke and W Ford Doolittle R.Thane
    • CIFAR Integrated Microbial Biodiversity program meeting , Vancouver, Canada, Канада, 2007
  • • 2007 Visual Genomics and Distributed Context Correlation Analysis: Gigantic Palindrome Disintegration as a Common Event of Genomes Evolution, Possible Origin of Function Diversity and Co-functionality. (Стендовый)
    • Авторы: Larionov S.A., Loskutov A.Yu, Ryadchenko E.V., Poptsova M.S., Zakharov I.A.
    • 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) & 6th European Conference on Computational Biology (ECCB), Vienna, Austria, Австрия, 2007
  • • 2007 Visual genomics: Gigantic palindrome disintegration as a common event of genomes evolution (Стендовый)
    • Авторы: Zakharov I.A., Larionov S.A., Loskutv A.Yu, Ryadchenko E.V., Poptsova M.S.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'07) , Moscow, Russia, Россия, 2007
  • • 2017 Visual genomics: Gigantic palindrome disintegration as a common event of genomes evolution (Стендовый)
    • Авторы: Larionov S.A., Loskutv A.Yu, Ryadchenko E.V., Poptsova M.S., Zakharov I.A.
    • Physical and Chemical Foundations of Bioinformatics Methods. International workshop. , Max Planck Institute for the Physics of Complex Systems, Dresden, Германия, 18-22 июня 2007
  • • 2006 The Power of Phylogenetic Approaches to Detect Horizontally transferred Genes
    • Авторы: Maria Poptsova, Harlow and J Peter Gogarten Timothy J.
    • Phylogenomics Conference , Saint-Adèle, Québec, Canada, Канада, 2006
  • • 1995 Autowave Tunneling Through a Non-excitable Area of Active Media.
    • Авторы: Guria G.T., Poptsova M.S.
    • Criteria of self-organization in physical, chemical and biological systems., Moscow-Suzdal, Россия, 1995

• Тезисы докладов

  • • 2019 Joint mechanical, thermodynamic and electrostatic machine-learning model for prediction of nucleosome positions
    • Darya Afenteva, Mikhail Orlov, Maria Poptsova
    • в сборнике MCCMB 2019, серия MCCMB, тезисы
  • • 2018 Профили физических характеристик регуляторных участков генома
    • Ильичева И.А., Урошлев Л.А., Абдуллаев Э.Т., Попцова М.С., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л., Нечипуренко Ю.Д.
    • в сборнике МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. XXV международная конференция, серия Тезисы, место издания R&G Dynamics Москва. Ижевск Москва Ижевск, том 25, тезисы, с. 20-20
  • • 2015 Закономерности фрагментации ДНК при секвенировании и физическое картирование генома
    • Нечипуренко Ю.Д., Попцова М.С., Нечипуренко Д.Ю., Ходыков М.В., Ильичева И.А., Гроховский С.Л.
    • в сборнике V Съезд биофизиков России, Южный Федеральный университет, Ростов-на-Дону, 4-10 октября 2015 года, Материалы докладов, место издания Издательство Южного Федерального университета Ростов-на-Дону, том 1, тезисы, с. 22-22
  • • 2015 Расщепление ДНК как механохимическое явление
    • Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Попцова М.С., Нечипуренко Ю.Д., Полозов Р.В., Расщепление ДНК как механохимическое явление Гроховский С.Л.
    • в сборнике V Съезд биофизиков России, Южный Федеральный университет, Ростов-на-Дону, 4-10 октября 2015 года, Материалы докладов, место издания Издательство Южного Федерального университета Ростов-на-Дону, том 1, тезисы, с. 37-37
  • • 2004 Отбор левых и правых спиральных волн в неоднородных активных средах
    • Попцова М.С., Яковенко Л.В., Твердислов В.А.
    • в сборнике IIIсъезд биофизиков России, Тезисы докладов, место издания Воронеж, том 1, тезисы, с. 366-366

• НИРы

  • • 1 января 2013 - 31 декабря 2015 Автоволновые механизмы самоорганизации на границах разделов фаз в Океане
    • Физический факультет
    • Руководитель: Твердислов В.А. Участники НИР: Ланда П.С., Попцова М.С., Сидорова А.Э., Яковенко Л.В.
  • • 1 января 2008 - 31 декабря 2025 Физико-химические и биологические основы стабильного развития и сохранения экосистем
    • Физический факультет
    • Руководитель: Твердислов В.А. Участники НИР: Беляев А.В., Генералов Е.А., Иванова А.А., Лобышев В.И., Меньшенина Л.Л., Попцова М.С., Преображенская Т.А., Рууге Э.К., Сидорова А.Э., Симоненко Е.Ю., Тихонов А.Н., Хомутов Г.Б., Шноль С.Э., Яковенко Л.В., Яковенко С.А.

• Диссертации

  • • 2004 Трансформация автоволн в локально неоднородных активных средах
    • Кандидатская диссертация по специальности 03.01.02 - Биофизика (биол. науки)
    • Автор: Попцова М.С.
    • Научный руководитель: Гурия Г.Т., д.ф.-м.н., проф.
    • Защищена в совете при МГУ имени М.В. Ломоносова
  • • 2004 Трансформация автоволн в локально неоднородных активных средах
    • Кандидатская диссертация по специальности 03.01.02 - Биофизика (физ.-мат. науки)
    • Автор: Попцова Мария Сергеевна
    • Научный руководитель: Твердислов В.А.
    • Защищена в совете К 501.001.08 при МГУ имени М.В. Ломоносова

• Руководство дипломными работами

  • • 2023 Анализ молекулярно-генетических нарушений у пациентов с сердечно-сосудистыми патологиями
    • Научные руководители: Попцова М.С., Иванов П.С.
    • Автор: Охрименко Г.С. (Магистр)
  • • 2016 Регуляция транскрипционных факторов и вторичные структуры днк
    • Научный руководитель: Попцова М.С.
    • Автор: Заикин Антон Викторович (Бакалавр)
  • • 2016 Распределение структур стебель-петля вблизи сплайс-сайтов
    • Научный руководитель: Попцова М.С.
    • Автор: Клинов Артем Павлович (Бакалавр)
  • • 2015 Раковые мутации, нуклеосомная организация и вторичные структуры ДНК.
    • Научный руководитель: Попцова М.С.
    • Автор: Нугманов Гаяз Айратович (Специалист)
  • • 2015 Влияние эпигенетических факторов на ландшафты раковых мутаций
    • Научный руководитель: Попцова Мария Сергеевна
    • Автор: Башкатов Артем Борисович (Специалист)
  • • 2014 Эволюция геномов бактерий, развивающих сопротивляемость к антибиотикам
    • Научный руководитель: Попцова Мария Сергеевна
    • Автор: Кулаковский Андрей Юрьевич (Специалист)
  • • 2014 Алгоритм сравнения филогенетических деревьев, основанный на нодальных расстояниях
    • Научный руководитель: Попцова Мария Сергеевна
    • Автор: Жохова Мария Александровна (Специалист)
  • • 2014 Алгоритм отбора семейств ортологов на основе доменной архитектуры
    • Научный руководитель: Попцова Мария Сергеевна
    • Автор: Серова Екатерина Владимировна (Специалист)

• Авторство учебных курсов

  • • 2016 Вычислительная молекулярная биология
    • Автор: Попцова М.С.
  • • 2015 Физика
    • Авторы: Яковенко Л.В., Попцова М.С., Хомутов Г.Б.
  • • 2015 Методы биоинформатики
    • Автор: Попцова М.С.
  • • 2015 Геномика и биоиформатика
    • Автор: Попцова М.С.
  • • 2015 Биоинформатика
    • Автор: Попцова М.С.
  • • 2013 Введение в системную биологию
    • Автор: Попцова Мария Сергеевна
  • • 2012 Физика
    • Автор: Попцова М.С.
  • • 2011 Физика
    • Авторы: Яковенко Л.В., Попцова М.С., Нечипуренко Д.Ю.

• Преподавание учебных курсов

  • • с 1 сентября 2016 Вычислительная молекулярная биология
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Физический факультет, Отделение экспериментальной и теоретической физики, Кафедра биофизики
    • обязательная, по выбору (спецкурс), лекции, 32 часов
  • • с 8 февраля 2015 Геномика и биоиформатика
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Физический факультет, Отделение экспериментальной и теоретической физики, Кафедра биофизики
    • обязательная, по выбору (спецкурс), лекции, 34 часов
  • • с 8 февраля 2015 Методы биоинформатики
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Физический факультет, Отделение экспериментальной и теоретической физики, Кафедра биофизики
    • обязательная, по выбору (спецкурс), лекции, 34 часов
  • • 7 февраля 2013 - 30 мая 2014 Введение в системную биологию
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Физический факультет
    • обязательная, по выбору (спецкурс), лекции, 32 часов
  • • с 1 сентября 2012 Физика
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • обязательная, базовой части, семинары, 68 часов

• Выступление в СМИ

  • • 20 марта 2016 г. Искусственное – часть естественного (На грани безумия) (Общественное телевидение России (ОТР))
    • Автор (участник): Попцова Мария Сергеевна
  • • 22 февраля 2016 г. Как клетка чинит ДНК (Великое в малом) (Общественное телевидение России (ОТР))
    • Автор (участник): Попцова Мария Сергеевна
  • • 8 июня 2015 г. В России можно дерзать для души (Коммерсантъ)
    • Автор (участник): Попцова Мария Сергеевна
  • • 3 мая 2015 г. Синтетическая жизнь (На грани безумия) ("Общественное телевидение России")
    • Автор (участник): Попцова Мария Сергеевна
  • • 10 сентября 2013 г. Биоинформатика: генетический портрет (Великое в Малом) (Общественное телевидение России (ОТР))
    • Автор (участник): Попцова Мария Сергеевна