Гельфанд Михаил Сергеевич
пользователь
доктор биологических наук
доктор биологических наук
Прежние места работы (Нажмите для отображения)
Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской академии наук, заместитель директора по научным вопросам
Количество цитирований статей в журналах по данным
Web of Science: 5212,
Scopus: 5063
IstinaResearcherID (IRID): 1053255
Деятельность
Статьи в журналах
2021
Order and stochasticity in the folding of individual Drosophila genomes
Ulianov Sergey V. ,
Zakharova Vlada V. ,
Galitsyna Aleksandra A. ,
Kos Pavel I. ,
Polovnikov Kirill E. ,
Flyamer Ilya M. ,
Mikhaleva Elena A. ,
Khrameeva Ekaterina E. ,
Germini Diego ,
Logacheva Mariya D. ,
Gavrilov Alexey A.,
Gorsky Alexander S. ,
Nechaev Sergey K. ,
Gelfand Mikhail S. ,
Vassetzky Yegor S. ,
Chertovich Alexander V. ,
Shevelyov Yuri Y.,
Razin Sergey V.
в журнале Nature communications , издательство Nature Pub. Group (United Kingdom) , том 12, № 1
DOI
2020
Influence of the spacer region between the Shine-Dalgarno box and the start codon for fine-tuning of the translation efficiency in Escherichia coli
Komarova Ekaterina S. ,
Chervontseva Zoya S. ,
Osterman Ilya A. ,
Evfratov Sergey A. ,
Rubtsova Maria P. ,
Zatsepin Timofei S. ,
Semashko Tatiana A. ,
Kostryukova Elena S. ,
Bogdanov Alexey A. ,
Gelfand Mikhail S. ,
Dontsova Olga A. ,
Sergiev Petr V.
в журнале Microbial Biotechnology , издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom)
DOI
2020
Translation at first sight: the influence of leading codons
Osterman Ilya A. ,
Chervontseva Zoe S. ,
Evfratov Sergey A. ,
Sorokina Alena V. ,
Rodin Vladimir A. ,
Rubtsova Maria P. ,
Komarova Ekaterina S. ,
Zatsepin Timofei S. ,
Kabilov Marsel R. ,
Bogdanov Alexey A. ,
Gelfand Mikhail S. ,
Dontsova Olga A. ,
Sergiev Petr V.
в журнале Nucleic Acids Research , издательство Oxford University Press (United Kingdom)
DOI
2019
Nuclear lamina integrity is required for proper spatial organization of chromatin in Drosophila
Ulianov Sergey V. ,
Doronin Semen A. ,
Khrameeva Ekaterina E. ,
Kos Pavel I. ,
Luzhin Artem V. ,
Starikov Sergei S. ,
Galitsyna Aleksandra A. ,
Nenasheva Valentina V. ,
Ilyin Artem A. ,
Flyamer Ilya M. ,
Mikhaleva Elena A. ,
Logacheva Mariya D. ,
Gelfand Mikhail S. ,
Chertovich Alexander V. ,
Gavrilov Alexey A. ,
Razin Sergey V. ,
Shevelyov Yuri Y.
в журнале Nature communications , издательство Nature Pub. Group (United Kingdom) , № 1176, с. 1-11
DOI
2018
Conservation, evolution, and regulation of splicing during prefrontal cortex development in humans, chimpanzees, and macaques
Mazin Pavel V. ,
Jiang Xi,
Ning Fu,
Han Dingding,
Guo Meng,
Gelfand Mikhail S. ,
Khaitovich Philipp
в журнале RNA , том 24, № 4, с. 585-596
DOI
2018
Cooption of heat shock regulatory system for anhydrobiosis in the sleeping chironomid Polypedilum vanderplanki
Mazin PV ,
Shagimardanova E. ,
Kozlova O.,
Cherkasov A.,
Sutormin R. ,
Stepanova VV ,
Stupnikov A.,
Logacheva M. ,
Penin A. ,
Sogame Y. ,
Cornette R. ,
Tokumoto S.,
Miyata Y. ,
Kikawada T. ,
Gelfand MS ,
Gusev O.
в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , издательство National Academy of Sciences (United States) , том 115, № 10, с. E2477-E2486
DOI
2018
Genome rearrangements and phylogeny reconstruction in Yersinia pestis
Bochkareva Olga O.,
Dranenko Natalia O.,
Ocheredko Elena S.,
Kanevsky German M.,
Lozinsky Yaroslav N. ,
Khalaycheva Vera A. ,
Artamonova Irena I. ,
Gelfand Mikhail S.
в журнале PeerJ , издательство PeerJ (San Francisco) , том 6, с. e4545
DOI
2018
The genes of the sulphoquinovose catabolism in Escherichia coli are also associated with a previously unknown pathway of lactose degradation
Kaznadzey Anna ,
Shelyakin Pavel ,
Belousova Evgeniya,
Eremina Aleksandra,
Shvyreva Uliana,
Bykova Darya,
Emelianenko Vera,
Korosteleva Anastasiya,
Tutukina Maria,
Gelfand Mikhail S.
в журнале Scientific reports , издательство Nature Publishing Group (United Kingdom) , том 8, № 1
DOI
2017
Activation of the alpha-globin gene expression correlates with dramatic upregulation of nearby non-globin genes and changes in local and large-scale chromatin spatial structure
Ulianov Sergey V. ,
Galitsyna Aleksandra A. ,
Flyamer Ilya M. ,
Golov Arkadiy K. ,
Khrameeva Ekaterina E. ,
Imakaev Maxim V. ,
Abdennur Nezar A. ,
Gelfand Mikhail S. ,
Gavrilov Alexey A. ,
Razin Sergey V.
в журнале Epigenetics and Chromatin , издательство BioMed Central (London) , том 10, № 1, с. 35
DOI
2017
Application of sorting and next generation sequencing to study 5'-UTR influence on translation efficiency in Escherichia coli
Evfratov SA ,
Osterman IA ,
Komarova ES ,
Pogorelskaya AM ,
Rubtsova MP ,
Zatsepin TS ,
Semashko TA ,
Kostryukova ES ,
Mironov AA ,
Burnaev E.,
Krymova E.,
Gelfand MS ,
Govorun VM ,
Bogdanov AA ,
Sergiev PV ,
Dontsova OA
в журнале Nucleic Acids Research , издательство Oxford University Press (United Kingdom) , том 45, № 6, с. 3487-3502
DOI
2017
Genome analysis of E. coli isolated from Crohn’s disease patients
Rakitina D.V.,
Manolov A.I.,
Kanygina A.V.,
Garushyants S.K. ,
Baikova J.P.,
Alexeev D.G.,
Ladygina V.G.,
Kostryukova E.S.,
Larin A.K.,
Semashko T.A. ,
Karpova I.Y.,
Babenko V.V.,
Ismagilova R.K.,
Malanin S.Y. ,
Gelfand M.S. ,
Ilina E.N.,
Gorodnichev R.B. ,
Lisitsyna E.S.,
Aleshkin G.I.,
Scherbakov P.L.,
Khalif I.L.,
Shapina M.V.,
Maev I.V.,
Andreev D.N.,
Govorun V.M.
в журнале BMC Genomics , издательство BioMed Central (London) , том 18, № 1, с. 544
DOI
2017
Genomic Analysis of Caldithrix abyssi, the Thermophilic Anaerobic Bacterium of the Novel Bacterial Phylum Calditrichaeota
Kublanov I.V.,
Sigalova O.M. ,
Gavrilov S.N.,
Lebedinsky A.V. ,
Rinke C. ,
Kovaleva O. ,
Chernyh N.A. ,
Ivanova N.,
Daum C. ,
Reddy T.B. ,
Klenk H.P. ,
Spring S. ,
Goker M. ,
Reva O.N. ,
Miroshnichenko M.L. ,
Kyrpides N.C.,
Woyke T. ,
Gelfand M.S. ,
Bonch-Osmolovskaya E.A.
в журнале Frontiers in Cellular and Infection Microbiology , издательство Frontiers Media S.A. (Lausanne, Switzerland) , том 8, с. 195
DOI
2016
Active chromatin and transcription play a key role in chromosome partitioning into topologically associating domains
Ulianov SV ,
Khrameeva EE ,
Gavrilov AA,
Flyamer IM,
Kos P. ,
Mikhaleva EA,
Penin AA ,
Logacheva MD ,
Imakaev MV,
Chertovich A. ,
Gelfand MS ,
Shevelyov YY,
Razin SV
в журнале Genome Research , издательство Cold Spring Harbor Laboratory Press (United States) , том 26, с. 70-84
DOI
2016
Changes in snoRNA and snRNA Abundance in the Human, Chimpanzee, Macaque, and Mouse Brain
Zhang B. ,
Han D. ,
Korostelev Y. ,
Yan Z. ,
Shao N. ,
Khrameeva E. ,
Velichkovsky B.M. ,
Chen Y.P. ,
Gelfand M.S. ,
Khaitovich P.
в журнале Genome biology and evolution , издательство Oxford University Press (United Kingdom) , том 8, № 3, с. 840-850
DOI
2016
Genome-wide transcription start site mapping of Bradyrhizobium japonicum grown free-living or in symbiosis - a rich resource to identify new transcripts, proteins and to study gene regulation
Čuklina J. ,
Hahn J. ,
Imakaev M. ,
Omasits U. ,
Forstner K.U. ,
Ljubimov N. ,
Goebel M. ,
Pessi G. ,
Fischer H.M. ,
Ahrens C.H. ,
Gelfand M.S. ,
Evguenieva-Hackenberg E.
в журнале BMC Genomics , издательство BioMed Central (London) , том 17, № 1, с. 302
DOI
2016
Genomic study of the Ket: a Paleo-Eskimo-related ethnic group with significant ancient North Eurasian ancestry
Flegontov Pavel ,
Changmai Piya ,
Zidkova Anastassiya,
Logacheva Maria D. ,
Ezgi Altınışık N. ,
Flegontova Olga ,
Gelfand Mikhail S. ,
Gerasimov Evgeny S. ,
Khrameeva Ekaterina E. ,
Konovalova Olga P. ,
Tatiana Neretina ,
Nikolsky Yuri V. ,
George Starostin,
Stepanova Vita V.,
Travinsky Igor V. ,
Martin Tříska,
Petr Tříska,
Tatarinova Tatiana V.
в журнале Scientific reports , издательство Nature Publishing Group (United Kingdom) , том 6, с. 20768
DOI
2016
Small Open Reading Frames, Non-Coding RNAs and Repetitive Elements in Bradyrhizobium japonicum USDA 110
Hahn J. ,
Tsoy O.V.,
Thalmann S. ,
?uklina J. ,
Gelfand M.S. ,
Evguenieva-Hackenberg E.
в журнале PLoS ONE , издательство Public Library of Science (United States) , том 11, № 10, с. e0165429
DOI
2016
Механизмы укладки хроматиновой фибриллы в топологически-ассоциированные домены
Ульянов С.В. ,
Храмеева Е.К. ,
Гаврилов А.А. ,
Флямер И.М. ,
Кос П. ,
Михалева Е.А. ,
Пенин А.А.,
Логачёва М.Д. ,
Имакаев М.В. ,
Чертович А. ,
Гельфанд М.С. ,
Шевелёв Ю.Я. ,
Разин С.В.
в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия) , издательство Парк-медиа (М.) , том 2, с. 3-3
2015
Natural variation of gene models in Drosophila melanogaster
Kurmangaliyev Y.Z. ,
Favorov A.V. ,
Osman N.M.,
Lehmann K.V. ,
Campo D.,
Salomon M.P. ,
Tower J.,
Gelfand M.S. ,
Nuzhdin S.V.
в журнале BMC Genomics , издательство BioMed Central (London) , том 16, с. 198
DOI
2014
Crosslinking-immunoprecipitation (iCLIP) analysis reveals global regulatory roles of hnRNP L
Rossbach Oliver ,
Hung Lee-Hsueh ,
Khrameeva Ekaterina ,
Schreiner Silke ,
König Julian ,
Curk Tomaž ,
Zupan Blaž ,
Ule Jernej ,
Gelfand Mikhail S. ,
Bindereif Albrecht
в журнале RNA Biology , издательство Landes Bioscience (United States) , том 11, № 2, с. 146-155
DOI
2014
Genomics of sponge-associated Streptomyces spp. closely related to Streptomyces albus J1074: insights into marine adaptation and secondary metabolite biosynthesis potential
Ian Elena ,
Malko Dmitry B. ,
Sekurova Olga N.,
Bredholt Harald ,
Rückert Christian ,
Borisova Marina E. ,
Albersmeier Andreas ,
Kalinowski Jörn ,
Gelfand Mikhail S. ,
Zotchev Sergey B.
в журнале PLoS ONE , издательство Public Library of Science (United States) , том 9, № 5, с. e96719
DOI
2014
Weak negative and positive selection and the drift load at splice sites
Denisov Stepan V. ,
Bazykin Georgii A. ,
Sutormin Roman ,
Favorov Alexander V. ,
Mironov Andrey A. ,
Gelfand Mikhail S. ,
Kondrashov Alexey S.
в журнале Genome biology and evolution , издательство Oxford University Press (United Kingdom) , том 6, № 6, с. 1437-1447
DOI
2012
Draft macronuclear genome of a ciliate Euplotes crassus
Vinogradov D.V. ,
Tsoĭ O.V. ,
Zaika A.V. ,
Lobanov A.V. ,
Turanov A.A. ,
Gladyshev V.N. ,
Gel'fand M.S.
в журнале Molekuliarnaia biologiia , издательство Russian Academy of Sciences (Russian Federation) , том 46, № 2, с. 361-366
2012
Temporal Regulation of Gene Expression of the Escherichia coli Bacteriophage phiEco32
Pavlova O.,
Lavysh D. ,
Klimuk E.,
Djordjevic M. ,
Ravcheev D.A.,
Gelfand M.S. ,
Severinov K. ,
Akulenko N.
в журнале Journal of Molecular Biology , издательство Academic Press (United States) , том 416, с. 389-399
2012
Temporal Regulation of Gene Expression of the Escherichia coli Bacteriophage phiEco32
Pavlova O.,
Lavysh D. ,
Klimuk E. ,
Djordjevic M. ,
Ravcheev D.A. ,
Gelfand M.S. ,
Severinov K. ,
Akulenko N.
в журнале Journal of Molecular Biology , издательство Academic Press (United States) , том 416, № 3, с. 389-399
2011
Comparative genomic reconstruction of transcriptional networks controlling central metabolism in the Shewanella genus
Rodionov D.A. ,
Novichkov P.S. ,
Stavrovskaya E.D. ,
Rodionova I.A.,
Li X. ,
Kazanov M.D. ,
Ravcheev D.A. ,
Gerasimova A.V.,
Kazakov A.E.,
Kovaleva G.Y. ,
Permina E.A. ,
Laikova O.N. ,
Overbeek R. ,
Romine M.F. ,
Fredrickson J.K. ,
Arkin A.P. ,
Dubchak I. ,
Osterman A.L. ,
Gelfand M.S.
в журнале BMC Genomics , издательство BioMed Central (London) , том 12, с. 1:-S3
2011
Complete genome and proteome of Acholeplasma laidlawii
Lazarev V.N. ,
Levitskii S.A. ,
Basovskii Y.I. ,
Chukin M.M. ,
Akopian T.A. ,
Vereshchagin V.V. ,
Kostrjukova E.S. ,
Kovaleva G.Y. ,
Kazanov M.D. ,
Malko D.B. ,
Vitreschak A.G. ,
Sernova N.V. ,
Gelfand M.S. ,
Demina I.A. ,
Serebryakova M.V. ,
Galyamina M.A. ,
Vtyurin N.N. ,
Rogov S.I. ,
Alexeev D.G. ,
Ladygina V.G. ,
Govorun V.M.
в журнале Journal of Bacteriology , издательство American Society for Microbiology (United States) , том 193, № 18, с. 4943-4953
DOI
2010
RegPredict: an integrated system for regulon inference in prokaryotes by comparative genomics approach
Novichkov Pavel S. ,
Rodionov Dmitry A. ,
Stavrovskaya Elena D. ,
Novichkova Elena S. ,
Kazakov Alexey E.,
Gelfand Mikhail S. ,
Arkin Adam P. ,
Mironov Andrey A. ,
Dubchak Inna
в журнале Nucleic Acids Research , издательство Oxford University Press (United Kingdom) , том 38, с. 299
2010
RegPredict: an integrated system for regulon inference in prokaryotes by comparative genomics approach
Novichkov P.S. ,
Rodionov D.A. ,
Stavrovskaya E.D. ,
Novichkova E.S. ,
Kazakov A.E.,
Gelfand M.S. ,
Arkin A.P. ,
Mironov A.A. ,
Dubchak I.
в журнале Nucleic Acids Research , издательство Oxford University Press (United Kingdom) , том 38, с. 299-307
2007
RegTransBase - a database of regulatory sequences and interactions in a wide range of prokaryotic genomes
Kazakov Alexei E.,
Cipriano Michael J. ,
Novichkov Pavel S. ,
Minovitsky Simon ,
Vinogradov Dmitry V. ,
Arkin Adam ,
Mironov Andrey A. ,
Gelfand Mikhail S. ,
Dubchak Inna
в журнале Nucleic Acids Research , издательство Oxford University Press (United Kingdom) , том 35, с. 407
2006
EDAS, databases of alternatively spliced human genes
Nurtdinov R.N. ,
Neverov A.D. ,
Malko D.B. ,
Kosmodem’yanskii I.A. ,
Ermakova E.O. ,
Ramenskii V.E. ,
Mironov A.A. ,
Gelfand M.S.
в журнале Biophysics , издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation) , том 51, № 4, с. 589-592
2005
A Gibbs sampler for identification of symmetrically structured, spaced DNA motifs with improved estimation of the signal length
Favorov A.V. ,
Gelfand M.S. ,
Gerasimova A.V.,
Ravcheev D.A. ,
Mironov A.A. ,
Makeev V.J.
в журнале Bioinformatics , издательство Oxford University Press (United Kingdom) , том 21, № 10, с. 2240-2245
2000
Inactivation of the ypaA gene in Bacillus subtilis; Analysis of the resulting phenotypic expression
Kreneva R.A. ,
Gelfand M.S. ,
Mironov A.A. ,
Yomantas Y.A. ,
Kozlov Yu I. ,
Mironov A.S. ,
Perumov D.A.
в журнале Russian Journal of Genetics , издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation) , том 36, № 8, с. 972-974
Доклады на конференциях
2020
Evolution of transcriptional regulation of histidine metabolism in gram-positive bacteria
(Устный)
Авторы:
Ashniev German ,
Sernova Natalia ,
Shevkoplias Alexey ,
Rodionov Ivan ,
Rodionova Irina ,
Arzamasov Aleksandr ,
Vitreschak Alexey ,
Gelfand Mikhail ,
Rodionov Dmitry
16th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications , Москва, Россия, 1-4 декабря 2020
2019
Исследование пространственной организации хроматина Dictyostelium discoideum
(Устный)
Авторы:
Ульянов С.В. ,
Цой О. ,
Храмеева Е.Е. ,
Лужин А.Н. ,
Галицина А. ,
Стариков С.С. ,
Гельфанд М.С. ,
Разин С.В.
II Объединенный научный форум, включающий VI Cъезд физиологов СНГ, VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды» , Дагомыс, Россия, 1-6 октября 2019
2018
SELF-ORGANIZATION OF DROSOPHILA CHROMATIN INTO TOPOLOGICALLY- ASSOCIATING DOMAINS
(Приглашенный)
Авторы:
Ulianov S.V. ,
Khrameeva E.E. ,
Zakharova V.S. ,
Galitsyna A.A. ,
Polovnikov K.E. ,
Logacheva M.D. ,
Razin S.V. ,
Vassetzky E.S. ,
Gavrilov A.A. ,
Kos P. ,
Chertovich A. ,
Gelfand M.S. ,
Shevelev Y.Y. ,
Mikhaleva E.A.
ХРОМОСОМА 2018 , Новосибирский Академгородок, Россия, 20-24 августа 2018
2017
«ВАМПИРОМ»: ТРАНСКРИПТОМНЫЙ И ПРОТЕОМНЫЙ АНАЛИЗ МЕДИЦИНСКОЙ ПИЯВКИ
(Устный)
Авторы:
Лазарев В.Н. ,
Бабенко В.В. ,
Манувера В.А. ,
Курдюмов А.С. ,
Подгорный О.В. ,
Графская Е.Н. ,
Фарафонова Т.Е. ,
Широков Д.А. ,
Полина Н.Ф. ,
Харлампиева Д.Д. ,
Белова А.М. ,
Бобровский П.А. ,
Корнилов Д.А. ,
Димитриев В.К. ,
Манолов А.И. ,
Побегуц О.В. ,
Бутенко И.О. ,
Ковальчук С.И. ,
Аниканов Н.А. ,
Матюшкина Д.С. ,
Ракитина Д.В. ,
Виноградов Д.В.,
Касьянов А.С. ,
Кострюкова Е.С. ,
Гельфанд М.С. ,
Згода В.Г. ,
Баскова И.П.
12th International Scientific Conference on Bioorganic Chemistry devoted to the Memory of Professor Ovchinnikov/Международная научная конференция "XII чтения памяти академика Юрия Анатольевича Овчинникова" VIII Российский симпозиум "Белки и пептиды" , Москва, Россия, 18-22 сентября 2017
2016
Cell-type specific and transcription-related organization of TADs in and around the chicken alpha-globin gene domain
(Стендовый)
Авторы:
Ulianov Sergey V. ,
Galitsyna Alexandra A. ,
Flyamer Ilya M. ,
Khrameeva Ekaterina E. ,
Imakaev Maxim V. ,
Abdennur Nezar A. ,
Gelfand Mikhail S. ,
Gavrilov Alexey A. ,
Razin Sergey V.
Gordon Research Conference "Chromatin Structure and Function 2016" , Les Diablerets, Швейцария, 22-27 мая 2016
Тезисы докладов
2018
Nuclear lamina maintains global spatial organization of chromatin in Drosophila cultured cells
Ulianov Sergey V. ,
Doronin Semen A. ,
Khrameeva Ekaterina E. ,
Kos Pavel I. ,
Starikov Sergey S. ,
Galitsyna Aleksandra A. ,
Artem Luzhin ,
Gelfand Mikhail S. ,
Chertovich Alexander V. ,
Razin Sergey V. ,
Shevelyov Yuri Y.
в сборнике 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) , тезисы, с. 2493-2493
DOI
2017
ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДА FLOWSEQ ДЛЯ АНАЛИЗА ЭФФЕКТИВНОСТИ ТРАНСЛЯЦИИ БИБЛИОТЕК БАКТЕРИАЛЬНЫХ MРНК
СЕРГИЕВ П.В. ,
ЕВФРАТОВ С.А. ,
ОСТЕРМАН И.А. ,
КОМАРОВА Е.С. ,
ПОГОРЕЛЬСКАЯ А.М. ,
РУБЦОВА М.П. ,
КОСТРЮКОВА Е.С. ,
КАБИЛОВ М.Р. ,
БУРНАЕВ Е. ,
ГЕЛЬФАНД М.С. ,
ГОВОРУН В.М. ,
БОГДАНОВ А.А. ,
ДОНЦОВА О.А.
в сборнике ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ В ГЕНОМИКЕ II Всероссийская конференция с международным участием. Сер. "ActaNaturau" 2017 , место издания ООО "Парк-медиа" , тезисы, с. 16a
НИРы
Участие в редколлегии журналов
Руководство диссертациями
Руководство дипломными работами
Авторство учебных курсов