Комплексный подход к разработке и оптимизации ресурсоемких приложений сравнительного анализа белков для высокопроизводительных вычислительных системНИР

An integrated approach to the development and optimization of resource-intensive program solutions for comparative analysis of protein on HPC-systems

Соисполнители НИР

МГУ имени М.В.Ломоносова Координатор

Источник финансирования НИР

грант РФФИ

Этапы НИР

# Сроки Название
1 31 января 2020 г.-31 декабря 2020 г. Комплексный подход к разработке и оптимизации ресурсоемких приложений сравнительного анализа белков для высокопроизводительных вычислительных систем
Результаты этапа: Проведен сравнительный анализ особенностей функционирования существующих программных реализаций биоинформатических приложений, относящихся к широкому классу методов сравнительного анализа белков на разных уровнях структурной организации (в том числе, HHBlits, BLAST/PSI-BLAST, MAFFT, TCOFFEE, MATT, MTM-ALIGN, MUSTANG, Superpose/PDBeFOLD), дана оценка их вычислительной эффективности на современном оборудовании. Разработана первая версия комплексного подхода к оптимизации ресурсоемких приложений сравнительного анализа белков для высокопроизводительных вычислительных систем. Проведена глубокая переработка алгоритма МАТТ и предложена новая версия программы parMATT с паралеллизацией на уровне подзадачи (т.е. распараллеливание внутри одной задачи построения парного структурного сравнения). Разработана первая версия программного обеспечения для комплексной оценки качества 3D-структурного выравнивания. С ее помощью будет проведена оценка качества множественного 3D-структурного выравнивания, полученного новой версией программы parMATT. Проведено сравнение результатов работы программ МАТТ/parMATT с паралеллизацией на уровне задачи с результатами новой версии parMATT с паралеллизацией на уровне подзадачи, дана оценка соотношения скорость-качество при ускорении программы за счет разной глубины переработки кода. Сформулирована практическая значимость использования разных версий parMATT на HPC-оборудовании для решения разных задач биоинформатики.
2 1 января 2021 г.-31 декабря 2021 г. Комплексный подход к разработке и оптимизации ресурсоемких приложений сравнительного анализа белков для высокопроизводительных вычислительных систем
Результаты этапа:

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".