|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
CASBench: эталонный набор белков с аннотированными каталитическим и аллостерическим сайтами в их структурахстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
- Авторы: Злобин А., Суплатов Д., Копылов К., Швядас В.
- Журнал: Acta Naturae (русскоязычная версия)
- Том: 11
- Номер: 1(40)
- Год издания: 2019
- Издательство: Парк-медиа
- Местоположение издательства: М.
- Первая страница: 74
- Последняя страница: 80
- Переводные версии: CASBench: A Benchmarking Set of Proteins with Annotated Catalytic and Allosteric Sites in Their Structures
- DOI: 10.32607/20758251-2019-11-1-74-80
- Аннотация: В последние годы все большее внимание уделяется явлению аллостерии. Это обусловлено как фундаментальным интересом к поиску новых путей регуляции функциональных свойств белков, так и перспективами использования аллостерических сайтов в качестве мишеней для дизайна лекарственных препаратов с меньшей токсичностью за счет большей селективности связывания и специфичности механизма действия. Современные методы биоинформатики позволяют в отдельных случаях обнаруживать ранее неизвестные центры связывания лигандов, однако для создания более универсальных и эффективных подходов необходимо дальнейшее изучение общих закономерностей и отличительных особенностей структурной организации функциональных (каталитических) и аллостерических сайтов, эволюции их аминокислотных последовательностей в семействах гомологичных белков, а также путей аллостерической коммуникации. Эталонный набор CASBench содержит 91 запись о ферментах, в структурах которых аннотированы как каталитические, так и аллостерические сайты на основании экспериментальной информации из баз данных ASD, CSA и PDB. Полученная выборка может быть использована для оценки эффективности существующих методов и разработки/обучения перспективных алгоритмов поиска новых каталитических и регуляторных сайтов в структурах белков, а также для изучения механизмов аллостерии на большой выборке ферментов. Установление взаимосвязи между структурой, функцией и регуляцией должно улучшить наше понимание механизмов действия ферментов и предоставить новые возможности для создания новых лекарств и дизайна более эффективных биокатализаторов. Работать с CASBench можно офлайн на локальном компьютере или онлайн с использованием встроенных интерактивных инструментов по адресу https://biokinet.belozersky.msu.ru/casbench.
- Добавил в систему: Швядас Витаутас-Юозапас Каятоно