CASBench: эталонный набор белков с аннотированными каталитическим и аллостерическим сайтами в их структурахстатья

Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science

Работа с статьей


[1] Casbench: эталонный набор белков с аннотированными каталитическим и аллостерическим сайтами в их структурах / А. Злобин, Д. Суплатов, К. Копылов, В. Швядас // Acta Naturae (русскоязычная версия). — 2019. — Т. 11, № 1(40). — С. 74–80. В последние годы все большее внимание уделяется явлению аллостерии. Это обусловлено как фундаментальным интересом к поиску новых путей регуляции функциональных свойств белков, так и перспективами использования аллостерических сайтов в качестве мишеней для дизайна лекарственных препаратов с меньшей токсичностью за счет большей селективности связывания и специфичности механизма действия. Современные методы биоинформатики позволяют в отдельных случаях обнаруживать ранее неизвестные центры связывания лигандов, однако для создания более универсальных и эффективных подходов необходимо дальнейшее изучение общих закономерностей и отличительных особенностей структурной организации функциональных (каталитических) и аллостерических сайтов, эволюции их аминокислотных последовательностей в семействах гомологичных белков, а также путей аллостерической коммуникации. Эталонный набор CASBench содержит 91 запись о ферментах, в структурах которых аннотированы как каталитические, так и аллостерические сайты на основании экспериментальной информации из баз данных ASD, CSA и PDB. Полученная выборка может быть использована для оценки эффективности существующих методов и разработки/обучения перспективных алгоритмов поиска новых каталитических и регуляторных сайтов в структурах белков, а также для изучения механизмов аллостерии на большой выборке ферментов. Установление взаимосвязи между структурой, функцией и регуляцией должно улучшить наше понимание механизмов действия ферментов и предоставить новые возможности для создания новых лекарств и дизайна более эффективных биокатализаторов. Работать с CASBench можно офлайн на локальном компьютере или онлайн с использованием встроенных интерактивных инструментов по адресу https://biokinet.belozersky.msu.ru/casbench.

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть