Филогенетическое разнообразие бактерий цикла серы в донных осадках Херсонесской бухтыстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 30 апреля 2021 г.
Аннотация:Черное море – крупнейший меромиктический водоем, в донных осадках которого протекает мощныйбиогенный процесс образования сероводорода. Целью настоящей работы стало получение данныхо филогенетическом разнообразии микроорганизмов цикла серы (сульфатредуцирующих и сероокис-ляющих бактерий), обитающих в черноморских прибрежных газонасыщенных донных отложениях.Образцы отбирали в Херсонесской (Голубой) бухте в акватории г. Севастополя из белёсых бактериальных обрастаний сульфуретт, а также из верхнего слоя близлежащего грунта. С препаратами ДНК, выделенными из нативных проб и полученных накопительных культур, был проведен ПЦР-анализ с использованием олигонуклеотидных праймеров, специфичных к участкам гена 16S рРНК основных подгрупп сульфатредуцирующих бактерий (СРБ), а также к участкам гена dsrB (восстановительного и окислительного типов), который кодирует β-субъединицу диссимиляционной (би)сульфитредуктазы – ключевого фермента цикла серы, присущего сульфатредуцирующим и сероокисляющим микроорганизмам. В пробах ДНК, выделенных из прибрежных донных микробных обрастаний, показано наличие участков гена 16S рРНК, которые характерны для представителей родов Desulfobacterium, Desulfobacter, Desulfococcus–Desulfonema–Desulfosarcina и Desulfovibrio–Desulfomicrobium. Методом денатурирующего градиентного гель-электрофореза (ДГГЭ) с последующим секвенированием реамплифицированных участков гена dsrB было показано, что по аминокислотным последовательностям, кодируемым геном dsrB восстановительного типа, СРБ из прибрежных газонасыщенных донных осадков Черного моря имели наибольшую гомологию (92–99%) с геном dsrB культивируемых СРБ родов Desulfovibrio, Desulfatitalea, Desulfobacter, Desulfobacterium. Выявлена также высокая гомология с некультивируемыми штаммами СРБ из различных морских местообитаний, в частности, из донных осадков Северного и Японского морей. Аминокислотные последовательности, кодируемые геном dsrB окислительного типа, обладали наибольшей гомологией (90–99%) к соответствующему гену представителей сероокисляющих бактерий родов Thiocapsa, Thiobaca, Thioflavicoccus и Thiorhodococcus.