Аннотация:Нами разработано приложение Allele Builder для обработки и анализа данных таргетного
секвенирования генов с помощью NGS (454 и Illumina). Последовательность обработки данных в
Allele Builder включает следующие шаги: (1) фильтрация ридов с элиминацией дивергентных
последовательностей; (2) первичная обработка ошибок прочтения: поиск редких вариантов данного
участка (1-5 нукл.) и замещение их на соотв. фрагменты из других наиболее близких прочтений; (3)
обрезка 3’-концов с высокой степенью несоответствия с другими, наиболее близкими ридами; (4)
исключение рекомбинантных последовательностей, для чего в Allele Builder предложено два
алгоритма: “minor fraction” и “de cluster. Второй алгоритм не всегда может быть использован для
метагеномных исследований. На заключительном (5) шаге производится кластеризация
фильтрованных прочтений и создание консенсусных последовательностей, предположительно
соответствующих различным генам.
Разработанное приложение было апробировано при анализе данных секвенирования фрагментов
геномной ДНК растений (5S рРНК, ITS и двухдоменных генов семействаPin-II), полученных на
приборе GSJunior (454, Roche).
Allele Builder доступен по адресу: http://sourceforge.net/p/allelebuilder/