Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Eb:сравнительный анализ на GPU и CPUстатья

Работа с статьей

Прикрепленные файлы


Имя Описание Имя файла Размер Добавлен
1. Полный текст Полный текст статьи в сборнике трудов конференции Publication_705.pdf 931,0 КБ 21 ноября 2018 [d.a.suplatov]

[1] Молекулярная динамика в силовом поле ff14sb в воде tip4p-ew, и в силовом поле ff15ipq в воде spc/eb:сравнительный анализ на gpu и cpu / Д. А. Суплатов, Я. А. Шарапова, Н. Н. Попова и др. // Суперкомпьютерные дни в России: Труды международной конференции (24-25 сентября 2018 г., г. Москва). — Издательство МГУ Москва, 2018. — С. 705–716. Проведен сравнительный анализ вычислительной эффективности и масштабируемости молекулярной динамики (МД), реализованной в пакете AMBER, на реальных биологических системах с применением классического силового поля FF14SB с 4-х центровой моделью воды TIP4P - Ew, а также нового многообещающего поля FF15IPQ с 3-х центровой моделью воды SPC/Eb. Уменьшение количества атомов в ячейке на 25-31% в результате использования 3-х центровой модели растворителя ускоряет расчет МД до 63% и ухудшает масштабируемость до 11%. При этом полученные результаты могут качественно отличаться, что говорит о необходимости совместного использования разных силовых полей при изучении биологических систем. Использование GPU-ускорителей позволяет существенно увеличить длину траектории.

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть