|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ИНХС РАН |
||
Исследование конформационных перестроек гема цитохрома с и с1 в процессе образования комплекса методами молекулярного моделированиятезисы доклада
- Авторы: Васюченко Е.П., Федоров В.А., Абатурова А.М., Коваленко И.Б.
- Сборник: МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ. XXVIII международная конференция
- Серия: МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ
- Том: 28
- Тезисы
- Год издания: 2021
- Издательство: Научно-издательский центр "Регулярная и хаотическая динамика"
- Местоположение издательства: Ижевск
- Первая страница: 101
- Последняя страница: 101
- Аннотация: Цитохром с является подвижным переносчиком электронов в дыхательной цепи митохондрий, который транспортирует электрон от цитохромного bc1 комплекса к цитохром с оксидазе. От конформации гема в цитохроме с зависит скорость передачи электрона в комплексе и, соответственно, эффективность электрон-транспортной цепи.В нашей работе мы использовали отдельные структуры цитохромов с и с1 Bos taurus. Мы получили набор диффузионно-столкновительных комплексов методом броуновской динамики с энергией электростатического притяжения не менее 8 kT с помощью программы ProKSim [1], который анализировали с помощью метода кластерного анализа. Затем мы описали процесс образования финальных комплексов из центральных структур полученных кластеров с помощью метода молекулярной динамики в программе GROMACS[2]. Также было проведено молекулярное моделирование отдельных белков цитохрома с и с1.Для определения и количественного описания конформации гема был использован подход, основанный на работе Jetzen W. et al. (1997) [3]. С помощью этого подхода в каждый момент времени рассчитывались вклады отклонений от эталонной структуры гема по 12 координатам, соответствующим медленным нормальным модам. Далее мы наблюдали за изменением этих вкладов и влиянии их друг на друга.В результате данных исследований, оказалось, что гемы цитохромов с и с1 ведут себя по-разному в зависимости от того, сформирован комплекс этими белками, или нет. Кроме этого, было отмечено взаимное изменение конформации гемов, в ситуации, когда цитохромы образуют комплекс.
- Добавил в систему: Коваленко Илья Борисович