|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Изучение механизма передачи аллостерических сигналов в рибосоме методом молекулярной динамикистатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Информация о цитировании статьи получена из
Web of Science,
Scopus
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 17 июня 2016 г.
- Авторы: Макаров Г.И., Головин А.В., Сумбатян Н.В., Богданов А.А.
- Журнал: Биохимия
- Том: 80
- Номер: 8
- Год издания: 2015
- Издательство: ФГБУ "Издательство "Наука"
- Местоположение издательства: Москва
- Первая страница: 1250
- Последняя страница: 1261
- DOI: 10.1134/S0006297915080106
- Аннотация: Рибосома представляет собой молекулярную машину, которая синтезирует все клеточные белки, транслируя генетическую информацию, закодированную в полинуклеотидной цепи информационной РНК. Извест но, что переход от одной стадии рабочего цикла рибосомы к последующей строго координирован изменениями структуры и взаимного расположения как субъединиц самой рибосомы, так и ее лигандов. При этом информация о структурных перестройках передается из одного функционального центра рибосомы в другой с помощью специфических сигналов. Поскольку функциональные центры рибосомы, как правило, находятся друг от друга на расстоянии, достигающем нескольких десятков ангстрем, считается, что передача таких сигналов осуществляется аллостерически. В настоящей работе изучали каким образом может передаваться аллостерический сигнал из одного т.н. сенсорного центра рибосомного туннеля (РТ) в пептидил трансферазный центр рибосомы (ПТЦ). Методом моделирования молекулярной динамики (МД) изучали сегмент стенки РТ рибосомы E. coli, состоящий из нуклеотидных остатков А2058, А2059, m2A2503, G2061, А2062 и С2063 23S рРНК. Показано, что потенциальный сигнал передающий путь A2058–C2063 ведет себя как динамический ансамбль взаимозависимых конформационных состояний, изменения в котором могут происходить путем каскада. Высказано предположение, что структурная перестройка сегмента А2058–С2063 РТ приводит к обратимой инактивации ПТЦ, вследствие образования сильного стэкинг контакта функционально важного остатка ПТЦ U2585 с нуклеотидным остатком С2063. Обсуждается возможная роль наблюдаемого конформационного перехода в сегменте А2058–С2063 в регуляции работы рибосомы.
- Добавил в систему: Сумбатян Наталия Владимировна
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Полный текст | MD_rus_Biohimiya_2015.pdf | 683,8 КБ | 10 сентября 2015 [sumbatyan] |