Деградация пептидов и белков, содержащих полиглутаминовые фрагменты, протеасомными комплексами различного составаНИР

Degradation of polyQ-containing peptides and proteins by proteasome complexes of different composition

Источник финансирования НИР

грант РФФИ

Этапы НИР

# Сроки Название
1 1 января 2016 г.-31 декабря 2016 г. Деградация пептидов и белков, содержащих полиглутаминовые фрагменты, протеасомными комплексами различного состава
Результаты этапа: В результате проделанной работы оптимизирована методика выделения протеасомного регулятора 11S из тканей лабораторных мышей с помощью комбинации хроматографических методов: гель-фильтрации и ионообменной хроматографии в режиме FPLC, определен субъединичный состав выделенных 11S субчастиц. Изучено влияние 11S регуляторных субчастиц на кинетические параметры гидролиза стандартных пептидных субстратов 20S и 26S протеасомой. Флуорогенные полиглутамил-содержащие пептиды с 5 и 10 остатками глутамина подряд, содержащие FRET-пару EDANS (флуорофор) и Dabcyl (тушитель) охарактеризованы спектральными и масс-спектрометрическими методами, изучена кинетика их гидролиза протеасомными комплексами: 20S, 26S, 20S+11S, 26S+11S. Имеющиеся в нашем распоряжении плазмиды, кодирующие ген полноразмерного хантингтина с 15 и 138 остатками глутамина подряд, были охарактеризованы: прочитана их нуклеотидная последовательность, выявлены некоторые аминокислотные замены. Показана возможность трансфекции эукариотических клеток HEK293T плазмидами, кодирующими ген полноразмерного хантингтина с 15 и 138 остатками глутамина подряд, наличие хантингтина в клетках определено с помощью флуоресцентной микроскопии и Вестерн-блоттинга.
2 1 января 2017 г.-31 декабря 2017 г. Деградация пептидов и белков, содержащих полиглутаминовые фрагменты, протеасомными комплексами различного состава
Результаты этапа: Идентифицированы сайты гидролиза пептидов, содержащих полиглутаминовые фрагменты, протеасомными комплексами 20S, 26S, 20S+11S, 26S+11S методом хромато-масс-спектрометрии. Определено, что протеасома способна гидролизовать такие пептиды, причем добавление регуляторов не меняет место протеолиза. Проведено несколько пробных экспрессий нормального и мутантного хантингтина в клетках человека. В экспрессионный вектор на С-конец введены 6хHis и 3хFLAG теги для облегчения очистки и идентификации полноразмерного хантингтина. Попытка очистки с помощью металл-хелатной хроматографии показала, что полноразмерный хантингтин плохо связывается с никель-содержащей колонкой и совыделяется с другими белками, давая несколько полос как на электрофореграмме в денатурирующих условиях при окрашивании Кумасси так и после вестерн-блоттинга при окрашивании антителами.
3 1 января 2018 г.-31 декабря 2018 г. Деградация пептидов и белков, содержащих полиглутаминовые фрагменты, протеасомными комплексами различного состава
Результаты этапа: В результате выполнения проекта методом молекулярного докинга с использованием программы Autodock Vina была изучена возможность протеолиза полиглутамин-содержащих пептидов шестью разными каталитическими субъединицами протеасомы (тремя конститутивными и тремя иммуно). Анализ полученных конформационных данных показал, что только две из шести каталитических субъединиц могут гидролизовать пептид между глутаминами, так как только в них образуется сеть водородных связей, способных фиксировать субстрат в центре связывания в конформации, подходящей для гидролиза. Проведена работа над оптимизацией схемы выделения и очистки полноразмерного нормального и мутантного хантингтина хроматографическими методами, однако пока белок в достаточных количествах получить не удалось. Исследован статус убиквитинирования нормального хантингтина и белка с удлиненным полиглутаминовым трактом. Изучена внутриклеточная активность протеасомы при транзиентной экспрессии нормального и мутантного хантингтина и показано значимое изменение одного из типов активности.

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".