Аннотация:Представлены результаты по комбинированному применению для докинга
классического силового поля и метода квантовой химии PM7. Сначала был проведен
докинг лиганда в белок-мишень с вычислением энергии системы белок-лиганд в
рамках силового поля MMFF94 с учетом растворителя. Среди нескольких сотен
тысяч найденных локальных минимумов более 8 тысяч наиболее
низкоэнергетических минимумов были сохранены. Эта процедура докинга была
проведена для 16 тестовых комплексов, различающихся как белками, так и
лигандами. На основе анализа поз и энергий лигандов в этих минимумах и их
сравнения с позой и энергией локально оптимизированных кристаллических
(нативных) положений лигандов сделаны выводы о применимости парадигмы
докинга, позволяющей по положению глобального минимума правильно предсказать
нативное положение лиганда в комплексе белок-лиганд. Показано, что для силового
поля MMFF94 это сделать можно далеко не для всех исследованных комплексов. В
данном исследовании показано, что последующий пересчет энергий всех найденных
в силовом поле минимумов с помощью квантовохимического метода PM7, т.е.
квантовохимический квази-докинг, существенно улучшает точность
позиционирования, и парадигма докинга выполняется почти для всех тестовых
комплексов.