ИСТИНА

Развитие современных методов секвенирования последовательностей приводит к генерации огромного объема первичных данных. Комплексное межвидовое сравнение таких данных у представителей многих таксонов цветковых позволит не только лучше понять функции отдельных генов, особенности функционирования генных сетей, но и позволит существенно снизить стоимость первичных экспериментов направленных на поиск генов для редактирования с целью получения новых сортов у разных объектов. При этом в настоящее время проведение такого анализа затруднено, а часто невозможно, прежде всего в связи с отсутствием жестких стандартов описания процедур получения данных, а так же отсутствием адекватных инструментов для сравнения и визуализации. Даже в такой системе как NCBI, которая в настоящее время является стандартом, метаданные образцов часто указываются не полностью или с ошибками. Помимо этого получаемые научным сообществом данные часто не затрагивают важных таксономических групп, как правило по причине отсутствия в них хозяйственно значимых объектов. Так, например, подавляющая часть данных по экспрессии генов у однодольных касается только одной узко специализированной группы – злаков, использование которой в массовых анализах заведомо вызовет искажения. Таким образом для создания корректной платформы для межвидового сравнения экспрессии генов необходимо решить ряд задач. Прежде всего необходимо разработка базы данных с интуитивно понятным интерфейсом, которая позволяла бы проводить сравнительный анализ экспрессии биологам и представителям других профессий связанных с науками о жизни при этом не специализирующихся в биоинформатике. Вторым необходимым направлением является дополнение существующих данных информацией по таксонам, занимающим в филогенетическом дереве ключевые позиции необходимые для понимания процессов формирования функций. Третей задачей является ручная и полуавтоматическая фильтрация публичных данных и помещение их в базу. Все три задачи будут решаться в ходе реализации нашего проекта. За основу для разработки системы будет взята созданная нами база TraVA (Transcriptome Variation Analysis, http://travadb.org/), за 2 года существования нашей базой воспользовались более 6 тысяч уникальных пользователей, еженедельное посещение базы составляет более 100 уникальных пользователей. Помимо инструментов для межвидовых сравнений в базу будет добавлен ряд функций для более глубокого анализа каждого вида, в том числе анализа сплайсинга. Оптимальные таксоны для решения второй задачи будут выбраны в ходе реализации проекта в зависимости от содержания публичных баз данных на момент его начала. Одним из ключевых таксонов с которым будет вестись работа – это базальное цветковое Amborella trichopoda растительный материал для создания транскриптомной карты которого нами уже собран. Данные по этому растению необходимы для определения предковых состояний паттернов экспрессии. Третье направление будет реализовываться по мере появления новых данных в публичных базах. Таким образом, к концу третьего года проекта нами будет создана интегрированная платформа для межвидового сравнения экспрессии генов у высших растений которая будет оптимизирована для добавления новых данных процесс генерации которых будет ускорятся.