Суперкомпьютерное исследование низкоэнергетических минимумов энергии системы белок-лигандстатья

Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science

Информация о цитировании статьи получена из Scopus
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 9 июня 2016 г.

Работа с статьей

Прикрепленные файлы


Имя Описание Имя файла Размер Добавлен
1. Полный текст Oferkin_Biomed_Khimia_2015.qxd.pdf 218,1 КБ 21 января 2016 [vladimir.sulimov]

[1] Суперкомпьютерное исследование низкоэнергетических минимумов энергии системы белок-лиганд / И. В. Оферкин, А. В. Сулимов, Е. В. Каткова и др. // Биомедицинская химия. — 2015. — Т. 61, № 6. — С. 712–716. Адекватный выбор целевой функции при проведении докинга может значительно повлиять как на точность позиционирования лиганда, так и на точность расчетов энергии связывания белка и лиганда. В данной работе была проведена оценка пяти различных целевых функций, применяемых в докинге: были использованы функции, базирующиеся на силовом поле MMFF94, а также на квантовохимическом методе PM7, как с учетом, так и без учета растворителя (в рамках моделей растворителя PCM, COSMO, SGB). Для проведения подобной оценки мы сравнили положения лигандов в минимумах функций с экспериментально известными положениями лиганда в активном центре белка (так называемыми нативными положениями лиганда), а также сравнили получившиеся в результате вычислений свободные энергии связывания с энергиями, полученными из экспериментальных данных. Каждая из функций была исследована на тестовом наборе, состоящем из 16 комплексов белок-лиганд. Для нахождения минимумов была разработана новая параллельная программа докинга FLM, использующая алгоритм Монте-Карло и осуществляющая исчерпывающий поиск низкоэнергетических минимумов, а также вычисление свободной энергии связывания. Было продемонстрировано, что целевая функция докинга на основе силового поля MMFF94 в вакууме может быть использована для обнаружения нативных или близких к нативной позиций лиганда путем нахождения спектра низкоэнергетических локальных минимумов целевой функции. Была наглядно показана важность учета растворителя в процессе докинга для корректного позиционирования лиганда. Улучшение как точности позиционирования лиганда, так и корреляции значений энергий связывания со значениями, полученными в эксперименте, было показано при замене силового поля MMFF94 на новый квантовохимический метод PM7 с учетом воды в неявной модели COSMO. [ DOI ]

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть