Аннотация:Короткие тандемные повторы ДНК (short sequence repeats, SSRs) представляют
собой короткие участки нуклеотидной последовательности, которые повторяются от
нескольких до десятков и более раз. К ним относятся также различающиеся по числу
тандемные повторы (Variable Number Tandem Repeats), которые могут иметь различную
протяженность у близких организмов. Ранее было показано, что в кодирующих активно
отбираемый в ходе селекции признак генах длина SSR может коррелировать (в том
числе количественно) с выраженностью кодируемого признака [1]. При исследовании
данного вопроса особый интерес представляют виды, подвергавшиеся длительному
селекционному отбору по нескольким возможно более простым признака (например,
декоративность). Особенно удачным объектом может стать золотая рыбка (Carassius
auratus), прошедшее многовековую племенную работу с целью выведения форм с
определенной окраской и формой тела. В данной работе с целью исследовать SSR
генома C. auratus проанализирован набор наибольших по длине участков повторов
(свыше 60 п.о.) из базы данных FishMicrosat [2]. Для C. auratus таких повторов описано
14, хотя в геноме родственного дикого вида Carassius carassius SSR длиннее 58 п.о.
отсутствуют. При анализе первичной структуры набора из 14 наиболее длинных
повторов установлено их статистически значимое обеднение цитозином (С), не
выявленные при рассмотрении полного набора SSR для данного вида. При этом GC-
состав обеих совокупностей совпадает и примерно равен 0.4. Согласно поиску с
помощью BLAST [3], среди рассмотренных содержащих SSR последовательностей
значительная часть содержит последовательности с высокой степенью гомологии к
ДНК Cyprinus carpio (сазан, карп обыкновенный), включая имеющие идентичность и
покрытие, близкие к 100%. Две области являются точными копиями SSR-содержащих
областей Carassius gibelio (серебряный карась), одна представляет собой результат
непосредственного объединения участков ДНК из Cyprinus carpio и Carassius gibelio. В
некоторых из таких последовательностей область наиболее протяженных тандемных
повторов в геноме C. auratus содержит точные повторяющиеся единицы, в то время как
их близкие гомологи у C. gibelio приобрели заметные изменения. Данный процесс
может быть связан с активным отбором по кодируемым соответствующими генами
признаками в случае C. auratus, но не C. gibelio. Все описанное соответствует сложной
картине гибридизации представителей семейства Cyprinidae, для которых известно
образование межвидовых гибридов, включая полиплоидные (вплоть до пентаплоидных)
и образованные одновременно двумя или тремя видами из списка Carassius auratus,
Carassius carassius и Cyprinus carpio [3].
