ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
|
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Qбета-репликаза, РНК-зависимая РНК-полимераза бактериофага Qбета, известна беспрецедентной способностью размножать генетический материал вне клетки. Она стала первой репликазой, очищенной до гомогенности и интенсивно изучаемой in vitro. Однако после более чем полувековых исследований механизм экспоненциального размножения (репликации) РНК Qбета-репликазой остается неизвестным. Инициация синтеза РНК является ключевым моментом репликации. На этой стадии выясняется, является ли РНК-матрица правильной (законной) или неправильной (незаконной). Если матрица законна, то репликаза перейдет в закрытую конформацию, в которой инициированная цепь РНК удлиняется, пока не синтезируется полноразмерная комплементарная копия матрицы; если нет, то элонгация продолжается в открытой конформации, из которой продукт и матрица могут диссоциировать в любой момент. В случае законной матрицы репликаза удерживает репликативный интермедиат в однотяжном состоянии, что дает возможность матрице и продукту войти в следующий цикл репликации; незаконной же матрице репликаза позволяет отжечься (образовать дуплекс) с продуктом, что предотвращает их дальнейшее размножение. Как Qбета-репликаза различает законные и незаконные матрицы, что представляет собой закрытая конформация репликазы и как репликазе удается удержать комплементарные цепи матрицы и продукта в однотяжном состоянии, до сих пор неизвестно. Ожидается, что работа над проектом поможет ответить на эти вопросы.
Qbeta replicase, an RNA-dependent RNA polymerase of the bacteriophage Qbeta, is known for its unprecedented ability to amplify genetic material outside the cell. It was the first replicase purified to homogeneity and being intensively studied in vitro. However, after more than half a century of research, the mechanism of exponential amplification (replication) of RNA by Qbeta replicase remains unknown. The initiation of RNA synthesis is the key to replication. At this step, the RNA template is recognized as correct (legitimate) or incorrect (illegitimate). If the template is legitimate, the replicase will undergo transition into the closed conformation in which the initiated RNA strand is elongated until a full-sized complementary copy of the template is synthesized; if not, elongation continues in the open conformation, from which the product and template strands can dissociate at any time. With a legitimate template, replicase keeps the replicative intermediate in the single-stranded state, and this allows the template and the product to enter the next replication round; the illegitimate template is allowed to become annealed (form a duplex) with the product strand, and this precludes their further replication. How does Qbeta replicase discriminate between legitimate and illegitimate templates, what is the closed conformation of the replicase, and how does the replicase manage to keep complementary template and product strands in the single-strand state is still unknown. The project is expected to help answering these questions.
грант РФФИ |
# | Сроки | Название |
1 | 1 января 2020 г.-26 декабря 2020 г. | Инициация синтеза РНК Qбета-репликазой |
Результаты этапа: В течение отчетного периода были получены следующие результаты. (1) Показано, что на законной матрице (RQ-РНК) возможен праймер-зависимый синтез, причем в этом случае репликаза оказывается в закрытой конформации. Этот результат демонстрирует принципиальную возможность получения закрытого репликативного комплекса в равновесных условиях. (2) Установлено, что в отсутствие Mg++ закрытый репликативный комплекс не формируется. Отсюда следует, что, помимо каталитической, ионы Mg++ играют некую структурную роль при переходе Qбета-репликазы в закрытую конформацию. (3) Обнаружено, что в отсутствие 5’-концевого трифосфата эффективность GGG в инициации резко падает, что указывает на участие фосфатных групп в связывании олиго(G)-праймера с репликазой. Однако даже в отсутствие 5’-концевого трифосфата олиго(G) сохраняет способность индуцировать образование закрытого репликативного комплекса. (4) Показано, что при использовании в качестве матрицы (+)-цепи RQ87-3 РНК оптимальным для образования закрытого репликативного комплекса является праймер GGGA. (5) Обнаружено, что при проведении инициации с использованием GTP образуются дополнительные продукты, образующиеся в результате синтеза поли(G) путем полимеризации GTP на 3’-концевом CCC матрицы в результате проскальзывания продукта назад. (6) Получены результаты, подтверждающие, что Qбета-репликаза способна формировать кольцевые молекулы РНК. | ||
2 | 1 января 2021 г.-28 декабря 2021 г. | Инициация синтеза РНК Qбета-репликазой |
Результаты этапа: В течение отчетного периода были получены следующие результаты. (1) Получены достаточные для экспериментов по кристаллизации количества препаратов кора Qβ-репликазы, фрагмента OB(1-2) белка S1, RQ РНК и необходимых рибонуклеотидных праймеров. (2) Проведены 400 экспериментов по поиску условий кристаллизации закрытого репликативного комплекса. (3) Показано, что для каждой РНК существует своя оптимальная длина праймера. Эта длина определяется расстоянием от 3'-конца РНК до первой с 3'-конца шпильки. В большинстве случаев, оптимальная длина на 2 нуклеотида меньше этого расстояния. (4) Подготовлены образцы для электронно-микроскопических исследований, в том числе РНК, выделенную из фага Qβ; РНК, выделенную из репликативного комплекса; а также контрольный препарат кольцевой однотяжной ДНК фага M13. (5) Показано, что если при инициации на законной матрице из всех субстратов присутствует только GTP, то Qβ-репликаза способна синтезировать довольно длинные цепи полиG; это происходит в результате проскальзывания синтезируемой цепи (транскрипта) назад (back slippage) на 3'-концевом CCC-участке матрицы. Это первый случай, когда проскальзывание транскрипта обнаружено для репликазы одноцепочечного РНК-фага. (6) Показано, что при денатурирующем электрофорезе в полиакриламидном геле высокой плотности синтезированные цепи полиG образуют "лестницу" с тремя кластерами более жирных полос α, β и γ, соответствующих цепям размером около 15, 25 и 35 нуклеотидов, соответственно. То, что проскальзывание транскрипта может приводить к продуктам, количество которых периодически изменяется в зависимости от их размера, обнаружено впервые для РНК-полимераз. (7) Показано, что синтез полиG происходит в закрытой конформации Qβ-репликазы. (8) Показано, что белок S1 и его фрагменты OB(1-2) и OB(1-3) изменяют распределение материала между кластерами, усиливая кластер α, содержащий G(15) (цепи полиG длиной около 15 нт) за счет других; иными словами, катализируют выход G(15) из репликазного комплекса, тем самым предотвращая их удлинение до размера кластеров β и γ. | ||
3 | 1 января 2022 г.-31 декабря 2022 г. | Инициация синтеза РНК Qбета-репликазой |
Результаты этапа: Целью проекта было изучение механизма инициации синтеза РНК Qβ-репликазой. Получены важные промежуточные результаты, а также совершенно неожиданный принципиально новый результат, имеющий прямое отношение к механизму инициации на законной матрице. Во-первых, найден способ получения закрытого репликативного комплекса в равновесных условиях, а также показано, что такой комплекс может быть получен с использованием химически синтезированного олигонуклеотида. Это позволяет надеяться на кристаллизацию и определение структуры закрытого комплекса в обозримом будущем. Во-вторых, получены серьезные указания на то, что репликация РНК Qβ-репликазой происходит через образование ковалентно-замкнутой кольцевой матрицы. Прямая демонстрация такого механизма явилась бы прорывом в понимании принципов репликации одноцепочечных РНК, в том числе в гипотетическом древнем мире РНК. В-третьих, впервые продемонстрирована способность РНК-полимеразы РНК-содержащего бактериофага к проскальзыванию транскрипта. В частности, это дает правдоподобное объяснение механизма вставок и делеций нуклеотидов, а также вариабельности длины концевых олигоG- и олигоC-последовательностей, часто наблюдаемых в РНК, размноженных репликазами одноцепочечных РНК-бактериофагов in vitro и in vivo. В-четвертых, впервые продемонстрирована способность РНК-полимеразы синтезировать гомополимерные полинуклеотидные цепи, количество которых периодически изменяется с их длиной. В-пятых, впервые продемонстрирована важная роль в связывании инициаторного GTP его 5'- трифосфатной группы и атома азота в 7 положении гуанина. В-шестых, впервые обнаружена необходимость ионов Mg++ в стабилизации закрытого репликативного комплекса, образующегося в результате инициации на законной матрице. Наконец, получены указания на то, что на стадии терминации репликационного цикла в активном центре Qβ-репликазы формируется многоцепочечная квадруплекс-подобная структура, в стабилизации которой принимают участие хугстиновские взаимодействия и которая специфически узнается N-концевым участком белка S1, включающим 2 OB-домена. |
Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".