Глубина кармана в белковой поверхности бактериородопсина вблизи переносчика протона Asp96 согласно рентгеноструктурным моделямстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Информация о цитировании статьи получена из
Web of Science,
Scopus
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 9 октября 2015 г.
Аннотация:Трехмерные рентгеноструктурные модели бактериородопсина дикого типа исследованы с помощью
программы PyMOL. При построении поверхностей, доступных растворителю с цитоплазматической стороны, визуализирована полость напротив Asp96, сокращающая путь протона от поверхности мембраны к этому переносчику. Расстояние от полости до центра углеродного атома упомянутой карбоксильной группы ~6 Å. Также для структур 1c3w, 1qhj и 1BRR выявлен канал радиусом
1.1 Å между цитоплазматической поверхностью и карбоксилом Asp96. Диаметр этого канала меньше характерного диаметра молекулы воды и в обычных условиях не создает проводимости невозбудежнного светом пигмента, но по нему, вероятно, и открывается обводненная “щель” во второй
фазе фотоцикла бактериородопсина, связанная с репротонированием Asp96.