ИСТИНА

Поляков Игорь Вадимович пользователь

МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет, Кафедра физической химии, научный сотрудник, с 1 сентября 2009

кандидат физико-математических наук с 2011 года

Соавторы: Немухин А.В., Григоренко Б.Л., Хренова М.Г., Krylov A., Московский А.А., Лущекина С.В., Книга А.Е., Epifanovsky E.M., Варфоломеев С.Д., Миронов В.А., Морозов Д.И., Кулакова А.М., Ермилов А.Ю. показать полностью..., Савицкий А.П., Aksakal O.E., Alabugin I.V., Alexander V N., Ashim Y., Bravaya K.B., Collins J., Giudetti G., Jones D.D., Kulkova E.Y., Ma Y., Masson P., Pentkovski V.M., Poyida A.A., Rizkallah P.J., Tirthendu S., Topol I., Vassos E., Варфоломеев С.Д., Долин С.П., Домрачева Т.М., Жижин М.Н., Князева М.А., Конюхов С.В., Коц Е.Д., Одинцов И.О., Саррис Т., Телегин П.Н., Тютляева Е.О., Ширмин Г.И.

45 статей, 24 доклада на конференциях, 10 тезисов докладов, 19 НИР, 1 диссертация, 3 дипломные работы, 4 выступление в СМИ

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 454, Scopus: 413

IstinaResearcherID (IRID): 467992

Деятельность

• Статьи в журналах

  • • 2022 How Reproducible Are QM/MM Simulations?: Lessons from Computational Studies of the Covalent Inhibition of the SARS-CoV-2 Main Protease by Carmofur
    • Giudetti Goran, Polyakov Igor, Grigorenko Bella L., Faraji Shirin, Nemukhin Alexander V., Krylov Anna I.
    • в журнале Journal of Chemical Theory and Computation, издательство American Chemical Society (United States), том 18, № 8, с. 5056-5067 DOI
  • • 2022 Моделирование механизмов спонтанной реактивации мутантов бутирилхолинэстеразы, ингибированной эхотиофатом
    • Лущекина С.В., Немухин А.В., Поляков И.В., Массон П., Варфоломеев С.Д., Григоренко Б.Л.
    • в журнале Химическая физика, издательство Наука (М.), том 41, № 2, с. 34-40 DOI
  • • 2022 Молекулярная динамика фермент-субстратных комплексов в гуанозинтрифосфат-связывающих белках
    • Хренова М.Г., Поляков И.В., Немухин А.В.
    • в журнале Химическая физика, издательство Наука (М.), том 41, № 6, с. 66-72 DOI
  • • 2021 IN SILICO ОПРЕДЕЛЕНИЕ СПЕЦИФИЧНОСТИ НЕОАНТИГЕН-РЕАКТИВНЫХ T-ЛИМФОЦИТОВ
    • Книга А.Е., Поляков И.В., Немухин А.В.
    • в журнале Биомедицинская химия, том 67, № 3, с. 251-258 DOI
  • 
    • 2021 Interplay between Locally Excited and Charge Transfer States Governs the Photoswitching Mechanism in the Fluorescent Protein Dreiklang
    • Tirthendu Sen, Ma Yingying, Polyakov Igor V., Grigorenko Bella L., Nemukhin Alexander V., Krylov Anna I.
    • в журнале Journal of Physical Chemistry B, издательство American Chemical Society (United States), том 125, № 3, с. 757-770 DOI
  • 
    • 2021 Modeling photophysical properties of the bacteriophytochrome-based fluorescent protein IFP1.4
    • Grigorenko Bella L., Polyakov Igor V., Nemukhin Alexander V.
    • в журнале Journal of Chemical Physics, издательство AIP Publishing (United States), том 154, № 6, с. 065101-065101 DOI
  • 
    • 2021 Protonation States of Molecular Groups in the Chromophore-Binding Site Modulate Properties of the Reversibly Switchable Fluorescent Protein rsEGFP2
    • Grigorenko Bella L., Domratcheva Tatiana, Polyakov Igor V., Nemukhin Alexander V.
    • в журнале Journal of Physical Chemistry Letters, издательство American Chemical Society (United States), том 12, с. 8263-8271 DOI
  • • 2021 Stalling chromophore synthesis of the fluorescent protein Venus reveals the molecular basis of the final oxidation step
    • Auhim Husam Sabah, Grigorenko Bella L., Harris Tessa K., Aksakal Ozan E., Polyakov Igor V., Berry Colin, Gomes Gabriel dos Passos, Alabugin Igor V., Rizkallah Pierre J., Nemukhin Alexander V., Jones D.Dafydd
    • в журнале Chemical science, издательство Royal Society of Chemistry (United Kingdom) DOI
  • • 2021 Модель комплекса РНК-полимеразы вируса SARS-CoV-2 с фавипиравиром
    • Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Немухин А.В.
    • в журнале Химическая физика, издательство Наука (М.), том 40, № 2, с. 44-48 DOI
  • 
    • 2020 Computational Modeling of the SARS-CoV-2 Main Protease Inhibition by the Covalent Binding of Prospective Drug Molecules
    • Nemukhin Alexander, Grigorenko Bella, Polyakov Igor, Lushchekina Sofya
    • в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 7, № 3, с. 25-32 DOI
  • 
    • 2020 Mechanisms of ATP to cAMP Conversion Catalyzed by the Mammalian Adenylyl Cyclase: A Role of Magnesium Coordination Shells and Proton Wires
    • Grigorenko Bella, Polyakov Igor, Nemukhin Alexander
    • в журнале Journal of Physical Chemistry B, издательство American Chemical Society (United States), том 124, № 3, с. 451-460 DOI
  • 
    • 2020 Structure of the Brain N-Acetylaspartate Biosynthetic Enzyme NAT8L Revealed by Computer Modeling
    • Polyakov Igor V., Kniga Artem E., Grigorenko Bella L., Nemukhin Alexander V.
    • в журнале ACS Chemical Neuroscience, издательство American Chemical Society (United States), том 11, № 15, с. 2296-2302 DOI
  • 
    • 2020 Theoretical characterization of the photochemical reaction CO2+O(3P)->CO+O2 related to experiments in solid krypton
    • Grigorenko Bella L., Duarte Luís, Polyakov Igor V., Nemukhin Alexander V.
    • в журнале Chemical Physics Letters, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 746, с. 137303-1-137303-5 DOI
  • • 2020 Компьютерное моделирование N-ацетилглутаматсинтазы: от первичной структуры белка до элементарных стадий катализа
    • Поляков И.В., Книга А.Е., Григоренко Б.Л., Немухин А.В., Варфоломеев С.Д.
    • в журнале Доклады Российской академии наук. Науки о жизни, издательство Российская академия наук (Москва), № 495, с. 95-99 DOI
  • 
    • 2019 Computational Modeling Reveals the Mechanism of Fluorescent State Recovery in the Reversibly Photoswitchable Protein Dreiklang
    • Grigorenko B.L., Polyakov I.V., Krylov A.I., Nemukhin A.V.
    • в журнале Journal of Physical Chemistry B, издательство American Chemical Society (United States), том 123, № 42, с. 8901-8909 DOI
  • 
    • 2018 Benchmarking Quantum Chemistry Methods in Calculations of Electronic Excitations
    • Grigorenko Bella L., Mironov Vladimir A., Polyakov Igor V., Nemukhin Alexander V.
    • в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 5, № 4, с. 62-66 DOI
  • 
    • 2018 Modeling structure and excitation of biliverdin-binding domains in infrared fluorescent proteins
    • Polyakov Igor V., Grigorenko Bella L., Mironov Vladimir A., Nemukhin Alexander V.
    • в журнале Chemical Physics Letters, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 710, с. 59-63 DOI
  • 
    • 2018 Multicore Platform Efficiency Across Remote Sensing Applications
    • Tyutlyaeva Ekaterina O., Moskovsky Alexander A., Odintsov Igor O., Konyukhov Sergey S., Poyda Alexey A., Zhizhin Mikhail N., Polyakov Igor V.
    • в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 5, № 4, с. 15-23 DOI
  • 
    • 2018 Towards first-principles calculation of electronic excitations in the ring of the protein-bound bacteriochlorophylls
    • Polyakov Igor V., Khrenova Maria G., Moskovsky Alexander A., Shabanov Boris M., Nemukhin Alexander V.
    • в журнале Chemical Physics, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 505, с. 34-39 DOI
  • 
    • 2017 Evaluation of the Q y absorption band maximum in a light-harvesting complex of the bacterial photosynthetic center Thermochromatium tepidum
    • Polyakov I.V., Khrenova M.G., Moskovskii A.A., Telegin P.N., Zhang J.P., Nemukhin A.V.
    • в журнале Moscow University Chemistry Bulletin, издательство Allerton Press Inc. (United States), том 72, № 3, с. 111-114 DOI
  • 
    • 2017 Improving the Design of the Triple-Decker Motif in Red Fluorescent Proteins
    • Khrenova M.G., Polyakov I.V., Grigorenko B.L., Krylov A.I., Nemukhin A.V.
    • в журнале Journal of Physical Chemistry B, издательство American Chemical Society (United States), том 121, № 47, с. 10602-10609 DOI
  • • 2016 Моделирование гидролиза циклического димерного гуанозинмонофосфата фосфодиэстеразами
    • Григоренко Б.Л., Князева М.А., Поляков И.В., Немухин А.В.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 57, № 1, с. 3-6
  • • 2016 Моделирование реакции гидролиза гуанозинтрифосфата белковом комплексе RAS GAP
    • Хренова М.Г., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Поляков И.В.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 57, № 1, с. 7-10 DOI
  • 
    • 2015 A Light-Induced Reaction with Oxygen Leads to Chromophore Decomposition and Irreversible Photobleaching in GFP-type Proteins
    • Grigorenko Bella L., Nemukhin Alexander V., Polyakov Igor V., Khrenova Maria G., Krylov Anna I.
    • в журнале Journal of Physical Chemistry B, издательство American Chemical Society (United States), том 119, № 17, с. 5444-5452 DOI
  • 
    • 2015 Computer modeling of properties of complex molecular systems
    • Kulkova E.Yu, Khrenova M.G., Polyakov I.V., Nemukhin A.V.
    • в журнале AIP Conference Proceedings, том 1648, с. 750005-1-750005-4 DOI
  • • 2015 Multi-Scale Supercomputing of Large Molecular Aggregates: A Case Study of the Light-Harvesting Photosynthetic Center
    • Polyakov I.A., Moskovsky A.A., Nemukin A.V.
    • в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 2, № 4, с. 48-54 DOI
  • • 2014 Компьютерное моделирование компонентов фоторецепторных систем
    • Немухин А.В., Хренова М.Г., Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Московский А.А.
    • в журнале Известия Академии наук. Серия химическая, издательство Наука (М.), № 8, с. 1703-1709
  • • 2014 Моделирование компонентов ячейки Гретцеля методами квантовой химии
    • Кулакова А.М., Ермилов А.Ю., Поляков И.В., Немухин А.В.
    • в журнале Наноструктуры. Математическая физика и моделирование, том 11, № 1, с. 37-44
  • 
    • 2013 First-Principles Characterization of the Energy Landscape and Optical Spectra of Green Fluorescent Protein along the AIB Proton Transfer Route
    • Grigorenko Bella L., Nemukhin Alexander V., Polyakov Igor V., Morozov Dmitry I., Krylov Anna I.
    • в журнале Journal of the American Chemical Society, издательство American Chemical Society (United States), том 135, № 31, с. 11541-9
  • 
    • 2013 Towards quantum-based modeling of enzymatic reaction pathways: Application to the acetylholinesterase catalysis
    • Polyakov Igor V., Grigorenko Bella L., Moskovsky Alexander A., Pentkovski Vladimir M., Nemukhin Alexander V.
    • в журнале Chemical Physics Letters, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 556, с. 251-255 DOI
  • 
    • 2013 Triple-Decker Motif for Red-Shifted Fluorescent Protein Mutants
    • Grigorenko Bella L., Nemukhin Alexander V., Polyakov Igor V., Krylov Anna I.
    • в журнале Journal of Physical Chemistry Letters, издательство American Chemical Society (United States), том 4, № 10, с. 1743-1747
  • 
    • 2013 Unusual Emitting States of the Kindling Fluorescent Protein: Appearance of the Cationic Chromophore in the GFP Family
    • Grigorenko Bella L., Polyakov Igor V., Savitsky Alexander P., Nemukhin Alexander V.
    • в журнале Journal of Physical Chemistry B, издательство American Chemical Society (United States), том 117, № 24, с. 7228-7234
  • • 2013 Квантово-химические расчеты компонентов солнечных элементов, сенсибилизированных красителем
    • Поляков И.В., Московский А.А., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 54, № 2, с. 75-77
  • • 2013 Молекулярная модель светособирающего комплекса LH1 фотосинтетического центра бактерий Thermochromatium Tepidum
    • Хренова М.Г., Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Немухин А.В.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 54, № 2, с. 78-80
  • 
    • 2012 Toward Molecular-Level Characterization of Photoinduced Decarboxylation of the Green Fluorescent Protein: Accessibility of the Charge-Transfer States
    • Bella L Grigorenko, Alexander V Nemukhin, Morozov Dmitry I., Polyakov Igor V., Bravaya Ksenia B., Krylov Anna I.
    • в журнале Journal of Chemical Theory and Computation, издательство American Chemical Society (United States) DOI
  • 
    • 2010 Algorithms of the flexible effective fragment method used for modeling of transformations in enzyme active sites
    • Nemukhin A., Grigorenko B., Polyakov I., Morozov D., Khrenova M.
    • в журнале Moscow University Chemistry Bulletin, издательство Allerton Press Inc. (United States), том 65, № 6, с. 355-357
  • 
    • 2010 Modeling of the mechanism of hydrolysis of succinylcholine in the active site of native and modified (Asp70Gly) human butyrylcholinesterase
    • Lushchekina S.V., Grigorenko B.L., Morozov D.I., Polyakov I.V., Nemukhin A.V., Varfolomeev S.D.
    • в журнале Russian Chemical Bulletin, издательство Springer Nature (Switzerland), том 59, № 1, с. 55-60 DOI
  • 
    • 2010 Potential Energy Landscape of the Electronic States of the GFP Chromophore in Different Protonation Forms: Electronic Transition Energies and Conical Intersections
    • Polyakov I.V., Grigorenko B.L., Epifanovsky E.M., Krylov A.I., Nemukhin A.V.
    • в журнале Journal of Chemical Theory and Computation, издательство American Chemical Society (United States), том 6, № 8, с. 2377-2387 DOI
  • 
    • 2010 Structural forms of green fluorescent protein by quantum mechanics/molecular mechanics calculations
    • Grigorenko B.L., Polyakov I.V., Savitskii A.P., Nemukhin A.V.
    • в журнале Russian Chemical Bulletin, издательство Springer Nature (Switzerland), том 59, № 1, с. 61-65 DOI
  • 
    • 2010 The effect of oxidation on the electronic structure of the green fluorescent protein chromophore
    • Epifanovsky E., Polyakov I., Grigorenko B., Nemukhin A., Krylov A.I.
    • в журнале Journal of Chemical Physics, издательство AIP Publishing (United States), том 132, № 11 DOI
  • • 2010 Моделирование механизма реакции гидролиза сукцинилхолина в активном сайте нативной и модифицированной (Asp70Gly) бутирилхолинэстеразы человека
    • Лущекина С.В., Григоренко Б.Л., Морозов Д.И., Поляков И.В., Немухин А.В., Варфоломеев С.Д.
    • в журнале Известия Академии наук. Серия химическая, издательство Наука (М.), № 1, с. 56-61
  • 
    • 2009 On photoabsorption of the neutral form of the green fluorescent protein chromophore
    • Topol Igor, Collins Jack, Polyakov Igor, Grigorenko Bella, Nemukhin Alexander
    • в журнале Biophysical Chemistry, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 145, № 1, с. 1-6 DOI
  • 
    • 2009 Quantum Chemical Benchmark Studies of the Electronic Properties of the Green Fluorescent Protein Chromophore. 1. Electronically Excited and Ionized States of the Anionic Chromophore in the Gas Phase
    • Epifanovsky Evgeny, Polyakov Igor, Grigorenko Bella, Nemukhin Alexander, Krylov Anna I.
    • в журнале Journal of Chemical Theory and Computation, издательство American Chemical Society (United States), том 5, № 7, с. 1895-1906 DOI
  • 
    • 2009 Quantum Chemical Benchmark Studies of the Electronic Properties of the Green Fluorescent Protein Chromophore: 2. Cis-Trans Isomerization in Water
    • Polyakov Igor, Epifanovsky Evgeny, Grigorenko Bella, Krylov Anna I., Nemukhin Alexander
    • в журнале Journal of Chemical Theory and Computation, издательство American Chemical Society (United States), том 5, № 7, с. 1907-1914 DOI

• Статьи в сборниках

  • • 2017 Зеленый флуоресцентный белок: от рождения до смерти
    • Григоренко Б.Л., Поляков И.В., Миронов В.А., Немухин А.В.
    • в сборнике Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности / Под редакцией: академика В.А. Садовничего, академика Г.И. Савина, чл.-корр. РАН Вл.В. Воеводина, серия Суперкомпьютерное образование, место издания Издательство Московского университета Москва, том 7, с. 33-44

• Доклады на конференциях

  • • 2022 Достижения и проблемы моделирования биомолекулярных систем методами квантовой и молекулярной механики (КМ/ММ) (Пленарный)
    • Авторы: Немухин А.В., Григоренко Б.Л., Поляков И.В.
    • XXIX Международная конференция «Математика. Компьютер. Образование», Дубна, Россия, 24-29 января 2022
  • • 2021 Оценка стабильности комплекса 2-пропилфенола с Т4 лизоцимом (L99A/M102Q) с использованием молекулярной динамики (Стендовый)
    • Авторы: Юзабчук Д.А., Книга А.Е., Поляков И.В., Немухин А.В.
    • Международная научная конференция "СОВРЕМЕННАЯ ХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА - НА СТЫКЕ ФИЗИКИ, ХИМИИ И БИОЛОГИИ", Черноголовка, Россия, 29 ноября - 3 декабря 2021
  • • 2021 "Моделирование структуры комплексы Сas12u1-gRNA-DNA" (Устный)
    • Авторы: Книга А.Е., Горбенко Ф.В., Поляков И.В., Немухин А.В.
    • XXXIII Симпозиум Современная химическая физика 24 сентября - 4 октября 2021г. г. Туапсе, г. Туапсе, сан. МАЯК, Россия, 20 сентября - 4 октября 2021
  • • 2021 Разработка и применение КМ/ММ интерфейса для расчетов профилей свободной энергии ферментативных реакций с ускорением вычислений на графических процессорах (Устный)
    • Авторы: Поляков И.В., Книга А.Е., Немухин А.В.
    • XXXIII Симпозиум Современная химическая физика 24 сентября - 4 октября 2021г. г. Туапсе, г. Туапсе, сан. МАЯК, Россия, 20 сентября - 4 октября 2021
  • • 2021 MOLECULAR MODELING OF TCR-PMHC COMPLEXES (Устный)
    • Авторы: AE Kniga, IV Polyakov, AV Nemukhin
    • XXVII Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств", Онлайн на базе платформы zoom, Россия, 5-8 апреля 2021
  • • 2021 Компьютерное моделирование молекулярных процессов с участием компонентов вируса SARS-CoV-2 (Пленарный)
    • Авторы: Немухин А.В., Григоренко Б.Л., Лущекина С.В., Поляков И.В., Хренова М.Г.
    • XXVII Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств", Онлайн на базе платформы zoom, Россия, 5-8 апреля 2021
  • • 2021 РАЗРАБОТКА И ТЕСТИРОВАНИЕ КМ/ММ ИНТЕРФЕЙСА NAMD/TERACHEM ДЛЯ РАСЧЕТОВ ПРОФИЛЕЙ СВОБОДНОЙ ЭНЕРГИИ ФЕРМЕНТАТИВНЫХ РЕАКЦИЙ (Устный)
    • Авторы: Поляков Игорь, Книга А., Капуста Д., Немухин А.В.
    • XXVII Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств", Онлайн на базе платформы zoom, Россия, 5-8 апреля 2021
  • • 2019 Моделирование структуры активного сайта фермента N-ацетилглутаматсинтазы (Устный)
    • Авторы: Поляков Игорь Вадимович, Книга А.Е., Григоренко Белла Людвиговна, Немухин Александр Владимирович
    • XIX Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы «Биохимическая физика», Москва, Россия, 28-30 октября 2019
  • • 2019 Опыт быстрого развертывания облачной вычислительной среды для обработки научных данных (Стендовый)
    • Авторы: Московский А.A., Миронов В.А., Брехов А.Т., Хренова М.Г., Поляков И.В., Фирсов Д.А., Немухин А.В., Подгайный Д.В., Стрельцова О.И.
    • Russian Supercomputing Days, Москва, Россия, 23-24 сентября 2019
  • • 2019 Моделирование структур и спектров флуоресцентных белков на основе бактериальных фитохромов (Устный)
    • Авторы: Немухин А.В., Григоренко Б.Л., Поляков И.В.
    • I Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента", Черноголовка, Россия, 16-20 июня 2019
  • • 2019 Молекулярное моделирование флуоресцентных белков: От квантовой химии хромофоров до динамики макромолекул (Приглашенный)
    • Авторы: Поляков И.В., Хренова М.Г., Немухин А.В., Григоренко Б.Л.
    • I Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента", Черноголовка, Россия, 16-20 июня 2019
  • • 2019 От молекулярного моделирования механизмов ферментативных реакций до стационарной кинетики Михаэлиса-Ментен (Устный)
    • Авторы: Хренова М.Г., Миронов В.А., Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Немухин А.В.
    • «Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем» (ChemSci-2019), Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского Российской академии наук (ИОХ РАН), Россия, 13-17 мая 2019
  • • 2018 Суперкомпьютерное моделирование структуры и спектров фитохромов (Стендовый)
    • Авторы: Поляков Игорь Вадимович, Миронов Владимир Александрович, Немухин Александр Владимирович, Григоренко Белла Людвиговна, Московский Александр Александрович
    • Суперкомпьютерные дни в России, Москва, Россия, 24-25 сентября 2018
  • • 2017 Структурная интерпретация спектров поглощения комплексов Фенна-Метьюса- Ольсона с помощью методов молекулярного моделирования и квантовой химии (Устный)
    • Авторы: Паршин Игорь Витальевич, Немухин А.В., Поляков И.В.
    • XVII Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика", Москва, Россия, 13-15 ноября 2017
  • • 2017 Фотопревращения флуоресцентного белка DREIKLANG по результатам квантово-химического моделирования (Устный)
    • Авторы: Немухин А.В., Григоренко Б.Л., Поляков И.В.
    • Всероссийская конференция по квантовой и вычислительной химии (Уфа, 13-17 ноября 2017 г.), Уфа, Россия, 13-17 ноября 2017
  • • 2017 Введение в вычислительную химию и параллельные вычисления. Практические применения для больших молекулярных систем (Приглашенный)
    • Авторы: Поляков И.В., Миронов В.А.
    • Летняя школа «Высокопроизводительные вычисления в химии», Новосибирск, Россия, 27-28 июня 2017
  • • 2017 Введение в вычислительную химию и параллельные вычисления. Теоретические аспекты. (Приглашенный)
    • Авторы: Поляков И.В., Миронов В.А.
    • Летняя школа «Высокопроизводительные вычисления в химии», Новосибирск, Россия, 27-28 июня 2017
  • • 2017 Квантовая химия - от основ к практическим высокопроизводительным вычислениям на базе программного пакета GAMESS (US) (Приглашенный)
    • Авторы: Поляков И.В., Миронов В.А., Московский А.А.
    • Intel IXPUG/RU 2017, Российская академия наук. г. Москва, Ленинский проспект 32А, Россия, 1-2 июня 2017
  • • 2016 Суперкомпьютерное моделирование больших молекулярных систем на примере светособирающей антенны фотосинтетического аппарата пурпурной бактерии (Устный)
    • Авторы: Поляков И.В., Московский А.А., Немухин А.В.
    • Национальный Суперкомпьютерный Форум (НСКФ-2016), Переславль-Залесский, Россия, 29 ноября - 2 декабря 2016
  • • 2016 Моделирование спектров поглощения агрегатов бактериохлорофиллов с помощью современных методов квантовой химии (Устный)
    • Авторы: Хренова М.Г., Немухин А.В., Поляков И.В.
    • XVI Ежегодная международная молодежная конференция Биохимическая физика ИБХФ РАН-ВУЗы, г. Москва, ИБХФ им. Н.М. Эмануэля РАН, ул. Косыгина д.4, Россия, 24-26 октября 2016
  • • 2016 Моделирование поглощения светособирающей антенны Thermochromatium tepidum (Устный)
    • Авторы: Поляков И.В., Немухин А.В., Хренова М.Г.
    • XXVIII Симпозиум Современная химическая физика , Туапсе, Россия, 19-30 сентября 2016
  • • 2014 Квантовохимическое моделирование стадии ацилирования в реакции гидролиза ацетилхолина в активном сайте ацетилхолинэстеразы (Устный)
    • Авторы: Григоренко Б.Л., Немухин А.В., Поляков И.В.
    • XIV ежегодная международная молодежная конференция ИБХФ РАН-ВУЗы "Биохимическая физика", ИБХФ РАН, Россия, 2014
  • • 2014 Моделирование компонентов солнечных элементов, сенсибилизированных красителем, с помощью современных методов квантовой химии (Устный)
    • Авторы: Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Немухин А.В.
    • XXVI Cимпозиум Современная химическая физика , Туапсе, 20 сентября - 1 октября 2014
  • • 2014 MODELING SOLVATOCHROMIC TRANSITITION ENERGY SHIFT OF 2-CYANO-5-(4- DIMETHYLAMINOPHENYL)PENT A-2,4-DIENOIC ACID IN FROZEN AQUEOUS SOLUTIONS (Стендовый)
    • Авторы: Kulakova A.M., Ermilov A.Yu, Polyakov I.V., Nemukhin A.V.
    • Chemistry and Physics at Low Temperatures, Суздаль, Россия, 24-29 августа 2014

• Тезисы докладов

  • 
    • 2021 Компьютерное моделирование молекулярных процессов с участием компонентов вируса SARS-CoV-2
    • Немухин А.В., Григоренко Б.Л., Лущекина С.В., Поляков И.В., Хренова М.Г.
    • в сборнике XXVII СИМПОЗИУМ «БИОИНФОРМАТИКА И КОМПЬЮТЕРНОЕ КОНСТРУИРОВАНИЕ ЛЕКАРСТВ». Сборник научных трудов, место издания Москва: Институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, тезисы, с. 16-16 DOI
  • • 2019 Diversity of mechanisms in enzyme-catalyzed phosphorus-oxygen bond cleavage reactions
    • Grigorenko B., Nemukhin A., Lushchekina S., Polyakov I., Moskovsky A.
    • в сборнике Abstracts of 12th International conference BIOCATALYSIS-2019: Fundamentals and Applications / Editor V. Tishkov - Moscow, место издания Innovations and High Technologies MSU Ltd, 2019 Moscow, тезисы, с. 28
  • • 2019 Моделирование структур и спектров флуоресцентных белков на основе бактериальных фитохромов
    • Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Немухин А.В.
    • в сборнике Книга тезисов "1ая Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента"", место издания ISBN 978-5-4465-2339-9, тезисы, с. 18-19
  • • 2019 Моделирование структуры активного сайта фермента N-ацетилглутаматсинтазы
    • Поляков Игорь Вадимович, Книга А.Е., Григоренко Белла Людвиговна, Немухин А.В.
    • в сборнике Труды XIX Ежегодной молодежной конференции с международным участием ИБХФ РАН-ВУЗЫ "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА", III симпозиума "СОВРЕМЕННОЕ МАТЕРИАЛОВЕДЕНИЕ",, место издания ООО АЛЬТИГРАФИКА Москва, том 13, тезисы, с. 177-179
  • • 2019 Молекулярное моделирование ферментативных систем мозга человека
    • Немухин А.В., Варфоломеев С.Д., Хренова М.Г., Поляков И.В., Книга А.Е., Григоренко Б.Л.
    • в сборнике Тезисы докладов XXXI Симпозиума Современная химическая физика, место издания Москва, тезисы, с. 28
  • • 2019 Молекулярное моделирование флуоресцентных белков: от квантовой химии хромофоров до динамики макромолекул
    • Григоренко Б.Л., Поляков И.В., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в сборнике Книга тезисов "1ая Конференция с международным участием "Физическая химия в России и за рубежом: от квантовой химии до эксперимента"", место издания ISBN 978-5-4465-2339-9, тезисы, с. 14-15
  • 
    • 2019 От молекулярного моделирования механизмов ферментативных реакций до стационарной кинетики Михаэлиса-Ментен
    • Хренова М.Г., Миронов В.А., Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Немухин А.В.
    • в сборнике Сборник тезисов Всероссийская конференция "Взаимосвязь ионных и ковалентных взаимодействий в дизайне молекулярных и наноразмерных химических систем", серия ISBN 978-5-6041187-6-4, тезисы, с. 80-80
  • 
    • 2017 ФОТОПРЕВРАЩЕНИЯ ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО БЕЛКА DREIKLANG ПО РЕЗУЛЬТАТАМ КВАНТОВОХИМИЧЕСКОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ
    • Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Немухин А.В.
    • в сборнике Сборник тезисов докладов всероссийской конференции по квантовой и математической химии 2017, место издания Издательство УГНТУ Уфа, тезисы, с. 51-51
  • • 2016 Моделирование поглощения светособирающей антенны Thermochromatium tepidum
    • Поляков И.В., Хренова М.Г., Немухин А.В.
    • в сборнике Современная химическая физика. XXVIII. Симпозиум. 19-30 сентября 2016 г. г. Туапсе. Сборник тезисов, место издания Москва, тезисы, с. 105-105
  • 
    • 2014 Modeling solvatochromic transitition energy shift of 2-cyano-5-(4- dimethylaminophenyl)penta-2,4-dienoic acid in frozen aqueous solutions
    • Kulakova A.M., Ermilov A.Yu, Polyakov I.V., Nemukhin A.V.
    • в сборнике Book of Abstracts of Conference Chemistry and Physics at Low Temperatures (CPLT 2014), место издания Department of Chemistry, Lomonosov Moscow State University Moscow, тезисы, с. 54-54

• НИРы

  • • 1 января 2022 - 31 декабря 2024 Многомасштабное моделирование сложных химических реакций в фотоактивных белках
    • НИЛ квантовой химии и молекулярного моделирования
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственные исполнители: Домрачева Т.М., Поляков И.В., Хренова М.Г. Участники НИР: Захарова Т.М., Капуста Д.П., Кулакова А.М., Метелешко Ю.И., Мулашкин Ф.Д., Одинцов К.В.
  • • 26 октября 2021 - 31 декабря 2023 "Анализ микробиомов растений и беспозвоночных животных экстремальных мест обитания с целью разработки штаммов-продуцентов новых метаболитов и ферментов (химический факультет)"
    • Химический факультет
    • Руководитель: Бонч-Осмоловская Е.А. Ответственные исполнители: Зверева М.Э., Каменский П.А., Тишков В.И. Участники НИР: Александров Ю.Д., Атрошенко Д.Л., Беркович А.К., Биккулова Г.Р., Ворожцова Е.И., Головина Д.И., Зейнетдинова Г.Р., Кубарева Е.А., Кулакова А.М., Малявко А.Н., Марина В.И., Монахова М.В., Мулашкина Т.И., Павлова А.В., Панова Т.В., Паршин П.Д., Поляков И.В., Пометун А.А., Пышкина О.А., Родин В.А., Савин С.С., Савицкая В.Ю., Свеженцева Г.А., Сергеев А.В., Сергеев В.Г., Скворцов Д.А., Трефилов В.С., Федорчук В.В., Федорчук Е.А., Хренова М.Г.
  • • 1 января 2021 - 31 декабря 2024 Строение и динамика атомно-молекулярных систем
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Немухин А.В. Ответственные исполнители: Безруков Д.С., Хренова М.Г. Участники НИР: Абраменков А.В., Батаев В.А., Бедняков А.С., Белега Е.Д., Белов А.С., Бохан Д.А., Боченкова А.В., Глебов И.О., Годунов И.А., Головкин А.В., Голосная М.Н., Григоренко Б.Л., Давыдова И.Б., Домрачева Т.М., Еремин В.В., Ермилов А.Ю., Исаева Е.В., Кабылда А.М., Капуста Д.П., Клещина Н.Н., Князева М.А., Козлов М.И., Козлов С.В., Корнейчук А.Я., Королева Л.А., Кочергина И.Ю., Краснощеков С.В., Кузьменко Н.Е., Кулакова А.М., Курамшина Г.М., Лазарев А.В., Ларин А.В., Маслов Д.В., Метелешко Ю.И., Миронов В.А., Московский А.А., Мулашкина Т.И., Никитина Н.А., Осин С.Б., Пазюк Е.А., Петров С.В., Пичугина Д.А., Поддубный В.В., Поляков И.В., Рыбаков А.А., Рыжова О.Н., Сенявин В.М., Степанов Н.Ф., Сызганцева О.А., Татаренко К.А., Терашкевич В.А., Трубников Д.Н., Устынюк Л.Ю., Хохлов Д.В., Хрустов В.Ф., Чистиков Д.Н., Щербинин А.В., Яковлев Н.Н.
  • • 1 января 2020 - 31 декабря 2021 Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах
    • НИЛ квантовой химии и молекулярного моделирования
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственный исполнитель: Хренова М.Г. Участники НИР: Домрачева Т.М., Захарова Т.М., Капуста Д.П., Кулакова А.М., Метелешко Ю.И., Миронов В.А., Мулашкин Ф.Д., Поляков И.В.
  • • 1 марта 2019 - 30 декабря 2022 Суперкомпьютерное моделирование биомолекулярных систем на основе квантово-химических и молекулярно-динамических методов: от ферментативного катализа до оптогенетики
    • ИБХФ РАН
    • Руководитель: Немухин А.В. Ответственные исполнители: Коц Е.Д., Лущекина С.В., Московский А.А. Участники НИР: Григоренко Б.Л., Лычко Л.А., Миронов В.А., Поляков И.В.
  • • 1 января 2019 - 31 декабря 2021 Молекулярное моделирование механизмов ферментативных реакций фосфорилирования-дефосфорилирования
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственный исполнитель: Поляков И.В. Участники НИР: Капуста Д.П., Книга А.Е., Кулакова А.М.
  • • 1 декабря 2017 - 30 ноября 2018 Модернизация пакета квантовой химии GAMESS для проведения высокопараллельных расчетов
    • НИЛ химической кибернетики
    • Руководитель: Миронов В.А. Ответственный исполнитель: Московский А.А. Участники НИР: Немухин А.В., Поляков И.В., Хренова М.Г.
  • • 16 апреля 2017 - 28 декабря 2018 Суперкомпьютерное моделирование молекулярного полиморфизма ферментов человека
    • ИБХФ РАН
    • Руководитель: Немухин А.В. Ответственный исполнитель: Московский А.А. Участники НИР: Григоренко Б.Л., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Миронов В.А., Поляков И.В., Хренова М.Г.
  • • 1 января 2017 - 31 декабря 2019 Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Ответственный исполнитель: Хренова М.Г. Участники НИР: Капуста Д.П., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Метелешко Ю.И., Миронов В.А., Поляков И.В.
  • • 28 ноября 2016 - 15 ноября 2017 Модернизация пакета квантовой химии GAMESS для проведения высокопараллельных расчетов
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Миронов В.А. Ответственный исполнитель: Московский А.А. Участники НИР: Немухин А.В., Поляков И.В., Хренова М.Г.
  • • 1 января 2016 - 31 декабря 2020 Строение и динамика атомно-молекулярных систем
    • Кафедра физической химии
    • Руководители: Немухин А.В., Степанов Н.Ф. Ответственный исполнитель: Безруков Д.С. Участники НИР: Абраменков А.В., Абрамович А.И., Агеев Г.Г., Адамсон С.О., Алексеев Е.С., Альтова Е.П., Банару А.М., Батаев В.А., Баум Е.А., Бедняков А.С., Безруков Д.С., Белега Е.Д., Белов А.С., Белова М.В., Богатова Т.В., Богдан Т.В., Бохан Д.А., Боченкова А.В., Бучаченко А.А., Вилкова А.Л., Глебов И.О., Годунов И.А., Головкин А.В., Григоренко Б.Л., Грикина О.Е., Гринева О.В., Давыдова И.Б., Дмитриенко А.О., Дорофеева О.В., Еремин В.В., Ермилов А.Ю., Засурская Л.А., Захарова Т.М., Иванов А.А., Исаева Е.В., Капуста Д.П., Клещина Н.Н., Князева М.А., Ковтун Д.М., Колесникова И.Н., Королева Л.А., Коц Е.Д., Крамаренко С.С., Краснощеков С.В., Кузьменко Н.Е., Кулакова А.М., Курамшина Г.М., Лазарев А.В., Ланшина Л.В., Ларин А.В., Лысенко К.А., Львова Е.Ю., Майорова А.Ф., Макухин Н.Н., Марочкин И.И., Миронов В.А., Митин А.В., Моисеева Н.Ф., Московский А.А., Немухин А.В., Новаковская Ю.В., Осин С.Б., Пазюк Е.А., Панченко Ю.Н., Петров С.В., Пичугина Д.А., Поддубный В.В., Поляков И.В., Прибытков А.В., Пупышев В.И., Рыбаков А.А., Рыжова О.Н., Рыков А.Н., Сенявин В.М., Словохотов Ю.Л., Степанов Н.Ф., Степанова А.В., Татаренко К.А., Терентьев Р.В., Тихонов Д.С., Трубников Д.Н., Тукачев Н.В., Устынюк Л.Ю., Филимонова М.А., Хайкин Л.С., Хренова М.Г., Христенко Л.В., Хрустов В.Ф., Чемлева Т.А., Шергольд И.А., Шишков И.Ф., Щербинин А.В., Яковлев Н.Н.
  • • 1 января 2016 - 31 декабря 2018 Моделирование перспективных вариантов фотоактивных белков методами квантовой теории
    • ИБХФ РАН
    • Руководитель: Немухин А.В. Ответственный исполнитель: Московский А.А. Участники НИР: Анучин Н.М., Коц Е.Д., Лущекина С.В., Поляков И.В.
  • • 12 мая 2015 - 31 декабря 2016 Квантово-химическое моделирование таутомерных превращений аминокислотных остатков с карбоксамидной функциональной группой - аспарагина и глютамина
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Хренова М.Г. Участники НИР: Григоренко Б.Л., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Миронов В.А., Поляков И.В.
  • • 31 января 2014 - 31 декабря 2016 Сверхбыстрая неадиабатическая динамика биологических хромофоров
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Боченкова А.В. Участники НИР: Грановский А.А., Лычко Л.А., Миронов В.А., Поляков И.В., Хренова М.Г.
  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2016 Суперкомпьютерное моделирование молекулярного полиморфизма ферментов человека
    • ИБХФ РАН
    • Руководитель: Немухин А.В. Участники НИР: Григоренко Б.Л., Коц Е.Д., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Миронов В.А., Московский А.А., Новичкова Д.А., Поляков И.В., Хренова М.Г.
  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2015 Новые биофизические и структурные аспекты молекулярных процессов в фотосинтетических центрах
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Немухин А.В. Участники НИР: Григоренко Б.Л., Миронов В.А., Новичкова Д.А., Поляков И.В., Хренова М.Г.
  • • 1 января 2013 - 31 декабря 2015 Молекулярные механизмы химических реакций в белках с разрывом фосфорно-кислородной связи
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Григоренко Б.Л. Участники НИР: Губайдулина А.М., Исаева Е.В., Кулакова А.М., Лычко Л.А., Новичкова Д.А., Поляков И.В., Хренова М.Г.
  • • 1 января 2012 - 31 декабря 2013 Структура и спектроскопия реакционных центров и светособирающих комплексов бактериальных фотосинтетических систем
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Немухин А.В. Участники НИР: Григоренко Б.Л., Поляков И.В., Хренова М.Г.
  • • 1 января 2008 - 31 декабря 2010 Моделирование структуры и спектров биологических хромофоров в газовой фазе, растворах и белках
    • Кафедра физической химии
    • Руководитель: Боченкова А.В. Участники НИР: Бравая К.Б., Грановский А.А., Григоренко Б.Л., Конюхов С.С., Поляков И.В., Хренова М.Г.

• Диссертация

  • • 2011 Поверхности потенциальной энергии и спектры хромофора зеленого флуоресцентного белка: от газовой фазы до белковой матрицы
    • Кандидатская диссертация по специальности 02.00.17 - Математическая и квантовая химия (физ.-мат. науки)
    • Автор: Поляков Игорь Вадимович, к.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Научный руководитель: Григоренко Б.Л., д.ф.-м.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Защищена в совете Д 501.001.50 при МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет

• Руководство дипломными работами

  • • 2019 Молекулярное моделирование кислотной амид-имидной таутомеризации в растворе
    • Научный руководитель: Поляков Игорь Вадимович
    • Автор: Бабчук Илья Владимирович (Специалист)
  • • 2019 Компьютерный дизайн трехмерной полноатомной структуры аспартат N-ацетилтрансферазы человека
    • Научные руководители: Поляков Игорь Вадимович, Шайтан А.К.
    • Автор: Книга Артем Евгеньевич (Магистр)
  • • 2018 Квантовохимическое моделирование спектров поглощения комплексов Фенна-Мэтьюса-Ольсона
    • Научный руководитель: Поляков Игорь Вадимович
    • Автор: Паршин Игорь Витальевич (Специалист)

• Выступление в СМИ

  • • 8 июля 2021 г. ХИМИКИ ВЫЯСНИЛИ, КАК ЗАСТАВИТЬ БЕЛКИ СВЕТИТЬСЯ (Портал "Научная Россия")
    • Авторы (участники): Немухин Александр Владимирович, Григоренко Белла Людвиговна, Поляков Игорь Вадимович
  • • 8 июля 2021 г. Химики выяснили, как белки получают возможность светиться (Популярная Механика)
    • Авторы (участники): Григоренко Белла Людвиговна, Немухин Александр Владимирович, Поляков Игорь Вадимович
  • • 8 июля 2021 г. Химики выяснили, как белки получают возможность светиться (MENDELEEV INFO)
    • Авторы (участники): Немухин Александр Владимирович, Григоренко Белла Людвиговна, Поляков Игорь Вадимович
  • • 8 июля 2021 г. Химики выяснили, как заставить белки светиться (Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова (официальный сайт))
    • Авторы (участники): Немухин Александр Владимирович, Григоренко Белла Людвиговна, Поляков Игорь Вадимович