Последствия нарушения работы медицински значимых генов, связанных с биосинтезом белка: анализ на дрожжевых моделяхНИР

Consequences of malfunctions of medically relevant genes, associated with protein synthesis: analysis in yeast

Источник финансирования НИР

грант РФФИ

Этапы НИР

# Сроки Название
1 27 ноября 2019 г.-30 сентября 2020 г. Последствия нарушения работы медицински значимых генов, связанных с биосинтезом белка: анализ на дрожжевых моделях. Этап 1.
Результаты этапа: В 2020 году, несмотря на коронавирусную пандемию, нам удалось успешно реализовать большую часть наших планов. Выполнение отдельных пунктов, требующих взаимодействия с партнёрами или образовательными организациями, были по понятным причинам перенесены на более поздние сроки, однако мы заменили их исследованиями, выполняемыми биоинформатическими методами, которые не требовали присутствия в лаборатории. Была подтверждена генетическая идентичность 4 штаммов дрожжей (wt и трёх нокаутных), наработано необходимое количество биомассы клеток этих штаммов (по 4 повторности для каждого из штаммов), проанализированы полисомные профили, выделены рибосомные футпринты и препараты поли(А)+ РНК, из тех и других приготовлены библиотеки рибосомного профайлинга и РНК-сека (в сумме – 32 библиотеки), которые после подтверждения их качества были переданы на секвенирование нашим партнёрам. Часть этой работы (приготовление библиотек) физически проводилась в НТУ «Сириус», в сумме длительность пребывания трёх членов коллектива в г.Сочи составила 40 дней (неперекрывающиеся визиты) или 48 дней (с учётом перекрывания). Был проведён биоинформатический и молекулярно-генетический анализ влияния стандартной KanMX-кассеты, используемой для приготовления дрожжевых нокаутных штаммов (в том числе повсеместно используемой библиотеки «Saccharomyces Genome Deletion Project» на основе штамма BY4741), на экспрессию соседних генов. Анализ наших и иных публично доступных данных рибосомного профайлинга выявил существенные нарушения уровня экспрессии, в первую очередь в случае взаимного расположения генов «голова к голове». Эти нарушения опосредованы смещением точки старта транскрипции соседнего гена, которые приводят к удлинению 5’-нетранслируемой области, включению в неё uAUG-кодонов и снижению уровня покрытия транскрипта рибосомами. Результаты были доложены на конференции Translation Control 2020 в Cold Spring Harbor (США) и подготовлены к публикации (рукопись направлена в журнал). Были подготовлены два цикла лекций для образовательного модуля «Геномика и геномный анализ» НТУ «Сириус» (к сожалению, из-за пандемии проведение модуля было перенесено на 2021 год) и цикл лекций для школьников Образовательного центра «Сириус» (первая лекция прочитана на платформе Сириус.Дома).
2 1 октября 2020 г.-28 октября 2021 г. Последствия нарушения работы медицински значимых генов, связанных с биосинтезом белка: анализ на дрожжевых моделях. Этап 2.
Результаты этапа:

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".