|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Взаимодействия доменов бычьего прионного белка (PrP). Моделирование методом молекулярной динамикитезисы доклада
- Авторы: Мамчур А.А., Ярошевич И.А.
- Сборник: Материалы Международного молодежного научного форума «Ломоносов-2020»
- Редакторы: Алешковский Иван Андреевич, Андриянов Андрей Владимирович, Антипов Евгений Александрович
- Тезисы
- Год издания: 2020
- Издательство: ООО "МАКС Пресс"
- Местоположение издательства: Москва
- Аннотация: Прионы - инфекционные агенты белковой природы, вызывающие трансмиссионные губчатые энцефалопатии. В клетках млекопитающих присутствует нормальная изоформа прионного белка PrPC.. Внутри его неструктурированного N-домена можно выделить 2 заряженных фрагмента (СС1 и СС2), гидрофобный участок (HD) и область октаповторов (OR). Внутри белка PrPC также найдены специфические сайты протеолиза: 𝛼- (между 111 и 112 аминокислотами), 𝛽- (сразу после области октаповторов) и 𝛾-cleavage (внутри глобулярного домена). Они имеют важное значение как для физиологической роли PrP, так и для патогенеза. Из-за высокой подвижности N-концевого домена струтура белка с атомным разрешением доступна только для С-концевого домена, что делает актуальными теоретические методы изучения динамических свойств полноразмерного PrP. В данной работе были изучены взаимодействия между функциональными доменами PrPC, которые могут значительно отражаться на функциях белка. Для моделирования C-концевого домена была выбрана структура 1DX0 из базы данных PDB. Для N-концевого домена было получено 5 наиболее вероятных конформаций с помощью de novo моделирования I-TASSER. Расчёты молекулярной динамики проводились с помощью программного пакета GROMACS. Затем мы проанализировали взаимодействия аминокислот внутри каждой траетории. В постоянном контакте с С-доменом находятся участки СС2 (заряженный участок в центре N-конца) и 𝛼-cleavage, в меньшей степени с ним контактируют область октаповторов и гидрофобный кор. Контакты 𝛼-cleavage и гидрофобного кора расположены ближе к С-концу молекулы (остатки 180-200), СС2 контактирует с центральной частью белка (остатки 140-150). Область контактов октаповторов с С-доменом достаточно обширна. Для СС2 более характерны гидрофобные и электростатические связи, для гидрофобного кора - водородные.
- Добавил в систему: Мамчур Александра Александровна