|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Анализ референсного транскриптома гидроидного полипа Dynamena pumila (Linnaeus, 1758)тезисы доклада Тезисы
- Авторы: Купаева Д.М., Коноров Е.А., Кремнёв С.В.
- Сборник: 2-я СТУДЕНЧЕСКАЯ НАУЧНАЯ СЕССИЯ УНБ «БЕЛОМОРСКАЯ» СПБГУ
- Тезисы
- Год издания: 2018
- Место издания: Санкт-Петербург
- Первая страница: 74
- Последняя страница: 75
- Аннотация: Колониальный гидроидный полип Dynamena pumila (Linnaeus, 1758) — перспективный модельный объект для эволюционной биологи развития. До сегодняшнего времени остается непонятен механизм становления первичной орально-аборальной оси тела D. pumila, которая морфологически определяется только к стадии препланулы. Более того, при формировании взрослой колонии у побегов специфицируется дополнительная ось симметрии тела. В морфогенезе разных частей колонии встречается впервые описанный для гидроидов морфогенез путем заложения хитиновых септ. Данный механизм используется при формировании прикрепительных дисков первичного побега, столона и побега во время закладки гидрантов в верхушке роста. Эмбриональное развитие характеризуется уникальными клеточными механизмами гаструляции, описанными пока только у D. pumila. Для дальнейшего, более глубокого изучения механизмов регуляции развития D. pumila возникла необходимость в создании референсного транксриптома. На заполнение этого пробела и была направлена наша работа. При подготовке образца для секвенирования была выделена тотальная РНК из смеси разных стадий развития D. pumila: от неоплодотворенных яиц до первичного побега. С помощью секвенатора Illumina 4000 было получено 830 млн. парноконцевых чтений длиной 150 п. н. Данные были подготовлены к сборке с использованием программ Trimmomatic и FastQC. Сборка производилась при помощи пакета программного обеспечения Trinity. Проверка качества сборки была сделана по базе генов, общих для всех Metazoa, с использованием программы HMMER, показала, что полученная сборка содержит полнодлинновые последовательности 97,18 % генов, N50 — 1890 н. Собранный траскриптом был аннотирован с помощью автоматических алгоритмов аннотации программы Blast2Go. В первую очередь мы проанализировали наличие и разнообразие компонентов Wnt сигнального пути, который является центральным в регуляции становления осей тела. Так же при идентификации генов-мишеней WNT канонического каскада мы выяснили, что у D. pumila имеется три гена транскрипционного фактора brachiury, два из которых являются относительно недавно дуплицированными паралогами. Ранее считалось, что у Hydrozoa присутствуют только два гена brachiury. Был проведен филогенетический анализ интересующих нас генов на основе консенсуснового выравнивания аминокислотных и нуклеотидных последовательностей. Мы считаем, что выбор уникального модельного объекта и его изучение с применением молекулярно-биологических методик и подходов сравнительной геномики позволят внести значительный вклад в понимание эволюции процессов развития и становления первичного плана тела у базальных групп многоклеточных животных. Исследования выполняются при поддержке РФФИ, проект № 17-04-01988 а.
- Добавил в систему: Кремнёв Станислав Валерьевич