В результате проделанной за два года работы в лаборатории профессора Б.Гуде был экспрессирован и очищен мышиный формин mDia1: дикий тип (в автоингибированной форме),транкированная версия дикого типа (с удаленными 50 а.к. остатками с N-конца - более активная форма, чем дикий тип) и формин с удаленным DAD-доменом (активная форма). В лаборатории к.б.н. О.С.Соколовой с помощью электронной микроскопии макромолекул было показано, что формин mDia1 (дикий тип) существует в одной конформации - закрытой, остальные две мутантные версии формина существуют в открытых и закрытых конформациях, при этом количество частиц, имеющих открытую конформацию коррелирует с активностью молекулы. Для молекулы дикого типа формина была впервые получена трехмерная реконструкция с разрешением около 25А. Реконструированная молекула находится в закрытой конформации. С помощью докинга существующих кристаллических структур в рассчитанную электронную плотность показано, что при этом С-конец молекулы ингибируется ее N-концом.
Дикий тип формина, выделенного из дрожжей (Bni1), в отличие от формина млекопитающих, является активным. Нами было впервые продемонстрировано, что молекула Bni1 находится в открытой конформации.
В лаборатории к.б.н. О.С.Соколовой были также проведены опыты по моделированию взаимодействий изолированных доменов формина: DAD и DID, а также домена DID и RhoGTP. Согласно результатам экспекриментов по молекулярной динамике, наиболее стабильные взаимодействия между DAD и DID были определены между парами GLU178 и ARG248 (за счет ионного взаимодействия положительно и отрицательно заряженного аминокислотных остатков), а также между парами ALA117 и PHE247 (за счет гидрофобного взаимодействия между боковым радикалом аланина и ароматическим кольцом фенилаланина). Для пар оснований DID и RhoGTP показано, что наиболее стабильные взаимодействия формируются между парами аминокислотных остатков D67 и N164, E40 и K107, V38 и P103, что свидетельствует о том, что во взаимодействии DID и RhoGTP имеют место как гидрофобные, так и ионные взаимодействия.
В лаборатории профессора Б.Гуде были также экспрессированы и очищены N- и С-концевые фрагменты белка Srv2/CAP а также нативный белок Srv2 для изучения их в электронном микроскопе и определения степени олигомеризации белка при помощи ультрацентрифугирования в градиенте сахарозы. В лаборатории к.б.н. О.С.Соколовой были впервые в мире получены трехмерные структуры изолированных доменов: С-Srv2 с актином и N-Srv2. Показано, что в полноразмерном комплексе Srv2 с актином С-концевые домены организованы в димеры, стабилизированные N-концевыми двойными спиралями. Для N-Srv2 были получены две структуры: пентамерная и гексамерная. Обе структуры имели форму вогнутой чаши с «лепестками». Был сделан вывод вывод о том, что N-конец располагается на вогнутой стороне олигомерного комплекса. Докинг кристаллических структур N-Srv2 позволил определить положение С-конца на вершинах «лепестков».
